SAXSdb — 3v2y

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Sphingosine 1-phosphate receptor 1, Lysozyme chimera (E.C.3.2.1.17)

Homo sapiens

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	信息不足	单体	蛋白 1	{(3R)-3-amino-4-[(3-hexylphenyl)amino]-4-oxobutyl}phosphonic acid × 1 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 water × 1	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	ENLYS_BPT4
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 250–409； UniProt 2–161

Sphingosine 1-phosphate receptor 1, Lysozyme chimera (E.C.3.2.1.17)

Homo sapiens

UniProt P21453

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	信息不足	单体	蛋白 1	{(3R)-3-amino-4-[(3-hexylphenyl)amino]-4-oxobutyl}phosphonic acid × 1 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 water × 1	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	S1PR1_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 20–249； UniProt 2–231 作者链 A； PDB构建体 410–491； UniProt 244–326

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	3v2y
沉积日期 deposition_date	2011-12-12
结构标题 title	Crystal Structure of a Lipid G protein-Coupled Receptor at 2.80A
关键词 keywords	;sphingosine, EDG receptor, lipid receptor, multiple sclerosis, autoimmunity, Structural Genomics, PSI-Biology, GPCR Network, GPCR, membrane protein, G protein coupled receptor, membrane, HYDROLASE ;; HYDROLASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

3v2y__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

3v2y__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

3v2y__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	30.50 Å
Rg（电子密度）	29.73 Å
总 Rg	30.24 Å
原子数	3512
残基数	455
排除体积	63980 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`3v2y__assembly_1__model_1`	monomeric （1）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Sphingosine 1-phosphate receptor 1, Lysozyme chimera (E.C.3.2.1.17)
分子量 formula_weight	58973.2 kDa
EC 编号 ec_number	3.2.1.17
突变 mutation	C1054T, C1097A
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	3523

MKTIIALSYIFCLVFAGAPGPTSVPLVKAHRSSVSDYVNYDIIVRHYNYTGKLNISADKENSIKLTSVVFILICCFIILENIFVLLTIWKTKKFHRPMYYFIGNLALSDLLAGVAYTANLLLSGATTYKLTPAQWFLREGSMFVALSASVFSLLAIAIERYITMLKMKLHNGSNNFRLFLLISACWVISLILGGLPIMGWNCISALSSCSTVLPLYHKHYILFCTTVFTLLLLSIVILYCRIYSLVRTRNIFEMLRIDEGLRLKIYKDTEGYYTIGIGHLLTKSPSLNAAKSELDKAIGRNTNGVITKDEAEKLFNQDVDAAVRGILRNAKLKPVYDSLDAVRRAALINMVFQMGETGVAGFTNSLRMLQQKRWDEAAVNLAKSRWYNQTPNRAKRVITTFRTGTWDAYASRSSENVALLKTVIIVLSVFIACWAPLFILLLLDVGCKVKTCDILFRAEYFLVLAVLNSGTNPIIYTLTNKEMRRAFIRIMGRPLEVLFQGPHHHHHHHHHHDYKDDDDK

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	Human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Spodoptera frugiperda

实体 2 Entity 2 non-polymer

描述 description	{(3R)-3-amino-4-[(3-hexylphenyl)amino]-4-oxobutyl}phosphonic acid
分子量 formula_weight	342.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
分子量 formula_weight	221.2 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

实体 4 Entity 4 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	11

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 2 domains

CATH v4.4 (2 domains)

结构域编号 domain_id	3v2yA01
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	1070 — Rhopdopsin 7-helix transmembrane proteins
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Rhodopsin 7-helix transmembrane proteins

结构域编号 domain_id	3v2yA02
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	530 — Lysozyme
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	40 —

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晶胞边长 a length_a	107.940 Å
晶胞边长 b length_b	69.700 Å
晶胞边长 c length_c	81.930 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	4

空间群 space_group	P 21 21 2
空间群编号 int_tables_number	18
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.800 Å
最低分辨率 resolution_low	19.520 Å
R 因子 r_factor	0.2307
R_work r_work	0.2287
R_free r_free	0.2717

Crystal Structure of a Lipid G protein-Coupled Receptor at 2.80A

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Sphingosine 1-phosphate receptor 1, Lysozyme chimera (E.C.3.2.1.17)

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

Sphingosine 1-phosphate receptor 1, Lysozyme chimera (E.C.3.2.1.17)

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

3v2y__assembly_1__model_1

3v2y__assembly_1__model_1 | I(q)

3v2y__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 non-polymer

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 2 domains

CATH v4.4 (2 domains)

7. 引用文献 (1)

Crystal Structure of a Lipid G protein-Coupled Receptor at 2.80A

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Sphingosine 1-phosphate receptor 1, Lysozyme chimera (E.C.3.2.1.17)

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Sphingosine 1-phosphate receptor 1, Lysozyme chimera (E.C.3.2.1.17)

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

3v2y__assembly_1__model_1

3v2y__assembly_1__model_1 | I(q)

3v2y__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 non-polymer

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 2 domains

CATH v4.4 (2 domains)

7. 引用文献 (1)