SAXSdb — 3vy2

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

FMN-binding protein

Desulfovibrio vulgaris

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白同源多聚体同源多聚体蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 1–122 链 B； UniProt 1–122	突变：N33D	FMN FLAVIN MONONUCLEOTIDE × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；277 K；23% PEG 6000, 0.1M Tris, 0.2M sodium acetate, 19.8% glycerol, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277.0K	分辨率 1.60 Å R-free 0.192

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 3VY2	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
1AXJ FMN-BINDING PROTEIN FROM DESULFOVIBRIO VULGARIS (MIYAZAKI F), NMR, 20 STRUCTURES 提交 1997-10-16	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–122（122 aa）	未记录	FMN FLAVIN MONONUCLEOTIDE × 1	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 6.8；309 K	分辨率未提供
1FLM DIMER OF FMN-BINDING PROTEIN FROM DESULFOVIBRIO VULGARIS (MIYAZAKI F) 提交 1999-03-10	突变/修饰不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–122（122 aa）链 B 1–122（122 aa）	未记录	FMN FLAVIN MONONUCLEOTIDE × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 7.5；20% PEG6000, 0.1M TRIS(PH7.5), 20% GRYCEROL, 0.2M NACL	分辨率 1.30 Å R-free 0.182
1WLI L122Y mutant of FMN-binding protein from Desulfovibrio vulgaris (Miyazaki F) 提交 2004-06-28	突变/修饰不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–122（122 aa）链 B 1–122（122 aa）	突变：L122Y 突变：L122Y	FMN FLAVIN MONONUCLEOTIDE × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；298 K；PEG6000, sodium acetate, Tris, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K	分辨率 1.60 Å R-free 0.185
1WLK L122E mutant of FMN-binding protein from Desulfovibrio vulgaris (Miyazaki F) 提交 2004-06-28	突变/修饰不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–122（122 aa）链 B 1–122（122 aa）	突变：L122E 突变：L122E	FMN FLAVIN MONONUCLEOTIDE × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；298 K；PEG6000, sodium acetate, Tris , pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K	分辨率 1.90 Å R-free 0.212
1WLK L122E mutant of FMN-binding protein from Desulfovibrio vulgaris (Miyazaki F) 提交 2004-06-28	突变/修饰不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 C 1–122（122 aa）链 D 1–122（122 aa）	突变：L122E 突变：L122E	FMN FLAVIN MONONUCLEOTIDE × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；298 K；PEG6000, sodium acetate, Tris , pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K	分辨率 1.90 Å R-free 0.212
2E83 T31V mutant of FMN-binding protein from Desulfovibrio vulgaris (Miyazaki F) 提交 2007-01-17	突变/修饰不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–122（122 aa）链 B 1–122（122 aa）	突变：T31V 突变：T31V	FMN FLAVIN MONONUCLEOTIDE × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 7.5；298 K；PEG 6000, sodium acetate, Tris, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, temperature 298K	分辨率 1.52 Å R-free 0.188
3A20 L122K mutant of FMN-binding protein from Desulfovibrio vulgaris (Miyazaki F) 提交 2009-04-27	突变/修饰不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–122（122 aa）链 B 1–122（122 aa）	突变：L122K 突变：L122K	FMN FLAVIN MONONUCLEOTIDE × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；298 K；PEG 6000, sodium acetate, Tris, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K	分辨率 1.60 Å R-free 0.188
3A6Q E13T mutant of FMN-binding protein from Desulfovibrio vulgaris (Miyazaki F) 提交 2009-09-08	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–122（122 aa）链 B 1–122（122 aa）	突变：E13T 突变：E13T	FMN FLAVIN MONONUCLEOTIDE × 2 CL CHLORIDE ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；277 K；24% PEG 6000, 0.1M Tris, 0.2M sodium acetate, 10% glycerol, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277.0K	分辨率 1.40 Å R-free 0.182
3A6R E13Q mutant of FMN-binding protein from Desulfovibrio vulgaris (Miyazaki F) 提交 2009-09-08	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–122（122 aa）链 B 1–122（122 aa）	突变：E13Q 突变：E13Q	FMN FLAVIN MONONUCLEOTIDE × 2 CL CHLORIDE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；277 K；24% PEG 6000, 0.1M Tris, 0.2M sodium acetate, 10% glycerol, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277.0K	分辨率 1.20 Å R-free 0.189
3A6R E13Q mutant of FMN-binding protein from Desulfovibrio vulgaris (Miyazaki F) 提交 2009-09-08	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 C 1–122（122 aa）链 D 1–122（122 aa）	突变：E13Q 突变：E13Q	FMN FLAVIN MONONUCLEOTIDE × 2 CL CHLORIDE ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；277 K；24% PEG 6000, 0.1M Tris, 0.2M sodium acetate, 10% glycerol, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277.0K	分辨率 1.20 Å R-free 0.189
3AMF E13R mutant of FMN-binding protein from Desulfovibrio vulgaris (Miyazaki F) 提交 2010-08-19	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–122（122 aa）链 B 1–122（122 aa）	突变：E13R 突变：E13R	FMN FLAVIN MONONUCLEOTIDE × 2 CL CHLORIDE ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；277 K；22% PEG 6000, 0.1M Tris, 0.2M sodium acetate, 19% glycerol, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277.0K	分辨率 1.60 Å R-free 0.224
3AWH E13K mutant of FMN-binding protein from Desulfovibrio vulgaris (Miyazaki F) 提交 2011-03-22	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–122（122 aa）链 B 1–122（122 aa）	突变：E13K 突变：E13K	FMN FLAVIN MONONUCLEOTIDE × 2 CL CHLORIDE ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；277 K；24% PEG 6000, 0.1M Tris, 0.2M sodium acetate, 19% glycerol, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277.0K	分辨率 1.60 Å R-free 0.207
3VY5 N33Q mutant of FMN-binding protein from Desulfovibrio vulgaris (Miyazaki F) 提交 2012-09-21	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–122（122 aa）链 B 1–122（122 aa）	突变：N33Q 突变：N33Q	FMN FLAVIN MONONUCLEOTIDE × 2 CL CHLORIDE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；277 K；20% PEG 6000, 0.1M Tris, 0.2M sodium acetate, 16.8% glycerol, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277.0K	分辨率 1.40 Å R-free 0.184
3VYA W32Y mutant of FMN-binding protein from Desulfovibrio vulgaris (Miyazaki F) 提交 2012-09-22	构建体不同突变/修饰不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–122（122 aa）	突变：W32Y	FMN FLAVIN MONONUCLEOTIDE × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.05；293 K；100mM HEPES, 85%(v/v) 2-Methyl-2,4-pentanediol, 50%(w/v) polyethylene glycol 400, pH 8.05, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K	分辨率 2.40 Å R-free 0.273

