SAXSdb — 3uai

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

H/ACA ribonucleoprotein complex subunit 4

Saccharomyces cerevisiae

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 4	H/ACA ribonucleoprotein complex subunit 3 × 1 （Q6Q547） H/ACA ribonucleoprotein complex subunit 1 × 1 （P28007） Protein SHQ1 × 1 （P40486）	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	CBF5_YEAST
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 3–394； UniProt 3–394

H/ACA ribonucleoprotein complex subunit 3

Saccharomyces cerevisiae

UniProt Q6Q547

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 4	H/ACA ribonucleoprotein complex subunit 4 × 1 （P33322） H/ACA ribonucleoprotein complex subunit 1 × 1 （P28007） Protein SHQ1 × 1 （P40486）	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	NOP10_YEAST
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 B； PDB构建体 1–58； UniProt 1–58

H/ACA ribonucleoprotein complex subunit 1

Saccharomyces cerevisiae

UniProt P28007

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 4	H/ACA ribonucleoprotein complex subunit 4 × 1 （P33322） H/ACA ribonucleoprotein complex subunit 3 × 1 （Q6Q547） Protein SHQ1 × 1 （P40486）	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	GAR1_YEAST
Isoform	—
PDB实体	3
链与序列区间	作者链 C； PDB构建体 22–114； UniProt 32–124

Protein SHQ1

Saccharomyces cerevisiae

UniProt P40486

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 4	H/ACA ribonucleoprotein complex subunit 4 × 1 （P33322） H/ACA ribonucleoprotein complex subunit 3 × 1 （Q6Q547） H/ACA ribonucleoprotein complex subunit 1 × 1 （P28007）	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	SHQ1_YEAST
Isoform	—
PDB实体	4
链与序列区间	作者链 D； PDB构建体 6–366； UniProt 147–507

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	3uai
沉积日期 deposition_date	2011-10-21
结构标题 title	Structure of the Shq1-Cbf5-Nop10-Gar1 complex from Saccharomyces cerevisiae
关键词 keywords	H/ACA RNP assembly intermediate, H/ACA RNA, Nuclear, ISOMERASE-CHAPERONE complex; ISOMERASE/CHAPERONE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

3uai__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

3uai__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

3uai__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	32.90 Å
Rg（电子密度）	32.25 Å
总 Rg	32.81 Å
原子数	6627
残基数	824
排除体积	118480 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`3uai__assembly_1__model_1`	tetrameric （4）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	H/ACA ribonucleoprotein complex subunit 4
分子量 formula_weight	44981.8 kDa
EC 编号 ec_number	5.4.99.-
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	6627

MAKEDFVIKPEAAGASTDTSEWPLLLKNFDKLLVRSGHYTPIPAGSSPLKRDLKSYISSGVINLDKPSNPSSHEVVAWIKRILRCEKTGHSGTLDPKVTGCLIVCIDRATRLVKSQQGAGKEYVCIVRLHDALKDEKDLGRSLENLTGALFQRPPLISAVKRQLRVRTIYESNLIEFDNKRNLGVFWASCEAGTYMRTLCVHLGMLLGVGGHMQELRRVRSGALSENDNMVTLHDVMDAQWVYDNTRDESYLRSIIQPLETLLVGYKRIVVKDSAVNAVCYGAKLMIPGLLRYEEGIELYDEIVLITTKGEAIAVAIAQMSTVDLASCDHGVVASVKRCIMERDLYPRRWGLGPVAQKKKQMKADGKLDKYGRVNENTPEQWKKEYVPLDNAEQHHHHHH

来源 Source

来源生物 organism	Saccharomyces cerevisiae
通用名 common_name	yeast
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	559292
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	H/ACA ribonucleoprotein complex subunit 3
分子量 formula_weight	6649.7 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B

MHLMYTLGPDGKRIYTLKKVTESGEITKSAHPARFSPDDKYSRQRVTLKKRFGLVPGQ

来源 Source

来源生物 organism	Saccharomyces cerevisiae
通用名 common_name	yeast
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	559292
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	H/ACA ribonucleoprotein complex subunit 1
分子量 formula_weight	12618.4 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	C

MGSSHHHHHHSSGLVPRGSHMGPPDTVLEMGAFLHPCEGDIVCRSINTKIPYFNAPIYLENKTQVGKVDEILGPLNEVFFTIKCGDGVQATSFKEGDKFYIAADKLLPIERFLP

来源 Source

来源生物 organism	Saccharomyces cerevisiae
通用名 common_name	yeast
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	559292
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 4 Entity 4 polymer

描述 description	Protein SHQ1
分子量 formula_weight	42928.0 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	D

GPEASEGFNWEIEQKMDSSTNNGILKTKYGFDNLYDTVISVSTSNGNDINELDDPEHTDANDRVIERLRKENLKFDPEYYVSEYMTHKYGNEEDLEINGIKELLKFTPSIVKQYLQWYKDSTNPNLVMPIEFTDEEQKQMQDNLPKKSYLVEDIKPLYVTILSVLFSYVFEQIENEGTHTTESAWTMGKLCPQISFLDQQLKQVNELQDGMKEISKVNKDSSLIKIAIITGIRRALSYPLHRNYDLAMKAWTFVYYILRGGKRLVIRALLDIHETFRFHDVYYVYDKVLLDDLTAWFISQGSENVIRSLALEMRKEQESLSKQDIEFECIASFNEQTGEPEWETLNIREMEILAESEYREQQQNPQ

来源 Source

来源生物 organism	Saccharomyces cerevisiae
通用名 common_name	yeast
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	559292
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 4 domains

SCOP 2.08 (1 domains)

结构域编号 domain_id	d3uaib_
类 Class class	g — Small proteins
折叠类型 Fold fold	g.41 — Rubredoxin-like
超家族 Superfamily superfamily	g.41.16 — Nop10-like SnoRNP
家族 Family family	g.41.16.1 — Nucleolar RNA-binding protein Nop10-like

CATH v4.4 (3 domains)

结构域编号 domain_id	3uaiA01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	2350 — Pseudouridine synthase
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Pseudouridine synthase

结构域编号 domain_id	3uaiB01
类 Class class	4 — Few Secondary Structures
架构 Architecture architecture	10 — Irregular
拓扑 Topology topology	80 — Rhinovirus 14, subunit 4
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	300 —

结构域编号 domain_id	3uaiC00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology	10 — Thrombin, subunit H
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	230 — Probable tRNA pseudouridine synthase domain

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晶胞边长 a length_a	100.995 Å
晶胞边长 b length_b	100.995 Å
晶胞边长 c length_c	272.329 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	8

空间群 space_group	P 43 21 2
空间群编号 int_tables_number	96
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	3.060 Å
最低分辨率 resolution_low	20.000 Å
R 因子 r_factor	0.2216
R_work r_work	0.2189
R_free r_free	0.2753

Structure of the Shq1-Cbf5-Nop10-Gar1 complex from Saccharomyces cerevisiae

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

H/ACA ribonucleoprotein complex subunit 4

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

H/ACA ribonucleoprotein complex subunit 3

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

H/ACA ribonucleoprotein complex subunit 1

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Protein SHQ1

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

3uai__assembly_1__model_1

3uai__assembly_1__model_1 | I(q)

3uai__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 4 Entity 4 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 4 domains

SCOP 2.08 (1 domains)

CATH v4.4 (3 domains)

7. 引用文献 (1)