3von

Crystalstructure of the ubiquitin protease

Method: X-RAY DIFFRACTION

▼

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Ubiquitin thioesterase OTUB1

Homo sapiens

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 3	Ubiquitin-conjugating enzyme E2 variant 2 × 1 （Q15819） Ubiquitin-conjugating enzyme E2 N × 1 （P61088）	与蛋白数一致
10	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 3	Ubiquitin-conjugating enzyme E2 variant 2 × 1 （Q15819） Ubiquitin-conjugating enzyme E2 N × 1 （P61088）	与蛋白数一致
13	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 3	Ubiquitin-conjugating enzyme E2 variant 2 × 1 （Q15819） Ubiquitin-conjugating enzyme E2 N × 1 （P61088）	与蛋白数一致
16	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 3	Ubiquitin-conjugating enzyme E2 variant 2 × 1 （Q15819） Ubiquitin-conjugating enzyme E2 N × 1 （P61088）	与蛋白数一致
4	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 3	Ubiquitin-conjugating enzyme E2 variant 2 × 1 （Q15819） Ubiquitin-conjugating enzyme E2 N × 1 （P61088）	与蛋白数一致
7	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 3	Ubiquitin-conjugating enzyme E2 variant 2 × 1 （Q15819） Ubiquitin-conjugating enzyme E2 N × 1 （P61088）	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	OTUB1_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 2–228； UniProt 45–271 作者链 H； PDB构建体 2–228； UniProt 45–271 作者链 O； PDB构建体 2–228； UniProt 45–271 作者链 V； PDB构建体 2–228； UniProt 45–271 作者链 c； PDB构建体 2–228； UniProt 45–271 作者链 j； PDB构建体 2–228； UniProt 45–271

Ubiquitin-conjugating enzyme E2 variant 2

Homo sapiens

UniProt Q15819

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 3	Ubiquitin thioesterase OTUB1 × 1 （Q96FW1） Ubiquitin-conjugating enzyme E2 N × 1 （P61088）	与蛋白数一致
10	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 3	Ubiquitin thioesterase OTUB1 × 1 （Q96FW1） Ubiquitin-conjugating enzyme E2 N × 1 （P61088）	与蛋白数一致
11	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 2	Ubiquitin-conjugating enzyme E2 N × 1 （P61088）	与蛋白数一致
12	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 2	Ubiquitin-conjugating enzyme E2 N × 1 （P61088）	与蛋白数一致
13	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 3	Ubiquitin thioesterase OTUB1 × 1 （Q96FW1） Ubiquitin-conjugating enzyme E2 N × 1 （P61088）	与蛋白数一致
14	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 2	Ubiquitin-conjugating enzyme E2 N × 1 （P61088）	与蛋白数一致
15	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 2	Ubiquitin-conjugating enzyme E2 N × 1 （P61088）	与蛋白数一致
16	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 3	Ubiquitin thioesterase OTUB1 × 1 （Q96FW1） Ubiquitin-conjugating enzyme E2 N × 1 （P61088）	与蛋白数一致
17	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 2	Ubiquitin-conjugating enzyme E2 N × 1 （P61088）	与蛋白数一致
18	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 2	Ubiquitin-conjugating enzyme E2 N × 1 （P61088）	与蛋白数一致
2	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 2	Ubiquitin-conjugating enzyme E2 N × 1 （P61088）	与蛋白数一致
3	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 2	Ubiquitin-conjugating enzyme E2 N × 1 （P61088）	与蛋白数一致
4	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 3	Ubiquitin thioesterase OTUB1 × 1 （Q96FW1） Ubiquitin-conjugating enzyme E2 N × 1 （P61088）	与蛋白数一致
5	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 2	Ubiquitin-conjugating enzyme E2 N × 1 （P61088）	与蛋白数一致
6	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 2	Ubiquitin-conjugating enzyme E2 N × 1 （P61088）	与蛋白数一致
7	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 3	Ubiquitin thioesterase OTUB1 × 1 （Q96FW1） Ubiquitin-conjugating enzyme E2 N × 1 （P61088）	与蛋白数一致
8	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 2	Ubiquitin-conjugating enzyme E2 N × 1 （P61088）	与蛋白数一致
9	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 2	Ubiquitin-conjugating enzyme E2 N × 1 （P61088）	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	UB2V2_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 B； PDB构建体 1–138； UniProt 6–143 作者链 D； PDB构建体 1–138； UniProt 6–143 作者链 F； PDB构建体 1–138； UniProt 6–143 作者链 I； PDB构建体 1–138； UniProt 6–143 作者链 K； PDB构建体 1–138； UniProt 6–143 作者链 M； PDB构建体 1–138； UniProt 6–143 作者链 P； PDB构建体 1–138； UniProt 6–143 作者链 R； PDB构建体 1–138； UniProt 6–143 作者链 T； PDB构建体 1–138； UniProt 6–143 作者链 W； PDB构建体 1–138； UniProt 6–143 作者链 Y； PDB构建体 1–138； UniProt 6–143 作者链 a； PDB构建体 1–138； UniProt 6–143 作者链 d； PDB构建体 1–138； UniProt 6–143 作者链 f； PDB构建体 1–138； UniProt 6–143 作者链 h； PDB构建体 1–138； UniProt 6–143 作者链 k； PDB构建体 1–138； UniProt 6–143 作者链 m； PDB构建体 1–138； UniProt 6–143 作者链 o； PDB构建体 1–138； UniProt 6–143

