SAXSdb — 3u28

▼

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

H/ACA ribonucleoprotein complex subunit 4

Saccharomyces cerevisiae

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 3–394	片段：UNP residues 3-394	H/ACA ribonucleoprotein complex subunit 3 × 1 （Q6Q547） H/ACA ribonucleoprotein complex subunit 1 × 1 （P28007）	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.04；293 K；0.2M sodium malonate, 7%(w/v) polyethylene glycol 3350, pH 8.04, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 1.90 Å R-free 0.233

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 3U28	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
3UAI Structure of the Shq1-Cbf5-Nop10-Gar1 complex from Saccharomyces cerevisiae 提交 2011-10-21	构建体不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 3–394（392 aa）片段：Core domain, UNP residues 3-394	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；297 K；0.1M Bis-Tris, 20%(w/v) polyethylene glycol monomethyl ether 5000, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 297K	分辨率 3.06 Å R-free 0.275
3ZV0 Structure of the SHQ1P-CBF5P complex 提交 2011-07-22	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 C 1–60（60 aa）片段：DCAT DOMAIN, RESIDUES 1-60,258-386 链 C 258–386（129 aa）片段：DCAT DOMAIN, RESIDUES 1-60,258-386 链 D 1–60（60 aa）片段：DCAT DOMAIN, RESIDUES 1-60,258-386 链 D 258–386（129 aa）片段：DCAT DOMAIN, RESIDUES 1-60,258-386	未记录	GOL GLYCEROL × 5	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；291 K；CRYSTALLIZED AT 291 KELVIN BY THE HANGING DROP VAPOR DIFFUSION METHOD FROM A 1:1 UL OF PROTEIN AND PRECIPITANT CONTAINING 4 TO 8 % PEG 2000	分辨率 2.80 Å R-free 0.208
9G25 snR30 snoRNP - State 1 - Utp23-Krr1-deltaC3 提交 2024-07-10	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：14-meric	链 A 1–483（483 aa）链 E 1–483（483 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.89 Å
9G28 snR30 snoRNP - State 2 - Utp23-Krr1-deltaC3 提交 2024-07-10	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：14-meric	链 A 1–483（483 aa）链 E 1–483（483 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.18 Å

共 4 个其他 PDB 条目、4 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	CBF5_YEAST
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 3–394； UniProt 3–394

H/ACA ribonucleoprotein complex subunit 3

Saccharomyces cerevisiae

UniProt Q6Q547

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3）与蛋白拷贝数一致	链 B； UniProt 1–58	未记录	H/ACA ribonucleoprotein complex subunit 4 × 1 （P33322） H/ACA ribonucleoprotein complex subunit 1 × 1 （P28007）	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.04；293 K；0.2M sodium malonate, 7%(w/v) polyethylene glycol 3350, pH 8.04, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 1.90 Å R-free 0.233

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 3U28	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
1Y2Y Structural Characterization of Nop10p using Nuclear Magnetic Resonance Spectroscopy 提交 2004-11-23	聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–58（58 aa）	未记录	未记录非水小分子	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 6.5；288 K；离子强度（mmCIF原始值）110 mM；压力 ambient NMR样品组成 1.5 mM 15N/13C Nop1p0p; 10 mM potassium phosphate buffer, pH 6.5; 100 mM potassium chloride; 90% H2O, 10% D2O \| 90% H2O/10% D2O NMR样品组成 1.5 mM 15N/13C Nop1p0p; 10 mM potassium phosphate buffer, pH 6.5; 100 mM potassium chloride; 100% D2O \| 100% D2O	分辨率未提供
2AQA NMR structural analysis of Nop10p from Saccharomyces cerevisiae 提交 2005-08-17	构建体不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 2–58（57 aa）	未记录	未记录非水小分子	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 5；298 K；离子强度（mmCIF原始值）50mM; 100mM；压力 1 NMR样品组成 1mM yNop10p unlabelled; Sodium Acetate, KCl \| 90% H2O/10% D2O NMR样品组成 1mM yNop10p unlabelled; Sodium Acetate, KCl \| 100% D2O NMR样品组成 1mM yNop10p 15N-labelled; Sodium Acetate, KCl \| 90% H2O/10% D2O NMR样品组成 1mM yNop10p 15N,13C-labelled; Sodium Acetate, KCl \| 90% H2O/10% D2O	分辨率未提供
3UAI Structure of the Shq1-Cbf5-Nop10-Gar1 complex from Saccharomyces cerevisiae 提交 2011-10-21	聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 B 1–58（58 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；297 K；0.1M Bis-Tris, 20%(w/v) polyethylene glycol monomethyl ether 5000, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 297K	分辨率 3.06 Å R-free 0.275
9G25 snR30 snoRNP - State 1 - Utp23-Krr1-deltaC3 提交 2024-07-10	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：14-meric	链 B 1–58（58 aa）链 F 1–58（58 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.89 Å
9G28 snR30 snoRNP - State 2 - Utp23-Krr1-deltaC3 提交 2024-07-10	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：14-meric	链 B 1–58（58 aa）链 F 1–58（58 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.18 Å

