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3v5e

Crystal structure of ClpP from Staphylococcus aureus in the active, extended conformation

Method: X-RAY DIFFRACTION
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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit

Staphylococcus aureus subsp. aureus

UniProt Q2G036

当前结构中的状态

Assembly 物理组成 蛋白状态 分子拷贝数 共同组分 数据核对
1 蛋白同源多聚体 同源多聚体 蛋白 14 water × 14 与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

单体

暂无

同源二聚体

暂无

同源四聚体

暂无

其他同源多聚体
3qwd 3qwd 3qwd 3v5e 3v5i 3v5i 4mxi 5c90 6n80 8e71 8e7p 8ef8

共 13 个 assembly，这里只显示前 12 个

异源或核酸复合物
5vz2 5w18 6pka 6pmd 9gi1 9rai

共 6 个 assembly

查看构建体与数据证据
UniProt名称 CLPP_STAA8
Isoform —
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A； PDB构建体 1–195； UniProt 1–195 作者链 B； PDB构建体 1–195； UniProt 1–195 作者链 C； PDB构建体 1–195； UniProt 1–195 作者链 D； PDB构建体 1–195； UniProt 1–195 作者链 E； PDB构建体 1–195； UniProt 1–195 作者链 F； PDB构建体 1–195； UniProt 1–195 作者链 G； PDB构建体 1–195； UniProt 1–195 作者链 H； PDB构建体 1–195； UniProt 1–195 作者链 I； PDB构建体 1–195； UniProt 1–195 作者链 J； PDB构建体 1–195； UniProt 1–195 作者链 K； PDB构建体 1–195； UniProt 1–195 作者链 L； PDB构建体 1–195； UniProt 1–195 作者链 M； PDB构建体 1–195； UniProt 1–195 作者链 N； PDB构建体 1–195； UniProt 1–195

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id3v5e
沉积日期 deposition_date2011-12-16
结构标题 titleCrystal structure of ClpP from Staphylococcus aureus in the active, extended conformation
关键词 keywordsHydrolase; HYDROLASE
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION
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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

3v5e__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

3v5e__assembly_1__model_1 | I(q)

10-2 10-1 106 107 108 109 q (1/Angstrom) I(q)
100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

3v5e__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

新版 assembly/model P(r) 尚未计算 此处仅保留位置，不展示旧数据 r (Angstrom) P(r)
P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。
Rg（Guinier）43.43 Å
Rg（电子密度）42.53 Å
总 Rg42.96 Å
原子数19908
残基数2576
排除体积355960 ų
最大 q0.500 Å⁻¹
Assembly Model 结构单元 聚集说明 状态 CRYSOL 操作
1 1 3v5e__assembly_1__model_1 tetradecameric （14） 成功 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) 查看 下载
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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (2)

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 28 domains

SCOP 2.08 (14 domains)

结构域编号 domain_idd3v5ea_
类 Class classc — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold foldc.14 — ClpP/crotonase
超家族 Superfamily superfamilyc.14.1 — ClpP/crotonase
家族 Family familyc.14.1.1 — Clp protease, ClpP subunit
结构域编号 domain_idd3v5eb_
类 Class classc — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold foldc.14 — ClpP/crotonase
超家族 Superfamily superfamilyc.14.1 — ClpP/crotonase
家族 Family familyc.14.1.1 — Clp protease, ClpP subunit
结构域编号 domain_idd3v5ec_
类 Class classc — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold foldc.14 — ClpP/crotonase
超家族 Superfamily superfamilyc.14.1 — ClpP/crotonase
家族 Family familyc.14.1.1 — Clp protease, ClpP subunit
结构域编号 domain_idd3v5ed_
类 Class classc — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold foldc.14 — ClpP/crotonase
超家族 Superfamily superfamilyc.14.1 — ClpP/crotonase
家族 Family familyc.14.1.1 — Clp protease, ClpP subunit
结构域编号 domain_idd3v5ee_
类 Class classc — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold foldc.14 — ClpP/crotonase
超家族 Superfamily superfamilyc.14.1 — ClpP/crotonase
家族 Family familyc.14.1.1 — Clp protease, ClpP subunit
结构域编号 domain_idd3v5ef_
类 Class classc — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold foldc.14 — ClpP/crotonase
超家族 Superfamily superfamilyc.14.1 — ClpP/crotonase
家族 Family familyc.14.1.1 — Clp protease, ClpP subunit
结构域编号 domain_idd3v5eg_
类 Class classc — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold foldc.14 — ClpP/crotonase
超家族 Superfamily superfamilyc.14.1 — ClpP/crotonase
家族 Family familyc.14.1.1 — Clp protease, ClpP subunit
结构域编号 domain_idd3v5eh_
类 Class classc — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold foldc.14 — ClpP/crotonase
超家族 Superfamily superfamilyc.14.1 — ClpP/crotonase
家族 Family familyc.14.1.1 — Clp protease, ClpP subunit
结构域编号 domain_idd3v5ei_
类 Class classc — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold foldc.14 — ClpP/crotonase
超家族 Superfamily superfamilyc.14.1 — ClpP/crotonase
家族 Family familyc.14.1.1 — Clp protease, ClpP subunit
结构域编号 domain_idd3v5ej_
类 Class classc — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold foldc.14 — ClpP/crotonase
超家族 Superfamily superfamilyc.14.1 — ClpP/crotonase
家族 Family familyc.14.1.1 — Clp protease, ClpP subunit
结构域编号 domain_idd3v5ek_
类 Class classc — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold foldc.14 — ClpP/crotonase
超家族 Superfamily superfamilyc.14.1 — ClpP/crotonase
家族 Family familyc.14.1.1 — Clp protease, ClpP subunit
结构域编号 domain_idd3v5el_
类 Class classc — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold foldc.14 — ClpP/crotonase
超家族 Superfamily superfamilyc.14.1 — ClpP/crotonase
家族 Family familyc.14.1.1 — Clp protease, ClpP subunit
结构域编号 domain_idd3v5em_
类 Class classc — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold foldc.14 — ClpP/crotonase
超家族 Superfamily superfamilyc.14.1 — ClpP/crotonase
家族 Family familyc.14.1.1 — Clp protease, ClpP subunit
结构域编号 domain_idd3v5en_
类 Class classc — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold foldc.14 — ClpP/crotonase
超家族 Superfamily superfamilyc.14.1 — ClpP/crotonase
家族 Family familyc.14.1.1 — Clp protease, ClpP subunit

