3vv4

Crystal structure of cyanobacteriochrome TePixJ GAF domain

Method: X-RAY DIFFRACTION
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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Methyl-accepting chemotaxis protein

Thermosynechococcus elongatus

UniProt Q8DLC7

当前结构中的状态

Assembly 物理组成 蛋白状态 分子拷贝数 共同组分 数据核对
1 蛋白同源多聚体 同源多聚体 蛋白 2 Phycoviolobilin, green light-absorbing form × 2 SULFATE ION × 4 water × 2 与蛋白数一致
2 蛋白同源多聚体 同源多聚体 蛋白 2 Phycoviolobilin, green light-absorbing form × 2 SULFATE ION × 4 water × 2 与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 Q8DLC7_THEEB
Isoform —
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 35–196; UniProt 430–591 作者链 B; PDB构建体 35–196; UniProt 430–591

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id3vv4
沉积日期 deposition_date2012-07-14
结构标题 titleCrystal structure of cyanobacteriochrome TePixJ GAF domain
关键词 keywordscyanobacteriochrome, phycoviolobilin binding, SIGNALING PROTEIN; SIGNALING PROTEIN
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION
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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

3vv4__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

3vv4__assembly_1__model_1 | I(q)

10-2 10-1 105 106 107 q (1/Angstrom) I(q)
100 个绘图点;横轴和纵轴均采用对数尺度。

3vv4__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

新版 assembly/model P(r) 尚未计算 此处仅保留位置,不展示旧数据 r (Angstrom) P(r)
P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。
Rg(Guinier)23.53 Å
Rg(电子密度)22.60 Å
总 Rg23.35 Å
原子数2628
残基数313
排除体积46570 ų
最大 q0.500 Å⁻¹
Assembly Model 结构单元 聚集说明 状态 CRYSOL 操作
1 1 3vv4__assembly_1__model_1 dimeric (2) 成功 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) 查看 下载
2 1 3vv4__assembly_2__model_1 dimeric (2) 成功 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) 查看 下载
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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 5 domains

SCOP 2.08 (3 domains)

结构域编号 domain_idd3vv4a_
类 Class classd — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold foldd.110 — Profilin-like
超家族 Superfamily superfamilyd.110.2 — GAF domain-like
家族 Family familyd.110.2.0 — automated matches
结构域编号 domain_idd3vv4b1
类 Class classd — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold foldd.110 — Profilin-like
超家族 Superfamily superfamilyd.110.2 — GAF domain-like
家族 Family familyd.110.2.0 — automated matches
结构域编号 domain_idd3vv4b2
类 Class classl — Artifacts
折叠类型 Fold foldl.1 — Tags
超家族 Superfamily superfamilyl.1.1 — Tags
家族 Family familyl.1.1.1 — Tags

CATH v4.4 (2 domains)

结构域编号 domain_id3vv4A00
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology450 — Beta-Lactamase
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily40 — GAF domain
结构域编号 domain_id3vv4B00
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology450 — Beta-Lactamase
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily40 — GAF domain
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7. 引用文献 (1)