Ubiquitin-conjugating enzyme E2 N

Homo sapiens

UniProt P61088

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 3	Ubiquitin thioesterase OTUB1 × 1 （Q96FW1） Ubiquitin-conjugating enzyme E2 variant 2 × 1 （Q15819）	与蛋白数一致
10	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 3	Ubiquitin thioesterase OTUB1 × 1 （Q96FW1） Ubiquitin-conjugating enzyme E2 variant 2 × 1 （Q15819）	与蛋白数一致
11	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 2	Ubiquitin-conjugating enzyme E2 variant 2 × 1 （Q15819）	与蛋白数一致
12	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 2	Ubiquitin-conjugating enzyme E2 variant 2 × 1 （Q15819）	与蛋白数一致
13	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 3	Ubiquitin thioesterase OTUB1 × 1 （Q96FW1） Ubiquitin-conjugating enzyme E2 variant 2 × 1 （Q15819）	与蛋白数一致
14	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 2	Ubiquitin-conjugating enzyme E2 variant 2 × 1 （Q15819）	与蛋白数一致
15	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 2	Ubiquitin-conjugating enzyme E2 variant 2 × 1 （Q15819）	与蛋白数一致
16	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 3	Ubiquitin thioesterase OTUB1 × 1 （Q96FW1） Ubiquitin-conjugating enzyme E2 variant 2 × 1 （Q15819）	与蛋白数一致
17	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 2	Ubiquitin-conjugating enzyme E2 variant 2 × 1 （Q15819）	与蛋白数一致
18	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 2	Ubiquitin-conjugating enzyme E2 variant 2 × 1 （Q15819）	与蛋白数一致
2	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 2	Ubiquitin-conjugating enzyme E2 variant 2 × 1 （Q15819）	与蛋白数一致
3	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 2	Ubiquitin-conjugating enzyme E2 variant 2 × 1 （Q15819）	与蛋白数一致
4	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 3	Ubiquitin thioesterase OTUB1 × 1 （Q96FW1） Ubiquitin-conjugating enzyme E2 variant 2 × 1 （Q15819）	与蛋白数一致
5	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 2	Ubiquitin-conjugating enzyme E2 variant 2 × 1 （Q15819）	与蛋白数一致
6	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 2	Ubiquitin-conjugating enzyme E2 variant 2 × 1 （Q15819）	与蛋白数一致
7	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 3	Ubiquitin thioesterase OTUB1 × 1 （Q96FW1） Ubiquitin-conjugating enzyme E2 variant 2 × 1 （Q15819）	与蛋白数一致
8	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 2	Ubiquitin-conjugating enzyme E2 variant 2 × 1 （Q15819）	与蛋白数一致
9	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 2	Ubiquitin-conjugating enzyme E2 variant 2 × 1 （Q15819）	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	UBE2N_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	3
链与序列区间	作者链 C； PDB构建体 1–148； UniProt 3–150 作者链 E； PDB构建体 1–148； UniProt 3–150 作者链 G； PDB构建体 1–148； UniProt 3–150 作者链 J； PDB构建体 1–148； UniProt 3–150 作者链 L； PDB构建体 1–148； UniProt 3–150 作者链 N； PDB构建体 1–148； UniProt 3–150 作者链 Q； PDB构建体 1–148； UniProt 3–150 作者链 S； PDB构建体 1–148； UniProt 3–150 作者链 U； PDB构建体 1–148； UniProt 3–150 作者链 X； PDB构建体 1–148； UniProt 3–150 作者链 Z； PDB构建体 1–148； UniProt 3–150 作者链 b； PDB构建体 1–148； UniProt 3–150 作者链 e； PDB构建体 1–148； UniProt 3–150 作者链 g； PDB构建体 1–148； UniProt 3–150 作者链 i； PDB构建体 1–148； UniProt 3–150 作者链 l； PDB构建体 1–148； UniProt 3–150 作者链 n； PDB构建体 1–148； UniProt 3–150 作者链 p； PDB构建体 1–148； UniProt 3–150

