3ula

Crystal structure of the TV3 mutant F63W-MD-2-Eritoran complex

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 103.3 Å Quality: EXCELLENT

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Toll-like receptor 4, Variable lymphocyte receptor B

Eptatretus burgeri

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	信息不足异源复合物蛋白 × 2 其他聚合物 1 PDB 声明：dimeric（2）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 27–228	片段：UNP RESIDUES 27-228, UNP RESIDUES 126-199 突变：F63W	Lymphocyte antigen 96 × 1 （Q9Y6Y9） beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 2 E55 3-O-DECYL-2-DEOXY-6-O-{2-DEOXY-3-O-[(3R)-3-METHOXYDECYL]-6-O-METHYL-2-[(11Z)-OCTADEC-11-ENOYLAMINO]-4-O-PHOSPHONO-BETA-D-GLUCOPYRANOSYL}-2-[(3-OXOTETRADECANOYL)AMINO]-1-O-PHOSPHONO-ALPHA-D-GLUCOPYRANOSE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION；pH 4.5；296 K；0.1M sodium acetate (pH4.5), 22% w/v PEG 8000, 0.2M lithium sulfate, VAPOR DIFFUSION, temperature 296K	分辨率 3.60 Å R-free 0.341
2	信息不足异源复合物蛋白 × 2 其他聚合物 1 PDB 声明：dimeric（2）与蛋白拷贝数一致	链 C； UniProt 27–228	片段：UNP RESIDUES 27-228, UNP RESIDUES 126-199 突变：F63W	Lymphocyte antigen 96 × 1 （Q9Y6Y9） beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 2 E55 3-O-DECYL-2-DEOXY-6-O-{2-DEOXY-3-O-[(3R)-3-METHOXYDECYL]-6-O-METHYL-2-[(11Z)-OCTADEC-11-ENOYLAMINO]-4-O-PHOSPHONO-BETA-D-GLUCOPYRANOSYL}-2-[(3-OXOTETRADECANOYL)AMINO]-1-O-PHOSPHONO-ALPHA-D-GLUCOPYRANOSE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION；pH 4.5；296 K；0.1M sodium acetate (pH4.5), 22% w/v PEG 8000, 0.2M lithium sulfate, VAPOR DIFFUSION, temperature 296K	分辨率 3.60 Å R-free 0.341

