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3tud

Crystal structure of SYK kinase domain with N-(4-methyl-3-(8-methyl-7-oxo-2-(phenylamino)-7,8-dihydropyrido[2,3-d]pyrimidin-6-yl)phenyl)-3-(trifluoromethyl)benzamide

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 65.9 Å Quality: GOOD
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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Tyrosine-protein kinase SYK

Homo sapiens

UniProt P43405

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白单体 单体 蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白拷贝数一致 链 A； UniProt 343–635 片段：Spleen Tyrosine Kinase FPX N-{4-methyl-3-[8-methyl-7-oxo-2-(phenylamino)-7,8-dihydropyrido[2,3-d]pyrimidin-6-yl]phenyl}-3-(trifluoromethyl)benzamide × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.6；291 K；30% PEG MME 2000, 0.1M bis-Tris pH 6.6, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 291K 分辨率 2.33 Å R-free 0.263

数据库中的同蛋白其他状态

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其他 PDB 相对当前条目 3TUD Assembly / 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与非聚合物 实验方法与环境 结构质量
1A81 CRYSTAL STRUCTURE OF THE TANDEM SH2 DOMAIN OF THE SYK KINASE BOUND TO A DUALLY TYROSINE-PHOSPHORYLATED ITAM 提交 1998-03-31 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric
链 G 9–262（254 aa） 片段：TANDEM SH2 DOMAIN
链 I 9–262（254 aa） 片段：TANDEM SH2 DOMAIN
链 K 9–262（254 aa） 片段：TANDEM SH2 DOMAIN
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 8.5；10% (W/V) PEG800, 10% (V/V) PEG 200, 0.1M TRIS HCL PH 8.5
分辨率 3.00 Å R-free 0.317
1A81 CRYSTAL STRUCTURE OF THE TANDEM SH2 DOMAIN OF THE SYK KINASE BOUND TO A DUALLY TYROSINE-PHOSPHORYLATED ITAM 提交 1998-03-31 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric
链 A 9–262（254 aa） 片段：TANDEM SH2 DOMAIN
链 C 9–262（254 aa） 片段：TANDEM SH2 DOMAIN
链 E 9–262（254 aa） 片段：TANDEM SH2 DOMAIN
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 8.5；10% (W/V) PEG800, 10% (V/V) PEG 200, 0.1M TRIS HCL PH 8.5
分辨率 3.00 Å R-free 0.317
1A81 CRYSTAL STRUCTURE OF THE TANDEM SH2 DOMAIN OF THE SYK KINASE BOUND TO A DUALLY TYROSINE-PHOSPHORYLATED ITAM 提交 1998-03-31 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 3 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 C 9–262（254 aa） 片段：TANDEM SH2 DOMAIN
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 8.5；10% (W/V) PEG800, 10% (V/V) PEG 200, 0.1M TRIS HCL PH 8.5
分辨率 3.00 Å R-free 0.317
1A81 CRYSTAL STRUCTURE OF THE TANDEM SH2 DOMAIN OF THE SYK KINASE BOUND TO A DUALLY TYROSINE-PHOSPHORYLATED ITAM 提交 1998-03-31 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 4 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 K 9–262（254 aa） 片段：TANDEM SH2 DOMAIN
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 8.5；10% (W/V) PEG800, 10% (V/V) PEG 200, 0.1M TRIS HCL PH 8.5
分辨率 3.00 Å R-free 0.317
1A81 CRYSTAL STRUCTURE OF THE TANDEM SH2 DOMAIN OF THE SYK KINASE BOUND TO A DUALLY TYROSINE-PHOSPHORYLATED ITAM 提交 1998-03-31 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 5 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 G 9–262（254 aa） 片段：TANDEM SH2 DOMAIN
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 8.5；10% (W/V) PEG800, 10% (V/V) PEG 200, 0.1M TRIS HCL PH 8.5
分辨率 3.00 Å R-free 0.317
1A81 CRYSTAL STRUCTURE OF THE TANDEM SH2 DOMAIN OF THE SYK KINASE BOUND TO A DUALLY TYROSINE-PHOSPHORYLATED ITAM 提交 1998-03-31 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 6 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 9–262（254 aa） 片段：TANDEM SH2 DOMAIN
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 8.5；10% (W/V) PEG800, 10% (V/V) PEG 200, 0.1M TRIS HCL PH 8.5
分辨率 3.00 Å R-free 0.317
1A81 CRYSTAL STRUCTURE OF THE TANDEM SH2 DOMAIN OF THE SYK KINASE BOUND TO A DUALLY TYROSINE-PHOSPHORYLATED ITAM 提交 1998-03-31 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 7 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 I 9–262（254 aa） 片段：TANDEM SH2 DOMAIN
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 8.5；10% (W/V) PEG800, 10% (V/V) PEG 200, 0.1M TRIS HCL PH 8.5
分辨率 3.00 Å R-free 0.317
1A81 CRYSTAL STRUCTURE OF THE TANDEM SH2 DOMAIN OF THE SYK KINASE BOUND TO A DUALLY TYROSINE-PHOSPHORYLATED ITAM 提交 1998-03-31 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 8 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 E 9–262（254 aa） 片段：TANDEM SH2 DOMAIN
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 8.5；10% (W/V) PEG800, 10% (V/V) PEG 200, 0.1M TRIS HCL PH 8.5
分辨率 3.00 Å R-free 0.317
1CSY SYK TYROSINE KINASE C-TERMINAL SH2 DOMAIN COMPLEXED WITH A PHOSPHOPEPTIDEFROM THE GAMMA CHAIN OF THE HIGH AFFINITY IMMUNOGLOBIN G RECEPTOR, NMR 提交 1995-10-03 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 163–265（103 aa） 片段：C-TERMINAL SH2 DOMAIN
未记录 未记录非水小分子 SOLUTION NMR mmCIF 未提供已读取条件 分辨率未提供
1CSZ SYK TYROSINE KINASE C-TERMINAL SH2 DOMAIN COMPLEXED WITH A PHOSPHOPEPTIDEFROM THE GAMMA CHAIN OF THE HIGH AFFINITY IMMUNOGLOBIN G RECEPTOR, NMR 提交 1995-10-03 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 163–265（103 aa） 片段：C-TERMINAL SH2 DOMAIN
未记录 未记录非水小分子 SOLUTION NMR mmCIF 未提供已读取条件 分辨率未提供
1XBA Crystal structure of apo syk tyrosine kinase domain 提交 2004-08-30 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 353–635（283 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 8.5；15% peg 3350, 100mM Tris HCl (pH 8.5)
分辨率 2.00 Å R-free 0.278
1XBB Crystal structure of the syk tyrosine kinase domain with Gleevec 提交 2004-08-30 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 353–635（283 aa）
未记录 STI 4-(4-METHYL-PIPERAZIN-1-YLMETHYL)-N-[4-METHYL-3-(4-PYRIDIN-3-YL-PYRIMIDIN-2-YLAMINO)-PHENYL]-BENZAMIDE × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 8.5；15% peg 3350, 100mM Tris HCl (pH 8.5)
分辨率 1.57 Å R-free 0.221
1XBC Crystal structure of the syk tyrosine kinase domain with Staurosporin 提交 2004-08-30 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 353–635（283 aa）
未记录 STU STAUROSPORINE × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 8.5；15% peg 3350, 100mM Tris HCl (pH 8.5)
分辨率 2.00 Å R-free 0.294
3BUW Crystal structure of c-Cbl-TKB domain complexed with its binding motif in Syk 提交 2008-01-03 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 317–329（13 aa） 片段：UNP residues 317-329, pTyr-323 phosphopeptide
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；298 K；0.12M ammonium acetate, 18% PEG 3350, pH 6.5, vapor diffusion, hanging drop, temperature 298K
分辨率 1.45 Å R-free 0.238
3BUW Crystal structure of c-Cbl-TKB domain complexed with its binding motif in Syk 提交 2008-01-03 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 3 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 C 317–329（13 aa） 片段：UNP residues 317-329, pTyr-323 phosphopeptide
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；298 K；0.12M ammonium acetate, 18% PEG 3350, pH 6.5, vapor diffusion, hanging drop, temperature 298K
分辨率 1.45 Å R-free 0.238
3BUW Crystal structure of c-Cbl-TKB domain complexed with its binding motif in Syk 提交 2008-01-03 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 5 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 317–329（13 aa） 片段：UNP residues 317-329, pTyr-323 phosphopeptide
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；298 K；0.12M ammonium acetate, 18% PEG 3350, pH 6.5, vapor diffusion, hanging drop, temperature 298K
分辨率 1.45 Å R-free 0.238
3BUW Crystal structure of c-Cbl-TKB domain complexed with its binding motif in Syk 提交 2008-01-03 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 6 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 C 317–329（13 aa） 片段：UNP residues 317-329, pTyr-323 phosphopeptide
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；298 K；0.12M ammonium acetate, 18% PEG 3350, pH 6.5, vapor diffusion, hanging drop, temperature 298K
分辨率 1.45 Å R-free 0.238
3EMG Discovery and SAR of novel 4-thiazolyl-2-phenylaminopyrimidines as potent inhibitors of spleen tyrosine kinase (SYK) 提交 2008-09-24 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 349–635（287 aa） 片段：Kinase domain: Residues 349-635
未记录 685 2-{2-[(3,5-dimethylphenyl)amino]pyrimidin-4-yl}-N-[(1S)-2-hydroxy-1-methylethyl]-4-methyl-1,3-thiazole-5-carboxamide × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；298 K；10 mg/mL Protein, 15-20% PEG 8000, 100 mM Sodium nitrate, 100 mM HEPES pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298.0K
分辨率 2.60 Å R-free 0.222
3FQE Crystal structure of spleen tyrosine kinase complexed with YM193306 提交 2009-01-07 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 356–635（280 aa） 片段：UNP residues 365-635, Protein kinase domain
未记录 P5C 2-{[(1R,2S)-2-aminocyclohexyl]amino}-4-[(3-methylphenyl)amino]pyrimidine-5-carboxamide × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；283 K；28% PEG 4000, 0.2M AMMONIUM SULFATE, 0.1M HEPES, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 283K
分辨率 2.50 Å R-free 0.253
3FQH Crystal structure of spleen tyrosine kinase complexed with a 2-substituted 7-azaindole 提交 2009-01-07 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 356–635（280 aa） 片段：UNP residues 365-635, Protein kinase domain
未记录 057 N-(2-hydroxy-1,1-dimethylethyl)-1-methyl-3-(1H-pyrrolo[2,3-b]pyridin-2-yl)-1H-indole-5-carboxamide × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；283 K；25% PEG 4000, 0.2M AMMONIUM SULFATE, 0.1M HEPES, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 283K
分辨率 2.26 Å R-free 0.259
3FQH Crystal structure of spleen tyrosine kinase complexed with a 2-substituted 7-azaindole 提交 2009-01-07 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 B 356–635（280 aa） 片段：UNP residues 365-635, Protein kinase domain
未记录 057 N-(2-hydroxy-1,1-dimethylethyl)-1-methyl-3-(1H-pyrrolo[2,3-b]pyridin-2-yl)-1H-indole-5-carboxamide × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；283 K；25% PEG 4000, 0.2M AMMONIUM SULFATE, 0.1M HEPES, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 283K
分辨率 2.26 Å R-free 0.259
3FQS Crystal structure of spleen tyrosine kinase complexed with R406 提交 2009-01-07 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 356–635（280 aa） 片段：UNP residues 365-635, Protein kinase domain
未记录 585 6-({5-fluoro-2-[(3,4,5-trimethoxyphenyl)amino]pyrimidin-4-yl}amino)-2,2-dimethyl-2H-pyrido[3,2-b][1,4]oxazin-3(4H)-one × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；283 K；24% PEG 4000, 0.2M AMMONIUM SULFATE, 0.1M HEPES, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 283K
分辨率 2.10 Å R-free 0.253
3SRV Crystal structure of spleen tyrosine kinase (SYK) in complex with a diaminopyrimidine carboxamide inhibitor 提交 2011-07-07 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 360–635（276 aa） 片段：KINASE DOMAIN (UNP Residues 360-635)
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） S19 2-{[(3R,4R)-3-aminotetrahydro-2H-pyran-4-yl]amino}-4-[(4-methylphenyl)amino]pyrimidine-5-carboxamide × 1 GOL GLYCEROL × 3 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；293 K；20% PEG3350, 0.2M Na-K-Phosphate, 0.1M Bis-Tris-Propane pH 6.5, 5mM DTT, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
分辨率 1.95 Å R-free 0.241
3SRV Crystal structure of spleen tyrosine kinase (SYK) in complex with a diaminopyrimidine carboxamide inhibitor 提交 2011-07-07 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 B 360–635（276 aa） 片段：KINASE DOMAIN (UNP Residues 360-635)
未记录 S19 2-{[(3R,4R)-3-aminotetrahydro-2H-pyran-4-yl]amino}-4-[(4-methylphenyl)amino]pyrimidine-5-carboxamide × 1 GOL GLYCEROL × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；293 K；20% PEG3350, 0.2M Na-K-Phosphate, 0.1M Bis-Tris-Propane pH 6.5, 5mM DTT, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
分辨率 1.95 Å R-free 0.241
3TUB Crystal structure of SYK kinase domain with 1-(5-(6,7-dimethoxyquinolin-4-yloxy)pyridin-2-yl)-3-((1R,2S)-2-phenylcyclopropyl)urea 提交 2011-09-16 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 343–635（293 aa） 片段：Spleen Tyrosine Kinase
未记录 FPU 1-{5-[(6,7-dimethoxyquinolin-4-yl)oxy]pyridin-2-yl}-3-[(1R,2S)-2-phenylcyclopropyl]urea × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；291 K；25% PEG 3350, 0.2M NaCl, 0.1M bis-Tris pH6.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 291K
分辨率 2.23 Å R-free 0.232
3TUC Crystal structure of SYK kinase domain with 1-benzyl-N-(5-(6,7-dimethoxyquinolin-4-yloxy)pyridin-2-yl)-2-oxo-1,2-dihydropyridine-3-carboxamide 提交 2011-09-16 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 343–635（293 aa） 片段：Spleen Tyrosine Kinase
未记录 FPW 1-benzyl-N-{5-[(6,7-dimethoxyquinolin-4-yl)oxy]pyridin-2-yl}-2-oxo-1,2-dihydropyridine-3-carboxamide × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；291 K；25% PEG 1500, 0.1M bis-Tris pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 291K
分辨率 2.10 Å R-free 0.285
3VF8 Crystal Structure of Spleen Tyrosine Kinase Syk Catalytic Domain with Pyrazolylbenzimidazole Inhibitor 416 提交 2012-01-09 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 343–635（293 aa） 片段：unp residues 343-635
未记录 0JE 3-[5-(5-ethoxy-6-fluoro-1H-benzimidazol-2-yl)-1H-pyrazol-4-yl]-1,1-diethylurea × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 4.7；292 K；20% PEG3350, 0.1 M Na-citrate, 0.175 M K-phosphate, pH 4.7, VAPOR DIFFUSION, temperature 292K
分辨率 2.08 Å R-free 0.241
3VF9 Crystal Structure of Spleen Tyrosine Kinase Syk Catalytic Domain with Thienopyrazolylindole Inhibitor 027 提交 2012-01-09 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 343–635（293 aa） 片段：unp residues 343-635
未记录 477 3-{2-[5-(difluoromethyl)-2H-thieno[3,2-c]pyrazol-3-yl]-1H-indol-6-yl}pentan-3-ol × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 4.7；292 K；19% PEG3350, 0.1 M Na-citrate, 0.175 M K-phosphate, pH 4.7, VAPOR DIFFUSION, temperature 292K
分辨率 2.30 Å R-free 0.267
4DFL Crystal structure of spleen tyrosine kinase complexed with a sulfonamidopyrazine piperidine inhibitor 提交 2012-01-24 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 363–635（273 aa）
未记录 0K0 3-amino-6-{3-[(methylsulfonyl)amino]phenyl}-N-(piperidin-4-ylmethyl)pyrazine-2-carboxamide × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1 SO4 SULFATE ION × 1 X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件 分辨率 1.98 Å R-free 0.243
4DFN Crystal structure of spleen tyrosine kinase complexed with an adamantylpyrazine inhibitor 提交 2012-01-24 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 363–635（273 aa）
未记录 0K1 3-amino-6-[3-(1-methyl-1H-pyrazol-4-yl)phenyl]-N-[(1R,2r,3S,5s,7s)-5-hydroxyadamantan-2-yl]pyrazine-2-carboxamide × 1 X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件 分辨率 2.48 Å R-free 0.273
4F4P SYK in COMPLEX WITH LIGAND LASW836 提交 2012-05-11 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 365–635（271 aa）
未记录 0SB N-{6-[3-(piperazin-1-yl)phenyl]pyridin-2-yl}-4-(trifluoromethyl)pyridin-2-amine × 1 SO4 SULFATE ION × 1 X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件 分辨率 2.37 Å R-free 0.285
4FL1 Structural and Biophysical Characterization of the Syk Activation Switch 提交 2012-06-14 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 356–635（280 aa）
未记录 ANP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；298 K；0.1 M HEPES, 28% PEG 3350, 0.2 M ammonium sulfate, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
分辨率 1.79 Å R-free 0.225
4FL2 Structural and Biophysical Characterization of the Syk Activation Switch 提交 2012-06-14 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 1–635（635 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 1 ANP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；293 K；12% PEG 3350, 100 mM Hepes, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
分辨率 2.19 Å R-free 0.228
4FL3 Structural and Biophysical Characterization of the Syk Activation Switch 提交 2012-06-14 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 1–635（635 aa）
突变：Y348F, Y352F ANP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；293 K；8% PEG 3350, 100 mM Hepes, 200 mM proline, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
分辨率 1.90 Å R-free 0.208
4FYN Crystal structure of spleen tyrosine kinase complexed with 3-(8-{4-[Ethyl-(2-hydroxy-ethyl)-amino]-phenylamino}-imidazo[1,2-a]pyrazin-5-yl)-phenol 提交 2012-07-05 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 356–635（280 aa） 片段：RESIDUES 356-635, PROTEIN KINASE DOMAIN
未记录 0VE 3-[8-({4-[ethyl(2-hydroxyethyl)amino]phenyl}amino)imidazo[1,2-a]pyrazin-5-yl]phenol × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；283 K；28% PEG 4000, 0.2M ammonium sulfate, 0.1M HEPES, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 283K
分辨率 2.32 Å R-free 0.269
4FYO Crystal structure of spleen tyrosine kinase complexed with N-{(S)-1-[7-(3,4-Dimethoxy-phenylamino)-thiazolo[5,4-d]pyrimidin-5-yl]-pyrrolidin-3-yl}-terephthalamic acid 提交 2012-07-05 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 356–635（280 aa） 片段：RESIDUES 356-635, PROTEIN KINASE DOMAIN
未记录 0VF 4-{[(3S)-1-{7-[(3,4-dimethoxyphenyl)amino][1,3]thiazolo[5,4-d]pyrimidin-5-yl}pyrrolidin-3-yl]carbamoyl}benzoic acid × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；283 K；28% PEG 4000, 0.2M ammonium sulfate, 0.1M HEPES, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 283K
分辨率 1.40 Å R-free 0.240
4FZ6 Crystal structure of spleen tyrosine kinase complexed with [6-((S)-2-Methyl-pyrrolidin-1-yl)-pyridin-2-yl]-(6-phenyl-imidazo[1,2-b]pyridazin-8-yl)-amine 提交 2012-07-06 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 356–635（280 aa） 片段：RESIDUES 356-635, PROTEIN KINASE DOMAIN
未记录 0VG N-{6-[(2S)-2-methylpyrrolidin-1-yl]pyridin-2-yl}-6-phenylimidazo[1,2-b]pyridazin-8-amine × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；283 K；28% PEG 4000, 0.2M ammonium sulfate, 0.1M HEPES, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 283K
分辨率 1.85 Å R-free 0.253
4FZ7 Crystal structure of spleen tyrosine kinase complexed with 6-((1R,2S)-2-Amino-cyclohexylamino)-4-(6-ethyl-pyridin-2-ylamino)-pyridazine-3-carboxylic acid amide 提交 2012-07-06 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 356–635（280 aa） 片段：RESIDUES 365-635, PROTEIN KINASE DOMAIN
未记录 0VH 6-{[(1R,2S)-2-aminocyclohexyl]amino}-4-[(6-ethylpyridin-2-yl)amino]pyridazine-3-carboxamide × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；283 K；28% PEG 4000, 0.2M ammonium sulfate, 0.1M HEPES, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 283K
分辨率 1.75 Å R-free 0.250
4GFG Crystal structure of spleen tyrosine kinase complexed with r9021 提交 2012-08-03 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 356–635（280 aa） 片段：Kinase domain
未记录 0XF 6-{[(1R,2S)-2-aminocyclohexyl]amino}-4-[(5,6-dimethylpyridin-2-yl)amino]pyridazine-3-carboxamide × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 4；278 K；12% PEG 3350, 0.1M sodium malonate, pH 4.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 278K
分辨率 2.35 Å R-free 0.246
4I0R Crystal structure of spleen tyrosine kinase complexed with 2-(3,4,5-Trimethoxy-phenyl)-5H-pyrrolo[2,3-b]pyrazine-7-carboxylic acid isopropylamide 提交 2012-11-19 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 356–635（280 aa） 片段：protein kinase domain (UNP residues 356-635)
未记录 1B4 N-(propan-2-yl)-2-(3,4,5-trimethoxyphenyl)-5H-pyrrolo[2,3-b]pyrazine-7-carboxamide × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；283 K；28% PEG4000, 0.2 M ammonium sulfate, 0.1 M HEPES, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 283K
分辨率 2.10 Å R-free 0.272
4I0S Crystal structure of spleen tyrosine kinase complexed with 2-(6-Chloro-1-methyl-1H-indazol-3-yl)-5H-pyrrolo[2,3-b]pyrazine-7-carboxylic acid isopropylamide 提交 2012-11-19 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 356–635（280 aa） 片段：protein kinase domain (UNP residues 356-635)
未记录 1B5 2-(6-chloro-1-methyl-1H-indazol-3-yl)-N-(propan-2-yl)-5H-pyrrolo[2,3-b]pyrazine-7-carboxamide × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；283 K；28% PEG4000, 0.2 M ammonium sulfate, 0.1 M HEPES, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 283K
分辨率 1.98 Å R-free 0.236
4I0T Crystal structure of spleen tyrosine kinase complexed with 2-(5,6,7,8-Tetrahydro-imidazo[1,5-a]pyridin-1-yl)-5H-pyrrolo[2,3-b]pyrazine-7-carboxylic acid tert-butylamide 提交 2012-11-19 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 356–635（280 aa） 片段：protein kinase domain (UNP residues 356-635)
未记录 1B6 N-tert-butyl-2-(5,6,7,8-tetrahydroimidazo[1,5-a]pyridin-1-yl)-5H-pyrrolo[2,3-b]pyrazine-7-carboxamide × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；283 K；28% PEG4000, 0.2 M ammonium sulfate, 0.1 M HEPES, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 283K
分辨率 1.70 Å R-free 0.268
4PUZ Crystal structure of spleen tyrosine kinase (Syk) in complex with GS-9973 提交 2014-03-14 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 353–635（283 aa） 片段：Syk kinase domain, UNP residues 356-635
未记录 CG9 6-(1H-indazol-6-yl)-N-[4-(morpholin-4-yl)phenyl]imidazo[1,2-a]pyrazin-8-amine × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；293 K；15% PEG 3350, 100mM Tris pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
分辨率 2.08 Å R-free 0.261
4PUZ Crystal structure of spleen tyrosine kinase (Syk) in complex with GS-9973 提交 2014-03-14 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 B 353–635（283 aa） 片段：Syk kinase domain, UNP residues 356-635
未记录 CG9 6-(1H-indazol-6-yl)-N-[4-(morpholin-4-yl)phenyl]imidazo[1,2-a]pyrazin-8-amine × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；293 K；15% PEG 3350, 100mM Tris pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
分辨率 2.08 Å R-free 0.261
4PV0 Crystal structure of spleen tyrosine kinase (Syk) in complex with an imidazopyrazine inhibitor 提交 2014-03-14 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 363–635（273 aa） 片段：Syk kinase domain, UNP residues 363-635
未记录 CG4 4-[(3-{8-[(3,4-dimethoxyphenyl)amino]imidazo[1,2-a]pyrazin-6-yl}benzoyl)amino]benzoic acid × 1 CL CHLORIDE ION × 5 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP
分辨率 2.00 Å R-free 0.282
4PX6 SYK catalytic domain in complex with a potent pyridopyrimidinone inhibitor 提交 2014-03-21 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 356–635（280 aa） 片段：Catalytic Domain
突变：K467T 2X6 7-{[(1R,2S)-2-aminocyclohexyl]amino}-5-(1H-indol-7-ylamino)pyrido[4,3-d]pyrimidin-4(3H)-one × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.2；293 K；20% PEG3350, 0.2M ammonium fluoride, pH 6.2, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K
分辨率 1.60 Å R-free 0.202
4RSS Crystal structure of tyrosine-protein kinase SYK with an inhibitor 提交 2014-11-11 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 356–635（280 aa） 片段：UNP RESIDUES 356-635
未记录 4MG 1-[(3-methyl-1-{2-[(1,2,3-trimethyl-1H-indol-5-yl)amino]pyrimidin-4-yl}-1H-pyrazol-4-yl)methyl]azetidin-3-ol × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；277 K；10-20% (v/v) PEG 3350, 100mM Tris-HCl (pH 8.5) , VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K
分辨率 1.83 Å R-free 0.249
4RX7 SYK Catalytic Domain Complexed with a Potent Triazine Inhibitor 提交 2014-12-09 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 356–635（280 aa） 片段：Protein kinase domain residues 356-635
未记录 FMT FORMIC ACID × 1 GOL GLYCEROL × 1 3YV 3-{[(1R,2S)-2-aminocyclohexyl]amino}-5-{[3-(2H-1,2,3-triazol-2-yl)phenyl]amino}-1,2,4-triazine-6-carboxamide × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 6；293 K；20% PEG 3350, 0.2M ammonium formate, pH 6.0, vapor diffusion, temperature 293K
分辨率 1.80 Å R-free 0.203
4RX8 SYK Catalytic Domain Complexed with a Potent Triazine Inhibitor2 提交 2014-12-09 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 356–635（280 aa） 片段：Protein kinase domain residues 356-635
未记录 GOL GLYCEROL × 2 3YX 3-{[(1R,2S)-2-aminocyclohexyl]amino}-5-(1H-indol-7-ylamino)-1,2,4-triazine-6-carboxamide × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 7.3；293 K；20% PEG 3350, 0.2M potassium formate, pH 7.3, vapor diffusion, temperature 293K
分辨率 1.59 Å R-free 0.207
4RX9 SYK Catalytic Domain Complexed with a Potent Pyrimidine Inhibitor 提交 2014-12-09 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 356–635（280 aa）
未记录 GOL GLYCEROL × 1 3YT 2-{[(1R,2S)-2-aminocyclohexyl]amino}-4-{[3-(2H-1,2,3-triazol-2-yl)phenyl]amino}pyrimidine-5-carboxamide × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 6；293 K；20% PEG 3350, 0.2M ammonium formate, pH 6.0, vapor diffusion, temperature 293K
分辨率 1.75 Å R-free 0.197
4WNM SYK catalytic domain in complex with a potent triazolopyridine inhibitor 提交 2014-10-13 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 343–635（293 aa）
未记录 3RT N~3~-(tetrahydro-2H-pyran-4-yl)-N~6~-[5-(tetrahydro-2H-pyran-4-ylmethyl)[1,2,4]triazolo[1,5-a]pyridin-2-yl]-1H-indazole-3,6-diamine × 1 SO4 SULFATE ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；278 K；100 mM MES pH 5.3, 150 mM Ammonium sulfate, and 22% PEG 3350
分辨率 2.50 Å R-free 0.260
4XG2 Crystal structure of ligand-free Syk 提交 2014-12-30 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 356–635（280 aa） 片段：protein kinase domain, residues 356-635
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；278 K；10~20%(v/v) PEG3350, 100 mM Tris-HCl
分辨率 2.21 Å R-free 0.227
4XG3 Crystal structure of an inhibitor-bound Syk 提交 2014-12-30 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 356–635（280 aa） 片段：protein kinase domain, residues 356-635
未记录 X3G 4-{[5-fluoro-4-(3-{[(3R)-3-hydroxypyrrolidin-1-yl]methyl}-4-methyl-1H-pyrrol-1-yl)pyrimidin-2-yl]amino}-2,6-dimethylphenyl methanesulfonate × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；278 K；10~20% (v/v) PEG3350, 100 mM Tris-HCl
分辨率 2.30 Å R-free 0.226
4XG3 Crystal structure of an inhibitor-bound Syk 提交 2014-12-30 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 B 356–635（280 aa） 片段：protein kinase domain, residues 356-635
未记录 X3G 4-{[5-fluoro-4-(3-{[(3R)-3-hydroxypyrrolidin-1-yl]methyl}-4-methyl-1H-pyrrol-1-yl)pyrimidin-2-yl]amino}-2,6-dimethylphenyl methanesulfonate × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；278 K；10~20% (v/v) PEG3350, 100 mM Tris-HCl
分辨率 2.30 Å R-free 0.226
4XG4 Crystal structure of an inhibitor-bound Syk 提交 2014-12-30 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 356–635（280 aa） 片段：protein kinase domain, residues 356-635
未记录 X4G (3R)-1-{[1-(5-fluoro-2-{[4-(2-hydroxyethoxy)-3,5-dimethylphenyl]amino}pyrimidin-4-yl)-4-methyl-1H-pyrrol-3-yl]methyl}pyrrolidin-3-ol × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；278 K；10~20%(v/v) PEG3350, 100 mM Tris-HCl
分辨率 2.30 Å R-free 0.228
4XG6 Crystal structure of an inhibitor-bound Syk 提交 2014-12-30 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 356–635（280 aa） 片段：protein kinase domain, residues 356-635
未记录 X6G 1-[(1-{2-[(3,5-dimethylphenyl)amino]pyrimidin-4-yl}-3-methyl-1H-pyrazol-4-yl)methyl]azetidin-3-ol × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；278 K；10~20%(v/v) PEG3350, 100 mM Tris-HCl
分辨率 2.40 Å R-free 0.230
4XG7 Crystal structure of an inhibitor-bound Syk 提交 2014-12-30 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 356–635（280 aa） 片段：protein kinase domain, residues 356-635
未记录 X7G 1-[(3-methyl-1-{2-[(1-methyl-1H-indazol-5-yl)amino]pyrimidin-4-yl}-1H-pyrazol-4-yl)methyl]azetidin-3-ol × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；278 K；10~20%(v/v) PEG3350, 100 mM Tris-HCl
分辨率 1.76 Å R-free 0.242
4XG8 Crystal structure of an inhibitor-bound Syk 提交 2014-12-30 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 356–635（280 aa） 片段：protein kinase domain, residues 356-635
未记录 X8G 1-[(1-{2-[(3-chloro-1-methyl-1H-indazol-5-yl)amino]pyrimidin-4-yl}-3-methyl-1H-pyrazol-4-yl)methyl]azetidin-3-ol × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；278 K；10~20%(v/v) PEG3350, 100 mM Tris-HCl
分辨率 2.40 Å R-free 0.275
4XG8 Crystal structure of an inhibitor-bound Syk 提交 2014-12-30 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 C 356–635（280 aa） 片段：protein kinase domain, residues 356-635
未记录 X8G 1-[(1-{2-[(3-chloro-1-methyl-1H-indazol-5-yl)amino]pyrimidin-4-yl}-3-methyl-1H-pyrazol-4-yl)methyl]azetidin-3-ol × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；278 K；10~20%(v/v) PEG3350, 100 mM Tris-HCl
分辨率 2.40 Å R-free 0.275
4XG9 Crystal structure of an inhibitor-bound Syk 提交 2014-12-30 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 356–635（280 aa） 片段：protein kinase domain, residues 356-635
未记录 X9G 1-[(1-{2-[(3-chloro-1,2-dimethyl-1H-indol-5-yl)amino]pyrimidin-4-yl}-3-methyl-1H-pyrazol-4-yl)methyl]azetidin-3-ol × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；278 K；10~20%(v/v) PEG3350, 100 mM Tris-HCl
分辨率 2.91 Å R-free 0.241
4XG9 Crystal structure of an inhibitor-bound Syk 提交 2014-12-30 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 B 356–635（280 aa） 片段：protein kinase domain, residues 356-635
未记录 X9G 1-[(1-{2-[(3-chloro-1,2-dimethyl-1H-indol-5-yl)amino]pyrimidin-4-yl}-3-methyl-1H-pyrazol-4-yl)methyl]azetidin-3-ol × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；278 K；10~20%(v/v) PEG3350, 100 mM Tris-HCl
分辨率 2.91 Å R-free 0.241
4YJO THE KINASE DOMAIN OF HUMAN SPLEEN TYROSINE (SYK) IN COMPLEX WITH GTC000222 提交 2015-03-03 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 355–635（281 aa） 片段：UNP residues 355-635
未记录 4DF 5-chloro-N~2~-(1,1-dioxido-2,3-dihydro-1,2-benzothiazol-6-yl)-N~4~-ethyl-N~4~-(1H-indazol-4-yl)pyrimidine-2,4-diamine × 1 GOL GLYCEROL × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.8；293 K；30% Jeffamine ED-2001, 10% Glycerol, 0.1M MES pH6.8, 5mM TCEP
分辨率 1.60 Å R-free 0.230
4YJP THE KINASE DOMAIN OF HUMAN SPLEEN TYROSINE (SYK) IN COMPLEX WITH GTC000223 提交 2015-03-03 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 355–635（281 aa） 片段：UNP residues 355-635
未记录 4DL 2-[{2-[(1,1-dioxido-2,3-dihydro-1,2-benzothiazol-6-yl)amino]pyrimidin-4-yl}(1H-indazol-4-yl)amino]ethanol × 1 DMS DIMETHYL SULFOXIDE × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.8；293 K；30% Jeffamine ED-2001, 10% Glycerol, 0.1M MES pH6.8, 5mM TCEP
分辨率 1.83 Å R-free 0.258
4YJQ SYK kinase domain in complex with inhibitor GTC000224 提交 2015-03-03 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 355–635（281 aa） 片段：UNP residues 355-635
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 4DK 3-[1H-indazol-4-yl(2-{[3-(4-methyl-1,3-oxazol-5-yl)phenyl]amino}pyrimidin-4-yl)amino]propan-1-ol × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；293 K；30% Jeffamine ED-2001, 10% Glycerol, 0.1M MES pH6.0, 5mM TCEP
分辨率 1.34 Å R-free 0.183
4YJR SYK kinase domain in complex with inhibitor GTC000225 提交 2015-03-03 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 355–635（281 aa） 片段：UNP residues 355-635
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 4DJ 3-(1H-indazol-4-yl{2-[(1-methyl-1H-indazol-5-yl)amino]pyrimidin-4-yl}amino)propan-1-ol × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；293 K；30% Jeffamine ED-2001, 10% Glycerol, 0.1M MES pH6.0, 5mM TCEP
分辨率 1.32 Å R-free 0.180
4YJS THE KINASE DOMAIN OF HUMAN SPLEEN TYROSINE (SYK) IN COMPLEX WITH GTC000226 提交 2015-03-03 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 355–635（281 aa） 片段：UNP residues 355-635
未记录 4DN 3-[{2-[(1,1-dioxido-2,3-dihydro-1,2-benzothiazol-6-yl)amino]pyrimidin-4-yl}(1H-indazol-4-yl)amino]propan-1-ol × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.8；293 K；32.5% Jeffamine ED-2001, 10% Glycerol, 0.1M MES pH6.8, 5mM DTT
分辨率 2.22 Å R-free 0.226
4YJT THE KINASE DOMAIN OF HUMAN SPLEEN TYROSINE (SYK) IN COMPLEX WITH GTC000233 提交 2015-03-03 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 355–635（281 aa） 片段：UNP residues 355-635
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） GOL GLYCEROL × 1 4DQ N~2~-(1,1-dioxido-2,3-dihydro-1,2-benzothiazol-6-yl)-N~4~-ethyl-5-fluoro-N~4~-(1H-indazol-4-yl)pyrimidine-2,4-diamine × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；293 K；30% Jeffamine ED-2001, 10% Glycerol, 0.1M MES pH6.0, 5mM TCEP
分辨率 1.52 Å R-free 0.208
4YJU THE KINASE DOMAIN OF HUMAN SPLEEN TYROSINE (SYK) IN COMPLEX WITH GTC000249 提交 2015-03-03 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 355–635（281 aa） 片段：UNP residues 355-635
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 4DO N~2~-(1,1-dioxido-2,3-dihydro-1,2-benzothiazol-6-yl)-5-fluoro-N~4~-(1H-indazol-4-yl)-N~4~-methylpyrimidine-2,4-diamine × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.8；293 K；30% Jeffamine ED-2001, 10% Glycerol, 0.1M MES pH6.8, 5mM TCEP
分辨率 1.67 Å R-free 0.201
4YJV THE KINASE DOMAIN OF HUMAN SPLEEN TYROSINE (SYK) IN COMPLEX WITH GTC000250 提交 2015-03-03 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 355–635（281 aa） 片段：UNP residues 355-635
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 4DT 3-[6-({4-[ethyl(1H-indazol-4-yl)amino]-5-fluoropyrimidin-2-yl}amino)-2,4-dihydro-1H-indazol-1-yl]propan-1-ol × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；293 K；30% Jeffamine ED-2001, 10% Glycerol, 0.1M MES pH6.0, 5mM TCEP
分辨率 1.65 Å R-free 0.222
5C26 Crystal structure of SYK in complex with compound 1 提交 2015-06-15 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 343–635（293 aa） 片段：UNP residues 343-635
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 50H 3-{8-[(3,4-dimethoxyphenyl)amino]imidazo[1,2-a]pyrazin-6-yl}benzamide × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 5.5；295 K；1.75 M ammonium sulfate, 0.1 M sodium citrate, 0.1 M sodium acetate pH 5.5
分辨率 1.95 Å R-free 0.215
5C27 Crystal structure of SYK in complex with compound 2 提交 2015-06-15 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 343–635（293 aa） 片段：UNP residues 343-635
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 50J 3-{8-[(3,4-dimethoxyphenyl)amino]imidazo[1,2-a]pyrazin-6-yl}-N-[4-(methylcarbamoyl)phenyl]benzamide × 1 GOL GLYCEROL × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 EVAPORATION；pH 5.5；298 K；1.75 M ammonium sulfate, 0.1 M sodium citrate, 0.1 M sodium acetate pH 5.5
分辨率 2.15 Å R-free 0.225
5CXH SYK catalytic domain complexed with a potent orally bioavailable thiazole inhibitor 提交 2015-07-29 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 356–635（280 aa） 片段：Protein kinase domain residues 356-635
突变：K467T 55M (4R)-4-[(1R)-1-{[6-(3,4-dimethoxyphenyl)[1,3]thiazolo[5,4-c]pyridin-4-yl]oxy}ethyl]pyrrolidin-2-one × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.3；277 K；20% PEG3350, 0.2M potassium fluoride, no buffer pH 7.3
分辨率 1.90 Å R-free 0.205
5CXZ SYK catalytic domain complexed with naphthyridine inhibitor 提交 2015-07-29 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 356–635（280 aa） 片段：UNP residues 356-635
突变：K467T GOL GLYCEROL × 1 CL CHLORIDE ION × 1 55U N-{7-[4-(dimethylamino)phenyl]-1,6-naphthyridin-5-yl}propane-1,3-diamine × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；PEG 3350 15%, cesium chloride 0.15M
分辨率 1.70 Å R-free 0.208
5CY3 SYK catalytic domain complexed with a potent and orally bioavailable benzisothiazole inhibitor 提交 2015-07-30 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 356–635（280 aa） 片段：residues 356-635
突变：K467T 55Y (5R)-5-[(1R)-1-{[6-(1-methyl-1H-pyrazol-4-yl)-2,1-benzothiazol-4-yl]oxy}ethyl]-1,3-oxazolidin-2-one × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.1；293 K；PEG 3350 20%, ammonium acetate 0.2M
分辨率 1.76 Å R-free 0.195
5GHV Crystal structure of an inhibitor-bound Syk 提交 2016-06-20 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 356–635（280 aa） 片段：PROTEIN KINASE DOMAIN, RESIDUES 356-635
未记录 X5G 1-({1-[2-({3,5-dimethyl-4-[2-(pyrrolidin-1-yl)ethoxy]phenyl}amino)pyrimidin-4-yl]-4-methyl-1H-pyrrol-3-yl}methyl)azetidin-3-ol × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；278 K；10~20%(V/V) PEG3350, 100 MM TRIS-HCL
分辨率 2.80 Å R-free 0.227
5GHV Crystal structure of an inhibitor-bound Syk 提交 2016-06-20 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 B 356–635（280 aa） 片段：PROTEIN KINASE DOMAIN, RESIDUES 356-635
未记录 X5G 1-({1-[2-({3,5-dimethyl-4-[2-(pyrrolidin-1-yl)ethoxy]phenyl}amino)pyrimidin-4-yl]-4-methyl-1H-pyrrol-3-yl}methyl)azetidin-3-ol × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；278 K；10~20%(V/V) PEG3350, 100 MM TRIS-HCL
分辨率 2.80 Å R-free 0.227
5LMA HUMAN SPLEEN TYROSINE KINASE KINASE DOMAIN IN COMPLEX WITH AZANAPHTHYRIDINE INHIBITOR 提交 2016-07-29 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 360–635（276 aa） 片段：UNP residues 360-635
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 6ZG ~{N}'-[7-(4-methylphenyl)pyrido[3,4-b]pyrazin-5-yl]butane-1,4-diamine × 1 GOL GLYCEROL × 2 DMS DIMETHYL SULFOXIDE × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；PEG3350, Sodium formate.
分辨率 1.43 Å R-free 0.183
5LMB HUMAN SPLEEN TYROSINE KINASE KINASE DOMAIN IN COMPLEX WITH AZANAPHTHYRIDINE INHIBITOR 提交 2016-07-29 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 360–635（276 aa） 片段：UNP residues 360-635
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 6ZF 7-[6-(dimethylamino)pyridin-3-yl]-~{N}-[[(3~{S})-piperidin-3-yl]methyl]pyrido[3,4-b]pyrazin-5-amine × 1 GOL GLYCEROL × 5 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.8；293 K；PEG1500, HEPES, TACSIMATE, GLYCEROL
分辨率 1.95 Å R-free 0.228
5LMB HUMAN SPLEEN TYROSINE KINASE KINASE DOMAIN IN COMPLEX WITH AZANAPHTHYRIDINE INHIBITOR 提交 2016-07-29 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 B 360–635（276 aa） 片段：UNP residues 360-635
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 6ZF 7-[6-(dimethylamino)pyridin-3-yl]-~{N}-[[(3~{S})-piperidin-3-yl]methyl]pyrido[3,4-b]pyrazin-5-amine × 1 GOL GLYCEROL × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.8；293 K；PEG1500, HEPES, TACSIMATE, GLYCEROL
分辨率 1.95 Å R-free 0.228
5T68 Crystal structure of Syk catalytic domain in complex with a furo[3,2-d]pyrimidine 提交 2016-09-01 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 356–635（280 aa） 片段：UNP residues 356-635
链 B 356–635（280 aa） 片段：UNP residues 356-635
未记录 77V N~4~-cyclopropyl-N~2~-(3-methyl-1H-indazol-6-yl)furo[3,2-d]pyrimidine-2,4-diamine × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；293 K；14-18% PEG3350, 100 mM Tris pH 8.5 using a seed stock that was grown in PEG 3350 13-20% and 100 mM Tris pH 8.5
分辨率 2.93 Å R-free 0.281
5TIU Crystal structure of SYK kinase domain with inhibitor 提交 2016-10-03 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 356–635（280 aa） 片段：UNP residues 356-635
未记录 7CU 5-{[(2S)-2-aminopropyl]amino}-3-(1H-indol-2-yl)pyrazine-2-carboxamide × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；277.15 K；16% PEG3350, 0.1M Tris pH 7.1-7.4
分辨率 1.49 Å R-free 0.203
5TR6 Discovery of TAK-659, an Orally Available Investigational Inhibitor of Spleen Tyrosine Kinase (SYK) 提交 2016-10-25 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 356–635（280 aa） 片段：UNP residues 356-635
未记录 7KG 6-{[(1R,2S)-2-aminocyclohexyl]amino}-7-fluoro-4-(1-methyl-1H-pyrazol-4-yl)-1,2-dihydro-3H-pyrrolo[3,4-c]pyridin-3-one × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.1；293 K；0.7M Potassium Na Tartrate, 0.06M MES_Na, 0.04M MES
分辨率 1.93 Å R-free 0.217
5TT7 Discovery of TAK-659, an Orally Available Investigational Inhibitor of Spleen Tyrosine Kinase (SYK) 提交 2016-11-01 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 356–635（280 aa） 片段：UNP residues 356-635
未记录 7KF 2-{[(1R,2S)-2-aminocyclohexyl]amino}-4-[(3-methylphenyl)amino]-6,7-dihydro-5H-pyrrolo[3,4-d]pyrimidin-5-one × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.7；293 K；1.2M Potassium Na Tartrate, 0.1M Tris pH 8.7
分辨率 1.77 Å R-free 0.234
5Y5T Crystal structures of spleen tyrosine kinase in complex with a novel inhibitor 提交 2017-08-09 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 356–635（280 aa） 片段：UNP residues 356-635
未记录 8OR 2-[[(1S,2S)-2-azanylcyclohexyl]amino]-4-[(4-methylsulfonylphenyl)amino]-6H-pyrido[4,3-d]pyrimidin-5-one × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；277 K；10-20% PEG 3350, 100mM Tris-HCl, pH 8.5
分辨率 1.80 Å R-free 0.234
5Y5U Crystal structures of spleen tyrosine kinase in complex with a novel inhibitor 提交 2017-08-09 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 356–635（280 aa） 片段：UNP residues 356-635
未记录 8OU 4-[(1-methylindazol-5-yl)amino]-2-(4-oxidanylpiperidin-1-yl)-8H-pyrido[4,3-d]pyrimidin-5-one × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；277 K；10-20% PEG 3350, 100mM Tris-HCl, pH 8.5
分辨率 2.14 Å R-free 0.260
5Y5U Crystal structures of spleen tyrosine kinase in complex with a novel inhibitor 提交 2017-08-09 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 B 356–635（280 aa） 片段：UNP residues 356-635
未记录 8OU 4-[(1-methylindazol-5-yl)amino]-2-(4-oxidanylpiperidin-1-yl)-8H-pyrido[4,3-d]pyrimidin-5-one × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；277 K；10-20% PEG 3350, 100mM Tris-HCl, pH 8.5
分辨率 2.14 Å R-free 0.260
6HM6 CRYSTAL STRUCTURE OF SPLEEN TYROSINE KINASE (SYK) IN COMPLEX WITH A 2-(PYRIDINYLOXYMETHYL)PYRIDINE INHIBITOR 提交 2018-09-12 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 337–612（276 aa）
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） GDK 2-(4-methylphenyl)-3-(pyridin-2-ylmethoxy)pyridine × 1 GOL GLYCEROL × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；293 K；PEG 1500, HEPES, glycerol, tacsimate.
分辨率 2.10 Å R-free 0.290
6HM7 CRYSTAL STRUCTURE OF SPLEEN TYROSINE KINASE (SYK) IN COMPLEX WITH A 2-(PHENOXYMETHYL)PYRIDINE INHIBITOR 提交 2018-09-12 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 337–612（276 aa）
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） GDH 7-[2-methoxy-6-[(4-methylpyridin-2-yl)methoxy]phenyl]-2,3,4,5-tetrahydro-1~{H}-3-benzazepine × 1 BR BROMIDE ION × 3 GOL GLYCEROL × 1 DMS DIMETHYL SULFOXIDE × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；293 K；PEG 3350, bistrispropane, sodium bromide
分辨率 1.64 Å R-free 0.210
6SSB syk in complex with compound 30 提交 2019-09-06 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 343–635（293 aa）
未记录 LUE ~{N}-[4-[5-[(dimethylamino)methyl]-1-methyl-pyrazol-3-yl]pyrimidin-2-yl]-3-methyl-1-(5-methyl-1,3,4-oxadiazol-2-yl)imidazo[1,5-a]pyridin-7-amine × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.4；293 K；0.1M Na3Cit pH 6.4, 16% PEG3350, 0.2M KH2PO4
分辨率 2.08 Å R-free 0.225
6VOV Crystal structure of Syk in complex with GS-9876 提交 2020-01-31 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 363–635（273 aa） 片段：UNP Residues 363-635
未记录 R6D 6-(6-aminopyrazin-2-yl)-N-{4-[4-(oxetan-3-yl)piperazin-1-yl]phenyl}imidazo[1,2-a]pyrazin-8-amine × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；20% PEG 3350, 100mM Tris pH 8.5
分辨率 1.95 Å R-free 0.268
6VOV Crystal structure of Syk in complex with GS-9876 提交 2020-01-31 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 B 363–635（273 aa） 片段：UNP Residues 363-635
未记录 R6D 6-(6-aminopyrazin-2-yl)-N-{4-[4-(oxetan-3-yl)piperazin-1-yl]phenyl}imidazo[1,2-a]pyrazin-8-amine × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；20% PEG 3350, 100mM Tris pH 8.5
分辨率 1.95 Å R-free 0.268
6ZC0 SYK Kinase domain in complex with azabenzimidazole inhibitor 2b 提交 2020-06-09 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 343–635（293 aa）
未记录 QDZ ~{N},~{N}-dimethyl-1-[1-[2-(1-methylindol-4-yl)-3~{H}-imidazo[4,5-b]pyridin-7-yl]pyrazol-4-yl]methanamine × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；277 K；0.1M Na3Cit pH 6.4, 16% PEG3350, 0.2M KH2PO4
分辨率 1.97 Å R-free 0.229
6ZCP SYK Kinase domain in complex with azabenzimidazole inhibitor 2b 提交 2020-06-11 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 343–635（293 aa）
未记录 QFK 7-[[4-[4-[(dimethylamino)methyl]pyrazol-1-yl]pyrimidin-2-yl]amino]-~{N},3-dimethyl-imidazo[1,5-a]pyridine-1-carboxamide × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；278 K；0.1M Na3Cit pH 6.4, 16% PEG3350, 0.2M KH2PO4
分辨率 2.20 Å R-free 0.234
6ZCQ SYK Kinase domain in complex with diamine inhibitor 5 提交 2020-06-11 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 343–635（293 aa）
未记录 QFB 7-[[4-[4-[[(3~{R},4~{R})-3-azanyloxan-4-yl]amino]pyrazol-1-yl]pyrimidin-2-yl]amino]-~{N},3-dimethyl-imidazo[1,5-a]pyridine-1-carboxamide × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；278 K；0.1M Na3Cit pH 6.4, 16% PEG3350, 0.2M KH2PO4
分辨率 2.32 Å R-free 0.244
6ZCR SYK Kinase domain in complex with azabenzimidazole inhibitor 7 提交 2020-06-12 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 343–635（293 aa）
未记录 5JG 6-chloro-2-(2-fluoro-4,5-dimethoxyphenyl)-N-(piperidin-4-ylmethyl)-3H-imidazo[4,5-b]pyridin-7-amine × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；278 K；0.1M Na3Cit pH 6.4, 16% PEG3350, 0.2M KH2PO4
分辨率 1.73 Å R-free 0.218
6ZCS SYK Kinase domain in complex with azabenzimidazole inhibitor 3 提交 2020-06-12 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 343–635（293 aa）
未记录 QFE (3~{R},4~{R})-~{N}4-[1-[2-(1-methylindol-4-yl)-3~{H}-imidazo[4,5-b]pyridin-7-yl]pyrazol-4-yl]oxane-3,4-diamine × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；278 K；0.1M Na3Cit pH 6.4, 16% PEG3350, 0.2M KH2PO4
分辨率 1.47 Å R-free 0.208
6ZCU syk in complex with 57262_SYKB-AZ13344324-2 提交 2020-06-12 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 343–635（293 aa）
未记录 5JG 6-chloro-2-(2-fluoro-4,5-dimethoxyphenyl)-N-(piperidin-4-ylmethyl)-3H-imidazo[4,5-b]pyridin-7-amine × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；277 K；0.1M Na3Cit pH 6.4, 16% PEG3350, 0.2M KH2PO4
分辨率 1.73 Å R-free 0.218
6ZCX SYK Kinase domain in complex with azabenzimidazole inhibitor 18 提交 2020-06-12 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 343–635（293 aa）
未记录 QFQ ~{N},1-dimethyl-5-[[4-[3-methyl-4-[[(3~{R})-piperidin-3-yl]amino]pyrazol-1-yl]pyrimidin-2-yl]amino]indazole-3-carboxamide × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；278 K；0.1M Na3Cit pH 6.4, 16% PEG3350, 0.2M KH2PO4
分辨率 1.66 Å R-free 0.229
6ZCY SYK Kinase domain in complex with diamine inhibitor 16 提交 2020-06-12 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 343–635（293 aa）
未记录 QF8 ~{N},1-dimethyl-5-[[4-[3-methyl-4-[[(3~{R})-pyrrolidin-3-yl]amino]pyrazol-1-yl]pyrimidin-2-yl]amino]indazole-3-carboxamide × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；278 K；0.1M Na3Cit pH 6.4, 16% PEG3350, 0.2M KH2PO4
分辨率 1.81 Å R-free 0.223
7Q5T The tandem SH2 domains of SYK with a bound FCER1G diphospho-ITAM peptide 提交 2021-11-04 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 AAA 6–269（264 aa）
未记录 PO4 PHOSPHATE ION × 2 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；293 K；30 mM sodium nitrate, 30 mM dibasic sodium phosphate, 30 mM ammonium sulphate, 100 mM Tris/BICINE, 10% PEG 20,000, 20% PEG 500 MME
分辨率 2.20 Å R-free 0.255
7Q5T The tandem SH2 domains of SYK with a bound FCER1G diphospho-ITAM peptide 提交 2021-11-04 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 BBB 6–269（264 aa）
未记录 PO4 PHOSPHATE ION × 2 PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；293 K；30 mM sodium nitrate, 30 mM dibasic sodium phosphate, 30 mM ammonium sulphate, 100 mM Tris/BICINE, 10% PEG 20,000, 20% PEG 500 MME
分辨率 2.20 Å R-free 0.255
7Q5T The tandem SH2 domains of SYK with a bound FCER1G diphospho-ITAM peptide 提交 2021-11-04 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 3 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 CCC 6–269（264 aa）
未记录 PO4 PHOSPHATE ION × 2 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；293 K；30 mM sodium nitrate, 30 mM dibasic sodium phosphate, 30 mM ammonium sulphate, 100 mM Tris/BICINE, 10% PEG 20,000, 20% PEG 500 MME
分辨率 2.20 Å R-free 0.255
7Q5T The tandem SH2 domains of SYK with a bound FCER1G diphospho-ITAM peptide 提交 2021-11-04 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 4 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 DDD 6–269（264 aa）
未记录 PO4 PHOSPHATE ION × 3 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；293 K；30 mM sodium nitrate, 30 mM dibasic sodium phosphate, 30 mM ammonium sulphate, 100 mM Tris/BICINE, 10% PEG 20,000, 20% PEG 500 MME
分辨率 2.20 Å R-free 0.255
7Q5T The tandem SH2 domains of SYK with a bound FCER1G diphospho-ITAM peptide 提交 2021-11-04 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 5 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 EEE 6–269（264 aa）
未记录 PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；293 K；30 mM sodium nitrate, 30 mM dibasic sodium phosphate, 30 mM ammonium sulphate, 100 mM Tris/BICINE, 10% PEG 20,000, 20% PEG 500 MME
分辨率 2.20 Å R-free 0.255
7Q5T The tandem SH2 domains of SYK with a bound FCER1G diphospho-ITAM peptide 提交 2021-11-04 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 6 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 FFF 6–269（264 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；293 K；30 mM sodium nitrate, 30 mM dibasic sodium phosphate, 30 mM ammonium sulphate, 100 mM Tris/BICINE, 10% PEG 20,000, 20% PEG 500 MME
分辨率 2.20 Å R-free 0.255
7Q5U The tandem SH2 domains of SYK with a bound CD3G diphospho-ITAM peptide 提交 2021-11-04 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 AAA 6–269（264 aa）
未记录 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 2 PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 1 P4G 1-ETHOXY-2-(2-ETHOXYETHOXY)ETHANE × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6；293 K；100 mM MMT buffer, 30% PEG 1000
分辨率 2.40 Å R-free 0.259
7Q5U The tandem SH2 domains of SYK with a bound CD3G diphospho-ITAM peptide 提交 2021-11-04 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 BBB 6–269（264 aa）
未记录 PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6；293 K；100 mM MMT buffer, 30% PEG 1000
分辨率 2.40 Å R-free 0.259
7Q5U The tandem SH2 domains of SYK with a bound CD3G diphospho-ITAM peptide 提交 2021-11-04 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 3 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 CCC 6–269（264 aa）
未记录 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6；293 K；100 mM MMT buffer, 30% PEG 1000
分辨率 2.40 Å R-free 0.259
7Q5U The tandem SH2 domains of SYK with a bound CD3G diphospho-ITAM peptide 提交 2021-11-04 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 4 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 DDD 6–269（264 aa）
未记录 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6；293 K；100 mM MMT buffer, 30% PEG 1000
分辨率 2.40 Å R-free 0.259
7Q5U The tandem SH2 domains of SYK with a bound CD3G diphospho-ITAM peptide 提交 2021-11-04 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 5 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 EEE 6–269（264 aa）
未记录 PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 1 P4G 1-ETHOXY-2-(2-ETHOXYETHOXY)ETHANE × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6；293 K；100 mM MMT buffer, 30% PEG 1000
分辨率 2.40 Å R-free 0.259
7Q5U The tandem SH2 domains of SYK with a bound CD3G diphospho-ITAM peptide 提交 2021-11-04 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 6 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 FFF 6–269（264 aa）
未记录 PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6；293 K；100 mM MMT buffer, 30% PEG 1000
分辨率 2.40 Å R-free 0.259
7Q5W The tandem SH2 domains of SYK with a bound TYROBP diphospho-ITAM peptide 提交 2021-11-04 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 AAA 6–269（264 aa）
未记录 PO4 PHOSPHATE ION × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；293 K；30 mM sodium nitrate, 30 mM dibasic sodium phosphate, 30 mM ammonium sulphate, 100 mM Tris/BICINE, 10% PEG 20,000, 20% PEG 500 MME
分辨率 2.20 Å R-free 0.266
7Q5W The tandem SH2 domains of SYK with a bound TYROBP diphospho-ITAM peptide 提交 2021-11-04 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 BBB 6–269（264 aa）
未记录 PO4 PHOSPHATE ION × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；293 K；30 mM sodium nitrate, 30 mM dibasic sodium phosphate, 30 mM ammonium sulphate, 100 mM Tris/BICINE, 10% PEG 20,000, 20% PEG 500 MME
分辨率 2.20 Å R-free 0.266
7Q5W The tandem SH2 domains of SYK with a bound TYROBP diphospho-ITAM peptide 提交 2021-11-04 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 3 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 CCC 6–269（264 aa）
未记录 PO4 PHOSPHATE ION × 1 PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；293 K；30 mM sodium nitrate, 30 mM dibasic sodium phosphate, 30 mM ammonium sulphate, 100 mM Tris/BICINE, 10% PEG 20,000, 20% PEG 500 MME
分辨率 2.20 Å R-free 0.266
7Q5W The tandem SH2 domains of SYK with a bound TYROBP diphospho-ITAM peptide 提交 2021-11-04 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 4 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 DDD 6–269（264 aa）
未记录 PO4 PHOSPHATE ION × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；293 K；30 mM sodium nitrate, 30 mM dibasic sodium phosphate, 30 mM ammonium sulphate, 100 mM Tris/BICINE, 10% PEG 20,000, 20% PEG 500 MME
分辨率 2.20 Å R-free 0.266
7Q5W The tandem SH2 domains of SYK with a bound TYROBP diphospho-ITAM peptide 提交 2021-11-04 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 5 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 EEE 6–269（264 aa）
未记录 PO4 PHOSPHATE ION × 1 P4G 1-ETHOXY-2-(2-ETHOXYETHOXY)ETHANE × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；293 K；30 mM sodium nitrate, 30 mM dibasic sodium phosphate, 30 mM ammonium sulphate, 100 mM Tris/BICINE, 10% PEG 20,000, 20% PEG 500 MME
分辨率 2.20 Å R-free 0.266
7Q5W The tandem SH2 domains of SYK with a bound TYROBP diphospho-ITAM peptide 提交 2021-11-04 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 6 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 FFF 6–269（264 aa）
未记录 PO4 PHOSPHATE ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；293 K；30 mM sodium nitrate, 30 mM dibasic sodium phosphate, 30 mM ammonium sulphate, 100 mM Tris/BICINE, 10% PEG 20,000, 20% PEG 500 MME
分辨率 2.20 Å R-free 0.266
7Q63 The tandem SH2 domains of SYK 提交 2021-11-05 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 AAA 6–269（264 aa）
未记录 PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 1 SCN THIOCYANATE ION × 3 CL CHLORIDE ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；200 mM, potassium thiocyanate, 12.5% glycerol, 23% PEG3350
分辨率 1.90 Å R-free 0.264
7Q63 The tandem SH2 domains of SYK 提交 2021-11-05 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 BBB 6–269（264 aa）
未记录 SCN THIOCYANATE ION × 4 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；200 mM, potassium thiocyanate, 12.5% glycerol, 23% PEG3350
分辨率 1.90 Å R-free 0.264
7Q63 The tandem SH2 domains of SYK 提交 2021-11-05 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 3 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 CCC 6–269（264 aa）
未记录 SCN THIOCYANATE ION × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；200 mM, potassium thiocyanate, 12.5% glycerol, 23% PEG3350
分辨率 1.90 Å R-free 0.264
7SA7 Crystal structure of the apo SH2 domains of Syk 提交 2021-09-22 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 6–269（264 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；293 K；Protein- 35mg/mL in 10mM HEPES pH 7.0, 50mM NaCl, 5% glycerol and 1mM TCEP Crystal conditions-0.2M sodium nitrate and 10% w/v PEG 3350 Cryoprotectant-0.2M sodium nitrate, 20% PEG 3350, and 20% glycerol
分辨率 3.20 Å R-free 0.304
7SA7 Crystal structure of the apo SH2 domains of Syk 提交 2021-09-22 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 B 6–269（264 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；293 K；Protein- 35mg/mL in 10mM HEPES pH 7.0, 50mM NaCl, 5% glycerol and 1mM TCEP Crystal conditions-0.2M sodium nitrate and 10% w/v PEG 3350 Cryoprotectant-0.2M sodium nitrate, 20% PEG 3350, and 20% glycerol
分辨率 3.20 Å R-free 0.304
7SA7 Crystal structure of the apo SH2 domains of Syk 提交 2021-09-22 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 3 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 C 6–269（264 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；293 K；Protein- 35mg/mL in 10mM HEPES pH 7.0, 50mM NaCl, 5% glycerol and 1mM TCEP Crystal conditions-0.2M sodium nitrate and 10% w/v PEG 3350 Cryoprotectant-0.2M sodium nitrate, 20% PEG 3350, and 20% glycerol
分辨率 3.20 Å R-free 0.304
7SA7 Crystal structure of the apo SH2 domains of Syk 提交 2021-09-22 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 4 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 D 6–269（264 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；293 K；Protein- 35mg/mL in 10mM HEPES pH 7.0, 50mM NaCl, 5% glycerol and 1mM TCEP Crystal conditions-0.2M sodium nitrate and 10% w/v PEG 3350 Cryoprotectant-0.2M sodium nitrate, 20% PEG 3350, and 20% glycerol
分辨率 3.20 Å R-free 0.304
7SA7 Crystal structure of the apo SH2 domains of Syk 提交 2021-09-22 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 5 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 E 6–269（264 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；293 K；Protein- 35mg/mL in 10mM HEPES pH 7.0, 50mM NaCl, 5% glycerol and 1mM TCEP Crystal conditions-0.2M sodium nitrate and 10% w/v PEG 3350 Cryoprotectant-0.2M sodium nitrate, 20% PEG 3350, and 20% glycerol
分辨率 3.20 Å R-free 0.304
7SA7 Crystal structure of the apo SH2 domains of Syk 提交 2021-09-22 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 6 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 F 6–269（264 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；293 K；Protein- 35mg/mL in 10mM HEPES pH 7.0, 50mM NaCl, 5% glycerol and 1mM TCEP Crystal conditions-0.2M sodium nitrate and 10% w/v PEG 3350 Cryoprotectant-0.2M sodium nitrate, 20% PEG 3350, and 20% glycerol
分辨率 3.20 Å R-free 0.304
8BI2 Syk kinase domain in complex with macrocyclic inhibitor 20a 提交 2022-11-01 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 343–635（293 aa）
未记录 QR7 10,13,23-trimethyl-16-oxa-2,4,8,9,13,19,23,30-octazapentacyclo[19.5.2.1^{3,7}.1^{8,11}.0^{24,28}]triaconta-1(27),3,5,7(30),9,11(29),21,24(28),25-nonaen-20-one × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.4；274 K；0.1M Na3Cit pH 6.4, 16% PEG3350, 0.2M KH2PO4
分辨率 1.51 Å R-free 0.235
8RRQ Crystal structure of human SYK in complex with compound 24 提交 2024-01-23 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 355–635（281 aa）
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） A1H2W N-[(1S,2R)-2-azanylcyclohexyl]-5-[2-[(3,5-dimethylphenyl)amino]pyrimidin-4-yl]-2-methyl-pyrazole-3-carboxamide × 1 GOL GLYCEROL × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 6.5；277 K；20% PEG 3350, 0.1 M bis tris propane pH 6.5, 0.2 M Na formate
分辨率 1.60 Å R-free 0.211
8RRZ Crystal structure of SYK kinase in complex with compound 1 提交 2024-01-24 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 355–635（281 aa）
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） A1H2Y N-[(2S)-1-(azetidin-1-yl)propan-2-yl]-3-{2-[(3,5-dimethoxyphenyl)amino]pyrimidin-4-yl}-1-methyl-1H-pyrazole-5-carboxamide × 1 GOL GLYCEROL × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 6.5；277 K；20% PEG 3350, 0.1 M bis tris propane pH 6.5, 0.2 M Na formate
分辨率 1.75 Å R-free 0.214
8WYW Crystal structure of spleen tyrosine kinase (SYK) in complex with SKI-O-592 (free form of SKI-O-703, cevidoplenib) 提交 2023-10-31 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 356–635（280 aa） 片段：UNP residues 356-635
链 B 356–635（280 aa） 片段：UNP residues 356-635
未记录 XFB SKI-O-592 × 2 GOL GLYCEROL × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；277 K；100mM Sodium-HEPES 7.0, 15%(v/v)PEG 4000
分辨率 1.90 Å R-free 0.242
8X5K The Crystal Structure of SYK from Biortus. 提交 2023-11-17 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 356–635（280 aa）
未记录 3YT 2-{[(1R,2S)-2-aminocyclohexyl]amino}-4-{[3-(2H-1,2,3-triazol-2-yl)phenyl]amino}pyrimidine-5-carboxamide × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；0.2M Li2SO4, 0.1M Bis-Tris pH6.5, 25% PEG 3350
分辨率 1.80 Å R-free 0.244
8XQ0 Crystal structure of spleen tyrosine kinase(SYK)in complex with SKI-G-1653 提交 2024-01-04 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 356–635（280 aa） 片段：PROTEIN KINASE DOMAIN, RESIDUES 356-635
链 B 356–635（280 aa） 片段：PROTEIN KINASE DOMAIN, RESIDUES 356-635
链 C 356–635（280 aa） 片段：PROTEIN KINASE DOMAIN, RESIDUES 356-635
链 D 356–635（280 aa） 片段：PROTEIN KINASE DOMAIN, RESIDUES 356-635
未记录 A1LV4 cyclopropyl-[5-[[4-[4-[[(3~{S},4~{S})-3-methoxy-4-oxidanyl-pyrrolidin-1-yl]methyl]-3-methyl-pyrazol-1-yl]pyrimidin-2-yl]amino]-1-methyl-indol-3-yl]methanone × 4 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；0.1M HEPES pH 7.0, 10% PEG 6000
分辨率 1.95 Å R-free 0.265
8XQ1 Crystal structure of spleen tyrosine kinase(SYK) in complex with SKI-G-1673 提交 2024-01-04 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 356–635（280 aa） 片段：PROTEIN KINASE DOMAIN, RESIDUES 356-635
链 B 356–635（280 aa） 片段：PROTEIN KINASE DOMAIN, RESIDUES 356-635
未记录 A1LV6 cyclopropyl-[5-[[4-[4-[[(3~{R},4~{S})-3-methoxy-4-oxidanyl-pyrrolidin-1-yl]methyl]-3-methyl-pyrazol-1-yl]pyrimidin-2-yl]amino]-1-methyl-pyrrolo[2,3-b]pyridin-3-yl]methanone × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；0.1M Bis-Tris pH 6.5, 20% PEG 1500
分辨率 1.50 Å R-free 0.209
8XQ2 Crystal structure of spleen tyrosine kinase(SYK)in complex with SKI-G-1693 提交 2024-01-04 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 356–635（280 aa） 片段：PROTEIN KINASE DOMAIN, RESIDUES 356-635
链 B 356–635（280 aa） 片段：PROTEIN KINASE DOMAIN, RESIDUES 356-635
未记录 GOL GLYCEROL × 1 A1LV7 cyclopropyl-[1-(2-fluoranylethyl)-5-[[4-[4-[[(3~{R},4~{S})-3-methoxy-4-oxidanyl-pyrrolidin-1-yl]methyl]-3-methyl-pyrazol-1-yl]pyrimidin-2-yl]amino]indol-3-yl]methanone × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；0.1M tris-HCl pH 8.5, 10% PEG 3350
分辨率 1.80 Å R-free 0.238

共 92 个其他 PDB 条目、134 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 KSYK_HUMAN
Isoform —
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A； PDB构建体 1–293； UniProt 343–635

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 3tud

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 3tud
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id3tud
沉积日期 deposition_date2011-09-16
结构标题 titleCrystal structure of SYK kinase domain with N-(4-methyl-3-(8-methyl-7-oxo-2-(phenylamino)-7,8-dihydropyrido[2,3-d]pyrimidin-6-yl)phenyl)-3-(trifluoromethyl)benzamide
关键词 keywordskinase, TRANSFERASE-TRANSFERASE INHIBITOR complex; TRANSFERASE/TRANSFERASE INHIBITOR
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION
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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier20.28 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron19.33 Å
零角强度 I(0) i015421600.00
分子量 molecular_weight30232.0 kDa
排除体积 excluded_volume38045 ų
包络体积 envelope_volume44952 ų
水化壳体积 shell_volume19561 ų
包络直径 envelope_diameter68.3 Å
壳层 Rg shell_rg25.58 Å
包络 Rg envelope_rg19.62 Å
形状 Rg shape_rg19.30 Å
总 Rg total_rg20.30 Å
总原子数 total_atoms2123
残基数 n_residues256
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 Å−1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3
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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax65.9 Å
Rg (实空间) rg_real20.22 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.47 Å
I(0) (实空间) i0_real1.5420e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error2.0610e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal20.23 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal15420000.0000
解质量估计 total_estimate0.8142
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks3
主峰位置 r_peak_primary24.5 Å
偏度 Skewness skewness0.261
峰度 Kurtosis kurtosis-0.416
角度范围 angular_range— – 0.3900 Å−1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha4162000.0000
实空间数据点数 n_real_points71
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.861; Stabil: 0.999; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 1.000; Smooth: 0.000
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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 4 domains

SCOP 2.08 (2 domains)

结构域编号 domain_idd3tuda1
类 Class classd — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold foldd.144 — Protein kinase-like (PK-like)
超家族 Superfamily superfamilyd.144.1 — Protein kinase-like (PK-like)
家族 Family familyd.144.1.7 — Protein kinases, catalytic subunit
结构域编号 domain_idd3tuda2
类 Class classl — Artifacts
折叠类型 Fold foldl.1 — Tags
超家族 Superfamily superfamilyl.1.1 — Tags
家族 Family familyl.1.1.1 — Tags

CATH v4.4 (2 domains)

结构域编号 domain_id3tudA01
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology200 — Phosphorylase Kinase; domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily20 — Phosphorylase Kinase; domain 1
结构域编号 domain_id3tudA02
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology510 — Transferase(Phosphotransferase); domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Transferase(Phosphotransferase) domain 1
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8. 引用文献 (1)

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9. 文件与曲线 (10)