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	3von
沉积日期 deposition_date	2012-01-30
结构标题 title	Crystalstructure of the ubiquitin protease
关键词 keywords	ubiquitin protease, HYDROLASE-LIGASE complex; HYDROLASE/LIGASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

3von__assembly_8__model_1

Assembly 8 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

3von__assembly_8__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

3von__assembly_8__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	23.48 Å
Rg（电子密度）	22.50 Å
总 Rg	23.39 Å
原子数	2271
残基数	285
排除体积	40636 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`3von__assembly_1__model_1`	trimeric （3）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
2	1	`3von__assembly_2__model_1`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
3	1	`3von__assembly_3__model_1`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
4	1	`3von__assembly_4__model_1`	trimeric （3）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
5	1	`3von__assembly_5__model_1`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
6	1	`3von__assembly_6__model_1`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
7	1	`3von__assembly_7__model_1`	trimeric （3）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
8	1	`3von__assembly_8__model_1`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
9	1	`3von__assembly_9__model_1`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
10	1	`3von__assembly_10__model_1`	trimeric （3）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
11	1	`3von__assembly_11__model_1`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
12	1	`3von__assembly_12__model_1`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
13	1	`3von__assembly_13__model_1`	trimeric （3）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
14	1	`3von__assembly_14__model_1`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
15	1	`3von__assembly_15__model_1`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
16	1	`3von__assembly_16__model_1`	trimeric （3）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
17	1	`3von__assembly_17__model_1`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
18	1	`3von__assembly_18__model_1`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Ubiquitin thioesterase OTUB1
分子量 formula_weight	26531.8 kDa
EC 编号 ec_number	3.4.19.12
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	6

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,H,O,V,c,j
原子数 atom_count	51450

SNPLVSERLELSVLYKEYAEDDNIYQQKIKDLHKKYSYIRKTRPDGNCFYRAFGFSHLEALLDDSKELQRFKAVSAKSKEDLVSQGFTEFTIEDFHNTFMDLIEQVEKQTSVADLLASFNDQSTSDYLVVYLRLLTSGYLQRESKFFEHFIEGGRTVKEFCQQEVEPMCKESDHIHIIALAQALSVSIQVEYMDRGEGGTTNPHIFPEGSEPKVYLLYRPGHYDILYK

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	Ubiquitin-conjugating enzyme E2 variant 2
分子量 formula_weight	15662.9 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	18

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B,D,F,I,K,M,P,R,T,W,Y,a,d,f,h,k,m,o

GVKVPRNFRLLEELEEGQKGVGDGTVSWGLEDDEDMTLTRWTGMIIGPPRTNYENRIYSLKVECGPKYPEAPPSVRFVTKINMNGINNSSGMVDARSIPVLAKWQNSYSIKVVLQELRRLMMSKENMKLPQPPEGQTY

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	Ubiquitin-conjugating enzyme E2 N
分子量 formula_weight	16728.2 kDa
EC 编号 ec_number	6.3.2.19
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	18

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	C,E,G,J,L,N,Q,S,U,X,Z,b,e,g,i,l,n,p

GLPRRIIKETQRLLAEPVPGIKAEPDESNARYFHVVIAGPQDSPFEGGTFKLELFLPEEYPMAAPKVRFMTKIYHPNVDKLGRICLDILKDKWSPALQIRTVLLSIQALLSAPNPDDPLANDVAEQWKTNEAQAIETARAWTRLYAMN

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 74 domains

SCOP 2.08 (26 domains)

结构域编号 domain_id	d3vona_
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.3 — Cysteine proteinases
超家族 Superfamily superfamily	d.3.1 — Cysteine proteinases
家族 Family family	d.3.1.0 — automated matches

结构域编号 domain_id	d3vonb_
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.20 — UBC-like
超家族 Superfamily superfamily	d.20.1 — UBC-like
家族 Family family	d.20.1.1 — UBC-related

结构域编号 domain_id	d3vonc_
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.20 — UBC-like
超家族 Superfamily superfamily	d.20.1 — UBC-like
家族 Family family	d.20.1.1 — UBC-related

结构域编号 domain_id	d3vond_
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.20 — UBC-like
超家族 Superfamily superfamily	d.20.1 — UBC-like
家族 Family family	d.20.1.1 — UBC-related

结构域编号 domain_id	d3vone_
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.20 — UBC-like
超家族 Superfamily superfamily	d.20.1 — UBC-like
家族 Family family	d.20.1.1 — UBC-related

结构域编号 domain_id	d3vonf_
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.20 — UBC-like
超家族 Superfamily superfamily	d.20.1 — UBC-like
家族 Family family	d.20.1.1 — UBC-related

结构域编号 domain_id	d3vong_
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.20 — UBC-like
超家族 Superfamily superfamily	d.20.1 — UBC-like
家族 Family family	d.20.1.1 — UBC-related

结构域编号 domain_id	d3vonh_
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.3 — Cysteine proteinases
超家族 Superfamily superfamily	d.3.1 — Cysteine proteinases
家族 Family family	d.3.1.0 — automated matches

结构域编号 domain_id	d3voni_
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.20 — UBC-like
超家族 Superfamily superfamily	d.20.1 — UBC-like
家族 Family family	d.20.1.1 — UBC-related

结构域编号 domain_id	d3vonj_
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.20 — UBC-like
超家族 Superfamily superfamily	d.20.1 — UBC-like
家族 Family family	d.20.1.1 — UBC-related

结构域编号 domain_id	d3vonk_
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.20 — UBC-like
超家族 Superfamily superfamily	d.20.1 — UBC-like
家族 Family family	d.20.1.1 — UBC-related

结构域编号 domain_id	d3vonl_
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.20 — UBC-like
超家族 Superfamily superfamily	d.20.1 — UBC-like
家族 Family family	d.20.1.1 — UBC-related

结构域编号 domain_id	d3vonm_
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.20 — UBC-like
超家族 Superfamily superfamily	d.20.1 — UBC-like
家族 Family family	d.20.1.1 — UBC-related

结构域编号 domain_id	d3vonn_
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.20 — UBC-like
超家族 Superfamily superfamily	d.20.1 — UBC-like
家族 Family family	d.20.1.1 — UBC-related

结构域编号 domain_id	d3vono_
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.3 — Cysteine proteinases
超家族 Superfamily superfamily	d.3.1 — Cysteine proteinases
家族 Family family	d.3.1.0 — automated matches

结构域编号 domain_id	d3vonp_
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.20 — UBC-like
超家族 Superfamily superfamily	d.20.1 — UBC-like
家族 Family family	d.20.1.1 — UBC-related