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 3ULA	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
2Z62 Crystal structure of the TV3 hybrid of human TLR4 and hagfish VLRB.61 提交 2007-07-22	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 27–228（202 aa）片段：TLR4, UNP residues 27-228(human), VLRB.61, UNP residues 128-199(Inshore hagfish)	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 5.5；296 K；0.2M NaCl, 0.1M Bis-Tris Propane, 33% PEG 1000, pH 5.50, VAPOR DIFFUSION, temperature 296K	分辨率 1.70 Å R-free 0.208
2Z63 Crystal structure of the TV8 hybrid of human TLR4 and hagfish VLRB.61 提交 2007-07-22	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 27–527（501 aa）片段：TLR4, UNP residues 27-527(human), VLRB.61, UNP residues 133-199(Inshore hagfish)	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 6.5；277 K；0.2M Sodium Citrate, 0.1M Bis-Tris Propane, 27% PEG 1000, pH 6.50, VAPOR DIFFUSION, temperature 277K	分辨率 2.00 Å R-free 0.298
2Z65 Crystal structure of the human TLR4 TV3 hybrid-MD-2-Eritoran complex 提交 2007-07-22	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 27–228（202 aa）片段：TV3, UNP residues 27-228(human), E5564, UNP residues 19-158(Inshore hagfish)	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 4.5；296 K；0.2M Ammonium Sulfate, 0.1M Sodium Acetate, 20% PEG 4000, 5% Ethanol, pH 4.5, VAPOR DIFFUSION, temperature 296K	分辨率 2.70 Å R-free 0.289
2Z65 Crystal structure of the human TLR4 TV3 hybrid-MD-2-Eritoran complex 提交 2007-07-22	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 信息不足单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 27–228（202 aa）片段：TV3, UNP residues 27-228(human), E5564, UNP residues 19-158(Inshore hagfish)	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 4.5；296 K；0.2M Ammonium Sulfate, 0.1M Sodium Acetate, 20% PEG 4000, 5% Ethanol, pH 4.5, VAPOR DIFFUSION, temperature 296K	分辨率 2.70 Å R-free 0.289
2Z66 Crystal structure of the VT3 hybrid of human TLR4 and hagfish VLRB.61 提交 2007-07-22	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 383–627（245 aa）片段：VLRB.61, UNP residues 24-82(Inshore hagfish), TLR4, UNP residues 383-228(human)	未记录	SO4 SULFATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 5.5；277 K；0.2M Lithium Sulfate, 0.1M Sodium Acetate, 24% PEG 4000, pH 5.50, temperature 277K, VAPOR DIFFUSION	分辨率 1.90 Å R-free 0.219
2Z66 Crystal structure of the VT3 hybrid of human TLR4 and hagfish VLRB.61 提交 2007-07-22	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 信息不足单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 383–627（245 aa）片段：VLRB.61, UNP residues 24-82(Inshore hagfish), TLR4, UNP residues 383-228(human)	未记录	SO4 SULFATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 5.5；277 K；0.2M Lithium Sulfate, 0.1M Sodium Acetate, 24% PEG 4000, pH 5.50, temperature 277K, VAPOR DIFFUSION	分辨率 1.90 Å R-free 0.219
2Z66 Crystal structure of the VT3 hybrid of human TLR4 and hagfish VLRB.61 提交 2007-07-22	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 信息不足单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 C 383–627（245 aa）片段：VLRB.61, UNP residues 24-82(Inshore hagfish), TLR4, UNP residues 383-228(human)	未记录	SO4 SULFATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 5.5；277 K；0.2M Lithium Sulfate, 0.1M Sodium Acetate, 24% PEG 4000, pH 5.50, temperature 277K, VAPOR DIFFUSION	分辨率 1.90 Å R-free 0.219
2Z66 Crystal structure of the VT3 hybrid of human TLR4 and hagfish VLRB.61 提交 2007-07-22	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 4 信息不足单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 D 383–627（245 aa）片段：VLRB.61, UNP residues 24-82(Inshore hagfish), TLR4, UNP residues 383-228(human)	未记录	SO4 SULFATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 5.5；277 K；0.2M Lithium Sulfate, 0.1M Sodium Acetate, 24% PEG 4000, pH 5.50, temperature 277K, VAPOR DIFFUSION	分辨率 1.90 Å R-free 0.219
3FXI Crystal structure of the human TLR4-human MD-2-E.coli LPS Ra complex 提交 2009-01-21	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 27–631（605 aa）片段：extracellular domain, residues 27-631 链 B 27–631（605 aa）片段：extracellular domain, residues 27-631	未记录	FTT 3-HYDROXY-TETRADECANOIC ACID × 8 DAO LAURIC ACID × 2 MYR MYRISTIC ACID × 2 PO4 PHOSPHATE ION × 8 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 8 MG MAGNESIUM ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；278 K；50mM MgCl2, 0.1M Na-HEPES pH 7.5, 30% PEG MME 550, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 278K	分辨率 3.10 Å R-free 0.281
3UL7 Crystal structure of the TV3 mutant F63W 提交 2011-11-10	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 28–228（201 aa）片段：UNP RESIDUES 28-228, UNP RESIDUES 126-199	突变：F63W	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 FUL beta-L-fucopyranose × 1 SO4 SULFATE ION × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 5.5；296 K；0.1M Bis-Tris (pH5.5), 36% PEG 1000, 0.2M Lithium sulfate, VAPOR DIFFUSION, temperature 296K	分辨率 2.37 Å R-free 0.271
3UL8 Crystal structure of the TV3 mutant V134L 提交 2011-11-10	突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 27–228（202 aa）片段：UNP RESIDUES 27-228, UNP RESIDUES 126-199	突变：V134L	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 FUL beta-L-fucopyranose × 1 SO4 SULFATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 5.5；296 K；0.1M Bis-Tris(pH5.5), 36% PEG 1000, 0.2M Lithium sulfate, VAPOR DIFFUSION, temperature 296K	分辨率 2.50 Å R-free 0.300
3UL9 structure of the TV3 mutant M41E 提交 2011-11-10	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 28–228（201 aa）片段：UNP RESIDUES 28-228, UNP RESIDUES 126-199	突变：M41E	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 FUL beta-L-fucopyranose × 1 SO4 SULFATE ION × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 5.5；296 K；0.1M Bis-Tris(pH5.5), 36% PEG 1000, 0.2M Lithium sulfate, VAPOR DIFFUSION, temperature 296K	分辨率 2.45 Å R-free 0.306
4G8A Crystal structure of human TLR4 polymorphic variant D299G and T399I in complex with MD-2 and LPS 提交 2012-07-23	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 23–629（607 aa）片段：UNP RESIDUES 23-629 链 B 23–629（607 aa）片段：UNP RESIDUES 23-629	突变：D299G, T399I 突变：D299G, T399I	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 4 LP4 2-deoxy-3-O-[(3R)-3-hydroxytetradecanoyl]-2-{[(3R)-3-hydroxytetradecanoyl]amino}-4-O-phosphono-beta-D-glucopyranose × 2 LP5 (R)-((2R,3S,4R,5R,6R)-3-HYDROXY-2-(HYDROXYMETHYL)-5-((R)-3-HYDROXYTETRADECANAMIDO)-6-(PHOSPHONOOXY)TETRAHYDRO-2H-PYRAN-4-YL) 3-HYDROXYTETRADECANOATE × 2 DAO LAURIC ACID × 2 MYR MYRISTIC ACID × 2 KDO 3-deoxy-alpha-D-manno-oct-2-ulopyranosonic acid × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8；293 K；26-30% (w/v) PEG1000, 0.1M Tris-HCl (pH 8.0), VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K	分辨率 2.40 Å R-free 0.249
5NAM NMR structure of TLR4 transmembrane domain (624-670) in DMPG/DHPC bicelles 提交 2017-02-28	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 623–670（48 aa）片段：UNP residues 623-670	未记录	未记录非水小分子	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 6；313 K；离子强度（mmCIF原始值）10；压力 AMBIENT NMR样品组成 0.5 mM [U-13C; U-15N] TLR4-TM, 71 mM DHPC, 29 mM DMPG, 10 mM imidazole, 0.01 % sodium azide, 90% H2O/10% D2O \| 90% H2O/10% D2O NMR样品组成 0.5 mM [U-13C; U-15N] TLR4-TM, 71 mM DHPC, 29 mM DMPC, 10 mM imidazole, 0.01 % sodium azide, 90% H2O/10% D2O \| 90% H2O/10% D2O NMR样品组成 0.5 mM [U-13C; U-15N] TLR4-TM, 50 mM [U-2H] DPC, 10 mM imidazole, 0.01 % sodium azide, 90% H2O/10% D2O \| 90% H2O/10% D2O	分辨率未提供
5NAO NMR structure of TLR4 transmembrane domain (624-657) in DPC micelles 提交 2017-02-28	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 623–657（35 aa）片段：UNP residues 623-657	未记录	未记录非水小分子	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 6；313 K；离子强度（mmCIF原始值）20；压力 AMBIENT NMR样品组成 1.0 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] TLR4-TM, 100 mM [U-99% 2H] DPC, 20 mM sodium phosphate, 0.01 % sodium azide, 90% H2O/10% D2O \| 90% H2O/10% D2O	分辨率未提供
8WO1 Cryo-EM Structure of Human TLR4/MD-2/DLAM5 Complex 提交 2023-10-06	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 27–631（605 aa）链 B 27–631（605 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 6 GP4 2-amino-2-deoxy-4-O-phosphono-alpha-D-glucopyranose × 2 2IL (3R)-3-(dodecanoyloxy)tetradecanoic acid × 2 0IL (3R)-3-(tetradecanoyloxy)tetradecanoic acid × 2 X6N [(2~{R},3~{S},4~{R},5~{S})-2-(hydroxymethyl)-5-methoxy-4,6-bis(oxidanyl)oxan-3-yl] dihydrogen phosphate × 2 A1L01 (3~{S})-3-decanoyloxytetradecanoic acid × 2	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.24 Å
8WTA Cryo-EM Structure of Human TLR4/MD-2/DLAM3 Complex 提交 2023-10-18	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 27–631（605 aa）链 B 27–631（605 aa）	未记录	GP4 2-amino-2-deoxy-4-O-phosphono-alpha-D-glucopyranose × 2 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 6 2IL (3R)-3-(dodecanoyloxy)tetradecanoic acid × 4 0IL (3R)-3-(tetradecanoyloxy)tetradecanoic acid × 2 XIQ 2-(hydroxymethyl)-5-methoxy-3,6-bis(oxidanyl)pyran-4-one × 2	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.90 Å
9J03 Cyro-EM Structure of Human TLR4/MD-2/DLAM1 Complex 提交 2024-08-02	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 27–631（605 aa）链 B 27–631（605 aa）	未记录	2IL (3R)-3-(dodecanoyloxy)tetradecanoic acid × 6 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 6 GP4 2-amino-2-deoxy-4-O-phosphono-alpha-D-glucopyranose × 2 X6Z [(2~{R},3~{S},4~{S},5~{S})-5-methoxy-3,4,6-tris(oxidanyl)oxan-2-yl]methyl dihydrogen phosphate × 2	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.70 Å

共 14 个其他 PDB 条目、18 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	TLR4_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 3–204； UniProt 27–228 作者链 C； PDB构建体 3–204； UniProt 27–228

Toll-like receptor 4, Variable lymphocyte receptor B

Eptatretus burgeri

UniProt Q4G1L2

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	信息不足异源复合物蛋白 × 2 其他聚合物 1 PDB 声明：dimeric（2）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 126–199	片段：UNP RESIDUES 27-228, UNP RESIDUES 126-199 突变：F63W	Lymphocyte antigen 96 × 1 （Q9Y6Y9） beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 2 E55 3-O-DECYL-2-DEOXY-6-O-{2-DEOXY-3-O-[(3R)-3-METHOXYDECYL]-6-O-METHYL-2-[(11Z)-OCTADEC-11-ENOYLAMINO]-4-O-PHOSPHONO-BETA-D-GLUCOPYRANOSYL}-2-[(3-OXOTETRADECANOYL)AMINO]-1-O-PHOSPHONO-ALPHA-D-GLUCOPYRANOSE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION；pH 4.5；296 K；0.1M sodium acetate (pH4.5), 22% w/v PEG 8000, 0.2M lithium sulfate, VAPOR DIFFUSION, temperature 296K	分辨率 3.60 Å R-free 0.341
2	信息不足异源复合物蛋白 × 2 其他聚合物 1 PDB 声明：dimeric（2）与蛋白拷贝数一致	链 C； UniProt 126–199	片段：UNP RESIDUES 27-228, UNP RESIDUES 126-199 突变：F63W	Lymphocyte antigen 96 × 1 （Q9Y6Y9） beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 2 E55 3-O-DECYL-2-DEOXY-6-O-{2-DEOXY-3-O-[(3R)-3-METHOXYDECYL]-6-O-METHYL-2-[(11Z)-OCTADEC-11-ENOYLAMINO]-4-O-PHOSPHONO-BETA-D-GLUCOPYRANOSYL}-2-[(3-OXOTETRADECANOYL)AMINO]-1-O-PHOSPHONO-ALPHA-D-GLUCOPYRANOSE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION；pH 4.5；296 K；0.1M sodium acetate (pH4.5), 22% w/v PEG 8000, 0.2M lithium sulfate, VAPOR DIFFUSION, temperature 296K	分辨率 3.60 Å R-free 0.341

