3v11

Structure of the ternary initiation complex AIF2:GDPNP:methionylated initiator TRNA

Method: X-RAY DIFFRACTION

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Translation initiation factor 2 subunit gamma

Sulfolobus solfataricus

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白–RNA	异源复合物	蛋白 3 RNA 1	Translation initiation factor 2 subunit alpha × 1 （Q97Z79） Translation initiation factor 2 subunit beta × 1 （Q97W59） Initiator tRNA × 1 MAGNESIUM ION × 1 PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-GUANYLATE ESTER × 1 METHIONINE × 1	与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	IF2G_SULSO
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–414； UniProt 2–415

Translation initiation factor 2 subunit alpha

Sulfolobus solfataricus

UniProt Q97Z79

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白–RNA	异源复合物	蛋白 3 RNA 1	Translation initiation factor 2 subunit gamma × 1 （Q980A5） Translation initiation factor 2 subunit beta × 1 （Q97W59） Initiator tRNA × 1 MAGNESIUM ION × 1 PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-GUANYLATE ESTER × 1 METHIONINE × 1	与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	IF2A_SULSO
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 B； PDB构建体 1–266； UniProt 1–266

Translation initiation factor 2 subunit beta

Sulfolobus solfataricus

UniProt Q97W59

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白–RNA	异源复合物	蛋白 3 RNA 1	Translation initiation factor 2 subunit gamma × 1 （Q980A5） Translation initiation factor 2 subunit alpha × 1 （Q97Z79） Initiator tRNA × 1 MAGNESIUM ION × 1 PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-GUANYLATE ESTER × 1 METHIONINE × 1	与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	IF2B_SULSO
Isoform	—
PDB实体	3
链与序列区间	作者链 C； PDB构建体 1–138； UniProt 2–139

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	3v11
沉积日期 deposition_date	2011-12-09
结构标题 title	Structure of the ternary initiation complex AIF2:GDPNP:methionylated initiator TRNA
关键词 keywords	GTP binding module, initiator tRNA carrier, GTP and tRNA, TRANSLATION-RNA complex; TRANSLATION/RNA
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

3v11__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

3v11__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

3v11__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	38.86 Å
Rg（电子密度）	40.18 Å
总 Rg	40.22 Å
原子数	6975
残基数	746
排除体积	119730 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`3v11__assembly_1__model_1`	tetrameric （4）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (7)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Translation initiation factor 2 subunit gamma
分子量 formula_weight	45718.0 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	6975

AWPKVQPEVNIGVVGHVDHGKTTLVQAITGIWTSKHSEELKRGMTIKLGYAETNIGVCESCKKPEAYVTEPSCKSCGSDDEPKFLRRISFIDAPGHEVLMATMLSGAALMDGAILVVAANEPFPQPQTREHFVALGIIGVKNLIIVQNKVDVVSKEEALSQYRQIKQFTKGTWAENVPIIPVSALHKINIDSLIEGIEEYIKTPYRDLSQKPVMLVIRSFDVNKPGTQFNELKGGVIGGSIIQGLFKVDQEIKVLPGLRVEKQGKVSYEPIFTKISSIRFGDEEFKEAKPGGLVAIGTYLDPSLTKADNLLGSIITLADAEVPVLWNIRIKYNLLERVVGAKEMLKVDPIRAKETLMLSVGSSTTLGIVTSVKKDEIEVELRRPVAVWSNNIRTVISRQIAGRWRMIGWGLVEI

来源 Source

来源生物 organism	Sulfolobus solfataricus
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	273057
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	Translation initiation factor 2 subunit alpha
分子量 formula_weight	30432.4 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B

MIYSRSKLPSEGEILIATVKQVFDYGSYVSLDEYGGLQAFLPWSEVSSKWVKNIRDVLKENRKVIVKVIRVDRRKGTVDVSLKKVTDDERRKKNLQWKKIQRLDKILELVSQKLKLSEKDAWEQVAWKLEAKYGDPITAIEKAVKEGEKILIDAGVPEIWVKPLLEEASKHAEERKVKMSGLITVRTNEPLGVEKIKEVISKALENIEQDYESLLNIKIYTIGAPRYRVDVVGTNPKEASEALNQIISNLIKIGKEENVDISVVKK

来源 Source

来源生物 organism	Sulfolobus solfataricus
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	273057
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	Translation initiation factor 2 subunit beta
分子量 formula_weight	15811.5 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	C

SSEKEYVEMLDRLYSKLPEKGRKEGTQSLPNMIILNIGNTTIIRNFAEYCDRIRREDKICMKYLLKELAAPGNVDDKGELVIQGKFSSQVINTLMERFLKAYVECSTCKSLDTILKKEKKSWYIVCLACGAQTPVKPL

来源 Source

来源生物 organism	Sulfolobus solfataricus
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	273057
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 4 Entity 4 polymer

描述 description	Initiator tRNA
分子量 formula_weight	24832.9 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polyribonucleotide
链编号 strand_id	D

CGCGGGGUGGAGCAGCCUGGUAGCUCGUCGGGCUCAUAACCCGAAGAUCGUCGGUUCAAAUCCGGCCCCCGCAACCA

来源 Source

来源生物 organism	Escherichia coli
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	562
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 5 Entity 5 non-polymer

描述 description	MAGNESIUM ION
分子量 formula_weight	24.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 6 Entity 6 non-polymer

描述 description	PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-GUANYLATE ESTER
分子量 formula_weight	522.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 7 Entity 7 non-polymer

描述 description	METHIONINE
分子量 formula_weight	149.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

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晶胞边长 a length_a	133.000 Å
晶胞边长 b length_b	133.000 Å
晶胞边长 c length_c	167.200 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	120.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	6

空间群 space_group	P 32 2 1
空间群编号 int_tables_number	154
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	5.000 Å
最低分辨率 resolution_low	47.426 Å
R 因子 r_factor	0.2654
R_work r_work	0.2622
R_free r_free	0.3438

Structure of the ternary initiation complex AIF2:GDPNP:methionylated initiator TRNA

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Translation initiation factor 2 subunit gamma

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

Translation initiation factor 2 subunit alpha

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

Translation initiation factor 2 subunit beta

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

3v11__assembly_1__model_1

3v11__assembly_1__model_1 | I(q)

3v11__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (7)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 4 Entity 4 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 5 Entity 5 non-polymer

实体 6 Entity 6 non-polymer

实体 7 Entity 7 non-polymer

7. 引用文献 (1)

Structure of the ternary initiation complex AIF2:GDPNP:methionylated initiator TRNA

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Translation initiation factor 2 subunit gamma

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Translation initiation factor 2 subunit alpha

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Translation initiation factor 2 subunit beta

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

3v11__assembly_1__model_1

3v11__assembly_1__model_1 | I(q)

3v11__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (7)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 4 Entity 4 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 5 Entity 5 non-polymer

实体 6 Entity 6 non-polymer

实体 7 Entity 7 non-polymer

7. 引用文献 (1)