3uby

Crystal structure of human alklyadenine DNA glycosylase in a lower and higher-affinity complex with DNA

Method: X-RAY DIFFRACTION
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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

DNA-3-methyladenine glycosylase

Homo sapiens

UniProt P29372

当前结构中的状态

Assembly 物理组成 蛋白状态 分子拷贝数 共同组分 数据核对
1 蛋白–DNA 同源多聚体 蛋白 2 DNA 2 ;DNA (5'-D(*GP*AP*CP*AP*TP*GP*(EDC)P*TP*TP*GP*CP*CP*T)-3') ; × 2 water × 4 与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 3MG_HUMAN
Isoform —
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 5–219; UniProt 84–298 作者链 B; PDB构建体 5–219; UniProt 84–298

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id3uby
沉积日期 deposition_date2011-10-25
结构标题 titleCrystal structure of human alklyadenine DNA glycosylase in a lower and higher-affinity complex with DNA
关键词 keywordsalkyladenine DNA glycosylase fold, AAG, DNA repair, DNA binding, Nucleus, HYDROLASE-DNA complex; HYDROLASE/DNA
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION
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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

3uby__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

3uby__assembly_1__model_1 | I(q)

10-2 10-1 105 106 107 q (1/Angstrom) I(q)
100 个绘图点;横轴和纵轴均采用对数尺度。

3uby__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

新版 assembly/model P(r) 尚未计算 此处仅保留位置,不展示旧数据 r (Angstrom) P(r)
P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。
Rg(Guinier)26.78 Å
Rg(电子密度)27.07 Å
总 Rg27.55 Å
原子数3321
残基数399
排除体积57995 ų
最大 q0.500 Å⁻¹
Assembly Model 结构单元 聚集说明 状态 CRYSOL 操作
1 1 3uby__assembly_1__model_1 tetrameric (4) 成功 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) 查看 下载
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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 6 domains

SCOP 2.08 (4 domains)

结构域编号 domain_idd3ubya1
类 Class classb — All beta proteins
折叠类型 Fold foldb.46 — FMT C-terminal domain-like
超家族 Superfamily superfamilyb.46.1 — FMT C-terminal domain-like
家族 Family familyb.46.1.2 — 3-methyladenine DNA glycosylase (AAG, ANPG, MPG)
结构域编号 domain_idd3ubya2
类 Class classl — Artifacts
折叠类型 Fold foldl.1 — Tags
超家族 Superfamily superfamilyl.1.1 — Tags
家族 Family familyl.1.1.1 — Tags
结构域编号 domain_idd3ubyb1
类 Class classb — All beta proteins
折叠类型 Fold foldb.46 — FMT C-terminal domain-like
超家族 Superfamily superfamilyb.46.1 — FMT C-terminal domain-like
家族 Family familyb.46.1.2 — 3-methyladenine DNA glycosylase (AAG, ANPG, MPG)
结构域编号 domain_idd3ubyb2
类 Class classl — Artifacts
折叠类型 Fold foldl.1 — Tags
超家族 Superfamily superfamilyl.1.1 — Tags
家族 Family familyl.1.1.1 — Tags

CATH v4.4 (2 domains)

结构域编号 domain_id3ubyA00
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture10 — Roll
拓扑 Topology topology300 — 3-methyladenine DNA Glycosylase; Chain A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Methylpurine-DNA glycosylase (MPG)
结构域编号 domain_id3ubyB00
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture10 — Roll
拓扑 Topology topology300 — 3-methyladenine DNA Glycosylase; Chain A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Methylpurine-DNA glycosylase (MPG)
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7. 引用文献 (1)