共 12 个其他 PDB 条目、14 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	FMNB_DESVM
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–122； UniProt 1–122 作者链 B； PDB构建体 1–122； UniProt 1–122

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	3vy2
沉积日期 deposition_date	2012-09-21
结构标题 title	N33D mutant of FMN-binding protein from Desulfovibrio vulgaris (Miyazaki F)
关键词 keywords	Electron transport; ELECTRON TRANSPORT
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	18.45 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	17.25 Å
零角强度 I(0) i0	13340500.00
分子量 molecular_weight	27191.0 kDa
排除体积 excluded_volume	33989 Å³
包络体积 envelope_volume	38228 Å³
水化壳体积 shell_volume	18337 Å³
包络直径 envelope_diameter	61.4 Å
壳层 Rg shell_rg	23.73 Å
包络 Rg envelope_rg	17.51 Å
形状 Rg shape_rg	17.27 Å
总 Rg total_rg	18.18 Å
总原子数 total_atoms	1914
残基数 n_residues	244
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	64.4 Å
Rg (实空间) rg_real	18.34 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.36 Å
I(0) (实空间) i0_real	1.3340e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	1.3860e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal	18.36 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	13340000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8471
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	23.8 Å
偏度 Skewness skewness	0.189
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.244
角度范围 angular_range	— – 0.4300 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	4403000.0000
实空间数据点数 n_real_points	74
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.670; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 1.000; Smooth: 0.999

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	FMN-binding protein
分子量 formula_weight	13154.1 kDa
突变 mutation	N33D
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B
原子数 atom_count	2149

MLPGTFFEVLKNEGVVAIATQGEDGPHLVNTWDSYLKVLDGNRIVVPVGGMHKTEANVARDERVLMTLGSRKVAGRNGPGTGFLIRGSAAFRTDGPEFEAIARFKWARAALVITVVSAEQTL

来源 Source

来源生物 organism	Desulfovibrio vulgaris
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	883
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 non-polymer

描述 description	FLAVIN MONONUCLEOTIDE
分子量 formula_weight	456.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 3 Entity 3 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	235

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 2 domains

CATH v4.4 (2 domains)

结构域编号 domain_id	3vy2A00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	30 — Roll
拓扑 Topology topology	110 — Pnp Oxidase; Chain A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Electron Transport, Fmn-binding Protein; Chain A

结构域编号 domain_id	3vy2B00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	30 — Roll
拓扑 Topology topology	110 — Pnp Oxidase; Chain A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Electron Transport, Fmn-binding Protein; Chain A

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8. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	36.868 Å
晶胞边长 b length_b	83.038 Å
晶胞边长 c length_c	40.239 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	94.38 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	4

空间群 space_group	P 1 21 1
空间群编号 int_tables_number	4
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	1.600 Å
最低分辨率 resolution_low	20.000 Å
R 因子 r_factor	0.1715
R_work r_work	0.1703
R_free r_free	0.1920

fit	/app/data/saxs_computation/vy/3vy2/3vy2.fit
pddf	/app/data/pr_computation/vy/3vy2/3vy2.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/vy/3vy2/3vy2.dat

N33D mutant of FMN-binding protein from Desulfovibrio vulgaris (Miyazaki F)

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

FMN-binding protein

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction