3umy

Crystal structure of mutant ribosomal protein T217A TthL1 in complex with 80nt 23S RNA from Thermus thermophilus

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 75.9 Å Quality: GOOD

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

50S ribosomal protein L1

Thermus thermophilus

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白–RNA 单体蛋白 × 1 RNA 1 PDB 声明：dimeric（2）与全部聚合物数一致	链 A； UniProt 2–229	突变：T217A	RNA (80-MER) × 1 CL CHLORIDE ION × 2 SO4 SULFATE ION × 5 NA SODIUM ION × 1 MG MAGNESIUM ION × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：pH 6.5；295 K；2.0 M Ammonium sulfate, 0.1 M Bis-Tris, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K	分辨率 1.90 Å R-free 0.246

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 3UMY	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
1AD2 RIBOSOMAL PROTEIN L1 MUTANT WITH SERINE 179 REPLACED BY CYSTEINE 提交 1997-02-20	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–228（228 aa）	突变：S179C	SO4 SULFATE ION × 3 HG MERCURY (II) ION × 1 MRD (4R)-2-METHYLPENTANE-2,4-DIOL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 DROPS CONTAINING: APPR. 15 MG/ML L1 50 MM GLYCINE, INITIALLY AT PH 10 5% (V/V) METHANE PENTANEDIOL 1.2 M AMMONIUM SULFATE EQUILIBRATED AGAINST 2.4 M AMMONIUM SULFATE 7% (V/V) METHANE PENTANEDIOL	分辨率 1.90 Å R-free 0.270
1EG0 FITTING OF COMPONENTS WITH KNOWN STRUCTURE INTO AN 11.5 A CRYO-EM MAP OF THE E.COLI 70S RIBOSOME 提交 2000-02-11	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 11 PDB 声明：pentadecameric	链 N 1–229（229 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.6；20 mM Hepes, 6 mM Mg(CH3COO)2 150 mM NH4Cl, 4 mM cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 11.50 Å
1ZHO The structure of a ribosomal protein L1 in complex with mRNA 提交 2005-04-26	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–RNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：dimeric	链 A 1–228（228 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	K POTASSIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；277 K；KCl, MgCl2, HgCl2, PEG 10000, cacodylate, glycerol, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K	分辨率 2.60 Å R-free 0.281
1ZHO The structure of a ribosomal protein L1 in complex with mRNA 提交 2005-04-26	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白–RNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：dimeric	链 C 1–228（228 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	K POTASSIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；277 K；KCl, MgCl2, HgCl2, PEG 10000, cacodylate, glycerol, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K	分辨率 2.60 Å R-free 0.281
1ZHO The structure of a ribosomal protein L1 in complex with mRNA 提交 2005-04-26	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白–RNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：dimeric	链 E 1–228（228 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	K POTASSIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；277 K；KCl, MgCl2, HgCl2, PEG 10000, cacodylate, glycerol, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K	分辨率 2.60 Å R-free 0.281
1ZHO The structure of a ribosomal protein L1 in complex with mRNA 提交 2005-04-26	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 4 蛋白–RNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：dimeric	链 G 1–228（228 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	K POTASSIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；277 K；KCl, MgCl2, HgCl2, PEG 10000, cacodylate, glycerol, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K	分辨率 2.60 Å R-free 0.281
2HW8 Structure of ribosomal protein L1-mRNA complex at 2.1 resolution. 提交 2006-08-01	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–RNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：dimeric	链 A 1–228（228 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	MG MAGNESIUM ION × 1 K POTASSIUM ION × 1 BU1 1,4-BUTANEDIOL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；293 K；PEG1000, sodium cacodylate,0.5% glycerol, 0.2 mM HgCl2 , pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 2.10 Å R-free 0.247
2OUM The first domain of L1 from Thermus thermophilus 提交 2007-02-12	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 2–68（67 aa）链 A 160–229（70 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 8.5；277 K；30% v/v polyethylenglycol 4K, 100 mM Tris-HCl, 200 mM acetate Na, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, temperature 277K	分辨率 2.55 Å R-free 0.270
2OV7 The first domain of the ribosomal protein L1 from Thermus thermophilus 提交 2007-02-13	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 2–68（67 aa）链 A 160–229（70 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 8.5；277 K；30% v/v polyethylenglycol 4K, 100 mM Tris-HCl, 200 mM LiSO4, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, temperature 277K	分辨率 2.30 Å R-free 0.233
2OV7 The first domain of the ribosomal protein L1 from Thermus thermophilus 提交 2007-02-13	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 2–68（67 aa）链 B 160–229（70 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 8.5；277 K；30% v/v polyethylenglycol 4K, 100 mM Tris-HCl, 200 mM LiSO4, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, temperature 277K	分辨率 2.30 Å R-free 0.233
2OV7 The first domain of the ribosomal protein L1 from Thermus thermophilus 提交 2007-02-13	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 C 2–68（67 aa）链 C 160–229（70 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 8.5；277 K；30% v/v polyethylenglycol 4K, 100 mM Tris-HCl, 200 mM LiSO4, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, temperature 277K	分辨率 2.30 Å R-free 0.233
2VPL The structure of the complex between the first domain of L1 protein from Thermus thermophilus and mRNA from Methanococcus jannaschii 提交 2008-03-01	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–RNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：dimeric	链 A 2–68（67 aa）片段：FIRST DOMAIN, RESIDUES 2-68,160-229 链 A 160–229（70 aa）片段：FIRST DOMAIN, RESIDUES 2-68,160-229	未记录	K POTASSIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 2.30 Å R-free 0.274
2VPL The structure of the complex between the first domain of L1 protein from Thermus thermophilus and mRNA from Methanococcus jannaschii 提交 2008-03-01	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白–RNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：dimeric	链 C 2–68（67 aa）片段：FIRST DOMAIN, RESIDUES 2-68,160-229 链 C 160–229（70 aa）片段：FIRST DOMAIN, RESIDUES 2-68,160-229	未记录	K POTASSIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 2.30 Å R-free 0.274
3TG8 Mutant ribosomal protein L1 lacking ala158 from thermus thermophilus 提交 2011-08-17	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–229（229 aa）	突变：lacking A158	PG4 TETRAETHYLENE GLYCOL × 3 CL CHLORIDE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；277 K；30 mM Tris-HCl, 75 mM NaCl with of 15% PEG 4K, 50 mM Tris-HCl, 0.2 M KBr (# 10 of Clear Strategy Screen I (MDL)) and 14% 2-methyl-2,4-pentandiol, 0.25 M MgCl2 in a 4:1:1, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K, pH 7.5	分辨率 1.95 Å R-free 0.226
3U4M Crystal structure of ribosomal protein tthl1 in complex with 80nt 23s rna from thermus thermophilus 提交 2011-10-10	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–RNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：dimeric	链 A 1–229（229 aa）	突变：V218R	SO4 SULFATE ION × 2 MLI MALONATE ION × 7 MG MAGNESIUM ION × 5 CL CHLORIDE ION × 2 NA SODIUM ION × 5	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.6；295 K；50mM NaCl, 2.5M Ammonium sulfate, 50mM MES, 10mM Magnesium acetate, pH 5.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K	分辨率 2.00 Å R-free 0.208
3U56 Crystal structure of mutant ribosomal protein T217V TthL1 in complex with 80nt 23S RNA from Thermus thermophilus 提交 2011-10-11	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–RNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：dimeric	链 A 1–229（229 aa）	突变：V218R	MG MAGNESIUM ION × 11 MLI MALONATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 5.6；295 K；50mM NaCl, 2.5M Ammonium sulfate, 50mM MES, 10mM Magnesium acetate , pH 5.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K	分辨率 2.10 Å R-free 0.238
