SAXSdb — 3u8h

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Phospholipase A2, membrane associated

Homo sapiens

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白单体单体蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 21–144	未记录	BHP (S)-5-(4-BENZYLOXY-PHENYL)-4-(7-PHENYL-HEPTANOYLAMINO)-PENTANOIC ACID × 1 CA CALCIUM ION × 2 CL CHLORIDE ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.4；293 K；0.1 M Tris HCl pH 7.4, 10 mM CaCl2, 0.5 mM Beta-octyl glucoside and 4 M NaCl, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 2.30 Å R-free 0.225
2	蛋白单体单体蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1）与蛋白拷贝数一致	链 B； UniProt 21–144	未记录	BHP (S)-5-(4-BENZYLOXY-PHENYL)-4-(7-PHENYL-HEPTANOYLAMINO)-PENTANOIC ACID × 1 CA CALCIUM ION × 2 CL CHLORIDE ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.4；293 K；0.1 M Tris HCl pH 7.4, 10 mM CaCl2, 0.5 mM Beta-octyl glucoside and 4 M NaCl, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 2.30 Å R-free 0.225
3	蛋白同源多聚体同源多聚体蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 21–144 链 B； UniProt 21–144	未记录	BHP (S)-5-(4-BENZYLOXY-PHENYL)-4-(7-PHENYL-HEPTANOYLAMINO)-PENTANOIC ACID × 2 CA CALCIUM ION × 4 CL CHLORIDE ION × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.4；293 K；0.1 M Tris HCl pH 7.4, 10 mM CaCl2, 0.5 mM Beta-octyl glucoside and 4 M NaCl, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 2.30 Å R-free 0.225

