SAXSdb — 3tvj

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Mannan-binding lectin serine protease 2 A chain

Homo sapiens

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 3	Protease inhibitor SGPI-2 × 1 （O46162） SULFATE ION × 1 water × 3	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	MASP2_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	1, 2
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 5–86； UniProt 363–444 作者链 B； PDB构建体 1–242； UniProt 445–686

Protease inhibitor SGPI-2

Schistocerca gregaria

UniProt O46162

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 3	Mannan-binding lectin serine protease 2 A chain × 1 （O00187） Mannan-binding lectin serine protease 2 B chain × 1 （O00187） SULFATE ION × 1 water × 3	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	SGP1_SCHGR
Isoform	—
PDB实体	3
链与序列区间	作者链 I； PDB构建体 4–38； UniProt 57–91

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	3tvj
沉积日期 deposition_date	2011-09-20
结构标题 title	Catalytic fragment of MASP-2 in complex with its specific inhibitor developed by directed evolution on SGCI scaffold
关键词 keywords	in vitro evolution, specific inhibitor, allostery, hydrolase; HYDROLASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

3tvj__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

3tvj__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

3tvj__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	23.65 Å
Rg（电子密度）	23.17 Å
总 Rg	23.89 Å
原子数	2758
残基数	360
排除体积	48769 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`3tvj__assembly_1__model_1`	trimeric （3）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Mannan-binding lectin serine protease 2 A chain
分子量 formula_weight	9217.3 kDa
EC 编号 ec_number	3.4.21.104
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	3450

ASMTIVDCGPPDDLPSGRVEYITGPGVTTYKAVIQYSCEETFYTMKVNDGKYVCDADGFWTSSKGEKSLPVCEPVCGLSARTTGGR

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	Mannan-binding lectin serine protease 2 B chain
分子量 formula_weight	26543.0 kDa
EC 编号 ec_number	3.4.21.104
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B

IYGGQKAKPGDFPWQVLILGGTTAAGALLYDNWVLTAAHAVYEQKHDASALDIRMGTLKRLSPHYTQAWSEAVFIHEGYTHDAGFDNDIALIKLNNKVVINSNITPICLPRKEAESFMRTDDIGTASGWGLTQRGFLARNLMYVDIPIVDHQKCTAAYEKPPYPRGSVTANMLCAGLESGGKDSCRGDSGGALVFLDSETERWFVGGIVSWGSMNCGEAGQYGVYTKVINYIPWIENIISDF

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	Protease inhibitor SGPI-2
分子量 formula_weight	4020.5 kDa
突变 mutation	A83V, L86K, K87L, A88W, P90N
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	I

GSGEVTCEPGTTFKDKCNTCRCGSDGKSAVCTKLWCNQ

来源 Source

来源生物 organism	Schistocerca gregaria
通用名 common_name	desert locust
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	7010
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 4 Entity 4 non-polymer

描述 description	SULFATE ION
分子量 formula_weight	96.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 5 Entity 5 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	509

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 4 domains

SCOP 2.08 (1 domains)

结构域编号 domain_id	d3tvji_
类 Class class	g — Small proteins
折叠类型 Fold fold	g.4 — PMP inhibitors
超家族 Superfamily superfamily	g.4.1 — PMP inhibitors
家族 Family family	g.4.1.1 — PMP inhibitors

CATH v4.4 (3 domains)

结构域编号 domain_id	3tvjA01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	10 — Ribbon
拓扑 Topology topology	70 — Complement Module; domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Complement Module, domain 1

结构域编号 domain_id	3tvjB01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology	10 — Thrombin, subunit H
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Trypsin-like serine proteases

结构域编号 domain_id	3tvjB02
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology	10 — Thrombin, subunit H
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Trypsin-like serine proteases

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晶胞边长 a length_a	50.916 Å
晶胞边长 b length_b	62.471 Å
晶胞边长 c length_c	114.189 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	4

空间群 space_group	P 21 21 21
空间群编号 int_tables_number	19
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	1.280 Å
最低分辨率 resolution_low	38.000 Å
R 因子 r_factor	0.1588
R_work r_work	0.1562
R_free r_free	0.2053

Catalytic fragment of MASP-2 in complex with its specific inhibitor developed by directed evolution on SGCI scaffold

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Mannan-binding lectin serine protease 2 A chain

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

Protease inhibitor SGPI-2

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

3tvj__assembly_1__model_1

3tvj__assembly_1__model_1 | I(q)

3tvj__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 4 domains

SCOP 2.08 (1 domains)

CATH v4.4 (3 domains)

7. 引用文献 (1)

Catalytic fragment of MASP-2 in complex with its specific inhibitor developed by directed evolution on SGCI scaffold

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Mannan-binding lectin serine protease 2 A chain

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Protease inhibitor SGPI-2

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

3tvj__assembly_1__model_1

3tvj__assembly_1__model_1 | I(q)

3tvj__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 4 domains

SCOP 2.08 (1 domains)

CATH v4.4 (3 domains)

7. 引用文献 (1)