3u4l

Cryocooled bovine profilin:actin crystal structure to 2.4 A

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 88.7 Å Quality: REASONABLE

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Actin, cytoplasmic 1

物种未注明

UniProt P60712

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 2 PDB 声明:dimeric(2) 与蛋白拷贝数一致 链 A; UniProt 1–375 未记录 Profilin-1 × 1 (P02584) ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 CA CALCIUM ION × 2 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 7.3;277 K;1.3M KPO4, 0.5 mM ATP, 0.2 mM CaCl2, pH 7.3, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K 分辨率 2.40 Å R-free 0.331

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 8 个其他 PDB 条目、10 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 ACTB_BOVIN
Isoform
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 1–375; UniProt 1–375

Profilin-1

物种未注明

UniProt P02584

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 2 PDB 声明:dimeric(2) 与蛋白拷贝数一致 链 P; UniProt 2–140 非标准单体:是(mmCIF未提供具体位点) Actin, cytoplasmic 1 × 1 (P60712) ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 CA CALCIUM ION × 2 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 7.3;277 K;1.3M KPO4, 0.5 mM ATP, 0.2 mM CaCl2, pH 7.3, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K 分辨率 2.40 Å R-free 0.331

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 4 个其他 PDB 条目、4 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 PROF1_BOVIN
Isoform
PDB实体 2
链与序列区间 作者链 P; PDB构建体 2–140; UniProt 2–140

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 3u4l

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 3u4l
下载 Download

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id3u4l
沉积日期 deposition_date2011-10-09
结构标题 titleCryocooled bovine profilin:actin crystal structure to 2.4 A
关键词 keywordsATPase, STRUCTURAL PROTEIN; STRUCTURAL PROTEIN
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier25.46
回转半径 Rg (电子) rg_electron24.76
零角强度 I(0) i049986400.00
分子量 molecular_weight54079.0 kDa
排除体积 excluded_volume67293 ų
包络体积 envelope_volume81098 ų
水化壳体积 shell_volume27779 ų
包络直径 envelope_diameter90.1
壳层 Rg shell_rg31.82
包络 Rg envelope_rg25.07
形状 Rg shape_rg24.79
总 Rg total_rg25.43
总原子数 total_atoms3784
残基数 n_residues492
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 −1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax88.7
Rg (实空间) rg_real25.52
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.75
I(0) (实空间) i0_real4.9990e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error7.7620e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal25.50
I(0) (倒空间) i0_reciprocal49990000.0000
解质量估计 total_estimate0.7041
解质量评级 solution_quality REASONABLE a REASONABLE solution
P(r) 峰数 n_peaks2
主峰位置 r_peak_primary27.2
偏度 Skewness skewness0.459
峰度 Kurtosis kurtosis-0.135
角度范围 angular_range— – 0.3100 −1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha20320000.0000
实空间数据点数 n_real_points63
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.756; Stabil: 1.000; Sysdev: 0.315; Positv: 1.000; Valcen: 0.955; Smooth: 0.981

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 7 domains

SCOP 2.08 (3 domains)

结构域编号 domain_idd3u4la1
类 Class classc — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold foldc.55 — Ribonuclease H-like motif
超家族 Superfamily superfamilyc.55.1 — Actin-like ATPase domain
家族 Family familyc.55.1.0 — automated matches
结构域编号 domain_idd3u4la2
类 Class classc — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold foldc.55 — Ribonuclease H-like motif
超家族 Superfamily superfamilyc.55.1 — Actin-like ATPase domain
家族 Family familyc.55.1.1 — Actin/HSP70
结构域编号 domain_idd3u4lp_
类 Class classd — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold foldd.110 — Profilin-like
超家族 Superfamily superfamilyd.110.1 — Profilin (actin-binding protein)
家族 Family familyd.110.1.1 — Profilin (actin-binding protein)

CATH v4.4 (4 domains)

结构域编号 domain_id3u4lA01
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology420 — Nucleotidyltransferase; domain 5
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily40 — ATPase, nucleotide binding domain
结构域编号 domain_id3u4lA02
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology420 — Nucleotidyltransferase; domain 5
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily40 — ATPase, nucleotide binding domain
结构域编号 domain_id3u4lA03
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture90 — Alpha-Beta Complex
拓扑 Topology topology640 — Actin; Chain A, domain 4
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — ATPase, substrate binding domain, subdomain 4
结构域编号 domain_id3u4lP00
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology450 — Beta-Lactamase
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily30 — Dynein light chain 2a, cytoplasmic

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)