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3wsr

Crystal structure of CLEC-2 in complex with O-glycosylated podoplanin

Method: X-RAY DIFFRACTION
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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

C-type lectin domain family 1 member B

Homo sapiens

UniProt Q9P126

当前结构中的状态

Assembly 物理组成 蛋白状态 分子拷贝数 共同组分 数据核对
1 其他组合 异源复合物 蛋白 2 其他聚合物 1 Peptide from Podoplanin × 1 （Q86YL7） beta-D-galactopyranose-(1-3)-[N-acetyl-alpha-neuraminic acid-(2-6)]2-acetamido-2-deoxy-alpha-D-galactopyranose × 1 water × 2 与蛋白数一致
2 其他组合 异源复合物 蛋白 2 其他聚合物 1 Peptide from Podoplanin × 1 （Q86YL7） beta-D-galactopyranose-(1-3)-[N-acetyl-alpha-neuraminic acid-(2-6)]2-acetamido-2-deoxy-alpha-D-galactopyranose × 1 water × 2 与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

单体
2c6u

共 1 个 assembly

同源二聚体

暂无

同源四聚体

暂无

其他同源多聚体

暂无

异源或核酸复合物
3wsr 3wsr 3wwk 3wwk 3wwk 3wwk

共 6 个 assembly

查看构建体与数据证据
UniProt名称 CLC1B_HUMAN
Isoform —
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A； PDB构建体 3–128； UniProt 96–221 作者链 B； PDB构建体 3–128； UniProt 96–221

Peptide from Podoplanin

物种未注明

UniProt Q86YL7

当前结构中的状态

Assembly 物理组成 蛋白状态 分子拷贝数 共同组分 数据核对
1 其他组合 异源复合物 蛋白 2 其他聚合物 1 C-type lectin domain family 1 member B × 1 （Q9P126） beta-D-galactopyranose-(1-3)-[N-acetyl-alpha-neuraminic acid-(2-6)]2-acetamido-2-deoxy-alpha-D-galactopyranose × 1 water × 2 与蛋白数一致
2 其他组合 异源复合物 蛋白 2 其他聚合物 1 C-type lectin domain family 1 member B × 1 （Q9P126） beta-D-galactopyranose-(1-3)-[N-acetyl-alpha-neuraminic acid-(2-6)]2-acetamido-2-deoxy-alpha-D-galactopyranose × 1 water × 2 与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

单体

暂无

同源二聚体

暂无

同源四聚体

暂无

其他同源多聚体

暂无

异源或核酸复合物
3wsr 3wsr 7c94 7c94 7cqc 7cqd 7cqd

共 7 个 assembly

查看构建体与数据证据
UniProt名称 PDPN_HUMAN
Isoform —
PDB实体 2
链与序列区间 作者链 C； PDB构建体 1–17； UniProt 38–54 作者链 D； PDB构建体 1–17； UniProt 38–54

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id3wsr
沉积日期 deposition_date2014-03-20
结构标题 titleCrystal structure of CLEC-2 in complex with O-glycosylated podoplanin
关键词 keywordsC-type lectin fold, Cell surface receptor, Podoplanin, O-glycosylated, Extracellular region, SUGAR BINDING PROTEIN; SUGAR BINDING PROTEIN
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION
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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

3wsr__assembly_2__model_1

Assembly 2 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

3wsr__assembly_2__model_1 | I(q)

10-2 10-1 105 106 q (1/Angstrom) I(q)
100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

3wsr__assembly_2__model_1 | P(r) · Pending

新版 assembly/model P(r) 尚未计算 此处仅保留位置，不展示旧数据 r (Angstrom) P(r)
P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。
Rg（Guinier）15.61 Å
Rg（电子密度）14.41 Å
总 Rg15.59 Å
原子数1130
残基数131
排除体积19778 ų
最大 q0.500 Å⁻¹
Assembly Model 结构单元 聚集说明 状态 CRYSOL 操作
1 1 3wsr__assembly_1__model_1 dimeric （2） 成功 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) 查看 下载
2 1 3wsr__assembly_2__model_1 dimeric （2） 成功 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) 查看 下载
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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 2 domains

CATH v4.4 (2 domains)

结构域编号 domain_id3wsrA00
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture10 — Roll
拓扑 Topology topology100 — Mannose-Binding Protein A; Chain A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Mannose-Binding Protein A, subunit A
结构域编号 domain_id3wsrB00
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture10 — Roll
拓扑 Topology topology100 — Mannose-Binding Protein A; Chain A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Mannose-Binding Protein A, subunit A
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7. 引用文献 (1)