3wa0

Crystal structure of merlin complexed with DCAF1/VprBP

Method: X-RAY DIFFRACTION

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Merlin

Mus musculus

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 2	Protein VPRBP × 1 （Q9Y4B6） water × 1	与蛋白数一致
2	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 2	Protein VPRBP × 1 （Q9Y4B6） water × 2	与蛋白数一致
3	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 2	Protein VPRBP × 1 water × 1	与蛋白数一致
4	蛋白单体	单体	蛋白 1	water × 1	与蛋白数一致
5	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 2	Protein VPRBP × 1 water × 1	与蛋白数一致
6	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 2	Protein VPRBP × 1 water × 1	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	MERL_MOUSE
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 6–301； UniProt 19–314 作者链 B； PDB构建体 6–301； UniProt 19–314 作者链 C； PDB构建体 6–301； UniProt 19–314 作者链 D； PDB构建体 6–301； UniProt 19–314 作者链 E； PDB构建体 6–301； UniProt 19–314 作者链 F； PDB构建体 6–301； UniProt 19–314

Protein VPRBP

Homo sapiens

UniProt Q9Y4B6

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 2	Merlin × 1 （P46662） water × 1	与蛋白数一致
2	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 2	Merlin × 1 （P46662） water × 2	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	VPRBP_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 G； PDB构建体 7–96； UniProt 1417–1506 作者链 H； PDB构建体 7–96； UniProt 1417–1506

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	3wa0
沉积日期 deposition_date	2013-04-20
结构标题 title	Crystal structure of merlin complexed with DCAF1/VprBP
关键词 keywords	merlin FERM domain, CELL ADHESION; CELL ADHESION
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

3wa0__assembly_5__model_1

Assembly 5 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

3wa0__assembly_5__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

3wa0__assembly_5__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	22.56 Å
Rg（电子密度）	21.47 Å
总 Rg	22.48 Å
原子数	2469
残基数	300
排除体积	44274 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`3wa0__assembly_1__model_1`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
2	1	`3wa0__assembly_2__model_1`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
3	1	`3wa0__assembly_3__model_1`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
4	1	`3wa0__assembly_4__model_1`	monomeric （1）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
5	1	`3wa0__assembly_5__model_1`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
6	1	`3wa0__assembly_6__model_1`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (6)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Merlin
分子量 formula_weight	35518.0 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	6

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B,C,D,E,F
原子数 atom_count	15373

GPLGSPKTFTVRIVTMDAEMEFNCEMKWKGKDLFDLVCRTLGLRETWFFGLQYTIKDTVAWLKMDKKVLDHDVSKEEPVTFHFLAKFYPENAEEELVQEITQHLFFLQVKKQILDEKVYCPPEASVLLASYAVQAKYGDYDPSVHKRGFLAQEELLPKRVINLYQMTPEMWEERITAWYAEHRGRARDEAEMEYLKIAQDLEMYGVNYFTIRNKKGTELLLGVDALGLHIYDPENRLTPKISFPWNEIRNISYSDKEFTIKPLDKKIDVFKFNSSKLRVNKLILQLCIGNHDLFMRRRKAD

来源 Source

来源生物 organism	Mus musculus
通用名 common_name	mouse
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	10090
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	Protein VPRBP
分子量 formula_weight	10486.2 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	G,H

GPLGSYDDDTDDLDELDTDQLLEAELEEDDNNENAGEDGDNDFSPSDEELANLLEEGEDGEDEDSDADEEVELILGDTDSSDNSDLEDDIILSLNE

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	Protein VPRBP
分子量 formula_weight	613.7 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	I

XXXXXXX

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 4 Entity 4 polymer

描述 description	Protein VPRBP
分子量 formula_weight	698.9 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	J

XXXXXXXX

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 5 Entity 5 polymer

描述 description	Protein VPRBP
分子量 formula_weight	528.6 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	K

XXXXXX

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 6 Entity 6 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	543

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 36 domains

SCOP 2.08 (18 domains)

结构域编号 domain_id	d3wa0a1
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.15 — beta-Grasp (ubiquitin-like)
超家族 Superfamily superfamily	d.15.1 — Ubiquitin-like
家族 Family family	d.15.1.0 — automated matches

结构域编号 domain_id	d3wa0a2
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.11 — Acyl-CoA binding protein-like
超家族 Superfamily superfamily	a.11.2 — Second domain of FERM
家族 Family family	a.11.2.0 — automated matches

结构域编号 domain_id	d3wa0a3
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.55 — PH domain-like barrel
超家族 Superfamily superfamily	b.55.1 — PH domain-like
家族 Family family	b.55.1.0 — automated matches

结构域编号 domain_id	d3wa0b1
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.15 — beta-Grasp (ubiquitin-like)
超家族 Superfamily superfamily	d.15.1 — Ubiquitin-like
家族 Family family	d.15.1.0 — automated matches

结构域编号 domain_id	d3wa0b2
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.11 — Acyl-CoA binding protein-like
超家族 Superfamily superfamily	a.11.2 — Second domain of FERM
家族 Family family	a.11.2.0 — automated matches

结构域编号 domain_id	d3wa0b3
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.55 — PH domain-like barrel
超家族 Superfamily superfamily	b.55.1 — PH domain-like
家族 Family family	b.55.1.0 — automated matches

结构域编号 domain_id	d3wa0c1
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.15 — beta-Grasp (ubiquitin-like)
超家族 Superfamily superfamily	d.15.1 — Ubiquitin-like
家族 Family family	d.15.1.0 — automated matches

结构域编号 domain_id	d3wa0c2
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.11 — Acyl-CoA binding protein-like
超家族 Superfamily superfamily	a.11.2 — Second domain of FERM
家族 Family family	a.11.2.0 — automated matches

结构域编号 domain_id	d3wa0c3
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.55 — PH domain-like barrel
超家族 Superfamily superfamily	b.55.1 — PH domain-like
家族 Family family	b.55.1.0 — automated matches

结构域编号 domain_id	d3wa0d1
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.15 — beta-Grasp (ubiquitin-like)
超家族 Superfamily superfamily	d.15.1 — Ubiquitin-like
家族 Family family	d.15.1.0 — automated matches

结构域编号 domain_id	d3wa0d2
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.11 — Acyl-CoA binding protein-like
超家族 Superfamily superfamily	a.11.2 — Second domain of FERM
家族 Family family	a.11.2.0 — automated matches

结构域编号 domain_id	d3wa0d3
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.55 — PH domain-like barrel
超家族 Superfamily superfamily	b.55.1 — PH domain-like
家族 Family family	b.55.1.0 — automated matches

结构域编号 domain_id	d3wa0e1
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.15 — beta-Grasp (ubiquitin-like)
超家族 Superfamily superfamily	d.15.1 — Ubiquitin-like
家族 Family family	d.15.1.0 — automated matches

结构域编号 domain_id	d3wa0e2
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.11 — Acyl-CoA binding protein-like
超家族 Superfamily superfamily	a.11.2 — Second domain of FERM
家族 Family family	a.11.2.0 — automated matches

结构域编号 domain_id	d3wa0e3
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.55 — PH domain-like barrel
超家族 Superfamily superfamily	b.55.1 — PH domain-like
家族 Family family	b.55.1.0 — automated matches

结构域编号 domain_id	d3wa0f1
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.15 — beta-Grasp (ubiquitin-like)
超家族 Superfamily superfamily	d.15.1 — Ubiquitin-like
家族 Family family	d.15.1.0 — automated matches

结构域编号 domain_id	d3wa0f2
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.11 — Acyl-CoA binding protein-like
超家族 Superfamily superfamily	a.11.2 — Second domain of FERM
家族 Family family	a.11.2.0 — automated matches

结构域编号 domain_id	d3wa0f3
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.55 — PH domain-like barrel
超家族 Superfamily superfamily	b.55.1 — PH domain-like
家族 Family family	b.55.1.0 — automated matches

CATH v4.4 (18 domains)

结构域编号 domain_id	3wa0A01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	10 — Roll
拓扑 Topology topology	20 — Ubiquitin-like (UB roll)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	90 — Phosphatidylinositol 3-kinase Catalytic Subunit; Chain A, domain 1

结构域编号 domain_id	3wa0A02
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	80 — Acyl-CoA Binding Protein
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 —

结构域编号 domain_id	3wa0A03
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	30 — Roll
拓扑 Topology topology	29 — PH-domain like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	30 — Pleckstrin-homology domain (PH domain)/Phosphotyrosine-binding domain (PTB)

结构域编号 domain_id	3wa0B01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	10 — Roll
拓扑 Topology topology	20 — Ubiquitin-like (UB roll)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	90 — Phosphatidylinositol 3-kinase Catalytic Subunit; Chain A, domain 1

结构域编号 domain_id	3wa0B02
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	80 — Acyl-CoA Binding Protein
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 —

结构域编号 domain_id	3wa0B03
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	30 — Roll
拓扑 Topology topology	29 — PH-domain like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	30 — Pleckstrin-homology domain (PH domain)/Phosphotyrosine-binding domain (PTB)

结构域编号 domain_id	3wa0C01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	10 — Roll
拓扑 Topology topology	20 — Ubiquitin-like (UB roll)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	90 — Phosphatidylinositol 3-kinase Catalytic Subunit; Chain A, domain 1

结构域编号 domain_id	3wa0C02
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	80 — Acyl-CoA Binding Protein
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 —

结构域编号 domain_id	3wa0C03
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	30 — Roll
拓扑 Topology topology	29 — PH-domain like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	30 — Pleckstrin-homology domain (PH domain)/Phosphotyrosine-binding domain (PTB)

结构域编号 domain_id	3wa0D01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	10 — Roll
拓扑 Topology topology	20 — Ubiquitin-like (UB roll)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	90 — Phosphatidylinositol 3-kinase Catalytic Subunit; Chain A, domain 1

结构域编号 domain_id	3wa0D02
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	80 — Acyl-CoA Binding Protein
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 —

结构域编号 domain_id	3wa0D03
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	30 — Roll
拓扑 Topology topology	29 — PH-domain like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	30 — Pleckstrin-homology domain (PH domain)/Phosphotyrosine-binding domain (PTB)

结构域编号 domain_id	3wa0E01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	10 — Roll
拓扑 Topology topology	20 — Ubiquitin-like (UB roll)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	90 — Phosphatidylinositol 3-kinase Catalytic Subunit; Chain A, domain 1

结构域编号 domain_id	3wa0E02
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	80 — Acyl-CoA Binding Protein
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 —

结构域编号 domain_id	3wa0E03
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	30 — Roll
拓扑 Topology topology	29 — PH-domain like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	30 — Pleckstrin-homology domain (PH domain)/Phosphotyrosine-binding domain (PTB)

结构域编号 domain_id	3wa0F01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	10 — Roll
拓扑 Topology topology	20 — Ubiquitin-like (UB roll)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	90 — Phosphatidylinositol 3-kinase Catalytic Subunit; Chain A, domain 1

结构域编号 domain_id	3wa0F02
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	80 — Acyl-CoA Binding Protein
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 —

结构域编号 domain_id	3wa0F03
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	30 — Roll
拓扑 Topology topology	29 — PH-domain like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	30 — Pleckstrin-homology domain (PH domain)/Phosphotyrosine-binding domain (PTB)

▶

晶胞边长 a length_a	85.363 Å
晶胞边长 b length_b	135.760 Å
晶胞边长 c length_c	238.495 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	24

空间群 space_group	P 21 21 21
空间群编号 int_tables_number	19
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.310 Å
最低分辨率 resolution_low	20.070 Å
R 因子 r_factor	0.2368
R_work r_work	0.2354
R_free r_free	0.2638

Crystal structure of merlin complexed with DCAF1/VprBP

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Merlin

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

Protein VPRBP

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

3wa0__assembly_5__model_1

3wa0__assembly_5__model_1 | I(q)

3wa0__assembly_5__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (6)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 4 Entity 4 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 5 Entity 5 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 6 Entity 6 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 36 domains

SCOP 2.08 (18 domains)

CATH v4.4 (18 domains)

7. 引用文献 (1)

Crystal structure of merlin complexed with DCAF1/VprBP

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Merlin

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Protein VPRBP

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

3wa0__assembly_5__model_1

3wa0__assembly_5__model_1 | I(q)

3wa0__assembly_5__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (6)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 4 Entity 4 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 5 Entity 5 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 6 Entity 6 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 36 domains

SCOP 2.08 (18 domains)

CATH v4.4 (18 domains)

7. 引用文献 (1)