SAXSdb — 3ths

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Glycine N-methyltransferase

物种未注明

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白同源多聚体同源多聚体蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 2–293 链 B； UniProt 2–293 链 C； UniProt 2–293 链 D； UniProt 2–293	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	BME BETA-MERCAPTOETHANOL × 1 TAM TRIS(HYDROXYETHYL)AMINOMETHANE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；295 K；20% PEG 3350, 0.2 M Na-fluoride or Ca-acetate, 100 mM Tris-HCl, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 295K	分辨率 2.50 Å R-free 0.280

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 3THS	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
1BHJ CRYSTAL STRUCTURE OF APO-GLYCINE N-METHYLTRANSFERASE (GNMT) 提交 1998-06-09	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 1–292（292 aa）链 B 1–292（292 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 6.8；pH 6.8	分辨率 2.50 Å R-free 0.318
1D2C METHYLTRANSFERASE 提交 1999-09-23	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 2–293（292 aa）链 B 2–293（292 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 5.6；277 K；PEG 3400, pH 5.6, VAPOR DIFFUSION, temperature 4.0K	分辨率 2.50 Å R-free 0.233
1D2C METHYLTRANSFERASE 提交 1999-09-23	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 2–293（292 aa）链 B 2–293（292 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 5.6；277 K；PEG 3400, pH 5.6, VAPOR DIFFUSION, temperature 4.0K	分辨率 2.50 Å R-free 0.233
1D2G CRYSTAL STRUCTURE OF R175K MUTANT GLYCINE N-METHYLTRANSFERASE FROM RAT LIVER 提交 1999-10-08	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 2–293（292 aa）片段：WHOLE ENZYME 链 B 2–293（292 aa）片段：WHOLE ENZYME	突变：R175K 突变：R175K	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.6；277 K；PEG-4000, pH 5.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K	分辨率 2.50 Å R-free 0.266
1D2G CRYSTAL STRUCTURE OF R175K MUTANT GLYCINE N-METHYLTRANSFERASE FROM RAT LIVER 提交 1999-10-08	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 2–293（292 aa）片段：WHOLE ENZYME 链 B 2–293（292 aa）片段：WHOLE ENZYME	突变：R175K 突变：R175K	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.6；277 K；PEG-4000, pH 5.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K	分辨率 2.50 Å R-free 0.266
1D2H CRYSTAL STRUCTURE OF R175K MUTANT GLYCINE N-METHYLTRANSFERASE COMPLEXED WITH S-ADENOSYLHOMOCYSTEINE 提交 1999-10-11	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 2–293（292 aa）片段：WHOLE ENZYME 链 B 2–293（292 aa）片段：WHOLE ENZYME 链 C 2–293（292 aa）片段：WHOLE ENZYME 链 D 2–293（292 aa）片段：WHOLE ENZYME	突变：R175K 突变：R175K 突变：R175K 突变：R175K	SAH S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.6；277 K；PEG-4000, pH 5.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K	分辨率 3.00 Å R-free 0.247
1KIA Crystal structure of glycine N-methyltransferase complexed with S-adenosylmethionine and acetate 提交 2001-12-02	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 1–292（292 aa）链 B 1–292（292 aa）链 C 1–292（292 aa）链 D 1–292（292 aa）	未记录	ACT ACETATE ION × 4 SAM S-ADENOSYLMETHIONINE × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；295 K；PEG 6000, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K	分辨率 2.80 Å R-free 0.286
1NBH Structure of glycine N-methyltransferase complexed with S-adenosylmethionine and acetate, GNMT:SAM:Ace 提交 2002-12-02	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 1–292（292 aa）链 B 1–292（292 aa）链 C 1–292（292 aa）链 D 1–292（292 aa）	未记录	ACT ACETATE ION × 4 SAM S-ADENOSYLMETHIONINE × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.6；296 K；PEG 3400, pH 5.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 296K	分辨率 2.80 Å R-free 0.278
1NBI Structure of R175K mutated glycine N-methyltransferase complexed with S-adenosylmethionine, R175K:SAM. 提交 2002-12-02	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 1–292（292 aa）链 B 1–292（292 aa）链 C 1–292（292 aa）链 D 1–292（292 aa）	突变：R175K 突变：R175K 突变：R175K 突变：R175K	SAM S-ADENOSYLMETHIONINE × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.6；296 K；PEG 3400, pH 5.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 296K	分辨率 3.00 Å R-free 0.295
1XVA METHYLTRANSFERASE 提交 1996-07-20	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 1–292（292 aa）链 B 1–292（292 aa）	未记录	ACT ACETATE ION × 4 SAM S-ADENOSYLMETHIONINE × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 5.6；pH 5.6	分辨率 2.20 Å R-free 0.262
2IDJ Crystal Structure of Rat Glycine N-Methyltransferase Apoprotein, Monoclinic Form 提交 2006-09-15	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 1–292（292 aa）链 B 1–292（292 aa）链 C 1–292（292 aa）链 D 1–292（292 aa）	未记录	CA CALCIUM ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；295 K；20% PEG 3350, 0.1 M Ca acetate, 0.025 M Tris, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 295K	分辨率 2.35 Å R-free 0.272
2IDK Crystal Structure of Rat Glycine N-Methyltransferase Complexed With Folate 提交 2006-09-15	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 1–292（292 aa）链 B 1–292（292 aa）链 C 1–292（292 aa）链 D 1–292（292 aa）	未记录	C2F 5-METHYL-5,6,7,8-TETRAHYDROFOLIC ACID × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；295 K；20% PEG 3350, 0.1 M Ca acetate, 0.025 M Tris, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 295K	分辨率 2.55 Å R-free 0.298
3THR Crystal structure of rat native liver Glycine N-methyltransferase complexed with 5-methyltetrahydrofolate monoglutamate 提交 2011-08-19	配体/离子不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 2–293（292 aa）链 B 2–293（292 aa）链 C 2–293（292 aa）链 D 2–293（292 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	C2F 5-METHYL-5,6,7,8-TETRAHYDROFOLIC ACID × 4 TAM TRIS(HYDROXYETHYL)AMINOMETHANE × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；295 K；20% PEG 3350, 0.2 M Na-fluoride or Ca-acetate, 100 mM Tris-HCl, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 295K	分辨率 2.00 Å R-free 0.241

共 11 个其他 PDB 条目、13 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	GNMT_RAT
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 2–293； UniProt 2–293 作者链 B； PDB构建体 2–293； UniProt 2–293 作者链 C； PDB构建体 2–293； UniProt 2–293 作者链 D； PDB构建体 2–293； UniProt 2–293

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	3ths
沉积日期 deposition_date	2011-08-19
结构标题 title	Crystal structure of rat native liver Glycine N-methyltransferase complexed with 5-methyltetrahydrofolate pentaglutamate
关键词 keywords	Glycine N-methyltransferase, GNMT, Folate, Folate binding, Transferase, TRANSFERASE-TRANSFERASE INHIBITOR complex; TRANSFERASE/TRANSFERASE INHIBITOR
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	35.54 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	35.00 Å
零角强度 I(0) i0	483945000.00
分子量 molecular_weight	118770.0 kDa
排除体积 excluded_volume	114660 Å³
包络体积 envelope_volume	204220 Å³
水化壳体积 shell_volume	47574 Å³
包络直径 envelope_diameter	111.3 Å
壳层 Rg shell_rg	42.62 Å
包络 Rg envelope_rg	34.37 Å
形状 Rg shape_rg	34.99 Å
总 Rg total_rg	35.37 Å
总原子数 total_atoms	8999
残基数 n_residues	1135
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	111.9 Å
Rg (实空间) rg_real	35.44 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.65 Å
I(0) (实空间) i0_real	4.8390e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	7.5400e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	35.51 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	484000000.0000
解质量估计 total_estimate	0.6911
解质量评级 solution_quality	REASONABLE a REASONABLE solution
P(r) 峰数 n_peaks	1
主峰位置 r_peak_primary	47.2 Å
偏度 Skewness skewness	0.160
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.659
角度范围 angular_range	— – 0.2250 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0001
最高正则化参数 α highest_alpha	160200000.0000
实空间数据点数 n_real_points	46
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.948; Stabil: 1.000; Sysdev: 0.062; Positv: 1.000; Valcen: 1.000; Smooth: 0.950

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Glycine N-methyltransferase
分子量 formula_weight	32486.9 kDa
EC 编号 ec_number	2.1.1.20
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	4

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B,C,D
原子数 atom_count	9091

XVDSVYRTRSLGVAAEGIPDQYADGEAARVWQLYIGDTRSRTAEYKAWLLGLLRQHGCHRVLDVACGTGVDSIMLVEEGFSVTSVDASDKMLKYALKERWNRRKEPAFDKWVIEEANWLTLDKDVPAGDGFDAVICLGNSFAHLPDSKGDQSEHRLALKNIASMVRPGGLLVIDHRNYDYILSTGCAPPGKNIYYKSDLTKDITTSVLTVNNKAHMVTLDYTVQVPGAGRDGAPGFSKFRLSYYPHCLASFTELVQEAFGGRCQHSVLGDFKPYRPGQAYVPCYFIHVLKKTG

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	5-methyltetrahydrofolate pentaglutamate
分子量 formula_weight	975.9 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	E,F

XEEEEE

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	BETA-MERCAPTOETHANOL
分子量 formula_weight	78.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 4 Entity 4 non-polymer

描述 description	TRIS(HYDROXYETHYL)AMINOMETHANE
分子量 formula_weight	163.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 5 Entity 5 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	88

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 12 domains

SCOP 2.08 (4 domains)

结构域编号 domain_id	d3thsa_
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.66 — S-adenosyl-L-methionine-dependent methyltransferases
超家族 Superfamily superfamily	c.66.1 — S-adenosyl-L-methionine-dependent methyltransferases
家族 Family family	c.66.1.5 — Glycine N-methyltransferase

结构域编号 domain_id	d3thsb_
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.66 — S-adenosyl-L-methionine-dependent methyltransferases
超家族 Superfamily superfamily	c.66.1 — S-adenosyl-L-methionine-dependent methyltransferases
家族 Family family	c.66.1.5 — Glycine N-methyltransferase

结构域编号 domain_id	d3thsc_
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.66 — S-adenosyl-L-methionine-dependent methyltransferases
超家族 Superfamily superfamily	c.66.1 — S-adenosyl-L-methionine-dependent methyltransferases
家族 Family family	c.66.1.5 — Glycine N-methyltransferase

结构域编号 domain_id	d3thsd_
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.66 — S-adenosyl-L-methionine-dependent methyltransferases
超家族 Superfamily superfamily	c.66.1 — S-adenosyl-L-methionine-dependent methyltransferases
家族 Family family	c.66.1.5 — Glycine N-methyltransferase

CATH v4.4 (8 domains)

结构域编号 domain_id	3thsA01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	46 — Glycine N-methyltransferase; chain A, domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Glycine N-methyltransferase, chain A, domain 1

结构域编号 domain_id	3thsA02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	150 — Vaccinia Virus protein VP39

结构域编号 domain_id	3thsB01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	46 — Glycine N-methyltransferase; chain A, domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Glycine N-methyltransferase, chain A, domain 1

结构域编号 domain_id	3thsB02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	150 — Vaccinia Virus protein VP39

结构域编号 domain_id	3thsC01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	46 — Glycine N-methyltransferase; chain A, domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Glycine N-methyltransferase, chain A, domain 1

结构域编号 domain_id	3thsC02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	150 — Vaccinia Virus protein VP39

结构域编号 domain_id	3thsD01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	46 — Glycine N-methyltransferase; chain A, domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Glycine N-methyltransferase, chain A, domain 1

结构域编号 domain_id	3thsD02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	150 — Vaccinia Virus protein VP39

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8. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	193.036 Å
晶胞边长 b length_b	61.047 Å
晶胞边长 c length_c	146.352 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	128.92 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	16

空间群 space_group	C 1 2 1
空间群编号 int_tables_number	5
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.500 Å
最低分辨率 resolution_low	48.220 Å
R 因子 r_factor	0.2303
R_work r_work	0.2278
R_free r_free	0.2798

fit	/app/data/saxs_computation/th/3ths/3ths.fit
pddf	/app/data/pr_computation/th/3ths/3ths.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/th/3ths/3ths.dat

Crystal structure of rat native liver Glycine N-methyltransferase complexed with 5-methyltetrahydrofolate pentaglutamate

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Glycine N-methyltransferase

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 water

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 12 domains

SCOP 2.08 (4 domains)

CATH v4.4 (8 domains)

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)