CATH v4.4 (14 domains)

结构域编号 domain_id3v5eA00
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture90 — Alpha-Beta Complex
拓扑 Topology topology226 — 2-enoyl-CoA Hydratase; Chain A, domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — 2-enoyl-CoA Hydratase; Chain A, domain 1
结构域编号 domain_id3v5eB00
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture90 — Alpha-Beta Complex
拓扑 Topology topology226 — 2-enoyl-CoA Hydratase; Chain A, domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — 2-enoyl-CoA Hydratase; Chain A, domain 1
结构域编号 domain_id3v5eC00
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture90 — Alpha-Beta Complex
拓扑 Topology topology226 — 2-enoyl-CoA Hydratase; Chain A, domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — 2-enoyl-CoA Hydratase; Chain A, domain 1
结构域编号 domain_id3v5eD00
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture90 — Alpha-Beta Complex
拓扑 Topology topology226 — 2-enoyl-CoA Hydratase; Chain A, domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — 2-enoyl-CoA Hydratase; Chain A, domain 1
结构域编号 domain_id3v5eE00
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture90 — Alpha-Beta Complex
拓扑 Topology topology226 — 2-enoyl-CoA Hydratase; Chain A, domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — 2-enoyl-CoA Hydratase; Chain A, domain 1
结构域编号 domain_id3v5eF00
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture90 — Alpha-Beta Complex
拓扑 Topology topology226 — 2-enoyl-CoA Hydratase; Chain A, domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — 2-enoyl-CoA Hydratase; Chain A, domain 1
结构域编号 domain_id3v5eG00
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture90 — Alpha-Beta Complex
拓扑 Topology topology226 — 2-enoyl-CoA Hydratase; Chain A, domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — 2-enoyl-CoA Hydratase; Chain A, domain 1
结构域编号 domain_id3v5eH00
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture90 — Alpha-Beta Complex
拓扑 Topology topology226 — 2-enoyl-CoA Hydratase; Chain A, domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — 2-enoyl-CoA Hydratase; Chain A, domain 1
结构域编号 domain_id3v5eI00
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture90 — Alpha-Beta Complex
拓扑 Topology topology226 — 2-enoyl-CoA Hydratase; Chain A, domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — 2-enoyl-CoA Hydratase; Chain A, domain 1
结构域编号 domain_id3v5eJ00
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture90 — Alpha-Beta Complex
拓扑 Topology topology226 — 2-enoyl-CoA Hydratase; Chain A, domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — 2-enoyl-CoA Hydratase; Chain A, domain 1
结构域编号 domain_id3v5eK00
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture90 — Alpha-Beta Complex
拓扑 Topology topology226 — 2-enoyl-CoA Hydratase; Chain A, domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — 2-enoyl-CoA Hydratase; Chain A, domain 1
结构域编号 domain_id3v5eL00
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture90 — Alpha-Beta Complex
拓扑 Topology topology226 — 2-enoyl-CoA Hydratase; Chain A, domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — 2-enoyl-CoA Hydratase; Chain A, domain 1
结构域编号 domain_id3v5eM00
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture90 — Alpha-Beta Complex
拓扑 Topology topology226 — 2-enoyl-CoA Hydratase; Chain A, domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — 2-enoyl-CoA Hydratase; Chain A, domain 1
结构域编号 domain_id3v5eN00
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture90 — Alpha-Beta Complex
拓扑 Topology topology226 — 2-enoyl-CoA Hydratase; Chain A, domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — 2-enoyl-CoA Hydratase; Chain A, domain 1
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7. 引用文献 (1)