结构域编号 domain_id	d3vonq_
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.20 — UBC-like
超家族 Superfamily superfamily	d.20.1 — UBC-like
家族 Family family	d.20.1.1 — UBC-related

结构域编号 domain_id	d3vonr_
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.20 — UBC-like
超家族 Superfamily superfamily	d.20.1 — UBC-like
家族 Family family	d.20.1.1 — UBC-related

结构域编号 domain_id	d3vons_
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.20 — UBC-like
超家族 Superfamily superfamily	d.20.1 — UBC-like
家族 Family family	d.20.1.1 — UBC-related

结构域编号 domain_id	d3vont_
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.20 — UBC-like
超家族 Superfamily superfamily	d.20.1 — UBC-like
家族 Family family	d.20.1.1 — UBC-related

结构域编号 domain_id	d3vonu_
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.20 — UBC-like
超家族 Superfamily superfamily	d.20.1 — UBC-like
家族 Family family	d.20.1.1 — UBC-related

结构域编号 domain_id	d3vonv_
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.3 — Cysteine proteinases
超家族 Superfamily superfamily	d.3.1 — Cysteine proteinases
家族 Family family	d.3.1.0 — automated matches

结构域编号 domain_id	d3vonw_
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.20 — UBC-like
超家族 Superfamily superfamily	d.20.1 — UBC-like
家族 Family family	d.20.1.1 — UBC-related

结构域编号 domain_id	d3vonx_
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.20 — UBC-like
超家族 Superfamily superfamily	d.20.1 — UBC-like
家族 Family family	d.20.1.1 — UBC-related

结构域编号 domain_id	d3vony_
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.20 — UBC-like
超家族 Superfamily superfamily	d.20.1 — UBC-like
家族 Family family	d.20.1.1 — UBC-related

结构域编号 domain_id	d3vonz_
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.20 — UBC-like
超家族 Superfamily superfamily	d.20.1 — UBC-like
家族 Family family	d.20.1.1 — UBC-related

CATH v4.4 (48 domains)

结构域编号 domain_id	3vonA01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	200 — Phosphorylase Kinase; domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	60 — Peptidase C65 Otubain, subdomain 1

结构域编号 domain_id	3vonA02
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	1300 — 3 helical TM bundles of succinate and fumarate reductases
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	20 — Peptidase C65 Otubain, subdomain 2

结构域编号 domain_id	3vonB00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	10 — Roll
拓扑 Topology topology	110 — Ubiquitin Conjugating Enzyme
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Ubiquitin Conjugating Enzyme

结构域编号 domain_id	3vonC00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	10 — Roll
拓扑 Topology topology	110 — Ubiquitin Conjugating Enzyme
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Ubiquitin Conjugating Enzyme

结构域编号 domain_id	3vonD00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	10 — Roll
拓扑 Topology topology	110 — Ubiquitin Conjugating Enzyme
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Ubiquitin Conjugating Enzyme

结构域编号 domain_id	3vonE00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	10 — Roll
拓扑 Topology topology	110 — Ubiquitin Conjugating Enzyme
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Ubiquitin Conjugating Enzyme

结构域编号 domain_id	3vonF00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	10 — Roll
拓扑 Topology topology	110 — Ubiquitin Conjugating Enzyme
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Ubiquitin Conjugating Enzyme

结构域编号 domain_id	3vonG00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	10 — Roll
拓扑 Topology topology	110 — Ubiquitin Conjugating Enzyme
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Ubiquitin Conjugating Enzyme

结构域编号 domain_id	3vonH01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	200 — Phosphorylase Kinase; domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	60 — Peptidase C65 Otubain, subdomain 1

结构域编号 domain_id	3vonH02
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	1300 — 3 helical TM bundles of succinate and fumarate reductases
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	20 — Peptidase C65 Otubain, subdomain 2

结构域编号 domain_id	3vonI00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	10 — Roll
拓扑 Topology topology	110 — Ubiquitin Conjugating Enzyme
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Ubiquitin Conjugating Enzyme