共 5 个其他 PDB 条目、5 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	NOP10_YEAST
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 B； PDB构建体 1–58； UniProt 1–58

H/ACA ribonucleoprotein complex subunit 1

Saccharomyces cerevisiae

UniProt P28007

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3）与蛋白拷贝数一致	链 C； UniProt 32–124	片段：UNP residues 32-124	H/ACA ribonucleoprotein complex subunit 4 × 1 （P33322） H/ACA ribonucleoprotein complex subunit 3 × 1 （Q6Q547）	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.04；293 K；0.2M sodium malonate, 7%(w/v) polyethylene glycol 3350, pH 8.04, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 1.90 Å R-free 0.233

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 3U28	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
3UAI Structure of the Shq1-Cbf5-Nop10-Gar1 complex from Saccharomyces cerevisiae 提交 2011-10-21	构建体不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 C 32–124（93 aa）片段：Core domain, UNP residues 32-124	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；297 K；0.1M Bis-Tris, 20%(w/v) polyethylene glycol monomethyl ether 5000, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 297K	分辨率 3.06 Å R-free 0.275
9G25 snR30 snoRNP - State 1 - Utp23-Krr1-deltaC3 提交 2024-07-10	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：14-meric	链 C 1–205（205 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.89 Å
9G28 snR30 snoRNP - State 2 - Utp23-Krr1-deltaC3 提交 2024-07-10	构建体不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：14-meric	链 C 1–205（205 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.18 Å

共 3 个其他 PDB 条目、3 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	GAR1_YEAST
Isoform	—
PDB实体	3
链与序列区间	作者链 C； PDB构建体 22–114； UniProt 32–124

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	3u28
沉积日期 deposition_date	2011-10-02
结构标题 title	Crystal structure of a Cbf5-Nop10-Gar1 complex from Saccharomyces cerevisiae
关键词 keywords	pseudouridine synthase, pseudouridylation, H/ACA RNA, Nucleolus, ISOMERASE-PROTEIN BINDING complex; ISOMERASE/PROTEIN BINDING
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	28.02 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	27.48 Å
零角强度 I(0) i0	46000400.00
分子量 molecular_weight	53402.0 kDa
排除体积 excluded_volume	67247 Å³
包络体积 envelope_volume	84948 Å³
水化壳体积 shell_volume	26599 Å³
包络直径 envelope_diameter	91.0 Å
壳层 Rg shell_rg	33.59 Å
包络 Rg envelope_rg	27.58 Å
形状 Rg shape_rg	27.51 Å
总 Rg total_rg	28.06 Å
总原子数 total_atoms	3749
残基数 n_residues	475
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	89.1 Å
Rg (实空间) rg_real	28.10 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.66 Å
I(0) (实空间) i0_real	4.6000e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	6.7480e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal	28.08 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	46000000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8903
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	1
主峰位置 r_peak_primary	26.6 Å
偏度 Skewness skewness	0.330
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.565
角度范围 angular_range	— – 0.2850 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	13240000.0000
实空间数据点数 n_real_points	58
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.935; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.943; Smooth: 0.821

▶

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

▶

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	H/ACA ribonucleoprotein complex subunit 4
分子量 formula_weight	44981.8 kDa
EC 编号 ec_number	5.4.99.-
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	4028

MAKEDFVIKPEAAGASTDTSEWPLLLKNFDKLLVRSGHYTPIPAGSSPLKRDLKSYISSGVINLDKPSNPSSHEVVAWIKRILRCEKTGHSGTLDPKVTGCLIVCIDRATRLVKSQQGAGKEYVCIVRLHDALKDEKDLGRSLENLTGALFQRPPLISAVKRQLRVRTIYESNLIEFDNKRNLGVFWASCEAGTYMRTLCVHLGMLLGVGGHMQELRRVRSGALSENDNMVTLHDVMDAQWVYDNTRDESYLRSIIQPLETLLVGYKRIVVKDSAVNAVCYGAKLMIPGLLRYEEGIELYDEIVLITTKGEAIAVAIAQMSTVDLASCDHGVVASVKRCIMERDLYPRRWGLGPVAQKKKQMKADGKLDKYGRVNENTPEQWKKEYVPLDNAEQHHHHHH

来源 Source

来源生物 organism	Saccharomyces cerevisiae
通用名 common_name	yeast
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	559292
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	H/ACA ribonucleoprotein complex subunit 3
分子量 formula_weight	6649.7 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B

MHLMYTLGPDGKRIYTLKKVTESGEITKSAHPARFSPDDKYSRQRVTLKKRFGLVPGQ

来源 Source

来源生物 organism	Saccharomyces cerevisiae
通用名 common_name	yeast
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	559292
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	H/ACA ribonucleoprotein complex subunit 1
分子量 formula_weight	12618.4 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	C

MGSSHHHHHHSSGLVPRGSHMGPPDTVLEMGAFLHPCEGDIVCRSINTKIPYFNAPIYLENKTQVGKVDEILGPLNEVFFTIKCGDGVQATSFKEGDKFYIAADKLLPIERFLP

来源 Source

来源生物 organism	Saccharomyces cerevisiae
通用名 common_name	yeast
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	559292
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 4 Entity 4 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	279

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 5 domains

SCOP 2.08 (1 domains)

结构域编号 domain_id	d3u28b_
类 Class class	g — Small proteins
折叠类型 Fold fold	g.41 — Rubredoxin-like
超家族 Superfamily superfamily	g.41.16 — Nop10-like SnoRNP
家族 Family family	g.41.16.1 — Nucleolar RNA-binding protein Nop10-like

CATH v4.4 (4 domains)

结构域编号 domain_id	3u28A01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	30 — Roll
拓扑 Topology topology	130 — Archaeosine Trna-guanine Transglycosylase; Chain: A, domain 4
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — PUA domain

结构域编号 domain_id	3u28A02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	2350 — Pseudouridine synthase
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Pseudouridine synthase

结构域编号 domain_id	3u28B01
类 Class class	4 — Few Secondary Structures
架构 Architecture architecture	10 — Irregular
拓扑 Topology topology	80 — Rhinovirus 14, subunit 4
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	300 —

结构域编号 domain_id	3u28C00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology	10 — Thrombin, subunit H
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	230 — Probable tRNA pseudouridine synthase domain

▶

8. 引用文献 (1)

▶

晶胞边长 a length_a	54.413 Å
晶胞边长 b length_b	59.386 Å
晶胞边长 c length_c	169.212 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	4

空间群 space_group	P 21 21 21
空间群编号 int_tables_number	19
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	1.900 Å
最低分辨率 resolution_low	19.920 Å
R 因子 r_factor	0.2051
R_work r_work	0.2036
R_free r_free	0.2334

fit	/app/data/saxs_computation/u2/3u28/3u28.fit
pddf	/app/data/pr_computation/u2/3u28/3u28.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/u2/3u28/3u28.dat

Crystal structure of a Cbf5-Nop10-Gar1 complex from Saccharomyces cerevisiae

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

H/ACA ribonucleoprotein complex subunit 4

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

H/ACA ribonucleoprotein complex subunit 3

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

H/ACA ribonucleoprotein complex subunit 1

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 4 Entity 4 water

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 5 domains

SCOP 2.08 (1 domains)

CATH v4.4 (4 domains)

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)