SAXSdb — 3teq

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Stromal interaction molecule 1

Homo sapiens

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白同源多聚体同源多聚体蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 344–444 链 C； UniProt 344–444	片段：SOAR domain (UNP RESIDUES 344-444) 突变：L374M, V419A, C437T	PO4 PHOSPHATE ION × 5	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；277 K；0.1M Bis-Tris pH 6.5, 10% PEG3350, 0.2M Ammonium dibasic phosphate, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K	分辨率 1.90 Å R-free 0.249
2	蛋白同源多聚体同源多聚体蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2）与蛋白拷贝数一致	链 B； UniProt 344–444	片段：SOAR domain (UNP RESIDUES 344-444) 突变：L374M, V419A, C437T	无其他共同聚合物	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；277 K；0.1M Bis-Tris pH 6.5, 10% PEG3350, 0.2M Ammonium dibasic phosphate, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K	分辨率 1.90 Å R-free 0.249
3	蛋白同源多聚体同源多聚体蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2）与蛋白拷贝数一致	链 D； UniProt 344–444	片段：SOAR domain (UNP RESIDUES 344-444) 突变：L374M, V419A, C437T	无其他共同聚合物	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；277 K；0.1M Bis-Tris pH 6.5, 10% PEG3350, 0.2M Ammonium dibasic phosphate, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K	分辨率 1.90 Å R-free 0.249