数据库中的同蛋白其他状态

其他 PDB	相对当前条目 3ULA	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
2O6R Structural diversity of the hagfish Variable Lymphocyte Receptors B61 提交 2006-12-08	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 24–200（177 aa）片段：Leucine-rich repeat (LRR), residues 24-200	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；295 K；30% PEG 4000, 0.1M Tris-Hcl, 0.2M sodium chloride, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295.0K	分辨率 2.30 Å R-free 0.259
2Z62 Crystal structure of the TV3 hybrid of human TLR4 and hagfish VLRB.61 提交 2007-07-22	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 128–199（72 aa）片段：TLR4, UNP residues 27-228(human), VLRB.61, UNP residues 128-199(Inshore hagfish)	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 5.5；296 K；0.2M NaCl, 0.1M Bis-Tris Propane, 33% PEG 1000, pH 5.50, VAPOR DIFFUSION, temperature 296K	分辨率 1.70 Å R-free 0.208
2Z63 Crystal structure of the TV8 hybrid of human TLR4 and hagfish VLRB.61 提交 2007-07-22	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 133–199（67 aa）片段：TLR4, UNP residues 27-527(human), VLRB.61, UNP residues 133-199(Inshore hagfish)	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 6.5；277 K；0.2M Sodium Citrate, 0.1M Bis-Tris Propane, 27% PEG 1000, pH 6.50, VAPOR DIFFUSION, temperature 277K	分辨率 2.00 Å R-free 0.298
2Z65 Crystal structure of the human TLR4 TV3 hybrid-MD-2-Eritoran complex 提交 2007-07-22	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 128–199（72 aa）片段：TV3, UNP residues 27-228(human), E5564, UNP residues 19-158(Inshore hagfish)	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 4.5；296 K；0.2M Ammonium Sulfate, 0.1M Sodium Acetate, 20% PEG 4000, 5% Ethanol, pH 4.5, VAPOR DIFFUSION, temperature 296K	分辨率 2.70 Å R-free 0.289
2Z65 Crystal structure of the human TLR4 TV3 hybrid-MD-2-Eritoran complex 提交 2007-07-22	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 信息不足单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 128–199（72 aa）片段：TV3, UNP residues 27-228(human), E5564, UNP residues 19-158(Inshore hagfish)	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 4.5；296 K；0.2M Ammonium Sulfate, 0.1M Sodium Acetate, 20% PEG 4000, 5% Ethanol, pH 4.5, VAPOR DIFFUSION, temperature 296K	分辨率 2.70 Å R-free 0.289
2Z66 Crystal structure of the VT3 hybrid of human TLR4 and hagfish VLRB.61 提交 2007-07-22	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 24–82（59 aa）片段：VLRB.61, UNP residues 24-82(Inshore hagfish), TLR4, UNP residues 383-228(human)	未记录	SO4 SULFATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 5.5；277 K；0.2M Lithium Sulfate, 0.1M Sodium Acetate, 24% PEG 4000, pH 5.50, temperature 277K, VAPOR DIFFUSION	分辨率 1.90 Å R-free 0.219
2Z66 Crystal structure of the VT3 hybrid of human TLR4 and hagfish VLRB.61 提交 2007-07-22	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 信息不足单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 24–82（59 aa）片段：VLRB.61, UNP residues 24-82(Inshore hagfish), TLR4, UNP residues 383-228(human)	未记录	SO4 SULFATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 5.5；277 K；0.2M Lithium Sulfate, 0.1M Sodium Acetate, 24% PEG 4000, pH 5.50, temperature 277K, VAPOR DIFFUSION	分辨率 1.90 Å R-free 0.219
2Z66 Crystal structure of the VT3 hybrid of human TLR4 and hagfish VLRB.61 提交 2007-07-22	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 信息不足单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 C 24–82（59 aa）片段：VLRB.61, UNP residues 24-82(Inshore hagfish), TLR4, UNP residues 383-228(human)	未记录	SO4 SULFATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 5.5；277 K；0.2M Lithium Sulfate, 0.1M Sodium Acetate, 24% PEG 4000, pH 5.50, temperature 277K, VAPOR DIFFUSION	分辨率 1.90 Å R-free 0.219
2Z66 Crystal structure of the VT3 hybrid of human TLR4 and hagfish VLRB.61 提交 2007-07-22	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 4 信息不足单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 D 24–82（59 aa）片段：VLRB.61, UNP residues 24-82(Inshore hagfish), TLR4, UNP residues 383-228(human)	未记录	SO4 SULFATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 5.5；277 K；0.2M Lithium Sulfate, 0.1M Sodium Acetate, 24% PEG 4000, pH 5.50, temperature 277K, VAPOR DIFFUSION	分辨率 1.90 Å R-free 0.219
2Z7X Crystal structure of the TLR1-TLR2 heterodimer induced by binding of a tri-acylated lipopeptide 提交 2007-08-29	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 133–199（67 aa）链 B 133–199（67 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 4 PLM PALMITIC ACID × 1 Z41 (2S)-3-hydroxypropane-1,2-diyl dihexadecanoate × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；296 K；0.2M sodium citrate, 20% PEG3350, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 296K	分辨率 2.10 Å R-free 0.270
2Z80 Crystal structure of the TLR1-TLR2 heterodimer induced by binding of a tri-acylated lipopeptide 提交 2007-08-30	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 136–199（64 aa）片段：TLR2, UNP residues 1-284(human), VLRB.61, UNP residues 136-199(Inshore hagfish)	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；296 K；0.1M Tris-HCl pH8.5, 28% PEG2000, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 296K	分辨率 1.80 Å R-free 0.254
2Z80 Crystal structure of the TLR1-TLR2 heterodimer induced by binding of a tri-acylated lipopeptide 提交 2007-08-30	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 信息不足单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 136–199（64 aa）片段：TLR2, UNP residues 1-284(human), VLRB.61, UNP residues 136-199(Inshore hagfish)	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；296 K；0.1M Tris-HCl pH8.5, 28% PEG2000, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 296K	分辨率 1.80 Å R-free 0.254
2Z81 Crystal structure of the TLR1-TLR2 heterodimer induced by binding of a tri-acylated lipopeptide 提交 2007-08-30	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 133–199（67 aa）片段：TLR2, UNP residues 27-506(Mouse), VLRB.61, UNP residues 136-199(Inshore hagfish)	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 PCJ (2R)-3-{[(2S)-3-HYDROXY-2-(PALMITOYLAMINO)PROPYL]THIO}PROPANE-1,2-DIYL DIHEXADECANOATE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；296 K；0.2M ammonium sulfate, 0.1M Tris-HCl pH8.5, 34% PEG1000, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 296K	分辨率 1.80 Å R-free 0.232
2Z82 Crystal structure of the TLR1-TLR2 heterodimer induced by binding of a tri-acylated lipopeptide 提交 2007-08-30	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 133–199（67 aa）片段：TLR2, UNP residues 27-506(Mouse), VLRB.61, UNP residues 133-199(Inshore hagfish)	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 PDJ (2R)-3-{[(2R)-2-AMINO-3-HYDROXYPROPYL]THIO}PROPANE-1,2-DIYL DIHEXADECANOATE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；296 K；0.2M ammonium sulfate, 0.1M Tris-HCl pH8.5 and 34% PEG1000, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 296K	分辨率 2.60 Å R-free 0.277
3A79 Crystal structure of TLR2-TLR6-Pam2CSK4 complex 提交 2009-09-20	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 133–200（68 aa）片段：extracellular domain, UNP residues 1-506(mouse), UNP residues 133-200(Inshore hagfish)	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 5 PXS (2S)-propane-1,2-diyl dihexadecanoate × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.5；293 K；2.0M ammonium sulfate, 0.1M MES pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K	分辨率 2.90 Å R-free 0.280
3A7B Crystal structure of TLR2-Streptococcus Pneumoniae lipoteichoic acid complex 提交 2009-09-20	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 133–200（68 aa）片段：extracellular domain, UNP residues 1-506(mouse), UNP residues 133-200(Inshore hagfish)	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 LTC (2S)-1-({3-O-[2-(acetylamino)-4-amino-2,4,6-trideoxy-beta-D-galactopyranosyl]-alpha-D-glucopyranosyl}oxy)-3-(heptanoyloxy)propan-2-yl (7Z)-pentadec-7-enoate × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7；293 K；50mM ammonium citrate pH 7.0, 20% PEG 4000, 30% ethylene glycol, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K	分辨率 2.53 Å R-free 0.270