487D SEVEN RIBOSOMAL PROTEINS FITTED TO A CRYO-ELECTRON MICROSCOPIC MAP OF THE LARGE 50S SUBUNIT AT 7.5 ANGSTROMS RESOLUTION 提交 2000-02-23	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 7 PDB 声明：heptameric	链 H 6–229（224 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 7.50 Å
4F9T Ribosomal protein L1 from Thermus thermophilus with substitution Thr217Ala 提交 2012-05-21	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–229（229 aa）	突变：T217A	MPD (4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL × 3 MRD (4R)-2-METHYLPENTANE-2,4-DIOL × 1 SO4 SULFATE ION × 10	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 10；295 K；15 MG/ML L1 50 MM GLYCINE,INITIALLY AT PH 10 5% (V/V)METHANE PENTANEDIOL 1.2 M AMMONIUM SULFATE EQUILIBRATED AGAINST 2.4 M AMMONIUM SULFATE 7% (V/V) METHANE PENTANEDIOL , VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K	分辨率 1.46 Å R-free 0.202
4QG3 Crystal structure of mutant ribosomal protein G219V TthL1 in complex with 80nt 23S RNA from Thermus thermophilus 提交 2014-05-22	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–RNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：dimeric	链 A 2–229（228 aa）	突变：G219V	SO4 SULFATE ION × 5 IPA ISOPROPYL ALCOHOL × 8 BME BETA-MERCAPTOETHANOL × 4 URE UREA × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；295 K；1.8 M Ammonium sulfate, 0.05 M Bis-Tris,pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K	分辨率 2.00 Å R-free 0.226
4QGB Crystal structure of mutant ribosomal protein G219V TthL1 提交 2014-05-22	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 14–229（216 aa）	突变：G219V	CL CHLORIDE ION × 1 ACT ACETATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4.6；293 K；2 M ammonium sulfate, 0.1 M sodium acetate, 0.5 l 0.65% polyacrylic acid 5100 sodium salt, pH 4.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 2.60 Å R-free 0.251
4QGB Crystal structure of mutant ribosomal protein G219V TthL1 提交 2014-05-22	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 14–229（216 aa）	突变：G219V	CL CHLORIDE ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4.6；293 K；2 M ammonium sulfate, 0.1 M sodium acetate, 0.5 l 0.65% polyacrylic acid 5100 sodium salt, pH 4.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 2.60 Å R-free 0.251
4QGB Crystal structure of mutant ribosomal protein G219V TthL1 提交 2014-05-22	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 14–229（216 aa）链 B 14–229（216 aa）	突变：G219V 突变：G219V	CL CHLORIDE ION × 3 ACT ACETATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4.6；293 K；2 M ammonium sulfate, 0.1 M sodium acetate, 0.5 l 0.65% polyacrylic acid 5100 sodium salt, pH 4.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 2.60 Å R-free 0.251
4QVI Crystal structure of mutant ribosomal protein M218L TthL1 in complex with 80nt 23S RNA from Thermus thermophilus 提交 2014-07-15	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–RNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：dimeric	链 A 1–229（229 aa）	突变：M218L	SO4 SULFATE ION × 4 ACT ACETATE ION × 4 MES 2-(N-MORPHOLINO)-ETHANESULFONIC ACID × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.6；293 K；2.5 M ammonium sulfate, 0.05M MES , 0.01M Magnesium Acetate, pH 5.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 1.90 Å R-free 0.217
4REO Mutant ribosomal protein l1 from thermus thermophilus with threonine 217 replaced by valine 提交 2014-09-23	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–229（229 aa）	突变：T217V	SO4 SULFATE ION × 4 MPD (4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL × 2 GLY GLYCINE × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 10；295 K；15 MG/ML L1 50 MM GLYCINE, INITIALLY AT PH 10 5% (V/V) METHANE PENTANEDIOL 1.2 M AMMONIUM SULFATE EQUILIBRATED AGAINST 2.4 M AMMONIUM SULFATE 7% (V/V) METHANE PENTANEDIOL, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K	分辨率 1.35 Å R-free 0.209
4V42 Crystal structure of the ribosome at 5.5 A resolution. 提交 2001-03-30	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足异源复合物；蛋白 × 42 PDB 声明：49-meric	链 BC 1–228（228 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 5.50 Å