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 3TEQ	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
2K60 NMR structure of calcium-loaded STIM1 EF-SAM 提交 2008-07-02	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 58–201（144 aa）片段：UNP residues 58-201	未记录	CA CALCIUM ION × 1	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 8；293 K；离子强度（mmCIF原始值）105；压力 1 NMR测量条件 293 K；离子强度（mmCIF原始值）105；压力 1 NMR样品组成 0.5-1.0 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] stromal interaction molecule 1, 20 mM TRIS, 100 mM sodium chloride, 5 mM CALCIUM ION, 95% H2O/5% D2O \| 95% H2O/5% D2O NMR样品组成 0.5-1.0 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] stromal interaction molecule 1, 20 mM [U-99% 2H] TRIS, 100 mM sodium chloride, 5 mM CALCIUM ION, 100% D2O \| 100% D2O	分辨率未提供
2MAJ Solution Structure of the STIM1 CC1-CC2 homodimer. 提交 2013-07-12	构建体不同突变/修饰不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 312–387（76 aa）片段：UNP residues 312-387 链 C 312–387（76 aa）片段：UNP residues 312-387	未记录	未记录非水小分子	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 5.5；308 K；离子强度（mmCIF原始值）0.02；压力 ambient NMR样品组成 0.5 mM [U-99% 15N] protein, 20 mM bis-TRIS, 0.175 v/v [U-99% 2H] TFE, 90% H2O/10% D2O \| 90% H2O/10% D2O NMR样品组成 0.5 mM [U-99% 13C; U-99% 15N] protein, 20 mM bis-TRIS, 0.175 v/v [U-99% 2H] TFE, 90% H2O/10% D2O \| 90% H2O/10% D2O NMR样品组成 0.5 mM [U-99% 13C; U-99% 15N] protein, 20 mM bis-TRIS, 0.175 v/v [U-99% 2H] TFE, 100% D2O \| 100% D2O NMR样品组成 0.5 mM [U-99% 13C; U-99% 15N] protein, 0.5 mM protein, 20 mM bis-TRIS, 0.175 v/v [U-99% 2H] TFE, 100% D2O \| 100% D2O	分辨率未提供
2MAK Solution structure of the STIM1 CC1-CC2 homodimer in complex with two Orai1 C-terminal domains. 提交 2013-07-12	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 312–387（76 aa）片段：UNP residues 312-387 链 C 312–387（76 aa）片段：UNP residues 312-387	未记录	未记录非水小分子	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 5.5；308 K；离子强度（mmCIF原始值）0.02；压力 ambient NMR样品组成 0.25 mM [U-100% 15N] protein_1, 3.0 mM protein_2, 20 mM bis-TRIS, 0.175 v/v [U-99% 2H] TFE, 90% H2O/10% D2O \| 90% H2O/10% D2O NMR样品组成 0.25 mM [U-99% 13C; U-99% 15N] protein_1, 3.0 mM protein_2, 20 mM bis-TRIS, 0.175 v/v [U-99% 2H] TFE, 90% H2O/10% D2O \| 90% H2O/10% D2O NMR样品组成 0.25 mM [U-99% 13C; U-99% 15N] protein_1, 3.0 mM protein_2, 20 mM bis-TRIS, 0.175 v/v [U-99% 2H] TFE, 100% D2O \| 100% D2O NMR样品组成 2.5 mM protein_1, 0.25 mM [U-99% 15N] protein_2, 20 mM bis-TRIS, 0.175 v/v [U-99% 2H] TFE, 90% H2O/10% D2O \| 90% H2O/10% D2O NMR样品组成 2.5 mM protein_1, 0.25 mM [U-99% 13C; U-99% 15N] protein_2, 20 mM bis-TRIS, 0.175 v/v [U-99% 2H] TFE, 100% D2O \| 100% D2O	分辨率未提供
4O9B The Structure of CC1-IH in human STIM1. 提交 2014-01-02	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 237–340（104 aa）片段：CC1-IH, UNP RESIDUES 237-340 链 D 237–340（104 aa）片段：CC1-IH, UNP RESIDUES 237-340	突变：M244L, L321M 突变：M244L, L321M	CD CADMIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4.5；293 K；24% PEGMME 2000, 0.1M sodium acetate, 0.02M magnesium chloride hexahydrate, 0.02M nickel chloride hexahydrate, 0.02M cadmium chloride hexahydrate, pH 4.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 2.60 Å R-free 0.289
4O9B The Structure of CC1-IH in human STIM1. 提交 2014-01-02	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 237–340（104 aa）片段：CC1-IH, UNP RESIDUES 237-340 链 C 237–340（104 aa）片段：CC1-IH, UNP RESIDUES 237-340	突变：M244L, L321M 突变：M244L, L321M	CD CADMIUM ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4.5；293 K；24% PEGMME 2000, 0.1M sodium acetate, 0.02M magnesium chloride hexahydrate, 0.02M nickel chloride hexahydrate, 0.02M cadmium chloride hexahydrate, pH 4.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 2.60 Å R-free 0.289
4O9B The Structure of CC1-IH in human STIM1. 提交 2014-01-02	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 237–340（104 aa）片段：CC1-IH, UNP RESIDUES 237-340 链 B 237–340（104 aa）片段：CC1-IH, UNP RESIDUES 237-340	突变：M244L, L321M 突变：M244L, L321M	CD CADMIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4.5；293 K；24% PEGMME 2000, 0.1M sodium acetate, 0.02M magnesium chloride hexahydrate, 0.02M nickel chloride hexahydrate, 0.02M cadmium chloride hexahydrate, pH 4.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 2.60 Å R-free 0.289
4O9B The Structure of CC1-IH in human STIM1. 提交 2014-01-02	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 4 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 C 237–340（104 aa）片段：CC1-IH, UNP RESIDUES 237-340 链 D 237–340（104 aa）片段：CC1-IH, UNP RESIDUES 237-340	突变：M244L, L321M 突变：M244L, L321M	CD CADMIUM ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4.5；293 K；24% PEGMME 2000, 0.1M sodium acetate, 0.02M magnesium chloride hexahydrate, 0.02M nickel chloride hexahydrate, 0.02M cadmium chloride hexahydrate, pH 4.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 2.60 Å R-free 0.289
4O9B The Structure of CC1-IH in human STIM1. 提交 2014-01-02	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 5 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 237–340（104 aa）片段：CC1-IH, UNP RESIDUES 237-340 链 B 237–340（104 aa）片段：CC1-IH, UNP RESIDUES 237-340 链 C 237–340（104 aa）片段：CC1-IH, UNP RESIDUES 237-340 链 D 237–340（104 aa）片段：CC1-IH, UNP RESIDUES 237-340	突变：M244L, L321M 突变：M244L, L321M 突变：M244L, L321M 突变：M244L, L321M	CD CADMIUM ION × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4.5；293 K；24% PEGMME 2000, 0.1M sodium acetate, 0.02M magnesium chloride hexahydrate, 0.02M nickel chloride hexahydrate, 0.02M cadmium chloride hexahydrate, pH 4.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 2.60 Å R-free 0.289
6YEL Stromal interaction molecule 1 coiled-coil 1 fragment 提交 2020-03-25	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 234–343（110 aa）	未记录	未记录非水小分子	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 7.25；310.15 K；离子强度（mmCIF原始值）0.02；压力 1 NMR样品组成 0.3 mM [U-98% 13C; U-98% 15N] STIM1 CC1, 20 mM TRIS, 7 mM [U-13C] SDS, 90 % v/v H2O, 10 % v/v [U-99% 2H] H2O, 90% H2O/10% D2O \| 90% H2O/10% D2O	分辨率未提供