3A7C Crystal structure of TLR2-PE-DTPA complex 提交 2009-09-20	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 133–200（68 aa）片段：extracellular domain, UNP residues 1-506(mouse), UNP residues 133-200(Inshore hagfish)	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 PDK (10S,13R)-3-{2-[{2-[bis(carboxymethyl)amino]ethyl}(carboxymethyl)amino]ethyl}-10-hydroxy-5,16-dioxo-13-(tetradecanoyloxy)-9,11,15-trioxa-3,6-diaza-10-phosphanonacosan-1-oic acid 10-oxide × 1 LU LUTETIUM (III) ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；293 K；0.2M ammonium sulfate, 0.1M Na-HEPES pH 7.5, 25% PEG 4000, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K	分辨率 2.40 Å R-free 0.290
3UL7 Crystal structure of the TV3 mutant F63W 提交 2011-11-10	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 126–199（74 aa）片段：UNP RESIDUES 28-228, UNP RESIDUES 126-199	突变：F63W	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 FUL beta-L-fucopyranose × 1 SO4 SULFATE ION × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 5.5；296 K；0.1M Bis-Tris (pH5.5), 36% PEG 1000, 0.2M Lithium sulfate, VAPOR DIFFUSION, temperature 296K	分辨率 2.37 Å R-free 0.271
3UL8 Crystal structure of the TV3 mutant V134L 提交 2011-11-10	突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 126–199（74 aa）片段：UNP RESIDUES 27-228, UNP RESIDUES 126-199	突变：V134L	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 FUL beta-L-fucopyranose × 1 SO4 SULFATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 5.5；296 K；0.1M Bis-Tris(pH5.5), 36% PEG 1000, 0.2M Lithium sulfate, VAPOR DIFFUSION, temperature 296K	分辨率 2.50 Å R-free 0.300
3UL9 structure of the TV3 mutant M41E 提交 2011-11-10	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 126–199（74 aa）片段：UNP RESIDUES 28-228, UNP RESIDUES 126-199	突变：M41E	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 FUL beta-L-fucopyranose × 1 SO4 SULFATE ION × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 5.5；296 K；0.1M Bis-Tris(pH5.5), 36% PEG 1000, 0.2M Lithium sulfate, VAPOR DIFFUSION, temperature 296K	分辨率 2.45 Å R-free 0.306
3V44 Crystal structure of the N-terminal fragment of zebrafish TLR5 提交 2011-12-14	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 126–200（75 aa）片段：zebrafish Toll-like receptor 5b (UNP residues 22-342) and hagfish variable lymphocyte receptor B.61 (UNP residues 126-200)	突变：V24E, L124V, Q159K, R227K, S229T, D334N	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7；277 K；20% MPD, 0.1 M Hepes pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K	分辨率 2.83 Å R-free 0.238
3V47 Crystal structure of the N-terminal fragment of zebrafish TLR5 in complex with Salmonella flagellin 提交 2011-12-14	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 126–200（75 aa）片段：zebrafish Toll-like receptor 5b (UNP residues 22-390), hagfish variable lymphocyte receptor B.61 (UNP residues 126-200) 链 B 126–200（75 aa）片段：zebrafish Toll-like receptor 5b (UNP residues 22-390), hagfish variable lymphocyte receptor B.61 (UNP residues 126-200)	突变：V24E, L124V, Q159K, R227K, S229T, D334N 突变：V24E, L124V, Q159K, R227K, S229T, D334N	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；296 K；15% PEG8000, 0.2 M magnesium chloride, 0.1 M Tris pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 296K	分辨率 2.47 Å R-free 0.259
4ARN Crystal structure of the N-terminal domain of Drosophila Toll receptor 提交 2012-04-25	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 131–201（71 aa）片段：TOLL RECEPTOR RESIDUES 28-228, VARIABLE LYMPHOCYTE RECEPTOR B.61 RESIDUES 131-201	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 MLI MALONATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 7；PH 7	分辨率 2.41 Å R-free 0.216
4ARN Crystal structure of the N-terminal domain of Drosophila Toll receptor 提交 2012-04-25	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 信息不足单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 131–201（71 aa）片段：TOLL RECEPTOR RESIDUES 28-228, VARIABLE LYMPHOCYTE RECEPTOR B.61 RESIDUES 131-201	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 3 MLI MALONATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 7；PH 7	分辨率 2.41 Å R-free 0.216
4ARN Crystal structure of the N-terminal domain of Drosophila Toll receptor 提交 2012-04-25	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 信息不足单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 C 131–201（71 aa）片段：TOLL RECEPTOR RESIDUES 28-228, VARIABLE LYMPHOCYTE RECEPTOR B.61 RESIDUES 131-201	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 7；PH 7	分辨率 2.41 Å R-free 0.216
4ARN Crystal structure of the N-terminal domain of Drosophila Toll receptor 提交 2012-04-25	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 4 信息不足单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 D 131–201（71 aa）片段：TOLL RECEPTOR RESIDUES 28-228, VARIABLE LYMPHOCYTE RECEPTOR B.61 RESIDUES 131-201	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 7；PH 7	分辨率 2.41 Å R-free 0.216
4ARR Crystal structure of the N-terminal domain of Drosophila Toll receptor with the magic triangle I3C 提交 2012-04-26	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 133–201（69 aa）片段：TOLL RECEPTOR (UNP RESIDUES 28-228), VARIABLE LYMPHOCYTE RECEPTOR B.61 (UNP RESIDUES 133-201)	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 2 I3C 5-amino-2,4,6-triiodobenzene-1,3-dicarboxylic acid × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 7；SODIUM MALONATE AND 5-AMINO-2,4, 6-TRIIODOISOPHTHALIC ACID, pH 7	分辨率 3.00 Å R-free 0.254
4ARR Crystal structure of the N-terminal domain of Drosophila Toll receptor with the magic triangle I3C 提交 2012-04-26	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 信息不足单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 133–201（69 aa）片段：TOLL RECEPTOR (UNP RESIDUES 28-228), VARIABLE LYMPHOCYTE RECEPTOR B.61 (UNP RESIDUES 133-201)	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 I3C 5-amino-2,4,6-triiodobenzene-1,3-dicarboxylic acid × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 7；SODIUM MALONATE AND 5-AMINO-2,4, 6-TRIIODOISOPHTHALIC ACID, pH 7	分辨率 3.00 Å R-free 0.254
4BV4 Structure and allostery in Toll-Spatzle recognition 提交 2013-06-24	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 R 133–201（69 aa）片段：PROTEIN TOLL, RESIDUES 28-397, VARIABLE LYMPHOCYTE RECEPTOR B, RESIDUES 133-201	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 7.5；15% PEG 8000, 0.1M TRIS PH 7.5, 0.1 M MGCL2	分辨率 2.35 Å R-free 0.227
4QDH Crystal Structure of the C-terminal Domain of Mouse TLR9 提交 2014-05-13	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 21–81（61 aa）片段：SEE REMARK 999 链 A 126–200（75 aa）片段：SEE REMARK 999	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 5 SO4 SULFATE ION × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 4.77；295 K；100 mM sodium citrate, 1.5 M ammonium sulfate, pH 4.77, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 295K	分辨率 2.40 Å R-free 0.247
4QDH Crystal Structure of the C-terminal Domain of Mouse TLR9 提交 2014-05-13	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 信息不足单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 21–81（61 aa）片段：SEE REMARK 999 链 B 126–200（75 aa）片段：SEE REMARK 999	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 5 SO4 SULFATE ION × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 4.77；295 K；100 mM sodium citrate, 1.5 M ammonium sulfate, pH 4.77, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 295K	分辨率 2.40 Å R-free 0.247
4QXE Crystal structure of LGR4 fused with hagfish VLR 提交 2014-07-20	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 133–200（68 aa）片段：R-spondin Receptor, UNP residues 27-396, UNP residues 133-200	突变：D75G	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 3 GOL GLYCEROL × 1 CL CHLORIDE ION × 2 SO4 SULFATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；289 K；0.1M HEPES pH 7.5, 2.0M ammonium sulfate, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 289K	分辨率 2.20 Å R-free 0.237
4QXF crystal structure of human LGR4 and Rspo1 提交 2014-07-20	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 128–200（73 aa）片段：UNP residues 27-252, UNP residues 128-200	突变：D75G	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；289 K；0.1M MES pH 6.5, 0.2M sodium thiocyanate, 22% PEG3350, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 289K	分辨率 2.25 Å R-free 0.243