4V4P Crystal structure of 70S ribosome with thrS operator and tRNAs. 提交 2005-01-19	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 52 PDB 声明：58-meric	链 AC 1–228（228 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；293 K；MPD, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 5.50 Å R-free 0.356
4V4X Crystal structure of the 70S Thermus thermophilus ribosome showing how the 16S 3'-end mimicks mRNA E and P codons. 提交 2006-06-27	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 50 PDB 声明：55-meric	链 BC 0–228（229 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；293 K；MPD, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 5.00 Å R-free 0.323
4V4Y Crystal structure of the 70S Thermus thermophilus ribosome with translocated and rotated Shine-Dalgarno Duplex. 提交 2006-06-27	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 50 PDB 声明：57-meric	链 BC 0–228（229 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；293 K；MPD, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 5.50 Å R-free 0.326
4V4Z 70S Thermus thermophilous ribosome functional complex with mRNA and E- and P-site tRNAs at 4.5A. 提交 2006-06-27	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 50 PDB 声明：56-meric	链 BC 0–228（229 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；293 K；MPD, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 4.51 Å R-free 0.345
4WU1 Complex of 70S ribosome with tRNA-Tyr and mRNA with G-U mismatch in the second position in the P-site 提交 2014-10-30	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 48 PDB 声明：54-meric	链 71 1–229（229 aa）	未记录	MG MAGNESIUM ION × 708 ZN ZINC ION × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；298 K；Tris-acetate, KSCN, PEG 550MME, PEG 20K	分辨率 3.20 Å R-free 0.238
4WU1 Complex of 70S ribosome with tRNA-Tyr and mRNA with G-U mismatch in the second position in the P-site 提交 2014-10-30	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 48 PDB 声明：54-meric	链 79 1–229（229 aa）	未记录	MG MAGNESIUM ION × 673 ZN ZINC ION × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；298 K；Tris-acetate, KSCN, PEG 550MME, PEG 20K	分辨率 3.20 Å R-free 0.238
4WZD Complex of 70S ribosome with cognate tRNA-Tyr in the P-site 提交 2014-11-19	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 49 PDB 声明：55-meric	链 71 1–229（229 aa）	未记录	MG MAGNESIUM ION × 699 ZN ZINC ION × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；298 K；Tris-acetate, KSCN, PEG 550MME, PEG 20K	分辨率 3.10 Å R-free 0.193
4WZD Complex of 70S ribosome with cognate tRNA-Tyr in the P-site 提交 2014-11-19	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 49 PDB 声明：55-meric	链 79 1–229（229 aa）	未记录	MG MAGNESIUM ION × 646 ZN ZINC ION × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；298 K；Tris-acetate, KSCN, PEG 550MME, PEG 20K	分辨率 3.10 Å R-free 0.193
4WZO Complex of 70S ribosome with tRNA-fMet and mRNA 提交 2014-11-20	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 48 PDB 声明：56-MERIC	链 71 1–229（229 aa）	未记录	MG MAGNESIUM ION × 576 ZN ZINC ION × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7；298 K；Tris-acetate, KSCN, PEG 550MME, PEG 20K	分辨率 3.30 Å R-free 0.258
5E7K Structure of T. thermophilus 70S ribosome complex with mRNA and cognate tRNALys in the A-site 提交 2015-10-12	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 48 PDB 声明：55-meric	链 71 1–229（229 aa）	未记录	MG MAGNESIUM ION × 628 SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 1 ZN ZINC ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；PEG 20000, PEG 550mme, KSCN, Tris-OAc	分辨率 3.20 Å R-free 0.258
5E7K Structure of T. thermophilus 70S ribosome complex with mRNA and cognate tRNALys in the A-site 提交 2015-10-12	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 47 PDB 声明：54-meric	链 79 1–229（229 aa）	未记录	MG MAGNESIUM ION × 510 SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 1 ZN ZINC ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；PEG 20000, PEG 550mme, KSCN, Tris-OAc	分辨率 3.20 Å R-free 0.258
5EL5 Structure of T. thermophilus 70S ribosome complex with mRNA and tRNALys in the A-site with a U-U mismatch in the second position 提交 2015-11-04	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 48 PDB 声明：55-MERIC	链 71 1–229（229 aa）	未记录	MG MAGNESIUM ION × 660 SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 1 ZN ZINC ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；PEG 20000, PEG 550mme, KSCN, Tris-OAc	分辨率 3.15 Å R-free 0.254
5EL6 Structure of T. thermophilus 70S ribosome complex with mRNA and tRNALys in the A-site with a U-U mismatch in the first position and antibiotic paromomycin 提交 2015-11-04	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 48 PDB 声明：55-meric	链 71 1–229（229 aa）	未记录	MG MAGNESIUM ION × 593 PAR PAROMOMYCIN × 1 SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 1 ZN ZINC ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；PEG 20000, PEG 550mme, KSCN, Tris-OAc	分辨率 3.10 Å R-free 0.249
5EL6 Structure of T. thermophilus 70S ribosome complex with mRNA and tRNALys in the A-site with a U-U mismatch in the first position and antibiotic paromomycin 提交 2015-11-04	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 47 PDB 声明：54-meric	链 79 1–229（229 aa）	未记录	MG MAGNESIUM ION × 480 PAR PAROMOMYCIN × 1 SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 1 ZN ZINC ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；PEG 20000, PEG 550mme, KSCN, Tris-OAc	分辨率 3.10 Å R-free 0.249
5EL7 Structure of T. thermophilus 70S ribosome complex with mRNA and tRNALys in the A-site with a U-U mismatch in the second position and antibiotic paromomycin 提交 2015-11-04	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 48 PDB 声明：55-meric	链 71 1–229（229 aa）	未记录	MG MAGNESIUM ION × 687 PAR PAROMOMYCIN × 1 SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 1 ZN ZINC ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；PEG 20000, PEG 550mme, KSCN, Tris-OAc	分辨率 3.15 Å R-free 0.247
5EL7 Structure of T. thermophilus 70S ribosome complex with mRNA and tRNALys in the A-site with a U-U mismatch in the second position and antibiotic paromomycin 提交 2015-11-04	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 47 PDB 声明：54-meric	链 79 1–229（229 aa）	未记录	MG MAGNESIUM ION × 574 PAR PAROMOMYCIN × 1 SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 1 ZN ZINC ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；PEG 20000, PEG 550mme, KSCN, Tris-OAc	分辨率 3.15 Å R-free 0.247
5IB7 Structure of T. thermophilus 70S ribosome complex with mRNA, tRNAfMet, near-cognate tRNALys with U-G mismatch in the A-site and antibiotic paromomycin 提交 2016-02-22	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 49 PDB 声明：56-meric	链 71 1–229（229 aa）	未记录	MG MAGNESIUM ION × 695 PAR PAROMOMYCIN × 1 SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 1 ZN ZINC ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；293 K；PEG 20000, PEG 550mme, KSCN, Tris-OAc	分辨率 2.99 Å R-free 0.241
5IB8 Structure of T. thermophilus 70S ribosome complex with mRNA, tRNAfMet and near-cognate tRNALys with U-G mismatch in the A-site 提交 2016-02-22	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 48 PDB 声明：55-meric	链 71 1–229（229 aa）	未记录	MG MAGNESIUM ION × 723 SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 1 ZN ZINC ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；293 K；PEG 20000, PEG 550mme, KSCN, Tris-OAc	分辨率 3.13 Å R-free 0.244
5IBB Structure of T. thermophilus 70S ribosome complex with mRNA, tRNAfMet and cognate tRNAVal in the A-site 提交 2016-02-22	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 48 PDB 声明：55-meric	链 71 1–229（229 aa）	未记录	MG MAGNESIUM ION × 736 SPE THERMINE × 1 SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 1 ZN ZINC ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；293 K；PEG 20000, PEG 550mme, KSCN, Tris-OAc	分辨率 2.96 Å R-free 0.243
5IBB Structure of T. thermophilus 70S ribosome complex with mRNA, tRNAfMet and cognate tRNAVal in the A-site 提交 2016-02-22	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 48 PDB 声明：55-meric	链 79 1–229（229 aa）	未记录	MG MAGNESIUM ION × 608 SPE THERMINE × 4 SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 1 ZN ZINC ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；293 K；PEG 20000, PEG 550mme, KSCN, Tris-OAc	分辨率 2.96 Å R-free 0.243
5IMQ Structure of ribosome bound to cofactor at 3.8 angstrom resolution 提交 2016-03-06	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 51 PDB 声明：56-meric	链 Z 1–229（229 aa）	未记录	GCP PHOSPHOMETHYLPHOSPHONIC ACID GUANYLATE ESTER × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5；Buffer G 5 mM HEPES pH 7.5, 10 mM MgAc, 50 mM KCl, 10 mM NH4Cl, and 6 mM 2-mercaptoethanol cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.80 Å
5IMR Structure of ribosome bound to cofactor at 5.7 angstrom resolution 提交 2016-03-06	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 51 PDB 声明：56-meric	链 Z 1–229（229 aa）	未记录	GCP PHOSPHOMETHYLPHOSPHONIC ACID GUANYLATE ESTER × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5；Buffer G 5 mM HEPES pH 7.5, 10 mM MgAc, 50 mM KCl, 10 mM NH4Cl, and 6 mM 2-mercaptoethanol cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 5.70 Å
5J8B Crystal structure of Elongation Factor 4 (EF-4/LepA) in complex with GDPCP bound to the Thermus thermophilus 70S ribosome 提交 2016-04-07	突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足异源复合物；蛋白 × 52 PDB 声明：59-meric	链 C 2–229（228 aa）	未记录	MG MAGNESIUM ION × 919 ZN ZINC ION × 6 SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 1 GCP PHOSPHOMETHYLPHOSPHONIC ACID GUANYLATE ESTER × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 7.6；292 K；0.1-0.2 M Arginine-HCl, 0.1M Tris-HCl pH 7.6, 2.6-3.0% PEG-20K, 7-10% MPD, 0.5mM BME	分辨率 2.60 Å R-free 0.261
5NPM CRYSTAL STRUCTURE OF MUTANT RIBOSOMAL PROTEIN TTHL1 LACKING 8 N-TERMINAL RESIDUES IN COMPLEX WITH 80NT 23S RNA FROM THERMUS THERMOPHILUS 提交 2017-04-17	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–RNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：dimeric	链 A 10–229（220 aa）	未记录	MLI MALONATE ION × 1 NA SODIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；295 K；2.4 M sodium malonate	分辨率 2.70 Å R-free 0.249
5ZLU Ribosome Structure bound to ABC-F protein. 提交 2018-03-29	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 52 PDB 声明：57-meric	链 Y 1–229（229 aa）	未记录	MG MAGNESIUM ION × 2 ANP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER × 2	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.60 Å
6GSL Structure of T. thermophilus 70S ribosome complex with mRNA, tRNAfMet and cognate tRNAArg in the A-site 提交 2018-06-14	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 53 PDB 声明：60-meric	链 71 1–229（229 aa）	未记录	MG MAGNESIUM ION × 954 SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 1 ZN ZINC ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；Tris-OAc, KSCN, PEG-20000, PEG-550mme	分辨率 3.16 Å
6GSL Structure of T. thermophilus 70S ribosome complex with mRNA, tRNAfMet and cognate tRNAArg in the A-site 提交 2018-06-14	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 47 PDB 声明：54-meric	链 79 1–229（229 aa）	未记录	MG MAGNESIUM ION × 810 SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 1 ZN ZINC ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；Tris-OAc, KSCN, PEG-20000, PEG-550mme	分辨率 3.16 Å
6QNQ 70S ribosome initiation complex (IC) with experimentally assigned potassium ions 提交 2019-02-11	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 50 PDB 声明：57-meric	链 71 1–229（229 aa）	未记录	K POTASSIUM ION × 169 MG MAGNESIUM ION × 543 SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 1 ZN ZINC ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；293 K；Tris-OAc, KSCN, PEG-20K, PEG-550mme	分辨率 3.50 Å R-free 0.251
6QNR 70S ribosome elongation complex (EC) with experimentally assigned potassium ions 提交 2019-02-11	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 50 PDB 声明：57-meric	链 71 1–229（229 aa）	未记录	K POTASSIUM ION × 211 MG MAGNESIUM ION × 585 SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 1 ZN ZINC ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；293 K；Tris-OAc, KSCN, PEG-20k, PEG-550mme	分辨率 3.10 Å R-free 0.253
6QNR 70S ribosome elongation complex (EC) with experimentally assigned potassium ions 提交 2019-02-11	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 49 PDB 声明：56-meric	链 79 1–229（229 aa）	未记录	K POTASSIUM ION × 155 MG MAGNESIUM ION × 409 SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 1 ZN ZINC ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；293 K；Tris-OAc, KSCN, PEG-20k, PEG-550mme	分辨率 3.10 Å R-free 0.253

共 39 个其他 PDB 条目、55 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	RL1_THETH
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–228； UniProt 2–229

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

下载 Download SAXS (.dat) P(r) (.pr.out) CIF

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	3umy
沉积日期 deposition_date	2011-11-15
结构标题 title	Crystal structure of mutant ribosomal protein T217A TthL1 in complex with 80nt 23S RNA from Thermus thermophilus
关键词 keywords	Rossmann Fold, RIBOSOMAL PROTEIN, rRNA, rRNA BINDING, RIBOSOME, rRNA BINDING protein-RNA complex; rRNA BINDING protein/RNA
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	22.99 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	22.74 Å
零角强度 I(0) i0	82563900.00
分子量 molecular_weight	51459.0 kDa
排除体积 excluded_volume	55843 Å³
包络体积 envelope_volume	72181 Å³
水化壳体积 shell_volume	26669 Å³
包络直径 envelope_diameter	76.2 Å
壳层 Rg shell_rg	29.71 Å
包络 Rg envelope_rg	22.55 Å
形状 Rg shape_rg	22.70 Å
总 Rg total_rg	23.41 Å
总原子数 total_atoms	3495
残基数 n_residues	308
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	75.9 Å
Rg (实空间) rg_real	22.92 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.41 Å
I(0) (实空间) i0_real	8.2560e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	1.0790e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	22.94 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	82560000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8780
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	29.2 Å
偏度 Skewness skewness	0.319
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.198
角度范围 angular_range	— – 0.3450 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	6602000.0000
实空间数据点数 n_real_points	66
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.806; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 1.000; Smooth: 0.990

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (7)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	50S ribosomal protein L1
分子量 formula_weight	24706.5 kDa
突变 mutation	T217A
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	3689

PKHGKRYRALLEKVDPNKIYTIDEAAHLVKELATAKFDETVEVHAKLGIDPRRSDQNVRGTVSLPHGLGKQVRVLAIAKGEKIKEAEEAGADYVGGEEIIQKILDGWMDFDAVVATPDVMGAVGSKLGRILGPRGLLPNPKAGTVGFNIGEIIREIKAGRIEFRNDKTGAIHAPVGKASFPPEKLADNIRAFIRALEAHKPEGAKGTFLRSVYVTTAMGPSVRINPHS

来源 Source

来源生物 organism	Thermus thermophilus
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	274
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	RNA (80-MER)
分子量 formula_weight	25974.5 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polyribonucleotide
链编号 strand_id	B

GGGAUGCGUAGGAUAGGUGGGAGCCUGUGAACCCCCGCCUCCGGGUGGGGGGGAGGCGCCGGUGAAAUACCACCCUUCCC

来源 Source

来源生物 organism	Thermus thermophilus
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	274
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	CHLORIDE ION
分子量 formula_weight	35.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 4 Entity 4 non-polymer

描述 description	SULFATE ION
分子量 formula_weight	96.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	5

实体 5 Entity 5 non-polymer

描述 description	SODIUM ION
分子量 formula_weight	23.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 6 Entity 6 non-polymer

描述 description	MAGNESIUM ION
分子量 formula_weight	24.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	4

实体 7 Entity 7 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	186

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 2 domains

CATH v4.4 (2 domains)

结构域编号 domain_id	3umyA01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	190 — Ribulose 1,5 Bisphosphate Carboxylase/Oxygenase
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	20 — Ribosomal protein L1/L10, rRNA-binding domain

结构域编号 domain_id	3umyA02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	790 — Ribosomal protein L1/L10, domain II

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8. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	67.110 Å
晶胞边长 b length_b	68.820 Å
晶胞边长 c length_c	88.830 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	4

空间群 space_group	P 21 21 21
空间群编号 int_tables_number	19
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	1.900 Å
最低分辨率 resolution_low	27.200 Å
R 因子 r_factor	0.1990
R_work r_work	0.1960
R_free r_free	0.2460

fit	/app/data/saxs_computation/um/3umy/3umy.fit
pddf	/app/data/pr_computation/um/3umy/3umy.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/um/3umy/3umy.dat

Crystal structure of mutant ribosomal protein T217A TthL1 in complex with 80nt 23S RNA from Thermus thermophilus

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

50S ribosomal protein L1

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (7)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 non-polymer

实体 6 Entity 6 non-polymer

实体 7 Entity 7 water

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 2 domains

CATH v4.4 (2 domains)

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)