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3wv3

Crystal structure of the catalytic domain of MMP-13 complexed with N-(3-methoxybenzyl)-4-oxo-3,4-dihydrothieno[2,3-d]pyrimidine-2-carboxamide

Method: X-RAY DIFFRACTION
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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Collagenase 3

Homo sapiens

UniProt P45452

当前结构中的状态

Assembly 物理组成 蛋白状态 分子拷贝数 共同组分 数据核对
1 蛋白单体 单体 蛋白 1 ZINC ION × 2 CALCIUM ION × 2 SODIUM ION × 1 FORMIC ACID × 1 1,2-ETHANEDIOL × 1 N-(3-methoxybenzyl)-4-oxo-3,4-dihydrothieno[2,3-d]pyrimidine-2-carboxamide × 1 water × 1 与蛋白数一致
2 蛋白单体 单体 蛋白 1 ZINC ION × 2 CALCIUM ION × 2 SODIUM ION × 1 FORMIC ACID × 1 1,2-ETHANEDIOL × 1 N-(3-methoxybenzyl)-4-oxo-3,4-dihydrothieno[2,3-d]pyrimidine-2-carboxamide × 1 water × 1 与蛋白数一致
3 蛋白同源多聚体 同源多聚体 蛋白 2 ZINC ION × 4 CALCIUM ION × 4 SODIUM ION × 2 FORMIC ACID × 2 1,2-ETHANEDIOL × 2 N-(3-methoxybenzyl)-4-oxo-3,4-dihydrothieno[2,3-d]pyrimidine-2-carboxamide × 2 water × 2 与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

单体
1eub 1fls 1fm1 1pex 1xuc 1xuc 1xud 1xud 1you 1you 1ztq 1ztq

共 66 个 assembly，这里只显示前 12 个

同源二聚体
1xur 2yig 3elm 3i7g 3i7i 3o2x 3o2x 3wv1 3wv2 3wv3 3zxh 456c

共 26 个 assembly，这里只显示前 12 个

同源四聚体
1xur 1you 2ow9 3elm 3i7g 3i7i 3kry 3o2x 3zxh 4a7b 4l19

共 11 个 assembly

其他同源多聚体
2ozr

共 1 个 assembly

异源或核酸复合物
2e2d 5uwm 5uwm

共 3 个 assembly

查看构建体与数据证据
UniProt名称 MMP13_HUMAN
Isoform —
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A； PDB构建体 1–171； UniProt 104–274 作者链 B； PDB构建体 1–171； UniProt 104–274

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id3wv3
沉积日期 deposition_date2014-05-12
结构标题 titleCrystal structure of the catalytic domain of MMP-13 complexed with N-(3-methoxybenzyl)-4-oxo-3,4-dihydrothieno[2,3-d]pyrimidine-2-carboxamide
关键词 keywordsMMP-13, HYDROLASE, HYDROLASE-HYDROLASE INHIBITOR complex; HYDROLASE/HYDROLASE INHIBITOR
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION
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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

3wv3__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

3wv3__assembly_1__model_1 | I(q)

10-2 10-1 105 106 q (1/Angstrom) I(q)
100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

3wv3__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

新版 assembly/model P(r) 尚未计算 此处仅保留位置，不展示旧数据 r (Angstrom) P(r)
P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。
Rg（Guinier）16.77 Å
Rg（电子密度）15.61 Å
总 Rg16.79 Å
原子数1376
残基数168
排除体积24392 ų
最大 q0.500 Å⁻¹
Assembly Model 结构单元 聚集说明 状态 CRYSOL 操作
1 1 3wv3__assembly_1__model_1 monomeric （1） 成功 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) 查看 下载
2 1 3wv3__assembly_2__model_1 monomeric （1） 成功 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) 查看 下载
3 1 3wv3__assembly_3__model_1 dimeric （2） 成功 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) 查看 下载
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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (8)

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 4 domains

SCOP 2.08 (2 domains)

结构域编号 domain_idd3wv3a_
类 Class classd — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold foldd.92 — Zincin-like
超家族 Superfamily superfamilyd.92.1 — Metalloproteases ('zincins'), catalytic domain
家族 Family familyd.92.1.11 — Matrix metalloproteases, catalytic domain
结构域编号 domain_idd3wv3b_
类 Class classd — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold foldd.92 — Zincin-like
超家族 Superfamily superfamilyd.92.1 — Metalloproteases ('zincins'), catalytic domain
家族 Family familyd.92.1.11 — Matrix metalloproteases, catalytic domain

CATH v4.4 (2 domains)

结构域编号 domain_id3wv3A00
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology390 — Collagenase (Catalytic Domain)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Collagenase (Catalytic Domain)
结构域编号 domain_id3wv3B00
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology390 — Collagenase (Catalytic Domain)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Collagenase (Catalytic Domain)
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7. 引用文献 (1)