SAXSdb — 3v6j

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

DNA polymerase IV

Sulfolobus solfataricus P2

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白–DNA	单体	蛋白 1 DNA 2	;DNA (5'-D(GPGPGPGPAPAPGPGPAPTPTP(DOC))-3') ; × 1 ;DNA (5'-D(TPCPAPTP(EFG)PGPAPAPTPCPCPTPTPCPCPCP*C)-3') ; × 1 2'-DEOXYCYTIDINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 MAGNESIUM ION × 2 water × 3	与全部聚合物一致
2	蛋白–DNA	单体	蛋白 1 DNA 2	;DNA (5'-D(GPGPGPGPAPAPGPGPAPTPTP(DOC))-3') ; × 1 ;DNA (5'-D(TPCPAPTP(EFG)PGPAPAPTPCPCPTPTPCPCPCP*C)-3') ; × 1 2'-DEOXYCYTIDINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 MAGNESIUM ION × 3 water × 3	与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	DPO4_SULSO
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 7–348； UniProt 1–342 作者链 J； PDB构建体 7–348； UniProt 1–342

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	3v6j
沉积日期 deposition_date	2011-12-19
结构标题 title	Replication of N2,3-Ethenoguanine by DNA Polymerases
关键词 keywords	;Sulfolobus solfataricus DNA polymerase IV, Dpo4, ethenoguanine, DNA adduct, DNA lesion, DNA polymerase, DNA replication, lesion bypass, 2'-fluoro arabinose, N2, 3-ethenoguanine, TRANSFERASE-DNA complex ;; TRANSFERASE/DNA
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

3v6j__assembly_2__model_1

Assembly 2 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

3v6j__assembly_2__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

3v6j__assembly_2__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	23.00 Å
Rg（电子密度）	22.49 Å
总 Rg	23.23 Å
原子数	3280
残基数	365
排除体积	57493 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`3v6j__assembly_1__model_1`	trimeric （3）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
2	1	`3v6j__assembly_2__model_1`	trimeric （3）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (6)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	DNA polymerase IV
分子量 formula_weight	39977.5 kDa
EC 编号 ec_number	2.7.7.7
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,J
原子数 atom_count	6824

HHHHHHMIVLFVDFDYFYAQVEEVLNPSLKGKPVVVCVFSGRFEDSGAVATANYEARKFGVKAGIPIVEAKKILPNAVYLPMRKEVYQQVSSRIMNLLREYSEKIEIASIDEAYLDISDKVRDYREAYNLGLEIKNKILEKEKITVTVGISKNKVFAKIAADMAKPNGIKVIDDEEVKRLIRELDIADVPGIGNITAEKLKKLGINKLVDTLSIEFDKLKGMIGEAKAKYLISLARDEYNEPIRTRVRKSIGRIVTMKRNSRNLEEIKPYLFRAIEESYYKLDKRIPKAIHVVAVTEDLDIVSRGRTFPHGISKETAYSESVKLLQKILEEDERKIRRIGVRFSKFIE

来源 Source

来源生物 organism	Sulfolobus solfataricus P2
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	273057
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	;DNA (5'-D(GPGPGPGPAPAPGPGPAPTPTP(DOC))-3') ;
分子量 formula_weight	3751.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polydeoxyribonucleotide
链编号 strand_id	P,K

GGGGAAGGATTC

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	;DNA (5'-D(TPCPAPTP(EFG)PGPAPAPTPCPCPTPTPCPCPCP*C)-3') ;
分子量 formula_weight	5140.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polydeoxyribonucleotide
链编号 strand_id	B,M

TCATXGAATCCTTCCCC

实体 4 Entity 4 non-polymer

描述 description	2'-DEOXYCYTIDINE-5'-TRIPHOSPHATE
分子量 formula_weight	467.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 5 Entity 5 non-polymer

描述 description	MAGNESIUM ION
分子量 formula_weight	24.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	5

实体 6 Entity 6 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	162

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 8 domains

CATH v4.4 (8 domains)

结构域编号 domain_id	3v6jA01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	70 — Alpha-Beta Plaits
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	270 — Reverse transcriptase/Diguanylate cyclase domain

结构域编号 domain_id	3v6jA02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	1170 — MutS, DNA mismatch repair protein, domain I
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	60 —

结构域编号 domain_id	3v6jA03
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	150 — DNA polymerase; domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	20 — 5' to 3' exonuclease, C-terminal subdomain

结构域编号 domain_id	3v6jA04
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	1490 — Dna Ligase; domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	100 — DNA polymerase, Y-family, little finger domain

结构域编号 domain_id	3v6jJ01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	70 — Alpha-Beta Plaits
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	270 — Reverse transcriptase/Diguanylate cyclase domain

结构域编号 domain_id	3v6jJ02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	1170 — MutS, DNA mismatch repair protein, domain I
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	60 —

结构域编号 domain_id	3v6jJ03
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	150 — DNA polymerase; domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	20 — 5' to 3' exonuclease, C-terminal subdomain

结构域编号 domain_id	3v6jJ04
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	1490 — Dna Ligase; domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	100 — DNA polymerase, Y-family, little finger domain

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晶胞边长 a length_a	52.700 Å
晶胞边长 b length_b	111.419 Å
晶胞边长 c length_c	98.807 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	102.57 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	4

空间群 space_group	P 1 21 1
空间群编号 int_tables_number	4
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.300 Å
最低分辨率 resolution_low	29.840 Å
R 因子 r_factor	0.2130
R_work r_work	0.2100
R_free r_free	0.2730

Replication of N2,3-Ethenoguanine by DNA Polymerases

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

DNA polymerase IV

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

3v6j__assembly_2__model_1

3v6j__assembly_2__model_1 | I(q)

3v6j__assembly_2__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (6)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 non-polymer

实体 6 Entity 6 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 8 domains

CATH v4.4 (8 domains)

7. 引用文献 (1)

Replication of N2,3-Ethenoguanine by DNA Polymerases

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

DNA polymerase IV

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

3v6j__assembly_2__model_1

3v6j__assembly_2__model_1 | I(q)

3v6j__assembly_2__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (6)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 non-polymer

实体 6 Entity 6 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 8 domains

CATH v4.4 (8 domains)

7. 引用文献 (1)