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 3U8H	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
1AYP A PROBE MOLECULE COMPOSED OF SEVENTEEN PERCENT OF TOTAL DIFFRACTING MATTER GIVES CORRECT SOLUTIONS IN MOLECULAR REPLACEMENT 提交 1994-07-19	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 21–144（124 aa）链 F 21–144（124 aa）	未记录	CA CALCIUM ION × 4 INB 1-OCTADECYL-2-ACETAMIDO-2-DEOXY-SN-GLYCEROL-3-PHOSPHOETHYLMETHYL SULFIDE × 2	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 2.57 Å
1AYP A PROBE MOLECULE COMPOSED OF SEVENTEEN PERCENT OF TOTAL DIFFRACTING MATTER GIVES CORRECT SOLUTIONS IN MOLECULAR REPLACEMENT 提交 1994-07-19	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 21–144（124 aa）链 E 21–144（124 aa）	未记录	CA CALCIUM ION × 4 INB 1-OCTADECYL-2-ACETAMIDO-2-DEOXY-SN-GLYCEROL-3-PHOSPHOETHYLMETHYL SULFIDE × 2	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 2.57 Å
1AYP A PROBE MOLECULE COMPOSED OF SEVENTEEN PERCENT OF TOTAL DIFFRACTING MATTER GIVES CORRECT SOLUTIONS IN MOLECULAR REPLACEMENT 提交 1994-07-19	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 C 21–144（124 aa）链 D 21–144（124 aa）	未记录	CA CALCIUM ION × 4 INB 1-OCTADECYL-2-ACETAMIDO-2-DEOXY-SN-GLYCEROL-3-PHOSPHOETHYLMETHYL SULFIDE × 2	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 2.57 Å
1BBC STRUCTURE OF RECOMBINANT HUMAN RHEUMATOID ARTHRITIC SYNOVIAL FLUID PHOSPHOLIPASE A2 AT 2.2 ANGSTROMS RESOLUTION 提交 1992-05-04	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 21–144（124 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 2.20 Å
1DB4 HUMAN S-PLA2 IN COMPLEX WITH INDOLE 8 提交 1999-11-02	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 21–144（124 aa）	未记录	CA CALCIUM ION × 2 8IN [3-(1-BENZYL-3-CARBAMOYLMETHYL-2-METHYL-1H-INDOL-5-YLOXY)-PROPYL-]-PHOSPHONIC ACID × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 7；297 K；10 MG/ML OF PROTEIN; 50 MM BUFFER (MES OR MOPS), 1% PYRIDINE, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, temperature 297K	分辨率 2.20 Å R-free 0.256
1DB5 HUMAN S-PLA2 IN COMPLEX WITH INDOLE 6 提交 1999-11-02	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 21–144（124 aa）	未记录	CA CALCIUM ION × 2 6IN 4-(1-BENZYL-3-CARBAMOYLMETHYL-2-METHYL-1H-INDOL-5-YLOXY)-BUTYRIC ACID × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 7；297 K；10 mg/ml of protein; 50 mM buffer (MES or MOPS), 1% pyridine., pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, temperature 297K	分辨率 2.80 Å R-free 0.240
1DCY CRYSTAL STRUCTURE OF HUMAN S-PLA2 IN COMPLEX WITH INDOLE 3 ACTIVE SITE INHIBITOR 提交 1999-11-05	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 21–144（124 aa）	未记录	CA CALCIUM ION × 2 I3N 1-BENZYL-5-METHOXY-2-METHYL-1H-INDOL-3-YL)-ACETIC ACID × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 7；297 K；10 MG/ML OF PROTEIN, 50 MM BUFFER (MES OF MOPS), 1% PYRIDINE, AN INHIBITOR CONCENTRATION OF 1.5 MOLAR EQUIVALENT, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, temperature 297K	分辨率 2.70 Å R-free 0.269
1J1A PANCREATIC SECRETORY PHOSPHOLIPASE A2 (IIa) WITH ANTI-INFLAMMATORY ACTIVITY 提交 2002-12-03	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 21–144（124 aa）链 B 21–144（124 aa）	未记录	CA CALCIUM ION × 4 BHP (S)-5-(4-BENZYLOXY-PHENYL)-4-(7-PHENYL-HEPTANOYLAMINO)-PENTANOIC ACID × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；Sodium Chloride, Calcium Chloride, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K	分辨率 2.20 Å R-free 0.258
1KQU Human phospholipase A2 complexed with a substrate anologue 提交 2002-01-07	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 21–144（124 aa）	未记录	CA CALCIUM ION × 2 BR4 6-PHENYL-4(R)-(7-PHENYL-HEPTANOYLAMINO)-HEXANOIC ACID × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.8；293 K；sodium Chloride, Calcium Chloride, pH 7.8, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293.0K	分辨率 2.10 Å R-free 0.240
1KVO HUMAN PHOSPHOLIPASE A2 COMPLEXED WITH A HIGHLY POTENT SUBSTRATE ANOLOGUE 提交 1996-07-29	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 21–144（124 aa）链 B 21–144（124 aa）	未记录	CA CALCIUM ION × 4 OAP 4-(S)-[(1-OXO-7-PHENYLHEPTYL)AMINO]-5-[4-(PHENYLMETHYL)PHENYLTHIO]PENTANOIC ACID × 2	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 2.00 Å R-free 0.273
1KVO HUMAN PHOSPHOLIPASE A2 COMPLEXED WITH A HIGHLY POTENT SUBSTRATE ANOLOGUE 提交 1996-07-29	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 C 21–144（124 aa）链 D 21–144（124 aa）	未记录	CA CALCIUM ION × 4 OAP 4-(S)-[(1-OXO-7-PHENYLHEPTYL)AMINO]-5-[4-(PHENYLMETHYL)PHENYLTHIO]PENTANOIC ACID × 2	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 2.00 Å R-free 0.273
1KVO HUMAN PHOSPHOLIPASE A2 COMPLEXED WITH A HIGHLY POTENT SUBSTRATE ANOLOGUE 提交 1996-07-29	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 E 21–144（124 aa）链 F 21–144（124 aa）	未记录	CA CALCIUM ION × 4 OAP 4-(S)-[(1-OXO-7-PHENYLHEPTYL)AMINO]-5-[4-(PHENYLMETHYL)PHENYLTHIO]PENTANOIC ACID × 2	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 2.00 Å R-free 0.273
1N28 Crystal structure of the H48Q mutant of human group IIA phospholipase A2 提交 2002-10-22	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 21–144（124 aa）	突变：N1A, H48Q	CA CALCIUM ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.4；277 K；NaCl, CaCl2, pH 7.4, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K	分辨率 1.50 Å R-free 0.207