结构域编号 domain_id	3vonJ00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	10 — Roll
拓扑 Topology topology	110 — Ubiquitin Conjugating Enzyme
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Ubiquitin Conjugating Enzyme

结构域编号 domain_id	3vonK00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	10 — Roll
拓扑 Topology topology	110 — Ubiquitin Conjugating Enzyme
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Ubiquitin Conjugating Enzyme

结构域编号 domain_id	3vonL00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	10 — Roll
拓扑 Topology topology	110 — Ubiquitin Conjugating Enzyme
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Ubiquitin Conjugating Enzyme

结构域编号 domain_id	3vonM00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	10 — Roll
拓扑 Topology topology	110 — Ubiquitin Conjugating Enzyme
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Ubiquitin Conjugating Enzyme

结构域编号 domain_id	3vonN00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	10 — Roll
拓扑 Topology topology	110 — Ubiquitin Conjugating Enzyme
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Ubiquitin Conjugating Enzyme

结构域编号 domain_id	3vonO01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	200 — Phosphorylase Kinase; domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	60 — Peptidase C65 Otubain, subdomain 1

结构域编号 domain_id	3vonO02
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	1300 — 3 helical TM bundles of succinate and fumarate reductases
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	20 — Peptidase C65 Otubain, subdomain 2

结构域编号 domain_id	3vonP00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	10 — Roll
拓扑 Topology topology	110 — Ubiquitin Conjugating Enzyme
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Ubiquitin Conjugating Enzyme

结构域编号 domain_id	3vonQ00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	10 — Roll
拓扑 Topology topology	110 — Ubiquitin Conjugating Enzyme
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Ubiquitin Conjugating Enzyme

结构域编号 domain_id	3vonR00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	10 — Roll
拓扑 Topology topology	110 — Ubiquitin Conjugating Enzyme
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Ubiquitin Conjugating Enzyme

结构域编号 domain_id	3vonS00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	10 — Roll
拓扑 Topology topology	110 — Ubiquitin Conjugating Enzyme
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Ubiquitin Conjugating Enzyme

结构域编号 domain_id	3vonT00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	10 — Roll
拓扑 Topology topology	110 — Ubiquitin Conjugating Enzyme
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Ubiquitin Conjugating Enzyme

结构域编号 domain_id	3vonU00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	10 — Roll
拓扑 Topology topology	110 — Ubiquitin Conjugating Enzyme
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Ubiquitin Conjugating Enzyme

结构域编号 domain_id	3vonV01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	200 — Phosphorylase Kinase; domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	60 — Peptidase C65 Otubain, subdomain 1

结构域编号 domain_id	3vonV02
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	1300 — 3 helical TM bundles of succinate and fumarate reductases
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	20 — Peptidase C65 Otubain, subdomain 2

结构域编号 domain_id	3vonW00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	10 — Roll
拓扑 Topology topology	110 — Ubiquitin Conjugating Enzyme
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Ubiquitin Conjugating Enzyme

结构域编号 domain_id	3vonX00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	10 — Roll
拓扑 Topology topology	110 — Ubiquitin Conjugating Enzyme
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Ubiquitin Conjugating Enzyme

结构域编号 domain_id	3vonY00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	10 — Roll
拓扑 Topology topology	110 — Ubiquitin Conjugating Enzyme
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Ubiquitin Conjugating Enzyme

结构域编号 domain_id	3vonZ00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	10 — Roll
拓扑 Topology topology	110 — Ubiquitin Conjugating Enzyme
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Ubiquitin Conjugating Enzyme

结构域编号 domain_id	3vona00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	10 — Roll
拓扑 Topology topology	110 — Ubiquitin Conjugating Enzyme
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Ubiquitin Conjugating Enzyme

结构域编号 domain_id	3vonb00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	10 — Roll
拓扑 Topology topology	110 — Ubiquitin Conjugating Enzyme
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Ubiquitin Conjugating Enzyme

结构域编号 domain_id	3vonc01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	200 — Phosphorylase Kinase; domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	60 — Peptidase C65 Otubain, subdomain 1

