SAXSdb — 3wap

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Autophagy-related protein 13, Microtubule-associated proteins 1A/1B light chain 3C

Homo sapiens

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	信息不足单体蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 436–447	片段：UNP RESIDUES 436-447, 8-125	无其他共同聚合物	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 4.6；277 K；0.1M Sodium acetate trihydrate, 8% PEG 4000, pH 4.6, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K	分辨率 3.10 Å R-free 0.273
2	信息不足同源多聚体蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 436–447	片段：UNP RESIDUES 436-447, 8-125	无其他共同聚合物	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 4.6；277 K；0.1M Sodium acetate trihydrate, 8% PEG 4000, pH 4.6, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K	分辨率 3.10 Å R-free 0.273

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 3WAP	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
3WAN Crystal structure of Atg13 LIR-fused human LC3A_2-121 提交 2013-05-06	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 436–447（12 aa）片段：UNP RESIDUES 436-447, 2-121 链 B 436–447（12 aa）片段：UNP RESIDUES 436-447, 2-121	未记录	MPD (4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 4.6；277 K；12% MPD, 0.1M Sodium chloride, 0.1M Sodium acetate trihydrate, pH 4.6, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K	分辨率 1.77 Å R-free 0.227
3WAO Crystal structure of Atg13 LIR-fused human LC3B_2-119 提交 2013-05-06	构建体不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 436–447（12 aa）片段：RESIDUES 436-447, RESIDUES 2-119	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；0.1M Sodium citrate tribasic dihydrate 10% PEG 3350, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 2.60 Å R-free 0.294
3WAO Crystal structure of Atg13 LIR-fused human LC3B_2-119 提交 2013-05-06	构建体不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 信息不足单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 436–447（12 aa）片段：RESIDUES 436-447, RESIDUES 2-119	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；0.1M Sodium citrate tribasic dihydrate 10% PEG 3350, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 2.60 Å R-free 0.294
3WAO Crystal structure of Atg13 LIR-fused human LC3B_2-119 提交 2013-05-06	构建体不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 信息不足单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 C 436–447（12 aa）片段：RESIDUES 436-447, RESIDUES 2-119	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；0.1M Sodium citrate tribasic dihydrate 10% PEG 3350, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 2.60 Å R-free 0.294
3WAO Crystal structure of Atg13 LIR-fused human LC3B_2-119 提交 2013-05-06	构建体不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 4 信息不足单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 D 436–447（12 aa）片段：RESIDUES 436-447, RESIDUES 2-119	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；0.1M Sodium citrate tribasic dihydrate 10% PEG 3350, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 2.60 Å R-free 0.294
5C50 Crystal structure of the complex of human Atg101-Atg13 HORMA domain 提交 2015-06-19	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 12–200（189 aa）片段：UNP residues 12-200	未记录	BEN BENZAMIDINE × 5	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；292 K；19% PEG 3350, 0.5 M benzamidine, and 0.2 M lithium citrate	分辨率 1.63 Å R-free 0.195
5XUY Crystal structure of ATG101-ATG13HORMA 提交 2017-06-26	构建体不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–190（190 aa）片段：UNP residues 1-190	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；0.1M HEPES (pH7.5), 0.2M MgCl2, 6-8% (w/v) PEG 3350	分辨率 2.20 Å R-free 0.275
5XUY Crystal structure of ATG101-ATG13HORMA 提交 2017-06-26	构建体不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 C 1–190（190 aa）片段：UNP residues 1-190	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；0.1M HEPES (pH7.5), 0.2M MgCl2, 6-8% (w/v) PEG 3350	分辨率 2.20 Å R-free 0.275
5XV1 Crystal structure of ATG101-ATG13HORMA 提交 2017-06-26	构建体不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–190（190 aa）片段：UNP residues 1-190	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；0.1M HEPES (pH7.5), 0.2M MgCl2, 6-8% (w/v) PEG 3350	分辨率 2.51 Å R-free 0.251
5XV1 Crystal structure of ATG101-ATG13HORMA 提交 2017-06-26	构建体不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 C 1–190（190 aa）片段：UNP residues 1-190	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；0.1M HEPES (pH7.5), 0.2M MgCl2, 6-8% (w/v) PEG 3350	分辨率 2.51 Å R-free 0.251
5XV3 Crystal structure of ATG101-ATG13HORMA 提交 2017-06-26	构建体不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–190（190 aa）片段：UNP residues 1-190	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；0.1M HEPES (pH7.5), 0.2M MgCl2, 6-8% (w/v) PEG 3350	分辨率 2.57 Å R-free 0.283
5XV3 Crystal structure of ATG101-ATG13HORMA 提交 2017-06-26	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 C 1–190（190 aa）片段：UNP residues 1-190	未记录	PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；0.1M HEPES (pH7.5), 0.2M MgCl2, 6-8% (w/v) PEG 3350	分辨率 2.57 Å R-free 0.283
5XV4 Crystal structure of ATG101-ATG13HORMA 提交 2017-06-26	构建体不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–190（190 aa）片段：UNP residues 1-190	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；0.1M HEPES (pH7.5), 0.2M MgCl2, 6-8% (w/v) PEG 3350	分辨率 2.95 Å R-free 0.313
5XV4 Crystal structure of ATG101-ATG13HORMA 提交 2017-06-26	构建体不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 C 1–190（190 aa）片段：UNP residues 1-190	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；0.1M HEPES (pH7.5), 0.2M MgCl2, 6-8% (w/v) PEG 3350	分辨率 2.95 Å R-free 0.313
5XV4 Crystal structure of ATG101-ATG13HORMA 提交 2017-06-26	构建体不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 E 1–190（190 aa）片段：UNP residues 1-190	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；0.1M HEPES (pH7.5), 0.2M MgCl2, 6-8% (w/v) PEG 3350	分辨率 2.95 Å R-free 0.313
5XV4 Crystal structure of ATG101-ATG13HORMA 提交 2017-06-26	构建体不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 4 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 G 1–190（190 aa）片段：UNP residues 1-190	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；0.1M HEPES (pH7.5), 0.2M MgCl2, 6-8% (w/v) PEG 3350	分辨率 2.95 Å R-free 0.313
5XV4 Crystal structure of ATG101-ATG13HORMA 提交 2017-06-26	构建体不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 5 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 I 1–190（190 aa）片段：UNP residues 1-190	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；0.1M HEPES (pH7.5), 0.2M MgCl2, 6-8% (w/v) PEG 3350	分辨率 2.95 Å R-free 0.313
5XV4 Crystal structure of ATG101-ATG13HORMA 提交 2017-06-26	构建体不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 6 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 K 1–190（190 aa）片段：UNP residues 1-190	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；0.1M HEPES (pH7.5), 0.2M MgCl2, 6-8% (w/v) PEG 3350	分辨率 2.95 Å R-free 0.313
5XV4 Crystal structure of ATG101-ATG13HORMA 提交 2017-06-26	构建体不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 7 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 M 1–190（190 aa）片段：UNP residues 1-190	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；0.1M HEPES (pH7.5), 0.2M MgCl2, 6-8% (w/v) PEG 3350	分辨率 2.95 Å R-free 0.313
5XV4 Crystal structure of ATG101-ATG13HORMA 提交 2017-06-26	构建体不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 8 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 O 1–190（190 aa）片段：UNP residues 1-190	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；0.1M HEPES (pH7.5), 0.2M MgCl2, 6-8% (w/v) PEG 3350	分辨率 2.95 Å R-free 0.313
5XV6 Crystal structure of ATG101-ATG13HORMA 提交 2017-06-26	构建体不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–190（190 aa）片段：UNP residues 1-190	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；0.1M HEPES (pH7.5), 0.2M MgCl2, 6-8% (w/v) PEG 3350	分辨率 2.46 Å R-free 0.271
6HYN Structure of ATG13 LIR motif bound to GABARAP 提交 2018-10-22	构建体不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 441–454（14 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；0.2M NaCl, 10% PEG 8000, 0.1M Na K phosphate 6.2	分辨率 1.14 Å R-free 0.185
8DO8 Crystal structure ATG9 HDIR in complex with the ATG13:ATG101 HORMA dimer 提交 2022-07-12	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 D 1–197（197 aa）	未记录	GOL GLYCEROL × 16	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；273 K；0.1 M HEPES pH 7.5, 0.2 M NaCl, 12% PEG8000	分辨率 2.41 Å R-free 0.251
8DO8 Crystal structure ATG9 HDIR in complex with the ATG13:ATG101 HORMA dimer 提交 2022-07-12	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 B 1–197（197 aa）	未记录	GOL GLYCEROL × 22	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；273 K；0.1 M HEPES pH 7.5, 0.2 M NaCl, 12% PEG8000	分辨率 2.41 Å R-free 0.251
8SOI Structure of human ULK1 complex core (2:1:1 stoichiometry) 提交 2023-04-28	构建体不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 D 346–401（56 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 4.20 Å
8SQZ Structure of human ULK1 complex core (2:2:2 stoichiometry) in the PI3KC3-C1 mixture 提交 2023-05-04	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 E 363–517（155 aa）链 F 363–517（155 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 5.85 Å
8SRM Structure of human ULK1 complex core (2:2:2 stoichiometry) of the ATG13(450-517) mutant 提交 2023-05-05	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 E 334–401（68 aa）链 F 334–401（68 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 4.46 Å

共 13 个其他 PDB 条目、27 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	ATG13_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 3–14； UniProt 436–447

Autophagy-related protein 13, Microtubule-associated proteins 1A/1B light chain 3C

Homo sapiens

UniProt Q9BXW4

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	信息不足单体蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 8–125	片段：UNP RESIDUES 436-447, 8-125	无其他共同聚合物	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 4.6；277 K；0.1M Sodium acetate trihydrate, 8% PEG 4000, pH 4.6, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K	分辨率 3.10 Å R-free 0.273
2	信息不足同源多聚体蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 8–125	片段：UNP RESIDUES 436-447, 8-125	无其他共同聚合物	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 4.6；277 K；0.1M Sodium acetate trihydrate, 8% PEG 4000, pH 4.6, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K	分辨率 3.10 Å R-free 0.273

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 3WAP	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
2NCN Solution Structure of the Autophagy-Related Protein LC3C 提交 2016-04-11	构建体不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–126（126 aa）	未记录	未记录非水小分子	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 6；293.15 K；离子强度（mmCIF原始值）171；压力 1 NMR样品组成 0.35-0.7 mM [U-15N] Microtubule-associated protein light chain 3C (LC3C), 20 mM PIPES, 150 mM sodium chloride, 0.1 mM EDTA, 2% [U-2H] glycerol, 90% H2O, 10% D2O, 90% H2O/10% D2O \| 90% H2O/10% D2O NMR样品组成 0.35-0.7 mM [U-13C; U-15N] Microtubule-associated protein light chain 3C (LC3C), 20 mM PIPES, 150 mM sodium chloride, 0.1 mM EDTA, 2% [U-2H] glycerol, 90% H2O, 10% D2O, 90% H2O/10% D2O \| 90% H2O/10% D2O NMR样品组成 0.35-0.7 mM [U-13C; U-15N] Microtubule-associated protein light chain 3C (LC3C), 20 mM PIPES, 150 mM sodium chloride, 0.1 mM EDTA, 2% [U-2H] glycerol, 100% D2O, 100% D2O \| 100% D2O	分辨率未提供
3VVW NDP52 in complex with LC3C 提交 2012-07-28	构建体不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 1–126（126 aa）片段：UNP residues 1-126	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 7；293 K；16% PEG6000, 0.01M sodium citrate , pH 7.0, Vapor Diffusion, temperature 293K	分辨率 2.50 Å R-free 0.252
3WAM Crystal structure of human LC3C_8-125 提交 2013-05-06	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 8–125（118 aa）片段：UNP RESIDUES 8-125	未记录	CIT CITRIC ACID × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5；277 K；0.5M di-Ammonium hydrogen citrate, 10% PEG 3350, pH 5.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K	分辨率 1.75 Å R-free 0.211
3WAM Crystal structure of human LC3C_8-125 提交 2013-05-06	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 8–125（118 aa）片段：UNP RESIDUES 8-125	未记录	CIT CITRIC ACID × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5；277 K；0.5M di-Ammonium hydrogen citrate, 10% PEG 3350, pH 5.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K	分辨率 1.75 Å R-free 0.211
5DPW Crystal structure of PLEKHM1 LIR in complex with human LC3C_8-125 提交 2015-09-14	构建体不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 8–125（118 aa）片段：UNP residues 8-125	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；278 K；0.2 M Potassium Phosphate monobasic, 20% w/v Polyethylene glycol 3,350	分辨率 2.19 Å R-free 0.246
5DPW Crystal structure of PLEKHM1 LIR in complex with human LC3C_8-125 提交 2015-09-14	构建体不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 C 8–125（118 aa）片段：UNP residues 8-125	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；278 K；0.2 M Potassium Phosphate monobasic, 20% w/v Polyethylene glycol 3,350	分辨率 2.19 Å R-free 0.246
5DPW Crystal structure of PLEKHM1 LIR in complex with human LC3C_8-125 提交 2015-09-14	构建体不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 E 8–125（118 aa）片段：UNP residues 8-125	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；278 K；0.2 M Potassium Phosphate monobasic, 20% w/v Polyethylene glycol 3,350	分辨率 2.19 Å R-free 0.246
5DPW Crystal structure of PLEKHM1 LIR in complex with human LC3C_8-125 提交 2015-09-14	构建体不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 4 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 G 8–125（118 aa）片段：UNP residues 8-125	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；278 K；0.2 M Potassium Phosphate monobasic, 20% w/v Polyethylene glycol 3,350	分辨率 2.19 Å R-free 0.246
5DPW Crystal structure of PLEKHM1 LIR in complex with human LC3C_8-125 提交 2015-09-14	构建体不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 5 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 I 8–125（118 aa）片段：UNP residues 8-125	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；278 K；0.2 M Potassium Phosphate monobasic, 20% w/v Polyethylene glycol 3,350	分辨率 2.19 Å R-free 0.246
5DPW Crystal structure of PLEKHM1 LIR in complex with human LC3C_8-125 提交 2015-09-14	构建体不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 6 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 K 8–125（118 aa）片段：UNP residues 8-125	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；278 K；0.2 M Potassium Phosphate monobasic, 20% w/v Polyethylene glycol 3,350	分辨率 2.19 Å R-free 0.246
5DPW Crystal structure of PLEKHM1 LIR in complex with human LC3C_8-125 提交 2015-09-14	构建体不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 7 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 M 8–125（118 aa）片段：UNP residues 8-125	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；278 K；0.2 M Potassium Phosphate monobasic, 20% w/v Polyethylene glycol 3,350	分辨率 2.19 Å R-free 0.246
5DPW Crystal structure of PLEKHM1 LIR in complex with human LC3C_8-125 提交 2015-09-14	构建体不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 8 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 O 8–125（118 aa）片段：UNP residues 8-125	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；278 K；0.2 M Potassium Phosphate monobasic, 20% w/v Polyethylene glycol 3,350	分辨率 2.19 Å R-free 0.246

共 4 个其他 PDB 条目、12 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	MLP3C_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 17–134； UniProt 8–125

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	3wap
沉积日期 deposition_date	2013-05-06
结构标题 title	Crystal structure of Atg13 LIR-fused human LC3C_8-125
关键词 keywords	UBIQUITIN-LIKE FOLD, AUTOPHAGY, PROTEIN TRANSPORT; PROTEIN TRANSPORT
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	15.84 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	14.71 Å
零角强度 I(0) i0	3846100.00
分子量 molecular_weight	14413.0 kDa
排除体积 excluded_volume	18384 Å³
包络体积 envelope_volume	21235 Å³
水化壳体积 shell_volume	12496 Å³
包络直径 envelope_diameter	54.7 Å
壳层 Rg shell_rg	20.17 Å
包络 Rg envelope_rg	15.11 Å
形状 Rg shape_rg	14.70 Å
总 Rg total_rg	15.96 Å
总原子数 total_atoms	1014
残基数 n_residues	124
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	54.3 Å
Rg (实空间) rg_real	15.77 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.39 Å
I(0) (实空间) i0_real	3.8460e+06
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	4.4660e+04
Rg (倒空间) rg_reciprocal	15.78 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	3846000.0000
解质量估计 total_estimate	0.7802
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	48.8 Å
偏度 Skewness skewness	0.222
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.192
角度范围 angular_range	— – 0.5000 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	800500.0000
实空间数据点数 n_real_points	80
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.717; Stabil: 0.998; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.991; Smooth: 0.000

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (1)

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 2 domains

SCOP 2.08 (1 domains)

结构域编号 domain_id	d3wapa_
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.15 — beta-Grasp (ubiquitin-like)
超家族 Superfamily superfamily	d.15.1 — Ubiquitin-like
家族 Family family	d.15.1.3 — GABARAP-like

CATH v4.4 (1 domains)

结构域编号 domain_id	3wapA00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	10 — Roll
拓扑 Topology topology	20 — Ubiquitin-like (UB roll)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	90 — Phosphatidylinositol 3-kinase Catalytic Subunit; Chain A, domain 1

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8. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	61.730 Å
晶胞边长 b length_b	61.730 Å
晶胞边长 c length_c	95.881 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	120.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	6

空间群 space_group	P 31 2 1
空间群编号 int_tables_number	152
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	3.100 Å
最低分辨率 resolution_low	53.460 Å
R 因子 r_factor	0.2104
R_work r_work	0.2074
R_free r_free	0.2732

描述 description	Autophagy-related protein 13, Microtubule-associated proteins 1A/1B light chain 3C
分子量 formula_weight	15401.7 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	1014

Crystal structure of Atg13 LIR-fused human LC3C_8-125

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Autophagy-related protein 13, Microtubule-associated proteins 1A/1B light chain 3C

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

Autophagy-related protein 13, Microtubule-associated proteins 1A/1B light chain 3C

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (1)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 2 domains

SCOP 2.08 (1 domains)

CATH v4.4 (1 domains)

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

fit	/app/data/saxs_computation/wa/3wap/3wap.fit
pddf	/app/data/pr_computation/wa/3wap/3wap.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/wa/3wap/3wap.dat