共 5 个其他 PDB 条目、9 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	STIM1_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–101； UniProt 344–444 作者链 B； PDB构建体 1–101； UniProt 344–444 作者链 C； PDB构建体 1–101； UniProt 344–444 作者链 D； PDB构建体 1–101； UniProt 344–444

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	3teq
沉积日期 deposition_date	2011-08-15
结构标题 title	Crystal structure of SOAR domain
关键词 keywords	SIGNALING PROTEIN; SIGNALING PROTEIN
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	32.12 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	32.99 Å
零角强度 I(0) i0	36850500.00
分子量 molecular_weight	46886.0 kDa
排除体积 excluded_volume	58652 Å³
包络体积 envelope_volume	82359 Å³
水化壳体积 shell_volume	24626 Å³
包络直径 envelope_diameter	121.9 Å
壳层 Rg shell_rg	33.06 Å
包络 Rg envelope_rg	33.76 Å
形状 Rg shape_rg	33.04 Å
总 Rg total_rg	32.83 Å
总原子数 total_atoms	3303
残基数 n_residues	402
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	115.7 Å
Rg (实空间) rg_real	32.51 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	1.44 Å
I(0) (实空间) i0_real	3.6850e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	5.9910e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal	32.35 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	36850000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8267
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	28.3 Å
偏度 Skewness skewness	0.517
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.231
角度范围 angular_range	— – 0.2450 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	2319000.0000
实空间数据点数 n_real_points	50
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.766; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.606; Smooth: 0.839

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Stromal interaction molecule 1
分子量 formula_weight	11713.4 kDa
突变 mutation	L374M, V419A, C437T
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	4

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B,C,D
原子数 atom_count	3886

PEALQKWLQLTHEVEVQYYNIKKQNAEKQLMVAKEGAEKIKKKRNTLFGTFHVAHSSSLDDVDHKILTAKQALSEATAALRERLHRWQQIEILTGFQIVNN

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 non-polymer

描述 description	PHOSPHATE ION
分子量 formula_weight	95.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	5

实体 3 Entity 3 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	583

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 4 domains

CATH v4.4 (4 domains)

结构域编号 domain_id	3teqA00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	287 — Helix Hairpins
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	3550 —

结构域编号 domain_id	3teqB00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	287 — Helix Hairpins
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	3550 —

结构域编号 domain_id	3teqC00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	287 — Helix Hairpins
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	3550 —

结构域编号 domain_id	3teqD00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	287 — Helix Hairpins
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	3550 —

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8. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	90.584 Å
晶胞边长 b length_b	90.584 Å
晶胞边长 c length_c	104.919 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	32

空间群 space_group	P 41 21 2
空间群编号 int_tables_number	92
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	1.900 Å
最低分辨率 resolution_low	25.200 Å
R 因子 r_factor	0.2190
R_work r_work	0.2190
R_free r_free	0.2490

fit	/app/data/saxs_computation/te/3teq/3teq.fit
pddf	/app/data/pr_computation/te/3teq/3teq.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/te/3teq/3teq.dat

Crystal structure of SOAR domain

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Stromal interaction molecule 1

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement