SAXSdb — 3tug

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

E3 ubiquitin-protein ligase Itchy homolog

Homo sapiens

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白单体单体蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 524–903	未记录	CL CHLORIDE ION × 1 UNX UNKNOWN LIGAND × 9	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；297 K；30% PEG1500, 0.2M NaCl 0.1M HEPES pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 297K	分辨率 2.27 Å R-free 0.256

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 3TUG	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
2DMV Solution structure of the second ww domain of Itchy homolog E3 ubiquitin protein ligase (Itch) 提交 2006-04-24	构建体不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 328–357（30 aa）片段：WW domain	未记录	未记录非水小分子	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 7；298 K；离子强度（mmCIF原始值）120mM；压力 ambient NMR样品组成 1.4mM protein U-15N, 13C; 20mM d-Tris-HCl(pH7.0); 100mM NaCl; 1mM d-DTT; 0.02% NaN3; 10% D2O, 90% H2O \| 90% H2O/10% D2O	分辨率未提供
2KYK The sandwich region between two LMP2A PY motif regulates the interaction between AIP4WW2domain and PY motif 提交 2010-05-28	构建体不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 359–392（34 aa）片段：WW 2 domain	未记录	未记录非水小分子	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 6；303 K；压力 ambient NMR样品组成 0.01% [U-95% 13C; U-95% 15N] sodium phosphate-1, 90% H2O/10% D2O \| 90% H2O/10% D2O	分辨率未提供
2NQ3 Crystal structure of the C2 Domain of Human Itchy Homolog E3 Ubiquitin Protein Ligase 提交 2006-10-30	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–155（155 aa）片段：C2 Domain	未记录	CL CHLORIDE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；298 K；The protein at 20 mg/ml was dissolved in 20 mM Tris-HCl, pH 8.0, 0.15 M NaCl, 5% glycerol, 2 mM DTT, and mixed 1:1 with well solution that was 20% PEG3350, 0.1 M bis-Tris, pH 6.0, 0.2 M NH4OAc, 1 mM DTT, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298.0K	分辨率 1.80 Å R-free 0.195
2P4R Structural basis for a novel interaction between AIP4 and beta-PIX 提交 2007-03-13	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 T 246–270（25 aa）片段：AIP4 (209-224)	未记录	SO4 SULFATE ION × 1 GOL GLYCEROL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；0.1 M TrisHCl, 0.2 M ammonium sulfate, 32-38% (w/v) PEG-MME 5000, pH 7.1-7.9, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 2.00 Å R-free 0.246
2P4R Structural basis for a novel interaction between AIP4 and beta-PIX 提交 2007-03-13	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 T 246–270（25 aa）片段：AIP4 (209-224)	未记录	SO4 SULFATE ION × 2 GOL GLYCEROL × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；0.1 M TrisHCl, 0.2 M ammonium sulfate, 32-38% (w/v) PEG-MME 5000, pH 7.1-7.9, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 2.00 Å R-free 0.246
2YSF Solution structure of the fourth WW domain from the human E3 ubiquitin-protein ligase Itchy homolog, ITCH 提交 2007-04-03	构建体不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 480–512（33 aa）片段：WW domain, UNP residues 480-512	未记录	未记录非水小分子	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 7；296 K；离子强度（mmCIF原始值）120mM；压力 ambient NMR样品组成 0.9mM sample U-15N,13C; 20mM d-Tris-HCl; 100mM NaCl; 1mM d-DTT; 0.02% NaN3; 90% H2O, 10% D2O \| 90% H2O/10% D2O	分辨率未提供
4ROF Crystal Structure of WW3 domain of ITCH in complex with TXNIP peptide 提交 2014-10-28	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 436–474（39 aa）片段：UNP residues 436-474	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；1.8 M ammonium sulfate, 0.2 M sodium acetate, 0.1 M sodium cacodylate pH 5.5, vapor diffusion, sitting drop, temperature 293K	分辨率 2.03 Å R-free 0.297
4ROF Crystal Structure of WW3 domain of ITCH in complex with TXNIP peptide 提交 2014-10-28	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 436–474（39 aa）片段：UNP residues 436-474	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；1.8 M ammonium sulfate, 0.2 M sodium acetate, 0.1 M sodium cacodylate pH 5.5, vapor diffusion, sitting drop, temperature 293K	分辨率 2.03 Å R-free 0.297
5C7M CRYSTAL STRUCTURE OF E3 LIGASE ITCH WITH A UB VARIANT 提交 2015-06-24	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 524–899（376 aa）片段：HECT DOMAIN (UNP RESIDUES 524-899)	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；293 K；The ITCH and ubiquitin variant ubv.it.02 were mixed at molarity ratio 1:2, and then concentrated to 17mg/ml. The protein sample was mixed with 1mg/mL chymotrypsin at a 1:1000 (W/W) chymotrypsin:protein ratio right before set up crystallization. Crystal was initially obtained from SGC-I screen condition A05. Crystal used for structure refinement was grown in 1.6M NH4SO4, 0.2M NaAc, 0.1M HEPES pH 7.5, 5% Ethylene Glycol in hanging drop setup, using 1.2uL protein, 1.2uL well solution over 0.5 mL reservoir buffer at 20 C. Crystals grow to mountable size for ~1 weeks. Harvested crystal was flash-frozen in liquid nitrogen. A well solution containing 20% glycerol was used as the cryo-protectant	分辨率 3.03 Å R-free 0.297
5CQ2 Crystal Structure of tandem WW domains of ITCH in complex with TXNIP peptide 提交 2015-07-21	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：dodecameric	链 A 282–370（89 aa）片段：UNP residues 282-370	未记录	UNX UNKNOWN LIGAND × 72	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 8.5；293 K；30% PEG4000, 0.2 M magnesium chloride, 0.1 M TRIS	分辨率 1.40 Å R-free 0.184
5DWS Crystal Structure of ITCH WW3 domain in complex with TXNIP peptide 提交 2015-09-22	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：octameric	链 A 285–323（39 aa）片段：UNP residues 285-323 链 C 285–323（39 aa）片段：UNP residues 285-323 链 E 285–323（39 aa）片段：UNP residues 285-323 链 G 285–323（39 aa）片段：UNP residues 285-323	未记录	UNX UNKNOWN LIGAND × 26	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；293 K；20% PEG-3350, 0.2 M sodium acetate	分辨率 1.65 Å R-free 0.257
5DZD Crystal Structure of WW4 domain of ITCH in complex with TXNIP peptide 提交 2015-09-25	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 324–363（40 aa）片段：UNP residues 324-363 链 B 324–363（40 aa）片段：UNP residues 324-363	未记录	UNX UNKNOWN LIGAND × 17	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；293 K；2 M sodium formate, 0.1 M Tris, pH 8.5	分辨率 1.57 Å R-free 0.206
5SXP STRUCTURAL BASIS FOR THE INTERACTION BETWEEN ITCH PRR AND BETA-PIX 提交 2016-08-09	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 G 249–269（21 aa）片段：UNP residues 249-269	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；100 mM MIB buffer pH 5.0 and 25% PEG1500	分辨率 1.65 Å R-free 0.161
5SXP STRUCTURAL BASIS FOR THE INTERACTION BETWEEN ITCH PRR AND BETA-PIX 提交 2016-08-09	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 F 249–269（21 aa）片段：UNP residues 249-269	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；100 mM MIB buffer pH 5.0 and 25% PEG1500	分辨率 1.65 Å R-free 0.161

