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3w3v

Crystal structure of Kap121p mutant D353K/E396K/D438K

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 122.5 Å Quality: GOOD
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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Importin subunit beta-3

Saccharomyces cerevisiae

UniProt P32337

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白单体 单体 蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白拷贝数一致 链 A； UniProt 1–1089 突变：D353K, E396K, D438K 无其他共同聚合物 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；293 K；0.1M HEPES, 10% 2-propanol, 24% PEG 20000, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K 分辨率 3.20 Å R-free 0.252

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB 相对当前条目 3W3V Assembly / 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与非聚合物 实验方法与环境 结构质量
3W3T Crystal structure of Kap121p 提交 2012-12-28 突变/修饰不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 1–1089（1089 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；293 K；0.1M HEPES, 10% 2-popanol, 24% PEG 20000, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
分辨率 2.90 Å R-free 0.247
3W3U Crystal structure of Kap121p mutant R349A/Q350A/D353A/E396A/N430K/D438A/N477A 提交 2012-12-28 突变/修饰不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 1–1089（1089 aa）
突变：R349A, Q350A, D353A, E396A, N430K, D438A, N477A 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；293 K；0.1M HEPES, 10% 2-propanol, 24% PEG 20000, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
分辨率 2.60 Å R-free 0.267
3W3W Crystal structure of Kap121p bound to Ste12p 提交 2012-12-28 突变/修饰不同 聚集状态不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 1–1089（1089 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；293 K；0.1M HEPES, 10% 2-propanol, 24% PEG 20000, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
分辨率 2.20 Å R-free 0.256
3W3X Crystal structure of Kap121p bound to Pho4p 提交 2012-12-28 突变/修饰不同 聚集状态不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 1–1089（1089 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；293 K；0.1M HEPES, 10% 2-propanol, 24% PEG 20000, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
分辨率 2.90 Å R-free 0.268
3W3Y Crystal structure of Kap121p bound to Nup53p 提交 2012-12-28 突变/修饰不同 聚集状态不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 1–1089（1089 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；293 K；0.1M HEPES, 10% 2-propanol, 24% PEG 20000, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
分辨率 2.80 Å R-free 0.297
3W3Z Crystal structure of Kap121p bound to RanGTP 提交 2012-12-28 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 1–1089（1089 aa）
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） MG MAGNESIUM ION × 1 GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；293 K；0.1M MES, 0.2M CaCl2, 10% PEG 20000, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
分辨率 2.70 Å R-free 0.298
4ZJ7 Crystal structure of the karyopherin Kap121p bound to the extreme C-terminus of the protein phosphatase Cdc14p 提交 2015-04-29 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 1–1089（1089 aa）
突变：residues 80-90 deleted 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；293 K；PEG 20000, 2-propanol
分辨率 2.40 Å R-free 0.252
5H2V Crystal structure of the karyopherin Kap121p bound to the SUMO protease Ulp1p 提交 2016-10-18 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 1–1089（1089 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；293 K；0.1M HEPES, 10% 2-propanol, 24% PEG20000
分辨率 2.80 Å R-free 0.241

共 8 个其他 PDB 条目、8 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 IMB3_YEAST
Isoform —
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A； PDB构建体 1–1078； UniProt 1–1089

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 3w3v

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 3w3v
下载 Download
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id3w3v
沉积日期 deposition_date2012-12-28
结构标题 titleCrystal structure of Kap121p mutant D353K/E396K/D438K
关键词 keywordsHEAT repeat, nuclear import, PROTEIN TRANSPORT; PROTEIN TRANSPORT
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION
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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier36.57 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron35.95 Å
零角强度 I(0) i0179310000.00
分子量 molecular_weight111350.0 kDa
排除体积 excluded_volume141060 ų
包络体积 envelope_volume197830 ų
水化壳体积 shell_volume46671 ų
包络直径 envelope_diameter127.3 Å
壳层 Rg shell_rg42.12 Å
包络 Rg envelope_rg34.41 Å
形状 Rg shape_rg35.96 Å
总 Rg total_rg36.38 Å
总原子数 total_atoms7841
残基数 n_residues1025
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 Å−1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3
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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax122.5 Å
Rg (实空间) rg_real36.40 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.91 Å
I(0) (实空间) i0_real1.7930e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error3.0190e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal36.51 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal179300000.0000
解质量估计 total_estimate0.8740
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks1
主峰位置 r_peak_primary51.3 Å
偏度 Skewness skewness0.119
峰度 Kurtosis kurtosis-0.371
角度范围 angular_range— – 0.2150 Å−1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha14540000.0000
实空间数据点数 n_real_points44
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.796; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.998; Smooth: 0.971
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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (1)

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 2 domains

CATH v4.4 (2 domains)

结构域编号 domain_id3w3vA01
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture25 — Alpha Horseshoe
拓扑 Topology topology10 — Leucine-rich Repeat Variant
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Leucine-rich Repeat Variant
结构域编号 domain_id3w3vA02
类 Class class6 — Special
架构 Architecture architecture10 — Helix non-globular
拓扑 Topology topology140 — Helix Hairpins
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily1700 —
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8. 引用文献 (1)

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9. 文件与曲线 (10)