4QXF crystal structure of human LGR4 and Rspo1 提交 2014-07-20	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 信息不足异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 128–200（73 aa）片段：UNP residues 27-252, UNP residues 128-200	突变：D75G	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；289 K；0.1M MES pH 6.5, 0.2M sodium thiocyanate, 22% PEG3350, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 289K	分辨率 2.25 Å R-free 0.243
5GY2 Crystal structure of a complex between Bacillus subtilis flagellin and zebrafish Toll-like receptor 5 提交 2016-09-21	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 126–200（75 aa）	突变：V24E/L124V/Q159K/R227K/S229T/D334N	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 3 PG4 TETRAETHYLENE GLYCOL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 4.4；291 K；PEG 300, sodium acetate, pH 4.4	分辨率 2.10 Å R-free 0.236
5GY2 Crystal structure of a complex between Bacillus subtilis flagellin and zebrafish Toll-like receptor 5 提交 2016-09-21	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 信息不足异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 126–200（75 aa）	突变：V24E/L124V/Q159K/R227K/S229T/D334N	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 3 PG4 TETRAETHYLENE GLYCOL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 4.4；291 K；PEG 300, sodium acetate, pH 4.4	分辨率 2.10 Å R-free 0.236
5IJB The ligand-free structure of the mouse TLR4/MD-2 complex 提交 2016-03-01	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 126–200（75 aa）片段：TLR4 ectodomain (UNP residues 26-544) + VLRB (UNP residues 126-200)	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；293 K；0.1 M Bicine, pH 7.5, 12% PEG10000	分辨率 2.91 Å R-free 0.308
5IJB The ligand-free structure of the mouse TLR4/MD-2 complex 提交 2016-03-01	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 信息不足异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 126–200（75 aa）片段：TLR4 ectodomain (UNP residues 26-544) + VLRB (UNP residues 126-200)	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；293 K；0.1 M Bicine, pH 7.5, 12% PEG10000	分辨率 2.91 Å R-free 0.308
5IJC The crystal structure of mouse TLR4/MD-2/neoseptin-3 complex 提交 2016-03-01	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 126–200（75 aa）片段：TLR4 ectodomain (UNP residues 26-544) + VLRB (UNP residues 126-200)	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 6 V2A neoseptin 3 × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；293 K；0.1 M Tris, pH 8.0, 0.2 M lithium chloride, 12% PEG8000	分辨率 2.57 Å R-free 0.234
5IJC The crystal structure of mouse TLR4/MD-2/neoseptin-3 complex 提交 2016-03-01	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 信息不足异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 126–200（75 aa）片段：TLR4 ectodomain (UNP residues 26-544) + VLRB (UNP residues 126-200)	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 5 V2A neoseptin 3 × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；293 K；0.1 M Tris, pH 8.0, 0.2 M lithium chloride, 12% PEG8000	分辨率 2.57 Å R-free 0.234
5IJD The crystal structure of mouse TLR4/MD-2/lipid A complex 提交 2016-03-01	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 126–200（75 aa）片段：TLR4 ectodomain (UNP residues 26-544) + VLRB (UNP residues 126-200) 链 B 126–200（75 aa）片段：TLR4 ectodomain (UNP residues 26-544) + VLRB (UNP residues 126-200)	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 5 LP4 2-deoxy-3-O-[(3R)-3-hydroxytetradecanoyl]-2-{[(3R)-3-hydroxytetradecanoyl]amino}-4-O-phosphono-beta-D-glucopyranose × 2 LP5 (R)-((2R,3S,4R,5R,6R)-3-HYDROXY-2-(HYDROXYMETHYL)-5-((R)-3-HYDROXYTETRADECANAMIDO)-6-(PHOSPHONOOXY)TETRAHYDRO-2H-PYRAN-4-YL) 3-HYDROXYTETRADECANOATE × 2 DAO LAURIC ACID × 2 MYR MYRISTIC ACID × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；293 K；0.1 M Tris, pH 8.0, 0.2 M lithium chloride, 14% PEG8000, 2.5% PEG400	分辨率 2.70 Å R-free 0.285
5IJD The crystal structure of mouse TLR4/MD-2/lipid A complex 提交 2016-03-01	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 信息不足异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 126–200（75 aa）片段：TLR4 ectodomain (UNP residues 26-544) + VLRB (UNP residues 126-200)	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 3 LP4 2-deoxy-3-O-[(3R)-3-hydroxytetradecanoyl]-2-{[(3R)-3-hydroxytetradecanoyl]amino}-4-O-phosphono-beta-D-glucopyranose × 1 LP5 (R)-((2R,3S,4R,5R,6R)-3-HYDROXY-2-(HYDROXYMETHYL)-5-((R)-3-HYDROXYTETRADECANAMIDO)-6-(PHOSPHONOOXY)TETRAHYDRO-2H-PYRAN-4-YL) 3-HYDROXYTETRADECANOATE × 1 DAO LAURIC ACID × 1 MYR MYRISTIC ACID × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；293 K；0.1 M Tris, pH 8.0, 0.2 M lithium chloride, 14% PEG8000, 2.5% PEG400	分辨率 2.70 Å R-free 0.285
5IJD The crystal structure of mouse TLR4/MD-2/lipid A complex 提交 2016-03-01	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 信息不足异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 126–200（75 aa）片段：TLR4 ectodomain (UNP residues 26-544) + VLRB (UNP residues 126-200)	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 2 LP4 2-deoxy-3-O-[(3R)-3-hydroxytetradecanoyl]-2-{[(3R)-3-hydroxytetradecanoyl]amino}-4-O-phosphono-beta-D-glucopyranose × 1 LP5 (R)-((2R,3S,4R,5R,6R)-3-HYDROXY-2-(HYDROXYMETHYL)-5-((R)-3-HYDROXYTETRADECANAMIDO)-6-(PHOSPHONOOXY)TETRAHYDRO-2H-PYRAN-4-YL) 3-HYDROXYTETRADECANOATE × 1 DAO LAURIC ACID × 1 MYR MYRISTIC ACID × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；293 K；0.1 M Tris, pH 8.0, 0.2 M lithium chloride, 14% PEG8000, 2.5% PEG400	分辨率 2.70 Å R-free 0.285
6BXA Crystal structure of N-terminal fragment of Zebrafish Toll-Like Receptor 5 (TLR5) with Lamprey Variable Lymphocyte Receptor 2 (VLR2) bound 提交 2017-12-18	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 126–200（75 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 2 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293.15 K；16% PEG 8K, 180 mM ammonium citrate, 90 mM MES pH 6.0, 10 mM urea	分辨率 2.30 Å R-free 0.218
6BXA Crystal structure of N-terminal fragment of Zebrafish Toll-Like Receptor 5 (TLR5) with Lamprey Variable Lymphocyte Receptor 2 (VLR2) bound 提交 2017-12-18	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 信息不足异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 126–200（75 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 3 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293.15 K；16% PEG 8K, 180 mM ammonium citrate, 90 mM MES pH 6.0, 10 mM urea	分辨率 2.30 Å R-free 0.218
6BXC Crystal structure of N-terminal fragment of Zebrafish Toll-Like Receptor 5 (TLR5) with Lamprey Variable Lymphocyte Receptor 9 (VLR9) bound 提交 2017-12-18	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 126–200（75 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 2 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293.15 K；15% Peg3350, 170 mM MgNO3, 80 mM MES pH 6.0, 15% ethylene glycol	分辨率 2.50 Å R-free 0.270
6BXC Crystal structure of N-terminal fragment of Zebrafish Toll-Like Receptor 5 (TLR5) with Lamprey Variable Lymphocyte Receptor 9 (VLR9) bound 提交 2017-12-18	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 信息不足异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 126–200（75 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293.15 K；15% Peg3350, 170 mM MgNO3, 80 mM MES pH 6.0, 15% ethylene glycol	分辨率 2.50 Å R-free 0.270
7MLM Crystal structure of mouse TLR4/MD-2 in complex with sulfatides 提交 2021-04-28	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 126–200（75 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 8 ZKM N-[(1S,2R,3E)-2-hydroxy-1-{[(3-O-sulfo-beta-D-galactopyranosyl)oxy]methyl}heptadec-3-en-1-yl]-hexadecanamide × 6	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293.15 K；0.1 M Tris pH8.0, 0.8 M sodium formate, 8% PEG 8000, 8% PEG 1000	分辨率 2.10 Å R-free 0.244
7MLM Crystal structure of mouse TLR4/MD-2 in complex with sulfatides 提交 2021-04-28	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 信息不足异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 126–200（75 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 4 ZKM N-[(1S,2R,3E)-2-hydroxy-1-{[(3-O-sulfo-beta-D-galactopyranosyl)oxy]methyl}heptadec-3-en-1-yl]-hexadecanamide × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293.15 K；0.1 M Tris pH8.0, 0.8 M sodium formate, 8% PEG 8000, 8% PEG 1000	分辨率 2.10 Å R-free 0.244

共 30 个其他 PDB 条目、49 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	Q4G1L2_EPTBU
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 205–278； UniProt 126–199 作者链 C； PDB构建体 205–278； UniProt 126–199

Lymphocyte antigen 96

Homo sapiens

UniProt Q9Y6Y9

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	信息不足异源复合物蛋白 × 2 其他聚合物 1 PDB 声明：dimeric（2）与蛋白拷贝数一致	链 D； UniProt 19–158	片段：UNP RESIDUES 19-158	Toll-like receptor 4, Variable lymphocyte receptor B × 1 （O00206,Q4G1L2） beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 2 E55 3-O-DECYL-2-DEOXY-6-O-{2-DEOXY-3-O-[(3R)-3-METHOXYDECYL]-6-O-METHYL-2-[(11Z)-OCTADEC-11-ENOYLAMINO]-4-O-PHOSPHONO-BETA-D-GLUCOPYRANOSYL}-2-[(3-OXOTETRADECANOYL)AMINO]-1-O-PHOSPHONO-ALPHA-D-GLUCOPYRANOSE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION；pH 4.5；296 K；0.1M sodium acetate (pH4.5), 22% w/v PEG 8000, 0.2M lithium sulfate, VAPOR DIFFUSION, temperature 296K	分辨率 3.60 Å R-free 0.341
2	信息不足异源复合物蛋白 × 2 其他聚合物 1 PDB 声明：dimeric（2）与蛋白拷贝数一致	链 B； UniProt 19–158	片段：UNP RESIDUES 19-158	Toll-like receptor 4, Variable lymphocyte receptor B × 1 （O00206,Q4G1L2） beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 2 E55 3-O-DECYL-2-DEOXY-6-O-{2-DEOXY-3-O-[(3R)-3-METHOXYDECYL]-6-O-METHYL-2-[(11Z)-OCTADEC-11-ENOYLAMINO]-4-O-PHOSPHONO-BETA-D-GLUCOPYRANOSYL}-2-[(3-OXOTETRADECANOYL)AMINO]-1-O-PHOSPHONO-ALPHA-D-GLUCOPYRANOSE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION；pH 4.5；296 K；0.1M sodium acetate (pH4.5), 22% w/v PEG 8000, 0.2M lithium sulfate, VAPOR DIFFUSION, temperature 296K	分辨率 3.60 Å R-free 0.341

数据库中的同蛋白其他状态

其他 PDB	相对当前条目 3ULA	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
2E56 Crystal structure of human MD-2 提交 2006-12-19	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 17–160（144 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 2 MYR MYRISTIC ACID × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.3；277 K；20% PEG8000, 120mM Na-acetate,70mM Na-cacodylate, pH 6.3, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277.0K	分辨率 2.00 Å R-free 0.249
2E59 Crystal structure of human MD-2 in complex with lipid IVa 提交 2006-12-19	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 17–160（144 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 2 LP5 (R)-((2R,3S,4R,5R,6R)-3-HYDROXY-2-(HYDROXYMETHYL)-5-((R)-3-HYDROXYTETRADECANAMIDO)-6-(PHOSPHONOOXY)TETRAHYDRO-2H-PYRAN-4-YL) 3-HYDROXYTETRADECANOATE × 1 LP4 2-deoxy-3-O-[(3R)-3-hydroxytetradecanoyl]-2-{[(3R)-3-hydroxytetradecanoyl]amino}-4-O-phosphono-beta-D-glucopyranose × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.4；277 K；15% PEG3350, 40mM Na-citrate, pH 5.4, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277.0K	分辨率 2.21 Å R-free 0.263
2Z65 Crystal structure of the human TLR4 TV3 hybrid-MD-2-Eritoran complex 提交 2007-07-22	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 C 19–158（140 aa）	未记录	E55 3-O-DECYL-2-DEOXY-6-O-{2-DEOXY-3-O-[(3R)-3-METHOXYDECYL]-6-O-METHYL-2-[(11Z)-OCTADEC-11-ENOYLAMINO]-4-O-PHOSPHONO-BETA-D-GLUCOPYRANOSYL}-2-[(3-OXOTETRADECANOYL)AMINO]-1-O-PHOSPHONO-ALPHA-D-GLUCOPYRANOSE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 4.5；296 K；0.2M Ammonium Sulfate, 0.1M Sodium Acetate, 20% PEG 4000, 5% Ethanol, pH 4.5, VAPOR DIFFUSION, temperature 296K	分辨率 2.70 Å R-free 0.289
2Z65 Crystal structure of the human TLR4 TV3 hybrid-MD-2-Eritoran complex 提交 2007-07-22	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 4 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 D 19–158（140 aa）	未记录	E55 3-O-DECYL-2-DEOXY-6-O-{2-DEOXY-3-O-[(3R)-3-METHOXYDECYL]-6-O-METHYL-2-[(11Z)-OCTADEC-11-ENOYLAMINO]-4-O-PHOSPHONO-BETA-D-GLUCOPYRANOSYL}-2-[(3-OXOTETRADECANOYL)AMINO]-1-O-PHOSPHONO-ALPHA-D-GLUCOPYRANOSE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 4.5；296 K；0.2M Ammonium Sulfate, 0.1M Sodium Acetate, 20% PEG 4000, 5% Ethanol, pH 4.5, VAPOR DIFFUSION, temperature 296K	分辨率 2.70 Å R-free 0.289
3FXI Crystal structure of the human TLR4-human MD-2-E.coli LPS Ra complex 提交 2009-01-21	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 C 19–160（142 aa）链 D 19–160（142 aa）	未记录	FTT 3-HYDROXY-TETRADECANOIC ACID × 8 DAO LAURIC ACID × 2 MYR MYRISTIC ACID × 2 PO4 PHOSPHATE ION × 8 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 8 MG MAGNESIUM ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；278 K；50mM MgCl2, 0.1M Na-HEPES pH 7.5, 30% PEG MME 550, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 278K	分辨率 3.10 Å R-free 0.281
4G8A Crystal structure of human TLR4 polymorphic variant D299G and T399I in complex with MD-2 and LPS 提交 2012-07-23	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 C 17–160（144 aa）链 D 17–160（144 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 4 LP4 2-deoxy-3-O-[(3R)-3-hydroxytetradecanoyl]-2-{[(3R)-3-hydroxytetradecanoyl]amino}-4-O-phosphono-beta-D-glucopyranose × 2 LP5 (R)-((2R,3S,4R,5R,6R)-3-HYDROXY-2-(HYDROXYMETHYL)-5-((R)-3-HYDROXYTETRADECANAMIDO)-6-(PHOSPHONOOXY)TETRAHYDRO-2H-PYRAN-4-YL) 3-HYDROXYTETRADECANOATE × 2 DAO LAURIC ACID × 2 MYR MYRISTIC ACID × 2 KDO 3-deoxy-alpha-D-manno-oct-2-ulopyranosonic acid × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8；293 K；26-30% (w/v) PEG1000, 0.1M Tris-HCl (pH 8.0), VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K	分辨率 2.40 Å R-free 0.249

共 5 个其他 PDB 条目、6 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	LY96_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 B； PDB构建体 3–142； UniProt 19–158 作者链 D； PDB构建体 3–142； UniProt 19–158

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

下载 Download SAXS (.dat) P(r) (.pr.out) CIF

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	3ula
沉积日期 deposition_date	2011-11-10
结构标题 title	Crystal structure of the TV3 mutant F63W-MD-2-Eritoran complex
关键词 keywords	LRR, LPS binding, MD-2, extracellular matrix, IMMUNE SYSTEM; IMMUNE SYSTEM
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	33.32 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	32.58 Å
零角强度 I(0) i0	143173000.00
分子量 molecular_weight	99189.0 kDa
排除体积 excluded_volume	125750 Å³
包络体积 envelope_volume	165850 Å³
水化壳体积 shell_volume	41748 Å³
包络直径 envelope_diameter	103.7 Å
壳层 Rg shell_rg	40.21 Å
包络 Rg envelope_rg	31.92 Å
形状 Rg shape_rg	32.60 Å
总 Rg total_rg	33.15 Å
总原子数 total_atoms	6962
残基数 n_residues	832
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	103.3 Å
Rg (实空间) rg_real	33.19 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.66 Å
I(0) (实空间) i0_real	1.4320e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	2.0760e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	33.27 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	143200000.0000
解质量估计 total_estimate	0.9098
解质量评级 solution_quality	EXCELLENT a EXCELLENT solution
P(r) 峰数 n_peaks	1
主峰位置 r_peak_primary	47.4 Å
偏度 Skewness skewness	0.105
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.621
角度范围 angular_range	— – 0.2400 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	50930000.0000
实空间数据点数 n_real_points	49
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.951; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 1.000; Smooth: 0.970

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Toll-like receptor 4, Variable lymphocyte receptor B
分子量 formula_weight	31426.0 kDa
突变 mutation	F63W
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,C
原子数 atom_count	6962

GSEPCVEVVPNITYQCMELNFYKIPDNLPFSTKNLDLSWNPLRHLGSYSFFSFPELQVLDLSRCEIQTIEDGAYQSLSHLSTLILTGNPIQSLALGAFSGLSSLQKLVAVETNLASLENFPIGHLKTLKELNVAHNLIQSFKLPEYFSNLTNLEHLDLSSNKIQSIYCTDLRVLHQMPLLNLSLDLSLNPMNFIQPGAFKEIRLKELALDTNQLKSVPDGIFDRLTSLQKIWLHTNPWDCSCPRIDYLSRWLNKNSQKEQGSAKCSGSGKPVRSIICPT

来源 Source

来源生物 organism	Eptatretus burgeri
通用名 common_name	human, Inshore hagfish
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	7764
宿主生物 host_organism	Spodoptera frugiperda

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	Lymphocyte antigen 96
分子量 formula_weight	16328.9 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B,D

GSQKQYWVCNSSDASISYTYCDKMQYPISINVNPCIELKGSKGLLHIFYIPRRDLKQLYFNLYITVNTMNLPKRKEVICRGSDDDYSFCRALKGETVNTTISFSFKGIKFSKGKYKCVVEAISGSPEEMLFCLEFVILHQPN

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Spodoptera frugiperda

实体 3 Entity 3 branched

描述 description	beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
分子量 formula_weight	586.5 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

实体 4 Entity 4 non-polymer

描述 description	2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
分子量 formula_weight	221.2 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	4

实体 5 Entity 5 non-polymer

描述 description	;3-O-DECYL-2-DEOXY-6-O-{2-DEOXY-3-O-[(3R)-3-METHOXYDECYL]-6-O-METHYL-2-[(11Z)-OCTADEC-11-ENOYLAMINO]-4-O-PHOSPHONO-BETA-D-GLUCOPYRANOSYL}-2-[(3-OXOTETRADECANOYL)AMINO]-1-O-PHOSPHONO-ALPHA-D-GLUCOPYRANOSE ;
分子量 formula_weight	1313.7 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 4 domains

CATH v4.4 (4 domains)

结构域编号 domain_id	3ulaA00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	80 — Alpha-Beta Horseshoe
拓扑 Topology topology	10 — Leucine-rich repeat, LRR (right-handed beta-alpha superhelix)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Ribonuclease Inhibitor

结构域编号 domain_id	3ulaB00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	770 —

结构域编号 domain_id	3ulaC00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	80 — Alpha-Beta Horseshoe
拓扑 Topology topology	10 — Leucine-rich repeat, LRR (right-handed beta-alpha superhelix)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Ribonuclease Inhibitor

结构域编号 domain_id	3ulaD00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	770 —

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8. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	80.210 Å
晶胞边长 b length_b	126.935 Å
晶胞边长 c length_c	129.506 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	8

空间群 space_group	P 21 21 21
空间群编号 int_tables_number	19
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	3.600 Å
最低分辨率 resolution_low	50.000 Å
R 因子 r_factor	—
R_work r_work	0.3056
R_free r_free	0.3406

fit	/app/data/saxs_computation/ul/3ula/3ula.fit
pddf	/app/data/pr_computation/ul/3ula/3ula.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/ul/3ula/3ula.dat

Crystal structure of the TV3 mutant F63W-MD-2-Eritoran complex

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Toll-like receptor 4, Variable lymphocyte receptor B

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

Toll-like receptor 4, Variable lymphocyte receptor B

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

Lymphocyte antigen 96

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 branched

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 non-polymer

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 4 domains

CATH v4.4 (4 domains)

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)