1N28 Crystal structure of the H48Q mutant of human group IIA phospholipase A2 提交 2002-10-22	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 21–144（124 aa）	突变：N1A, H48Q	CA CALCIUM ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.4；277 K；NaCl, CaCl2, pH 7.4, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K	分辨率 1.50 Å R-free 0.207
1N29 Crystal structure of the N1A mutant of human group IIA phospholipase A2 提交 2002-10-22	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 21–144（124 aa）	突变：N1A	CA CALCIUM ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；277 K；NaCl, CaCl2, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K	分辨率 2.60 Å R-free 0.320
1POD STRUCTURES OF FREE AND INHIBITED HUMAN SECRETORY PHOSPHOLIPASE A2 FROM INFLAMMATORY EXUDATE 提交 1992-09-07	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 21–144（124 aa）	未记录	CA CALCIUM ION × 2	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 2.10 Å
1POE STRUCTURES OF FREE AND INHIBITED HUMAN SECRETORY PHOSPHOLIPASE A2 FROM INFLAMMATORY EXUDATE 提交 1992-09-07	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 21–144（124 aa）链 B 21–144（124 aa）	未记录	CA CALCIUM ION × 4 GEL 1-O-OCTYL-2-HEPTYLPHOSPHONYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOETHANOLAMINE × 2	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 2.10 Å
3U8B Functionally selective inhibition of Group IIA phospholipase A2 reveals a role for vimentin in regulating arachidonic acid metabolism 提交 2011-10-16	配体/离子不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 21–144（124 aa）	未记录	CL CHLORIDE ION × 2 CA CALCIUM ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.4；293 K；0.1 M Tris HCl pH 7.4, 10 mM CaCl2, 0.5 mM Beta-octyl glucoside and 4 M NaCl, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 2.30 Å R-free 0.257
3U8B Functionally selective inhibition of Group IIA phospholipase A2 reveals a role for vimentin in regulating arachidonic acid metabolism 提交 2011-10-16	配体/离子不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 21–144（124 aa）	未记录	CL CHLORIDE ION × 4 CA CALCIUM ION × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.4；293 K；0.1 M Tris HCl pH 7.4, 10 mM CaCl2, 0.5 mM Beta-octyl glucoside and 4 M NaCl, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 2.30 Å R-free 0.257
3U8D Functionally selective inhibition of Group IIA phospholipase A2 reveals a role for vimentin in regulating arachidonic acid metabolism 提交 2011-10-16	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 21–144（124 aa）	未记录	U8D (3-{[3-(2-amino-2-oxoethyl)-1-benzyl-2-ethyl-1H-indol-5-yl]oxy}propyl)phosphonic acid × 1 CA CALCIUM ION × 2 CL CHLORIDE ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.4；293 K；0.1 M Tris-HCl pH 7.4, 10 mM CaCl2, 0.5 mM beta-octyl glucoside and 4 M NaCl, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 1.80 Å R-free 0.189
3U8D Functionally selective inhibition of Group IIA phospholipase A2 reveals a role for vimentin in regulating arachidonic acid metabolism 提交 2011-10-16	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 21–144（124 aa）	未记录	U8D (3-{[3-(2-amino-2-oxoethyl)-1-benzyl-2-ethyl-1H-indol-5-yl]oxy}propyl)phosphonic acid × 1 CA CALCIUM ION × 2 CL CHLORIDE ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.4；293 K；0.1 M Tris-HCl pH 7.4, 10 mM CaCl2, 0.5 mM beta-octyl glucoside and 4 M NaCl, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 1.80 Å R-free 0.189
3U8I Functionally selective inhibition of Group IIA phospholipase A2 reveals a role for vimentin in regulating arachidonic acid metabolism 提交 2011-10-17	突变/修饰不同配体/离子不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 21–144（124 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	CA CALCIUM ION × 2 CL CHLORIDE ION × 2 NA SODIUM ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.4；293 K；0.1 M Tris HCl pH 7.4, 10 mM CaCl2, 0.5 mM Beta-octyl glucoside and 4 M NaCl, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 1.10 Å R-free 0.186
3U8I Functionally selective inhibition of Group IIA phospholipase A2 reveals a role for vimentin in regulating arachidonic acid metabolism 提交 2011-10-17	突变/修饰不同配体/离子不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 21–144（124 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	CA CALCIUM ION × 2 CL CHLORIDE ION × 2 NA SODIUM ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.4；293 K；0.1 M Tris HCl pH 7.4, 10 mM CaCl2, 0.5 mM Beta-octyl glucoside and 4 M NaCl, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 1.10 Å R-free 0.186
5G3N Discovery of a novel secreted phospholipase A2 (sPLA2) inhibitor. 提交 2016-04-29	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 21–144（124 aa）	突变：YES	CA CALCIUM ION × 2 FMT FORMIC ACID × 1 X28 3-(5'-BENZYL-2'-CARBAMOYLBIPHENYL-3-YL)PROPANOIC ACID × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 3.0-3.5M SODIUM FORMATE AND 100MM HEPES PH 7.5	分辨率 1.80 Å R-free 0.231
5G3N Discovery of a novel secreted phospholipase A2 (sPLA2) inhibitor. 提交 2016-04-29	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 21–144（124 aa）	突变：YES	CA CALCIUM ION × 2 FMT FORMIC ACID × 1 X28 3-(5'-BENZYL-2'-CARBAMOYLBIPHENYL-3-YL)PROPANOIC ACID × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 3.0-3.5M SODIUM FORMATE AND 100MM HEPES PH 7.5	分辨率 1.80 Å R-free 0.231

共 16 个其他 PDB 条目、25 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	PA2GA_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–124； UniProt 21–144 作者链 B； PDB构建体 1–124； UniProt 21–144

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	3u8h
沉积日期 deposition_date	2011-10-17
结构标题 title	Functionally selective inhibition of Group IIA phospholipase A2 reveals a role for vimentin in regulating arachidonic acid metabolism
关键词 keywords	secreted phospholipase A2, phospholipase A2 activity, HYDROLASE; HYDROLASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	19.88 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	18.58 Å
零角强度 I(0) i0	16869600.00
分子量 molecular_weight	29056.0 kDa
排除体积 excluded_volume	35532 Å³
包络体积 envelope_volume	41610 Å³
水化壳体积 shell_volume	18645 Å³
包络直径 envelope_diameter	71.4 Å
壳层 Rg shell_rg	24.97 Å
包络 Rg envelope_rg	18.94 Å
形状 Rg shape_rg	18.50 Å
总 Rg total_rg	19.67 Å
总原子数 total_atoms	2006
残基数 n_residues	248
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	65.1 Å
Rg (实空间) rg_real	19.75 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.41 Å
I(0) (实空间) i0_real	1.6870e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	2.0450e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal	19.77 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	16870000.0000
解质量估计 total_estimate	0.6037
解质量评级 solution_quality	REASONABLE a REASONABLE solution
P(r) 峰数 n_peaks	3
主峰位置 r_peak_primary	26.6 Å
偏度 Skewness skewness	0.114
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.470
角度范围 angular_range	— – 0.4000 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	3200000.0000
实空间数据点数 n_real_points	72
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.832; Stabil: 0.999; Sysdev: 0.119; Positv: 1.000; Valcen: 0.995; Smooth: 0.000

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Phospholipase A2, membrane associated
分子量 formula_weight	13945.0 kDa
EC 编号 ec_number	3.1.1.4
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B
原子数 atom_count	2123

NLVNFHRMIKLTTGKEAALSYGFYGCHCGVGGRGSPKDATDRCCVTHDCCYKRLEKRGCGTKFLSYKFSNSGSRITCAKQDSCRSQLCECDKAAATCFARNKTTYNKKYQYYSNKHCRGSTPRC

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Cricetulus griseus

实体 2 Entity 2 non-polymer

描述 description	(S)-5-(4-BENZYLOXY-PHENYL)-4-(7-PHENYL-HEPTANOYLAMINO)-PENTANOIC ACID
分子量 formula_weight	487.6 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	CALCIUM ION
分子量 formula_weight	40.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	4

实体 4 Entity 4 non-polymer

描述 description	CHLORIDE ION
分子量 formula_weight	35.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	4

实体 5 Entity 5 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	100

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 4 domains

SCOP 2.08 (2 domains)

结构域编号 domain_id	d3u8ha_
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.133 — Phospholipase A2, PLA2
超家族 Superfamily superfamily	a.133.1 — Phospholipase A2, PLA2
家族 Family family	a.133.1.2 — Vertebrate phospholipase A2

结构域编号 domain_id	d3u8hb_
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.133 — Phospholipase A2, PLA2
超家族 Superfamily superfamily	a.133.1 — Phospholipase A2, PLA2
家族 Family family	a.133.1.2 — Vertebrate phospholipase A2

CATH v4.4 (2 domains)

结构域编号 domain_id	3u8hA00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	90 — Phospholipase A2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Phospholipase A2 domain

结构域编号 domain_id	3u8hB00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	90 — Phospholipase A2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Phospholipase A2 domain

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8. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	74.792 Å
晶胞边长 b length_b	74.792 Å
晶胞边长 c length_c	49.926 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	120.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	6

空间群 space_group	P 31
空间群编号 int_tables_number	144
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.300 Å
最低分辨率 resolution_low	24.480 Å
R 因子 r_factor	0.1937
R_work r_work	0.1920
R_free r_free	0.2250

fit	/app/data/saxs_computation/u8/3u8h/3u8h.fit
pddf	/app/data/pr_computation/u8/3u8h/3u8h.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/u8/3u8h/3u8h.dat

Functionally selective inhibition of Group IIA phospholipase A2 reveals a role for vimentin in regulating arachidonic acid metabolism

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Phospholipase A2, membrane associated

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction