3ut5

Tubulin-Colchicine-Ustiloxin: Stathmin-like domain complex

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 176.0 Å Quality: SUSPICIOUS

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Tubulin alpha chain

物种未注明

UniProt D0VWZ0

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 6 PDB 声明:hexameric(6) 与蛋白拷贝数一致 链 A; UniProt 1–451 链 C; UniProt 1–451 未记录 Tubulin beta chain × 2 (D0VWY9) Stathmin-4 × 1 (P63043) Vinca tetrapeptide × 1 GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 2 MG MAGNESIUM ION × 2 SO4 SULFATE ION × 5 GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 2 LOC N-[(7S)-1,2,3,10-tetramethoxy-9-oxo-6,7-dihydro-5H-benzo[d]heptalen-7-yl]ethanamide × 2 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:pH 6.8;293 K;PEG, LISO4, PIPES BUFFER, PH 6.80, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K 分辨率 2.73 Å R-free 0.222

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 22 个其他 PDB 条目、24 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 D0VWZ0_SHEEP
Isoform
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 1–451; UniProt 1–451 作者链 C; PDB构建体 1–451; UniProt 1–451

Tubulin beta chain

物种未注明

UniProt D0VWY9

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 6 PDB 声明:hexameric(6) 与蛋白拷贝数一致 链 B; UniProt 1–445 链 D; UniProt 1–445 未记录 Tubulin alpha chain × 2 (D0VWZ0) Stathmin-4 × 1 (P63043) Vinca tetrapeptide × 1 GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 2 MG MAGNESIUM ION × 2 SO4 SULFATE ION × 5 GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 2 LOC N-[(7S)-1,2,3,10-tetramethoxy-9-oxo-6,7-dihydro-5H-benzo[d]heptalen-7-yl]ethanamide × 2 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:pH 6.8;293 K;PEG, LISO4, PIPES BUFFER, PH 6.80, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K 分辨率 2.73 Å R-free 0.222

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 25 个其他 PDB 条目、27 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 D0VWY9_SHEEP
Isoform
PDB实体 2
链与序列区间 作者链 B; PDB构建体 1–445; UniProt 1–445 作者链 D; PDB构建体 1–445; UniProt 1–445

Stathmin-4

Rattus norvegicus

UniProt P63043

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 6 PDB 声明:hexameric(6) 与蛋白拷贝数一致 链 E; UniProt 49–189 突变:C58A, F64W Tubulin alpha chain × 2 (D0VWZ0) Tubulin beta chain × 2 (D0VWY9) Vinca tetrapeptide × 1 GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 2 MG MAGNESIUM ION × 2 SO4 SULFATE ION × 5 GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 2 LOC N-[(7S)-1,2,3,10-tetramethoxy-9-oxo-6,7-dihydro-5H-benzo[d]heptalen-7-yl]ethanamide × 2 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:pH 6.8;293 K;PEG, LISO4, PIPES BUFFER, PH 6.80, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K 分辨率 2.73 Å R-free 0.222

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 287 个其他 PDB 条目、287 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 STMN4_RAT
Isoform
PDB实体 3
链与序列区间 作者链 E; PDB构建体 2–142; UniProt 49–189

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 3ut5

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 3ut5
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id3ut5
沉积日期 deposition_date2011-11-25
结构标题 titleTubulin-Colchicine-Ustiloxin: Stathmin-like domain complex
关键词 keywordsMicrotubules, Tubulin, Vinca domain, Ustiloxin, Stathmin, STRUCTURAL PROTEIN, STRUCTURAL PROTEIN-INHIBITOR complex; STRUCTURAL PROTEIN/INHIBITOR
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier51.87
回转半径 Rg (电子) rg_electron52.68
零角强度 I(0) i01334090000.00
分子量 molecular_weight197820.0 kDa
排除体积 excluded_volume189360 ų
包络体积 envelope_volume343040 ų
水化壳体积 shell_volume60453 ų
包络直径 envelope_diameter191.8
壳层 Rg shell_rg47.24
包络 Rg envelope_rg53.11
形状 Rg shape_rg52.67
总 Rg total_rg52.55
总原子数 total_atoms14888
残基数 n_residues1863
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 −1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax176.0
Rg (实空间) rg_real52.59
Rg 误差 (实空间) rg_real_error2.40
I(0) (实空间) i0_real1.3340e+09
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error3.0160e+07
Rg (倒空间) rg_reciprocal51.26
I(0) (倒空间) i0_reciprocal1332000000.0000
解质量估计 total_estimate0.4628
解质量评级 solution_quality SUSPICIOUS a SUSPICIOUS solution
P(r) 峰数 n_peaks2
主峰位置 r_peak_primary35.2
偏度 Skewness skewness0.652
峰度 Kurtosis kurtosis-0.393
角度范围 angular_range— – 0.1500 −1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha131300000.0000
实空间数据点数 n_real_points31
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.425; Stabil: 1.000; Sysdev: 0.007; Positv: 1.000; Valcen: 0.637; Smooth: 0.078

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (10)

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 23 domains

SCOP 2.08 (10 domains)

结构域编号 domain_idd3ut5a1
类 Class classc — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold foldc.32 — Tubulin nucleotide-binding domain-like
超家族 Superfamily superfamilyc.32.1 — Tubulin nucleotide-binding domain-like
家族 Family familyc.32.1.1 — Tubulin, GTPase domain
结构域编号 domain_idd3ut5a2
类 Class classd — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold foldd.79 — Bacillus chorismate mutase-like
超家族 Superfamily superfamilyd.79.2 — Tubulin C-terminal domain-like
家族 Family familyd.79.2.1 — Tubulin, C-terminal domain
结构域编号 domain_idd3ut5b1
类 Class classc — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold foldc.32 — Tubulin nucleotide-binding domain-like
超家族 Superfamily superfamilyc.32.1 — Tubulin nucleotide-binding domain-like
家族 Family familyc.32.1.1 — Tubulin, GTPase domain
结构域编号 domain_idd3ut5b2
类 Class classd — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold foldd.79 — Bacillus chorismate mutase-like
超家族 Superfamily superfamilyd.79.2 — Tubulin C-terminal domain-like
家族 Family familyd.79.2.1 — Tubulin, C-terminal domain
结构域编号 domain_idd3ut5c1
类 Class classc — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold foldc.32 — Tubulin nucleotide-binding domain-like
超家族 Superfamily superfamilyc.32.1 — Tubulin nucleotide-binding domain-like
家族 Family familyc.32.1.1 — Tubulin, GTPase domain
结构域编号 domain_idd3ut5c2
类 Class classd — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold foldd.79 — Bacillus chorismate mutase-like
超家族 Superfamily superfamilyd.79.2 — Tubulin C-terminal domain-like
家族 Family familyd.79.2.1 — Tubulin, C-terminal domain
结构域编号 domain_idd3ut5d1
类 Class classc — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold foldc.32 — Tubulin nucleotide-binding domain-like
超家族 Superfamily superfamilyc.32.1 — Tubulin nucleotide-binding domain-like
家族 Family familyc.32.1.1 — Tubulin, GTPase domain
结构域编号 domain_idd3ut5d2
类 Class classd — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold foldd.79 — Bacillus chorismate mutase-like
超家族 Superfamily superfamilyd.79.2 — Tubulin C-terminal domain-like
家族 Family familyd.79.2.1 — Tubulin, C-terminal domain
结构域编号 domain_idd3ut5e1
类 Class classa — All alpha proteins
折叠类型 Fold folda.137 — Non-globular all-alpha subunits of globular proteins
超家族 Superfamily superfamilya.137.10 — Stathmin
家族 Family familya.137.10.1 — Stathmin
结构域编号 domain_idd3ut5e2
类 Class classl — Artifacts
折叠类型 Fold foldl.1 — Tags
超家族 Superfamily superfamilyl.1.1 — Tags
家族 Family familyl.1.1.1 — Tags

CATH v4.4 (13 domains)

结构域编号 domain_id3ut5A01
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily1440 — Tubulin/FtsZ, GTPase domain
结构域编号 domain_id3ut5A02
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology1330 — 60s Ribosomal Protein L30; Chain: A;
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily20 — Tubulin/FtsZ, C-terminal domain
结构域编号 domain_id3ut5A03
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology287 — Helix Hairpins
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily600 — Helix hairpin bin
结构域编号 domain_id3ut5B01
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily1440 — Tubulin/FtsZ, GTPase domain
结构域编号 domain_id3ut5B02
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology1330 — 60s Ribosomal Protein L30; Chain: A;
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily20 — Tubulin/FtsZ, C-terminal domain
结构域编号 domain_id3ut5B03
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology287 — Helix Hairpins
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily600 — Helix hairpin bin
结构域编号 domain_id3ut5C01
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily1440 — Tubulin/FtsZ, GTPase domain
结构域编号 domain_id3ut5C02
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology1330 — 60s Ribosomal Protein L30; Chain: A;
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily20 — Tubulin/FtsZ, C-terminal domain
结构域编号 domain_id3ut5C03
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology287 — Helix Hairpins
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily600 — Helix hairpin bin
结构域编号 domain_id3ut5D01
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily1440 — Tubulin/FtsZ, GTPase domain
结构域编号 domain_id3ut5D02
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology1330 — 60s Ribosomal Protein L30; Chain: A;
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily20 — Tubulin/FtsZ, C-terminal domain
结构域编号 domain_id3ut5D03
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology287 — Helix Hairpins
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily600 — Helix hairpin bin
结构域编号 domain_id3ut5E01
类 Class class6 — Special
架构 Architecture architecture10 — Helix non-globular
拓扑 Topology topology280 — Methane Monooxygenase Hydroxylase; Chain G, domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily30

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)