共 11 个其他 PDB 条目、14 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	ITCH_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 19–398； UniProt 524–903

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	3tug
沉积日期 deposition_date	2011-09-16
结构标题 title	Crystal structure of the HECT domain of ITCH E3 ubiquitin ligase
关键词 keywords	Structural Genomics, Structural Genomics Consortium, SGC, Catalytic domain, E3 Ligase, Ligase; LIGASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

该条目暂无 SAXS 数据。

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

该条目暂无 P(r) 分析数据。

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	E3 ubiquitin-protein ligase Itchy homolog
分子量 formula_weight	47490.1 kDa
EC 编号 ec_number	6.3.2.-
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	2771

MHHHHHHSSGRENLYFQGYVRDFKAKVQYFRFWCQQLAMPQHIKITVTRKTLFEDSFQQIMSFSPQDLRRRLWVIFPGEEGLDYGGVAREWFFLLSHEVSNPMYCLFEYAGKDNYCLQINPASYINPDHLKYFRFIGRFIAMALFHGKFIDTGFSLPFYKRILNKPVGLKDLESIDPEFYNSLIWVKENNIEECDLEMYFSVDKEILGEIKSHDLKPNGGNILVTEENKEEYIRMVAEWRLSRGVEEQTQAFFEGFNEILPQQYLQYFDAKELEVLLCGMQEIDLNDWQRHAIYRRYARTSKQIMWFWQFVKEIDNEKRMRLLQFVTGTCRLPVGGFADLMGSNGPQKFCIEKVGKENWLPRSHTCFNRLDLPPYKSYEQLKEKLLFAIEETEGFGQE

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 non-polymer

描述 description	CHLORIDE ION
分子量 formula_weight	35.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	UNKNOWN ATOM OR ION
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	9

实体 4 Entity 4 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	78

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 3 domains

SCOP 2.08 (1 domains)

结构域编号 domain_id	d3tuga_
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.148 — Hect, E3 ligase catalytic domain
超家族 Superfamily superfamily	d.148.1 — Hect, E3 ligase catalytic domain
家族 Family family	d.148.1.1 — Hect, E3 ligase catalytic domain

CATH v4.4 (2 domains)

结构域编号 domain_id	3tugA01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	90 — Alpha-Beta Complex
拓扑 Topology topology	1750 — Hect, E3 ligase catalytic domain fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Hect, E3 ligase catalytic domains

结构域编号 domain_id	3tugA02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	2410 — Hect, E3 ligase catalytic fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Hect, E3 ligase catalytic domain

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8. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	82.779 Å
晶胞边长 b length_b	82.779 Å
晶胞边长 c length_c	109.943 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	120.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	6

空间群 space_group	P 31 2 1
空间群编号 int_tables_number	152
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.270 Å
最低分辨率 resolution_low	38.740 Å
R 因子 r_factor	0.1980
R_work r_work	0.1962
R_free r_free	0.2563

Crystal structure of the HECT domain of ITCH E3 ubiquitin ligase