3u88

Crystal structure of human menin in complex with MLL1 and LEDGF

Method: X-RAY DIFFRACTION

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Menin

Homo sapiens

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 3	Histone-lysine N-methyltransferase 2A × 1 （Q03164） Lens epithelium-derived growth factor × 1 （O75475） CHOLIC ACID × 1 L-CANAVANINE × 4 (4beta,8alpha,9R)-6'-methoxy-10,11-dihydrocinchonan-9-ol × 1 GLYOXYLIC ACID × 4 SULFATE ION × 4	与蛋白数一致
2	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 3	Histone-lysine N-methyltransferase 2A × 1 （Q03164） Lens epithelium-derived growth factor × 1 （O75475） CHOLIC ACID × 1 L-CANAVANINE × 1 (4beta,8alpha,9R)-6'-methoxy-10,11-dihydrocinchonan-9-ol × 1 GLYOXYLIC ACID × 2 SULFATE ION × 4	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	MEN1_HUMAN
Isoform	O00255-2
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 2–459； UniProt 2–459 作者链 A； PDB构建体 460–550； UniProt 520–610 作者链 B； PDB构建体 2–459； UniProt 2–459 作者链 B； PDB构建体 460–550； UniProt 520–610

Histone-lysine N-methyltransferase 2A

Homo sapiens

UniProt Q03164

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 3	Menin × 1 （O00255） Lens epithelium-derived growth factor × 1 （O75475） CHOLIC ACID × 1 L-CANAVANINE × 4 (4beta,8alpha,9R)-6'-methoxy-10,11-dihydrocinchonan-9-ol × 1 GLYOXYLIC ACID × 4 SULFATE ION × 4	与蛋白数一致
2	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 3	Menin × 1 （O00255） Lens epithelium-derived growth factor × 1 （O75475） CHOLIC ACID × 1 L-CANAVANINE × 1 (4beta,8alpha,9R)-6'-methoxy-10,11-dihydrocinchonan-9-ol × 1 GLYOXYLIC ACID × 2 SULFATE ION × 4	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	KMT2A_HUMAN
Isoform	Q03164-2
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 M； PDB构建体 25–75； UniProt 103–153 作者链 N； PDB构建体 25–75； UniProt 103–153

Lens epithelium-derived growth factor

Homo sapiens

UniProt O75475

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 3	Menin × 1 （O00255） Histone-lysine N-methyltransferase 2A × 1 （Q03164） CHOLIC ACID × 1 L-CANAVANINE × 4 (4beta,8alpha,9R)-6'-methoxy-10,11-dihydrocinchonan-9-ol × 1 GLYOXYLIC ACID × 4 SULFATE ION × 4	与蛋白数一致
2	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 3	Menin × 1 （O00255） Histone-lysine N-methyltransferase 2A × 1 （Q03164） CHOLIC ACID × 1 L-CANAVANINE × 1 (4beta,8alpha,9R)-6'-methoxy-10,11-dihydrocinchonan-9-ol × 1 GLYOXYLIC ACID × 2 SULFATE ION × 4	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	PSIP1_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	3
链与序列区间	作者链 C； PDB构建体 1–89； UniProt 347–435 作者链 D； PDB构建体 1–89； UniProt 347–435

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	3u88
沉积日期 deposition_date	2011-10-16
结构标题 title	Crystal structure of human menin in complex with MLL1 and LEDGF
关键词 keywords	menin, MEN1, MLL, JunD, LEDGF, TPR, TRANSCRIPTION; TRANSCRIPTION
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

3u88__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

3u88__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

3u88__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	29.00 Å
Rg（电子密度）	28.51 Å
总 Rg	29.28 Å
原子数	5011
残基数	615
排除体积	89292 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`3u88__assembly_1__model_1`	trimeric （3）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
2	1	`3u88__assembly_2__model_1`	trimeric （3）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (8)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Menin
分子量 formula_weight	61061.2 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B
原子数 atom_count	9881

SGLKAAQKTLFPLRSIDDVVRLFAAELGREEPDLVLLSLVLGFVEHFLAVNRVIPTNVPELTFQPSPAPDPPGGLTYFPVADLSIIAALYARFTAQIRGAVDLSLYPREGGVSSRELVKKVSDVIWNSLSRSYFKDRAHIQSLFSFITGTKLDSSGVAFAVVGACQALGLRDVHLALSEDHAWVVFGPNGEQTAEVTWHGKGNEDRRGQTVNAGVAERSWLYLKGSYMRCDRKMEVAFMVCAINPSIDLHTDSLELLQLQQKLLWLLYDLGHLERYPMALGNLADLEELEPTPGRPDPLTLYHKGIASAKTYYRDEHIYPYMYLAGYHCRNRNVREALQAWADTATVIQDYNYCREDEEIYKEFFEVANDVIPNLLKEAASLLEAGEERPGEQSQGTQSQGSALQDPECFAHLLRFYDGICKWEEGSPTPVLHVGWATFLVQSLGRFEGQVRQKVRIVSGTVAGTARGPEGGSTAQVPAPTASPPPEGPVLTFQSEKMKGMKELLVATKINSSAIKLQLTAQSQVQMKKQKVSTPSDYTLSFLKRQRKGL

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	Human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	Histone-lysine N-methyltransferase 2A
分子量 formula_weight	7782.7 kDa
EC 编号 ec_number	2.1.1.43
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	M,N

SRWRFPARPGTGRRGLGGAPRQRVPALLRVGPGFDAALQVSAAIGTNLRRFRAVFGESGGGGGSGEDEQFLGFGS

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	Human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	Lens epithelium-derived growth factor
分子量 formula_weight	10346.1 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	C,D

SMDSRLQRIHAEIKNSLKIDNLDVNRCIEALDELASLQVTMQQAQKHTEMITTLKKIRRFKVSQVIMEKSTMLYNKFKNMFLVGEGDSV

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	Human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 4 Entity 4 non-polymer

描述 description	CHOLIC ACID
分子量 formula_weight	408.6 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 5 Entity 5 non-polymer

描述 description	L-CANAVANINE
分子量 formula_weight	176.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	5

实体 6 Entity 6 non-polymer

描述 description	(4beta,8alpha,9R)-6'-methoxy-10,11-dihydrocinchonan-9-ol
分子量 formula_weight	326.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 7 Entity 7 non-polymer

描述 description	GLYOXYLIC ACID
分子量 formula_weight	74.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	6

实体 8 Entity 8 non-polymer

描述 description	SULFATE ION
分子量 formula_weight	96.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	8

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 10 domains

SCOP 2.08 (6 domains)

结构域编号 domain_id	d3u88a1
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.389 — Menin N-terminal domain-like
超家族 Superfamily superfamily	d.389.1 — Menin N-terminal domain-like
家族 Family family	d.389.1.1 — Menin N-terminal domain-like

结构域编号 domain_id	d3u88a2
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.118 — alpha-alpha superhelix
超家族 Superfamily superfamily	a.118.8 — TPR-like
家族 Family family	a.118.8.1 — Tetratricopeptide repeat (TPR)

结构域编号 domain_id	d3u88b1
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.389 — Menin N-terminal domain-like
超家族 Superfamily superfamily	d.389.1 — Menin N-terminal domain-like
家族 Family family	d.389.1.1 — Menin N-terminal domain-like

结构域编号 domain_id	d3u88b2
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.118 — alpha-alpha superhelix
超家族 Superfamily superfamily	a.118.8 — TPR-like
家族 Family family	a.118.8.1 — Tetratricopeptide repeat (TPR)

结构域编号 domain_id	d3u88c_
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.48 — N-cbl like
超家族 Superfamily superfamily	a.48.4 — HIV integrase-binding domain
家族 Family family	a.48.4.1 — HIV integrase-binding domain

结构域编号 domain_id	d3u88d_
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.48 — N-cbl like
超家族 Superfamily superfamily	a.48.4 — HIV integrase-binding domain
家族 Family family	a.48.4.1 — HIV integrase-binding domain

CATH v4.4 (4 domains)

结构域编号 domain_id	3u88C00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	930 — Transcription Elongation Factor S-II; Chain A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Conserved domain common to transcription factors TFIIS, elongin A, CRSP70

结构域编号 domain_id	3u88D00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	930 — Transcription Elongation Factor S-II; Chain A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Conserved domain common to transcription factors TFIIS, elongin A, CRSP70

结构域编号 domain_id	3u88M00
类 Class class	6 — Special
架构 Architecture architecture	10 — Helix non-globular
拓扑 Topology topology	250 — Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	2390 —

结构域编号 domain_id	3u88N00
类 Class class	6 — Special
架构 Architecture architecture	10 — Helix non-globular
拓扑 Topology topology	250 — Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	2390 —

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晶胞边长 a length_a	187.990 Å
晶胞边长 b length_b	187.990 Å
晶胞边长 c length_c	238.417 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	120.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	24

空间群 space_group	P 61 2 2
空间群编号 int_tables_number	178
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	3.000 Å
最低分辨率 resolution_low	48.650 Å
R 因子 r_factor	0.2050
R_work r_work	0.2020
R_free r_free	0.2330

Crystal structure of human menin in complex with MLL1 and LEDGF

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Menin

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

Histone-lysine N-methyltransferase 2A

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

Lens epithelium-derived growth factor

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

3u88__assembly_1__model_1

3u88__assembly_1__model_1 | I(q)

3u88__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (8)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 non-polymer

实体 6 Entity 6 non-polymer

实体 7 Entity 7 non-polymer

实体 8 Entity 8 non-polymer

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 10 domains

SCOP 2.08 (6 domains)

CATH v4.4 (4 domains)

7. 引用文献 (1)

Crystal structure of human menin in complex with MLL1 and LEDGF

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Menin

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Histone-lysine N-methyltransferase 2A

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Lens epithelium-derived growth factor

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

3u88__assembly_1__model_1

3u88__assembly_1__model_1 | I(q)

3u88__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (8)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 non-polymer

实体 6 Entity 6 non-polymer

实体 7 Entity 7 non-polymer

实体 8 Entity 8 non-polymer

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 10 domains

SCOP 2.08 (6 domains)

CATH v4.4 (4 domains)

7. 引用文献 (1)