结构域编号 domain_id	3vonc02
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	1300 — 3 helical TM bundles of succinate and fumarate reductases
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	20 — Peptidase C65 Otubain, subdomain 2

结构域编号 domain_id	3vond00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	10 — Roll
拓扑 Topology topology	110 — Ubiquitin Conjugating Enzyme
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Ubiquitin Conjugating Enzyme

结构域编号 domain_id	3vone00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	10 — Roll
拓扑 Topology topology	110 — Ubiquitin Conjugating Enzyme
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Ubiquitin Conjugating Enzyme

结构域编号 domain_id	3vonf00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	10 — Roll
拓扑 Topology topology	110 — Ubiquitin Conjugating Enzyme
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Ubiquitin Conjugating Enzyme

结构域编号 domain_id	3vong00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	10 — Roll
拓扑 Topology topology	110 — Ubiquitin Conjugating Enzyme
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Ubiquitin Conjugating Enzyme

结构域编号 domain_id	3vonh00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	10 — Roll
拓扑 Topology topology	110 — Ubiquitin Conjugating Enzyme
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Ubiquitin Conjugating Enzyme

结构域编号 domain_id	3voni00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	10 — Roll
拓扑 Topology topology	110 — Ubiquitin Conjugating Enzyme
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Ubiquitin Conjugating Enzyme

结构域编号 domain_id	3vonj01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	200 — Phosphorylase Kinase; domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	60 — Peptidase C65 Otubain, subdomain 1

结构域编号 domain_id	3vonj02
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	1300 — 3 helical TM bundles of succinate and fumarate reductases
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	20 — Peptidase C65 Otubain, subdomain 2

结构域编号 domain_id	3vonk00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	10 — Roll
拓扑 Topology topology	110 — Ubiquitin Conjugating Enzyme
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Ubiquitin Conjugating Enzyme

结构域编号 domain_id	3vonl00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	10 — Roll
拓扑 Topology topology	110 — Ubiquitin Conjugating Enzyme
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Ubiquitin Conjugating Enzyme

结构域编号 domain_id	3vonm00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	10 — Roll
拓扑 Topology topology	110 — Ubiquitin Conjugating Enzyme
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Ubiquitin Conjugating Enzyme

结构域编号 domain_id	3vonn00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	10 — Roll
拓扑 Topology topology	110 — Ubiquitin Conjugating Enzyme
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Ubiquitin Conjugating Enzyme

结构域编号 domain_id	3vono00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	10 — Roll
拓扑 Topology topology	110 — Ubiquitin Conjugating Enzyme
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Ubiquitin Conjugating Enzyme

结构域编号 domain_id	3vonp00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	10 — Roll
拓扑 Topology topology	110 — Ubiquitin Conjugating Enzyme
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Ubiquitin Conjugating Enzyme

▶

晶胞边长 a length_a	102.064 Å
晶胞边长 b length_b	137.285 Å
晶胞边长 c length_c	257.109 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.03 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	36

空间群 space_group	P 1 21 1
空间群编号 int_tables_number	4
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	3.150 Å
最低分辨率 resolution_low	50.000 Å
R 因子 r_factor	0.2260
R_work r_work	0.2231
R_free r_free	0.2806

Crystalstructure of the ubiquitin protease

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Ubiquitin thioesterase OTUB1

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

Ubiquitin-conjugating enzyme E2 variant 2

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

Ubiquitin-conjugating enzyme E2 N

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

3von__assembly_8__model_1

3von__assembly_8__model_1 | I(q)

3von__assembly_8__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 74 domains

SCOP 2.08 (26 domains)

CATH v4.4 (48 domains)

7. 引用文献 (1)

Crystalstructure of the ubiquitin protease

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Ubiquitin thioesterase OTUB1

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Ubiquitin-conjugating enzyme E2 variant 2

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Ubiquitin-conjugating enzyme E2 N

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

3von__assembly_8__model_1

3von__assembly_8__model_1 | I(q)

3von__assembly_8__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 74 domains

SCOP 2.08 (26 domains)

CATH v4.4 (48 domains)

7. 引用文献 (1)