3wwk

Crystal structure of CLEC-2 in complex with rhodocytin

Method: X-RAY DIFFRACTION

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

C-type lectin domain family 1 member B

Homo sapiens

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 3	Snaclec rhodocytin subunit alpha × 1 （Q9I841） Snaclec rhodocytin subunit beta × 1 （Q9I840）	与蛋白数一致
2	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 3	Snaclec rhodocytin subunit alpha × 1 （Q9I841） Snaclec rhodocytin subunit beta × 1 （Q9I840）	与蛋白数一致
3	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 3	Snaclec rhodocytin subunit alpha × 1 （Q9I841） Snaclec rhodocytin subunit beta × 1 （Q9I840）	与蛋白数一致
4	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 3	Snaclec rhodocytin subunit alpha × 1 （Q9I841） Snaclec rhodocytin subunit beta × 1 （Q9I840）	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

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UniProt名称	CLC1B_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 C； PDB构建体 3–128； UniProt 96–221 作者链 F； PDB构建体 3–128； UniProt 96–221 作者链 I； PDB构建体 3–128； UniProt 96–221 作者链 L； PDB构建体 3–128； UniProt 96–221

Snaclec rhodocytin subunit alpha

物种未注明

UniProt Q9I841

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 3	C-type lectin domain family 1 member B × 1 （Q9P126） Snaclec rhodocytin subunit beta × 1 （Q9I840）	与蛋白数一致
2	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 3	C-type lectin domain family 1 member B × 1 （Q9P126） Snaclec rhodocytin subunit beta × 1 （Q9I840）	与蛋白数一致
3	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 3	C-type lectin domain family 1 member B × 1 （Q9P126） Snaclec rhodocytin subunit beta × 1 （Q9I840）	与蛋白数一致
4	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 3	C-type lectin domain family 1 member B × 1 （Q9P126） Snaclec rhodocytin subunit beta × 1 （Q9I840）	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	SLYA_CALRH
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–136； UniProt 1–136 作者链 D； PDB构建体 1–136； UniProt 1–136 作者链 G； PDB构建体 1–136； UniProt 1–136 作者链 J； PDB构建体 1–136； UniProt 1–136

Snaclec rhodocytin subunit beta

物种未注明

UniProt Q9I840

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 3	C-type lectin domain family 1 member B × 1 （Q9P126） Snaclec rhodocytin subunit alpha × 1 （Q9I841）	与蛋白数一致
2	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 3	C-type lectin domain family 1 member B × 1 （Q9P126） Snaclec rhodocytin subunit alpha × 1 （Q9I841）	与蛋白数一致
3	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 3	C-type lectin domain family 1 member B × 1 （Q9P126） Snaclec rhodocytin subunit alpha × 1 （Q9I841）	与蛋白数一致
4	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 3	C-type lectin domain family 1 member B × 1 （Q9P126） Snaclec rhodocytin subunit alpha × 1 （Q9I841）	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	SLYB_CALRH
Isoform	—
PDB实体	3
链与序列区间	作者链 B； PDB构建体 1–146； UniProt 1–146 作者链 E； PDB构建体 1–146； UniProt 1–146 作者链 H； PDB构建体 1–146； UniProt 1–146 作者链 K； PDB构建体 1–146； UniProt 1–146

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	3wwk
沉积日期 deposition_date	2014-06-20
结构标题 title	Crystal structure of CLEC-2 in complex with rhodocytin
关键词 keywords	C-type lectin fold, Carbohydrate binding, Podoplanin, Rhodocytin, SUGAR BINDING PROTEIN; SUGAR BINDING PROTEIN
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

3wwk__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

3wwk__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

3wwk__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	31.02 Å
Rg（电子密度）	31.45 Å
总 Rg	31.78 Å
原子数	3125
残基数	378
排除体积	54618 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`3wwk__assembly_1__model_1`	trimeric （3）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
2	1	`3wwk__assembly_2__model_1`	trimeric （3）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
3	1	`3wwk__assembly_3__model_1`	trimeric （3）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
4	1	`3wwk__assembly_4__model_1`	trimeric （3）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	C-type lectin domain family 1 member B
分子量 formula_weight	15157.0 kDa
突变 mutation	C96S
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	4

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	C,I,L,F
原子数 atom_count	12453

GSGHKSSPCDTNWRYYGDSCYGFFRHNLTWEESKQYCTDMNATLLKIDNRNIVEYIKARTHLIRWVGLSRQKSNEVWKWEDGSVISENMFEFLEDGKGNMNCAYFHNGKMHPTFCENKHYLMCERKAG

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	Snaclec rhodocytin subunit alpha
分子量 formula_weight	15812.4 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	4

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,D,G,J

GLEDCDFGWSPYDQHCYQAFNEQKTWDEAEKFCRAQENGAHLASIESNGEADFVSWLISQKDELADEDYVWIGLRAQNKEQQCSSEWSDGSSVSYENLIDLHTKKCGALEKLTGFRKWVNYYCEQMHAFVCKLLPY

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	Snaclec rhodocytin subunit beta
分子量 formula_weight	16790.1 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	4

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B,E,H,K

MGRFIFVSFGLLVVFLSLSGTGADCPSGWSSYEGHCYKPFNEPKNWADAERFCKLQPKHSHLVSFQSAEEADFVVKLTRPRLKANLVWMGLSNIWHGCNWQWSDGARLNYKDWQEQSECLAFRGVHTEWLNMDCSSTCSFVCKFKA

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 24 domains

SCOP 2.08 (12 domains)

结构域编号 domain_id	d3wwka_
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.169 — C-type lectin-like
超家族 Superfamily superfamily	d.169.1 — C-type lectin-like
家族 Family family	d.169.1.1 — C-type lectin domain

结构域编号 domain_id	d3wwkb_
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.169 — C-type lectin-like
超家族 Superfamily superfamily	d.169.1 — C-type lectin-like
家族 Family family	d.169.1.1 — C-type lectin domain

结构域编号 domain_id	d3wwkc_
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.169 — C-type lectin-like
超家族 Superfamily superfamily	d.169.1 — C-type lectin-like
家族 Family family	d.169.1.0 — automated matches

结构域编号 domain_id	d3wwkd_
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.169 — C-type lectin-like
超家族 Superfamily superfamily	d.169.1 — C-type lectin-like
家族 Family family	d.169.1.1 — C-type lectin domain

结构域编号 domain_id	d3wwke_
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.169 — C-type lectin-like
超家族 Superfamily superfamily	d.169.1 — C-type lectin-like
家族 Family family	d.169.1.0 — automated matches

结构域编号 domain_id	d3wwkf_
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.169 — C-type lectin-like
超家族 Superfamily superfamily	d.169.1 — C-type lectin-like
家族 Family family	d.169.1.0 — automated matches

结构域编号 domain_id	d3wwkg_
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.169 — C-type lectin-like
超家族 Superfamily superfamily	d.169.1 — C-type lectin-like
家族 Family family	d.169.1.1 — C-type lectin domain

结构域编号 domain_id	d3wwkh_
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.169 — C-type lectin-like
超家族 Superfamily superfamily	d.169.1 — C-type lectin-like
家族 Family family	d.169.1.1 — C-type lectin domain

结构域编号 domain_id	d3wwki_
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.169 — C-type lectin-like
超家族 Superfamily superfamily	d.169.1 — C-type lectin-like
家族 Family family	d.169.1.0 — automated matches

结构域编号 domain_id	d3wwkj_
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.169 — C-type lectin-like
超家族 Superfamily superfamily	d.169.1 — C-type lectin-like
家族 Family family	d.169.1.1 — C-type lectin domain

结构域编号 domain_id	d3wwkk_
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.169 — C-type lectin-like
超家族 Superfamily superfamily	d.169.1 — C-type lectin-like
家族 Family family	d.169.1.1 — C-type lectin domain

结构域编号 domain_id	d3wwkl_
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.169 — C-type lectin-like
超家族 Superfamily superfamily	d.169.1 — C-type lectin-like
家族 Family family	d.169.1.0 — automated matches

CATH v4.4 (12 domains)

结构域编号 domain_id	3wwkA00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	10 — Roll
拓扑 Topology topology	100 — Mannose-Binding Protein A; Chain A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Mannose-Binding Protein A, subunit A

结构域编号 domain_id	3wwkB00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	10 — Roll
拓扑 Topology topology	100 — Mannose-Binding Protein A; Chain A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Mannose-Binding Protein A, subunit A

结构域编号 domain_id	3wwkC00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	10 — Roll
拓扑 Topology topology	100 — Mannose-Binding Protein A; Chain A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Mannose-Binding Protein A, subunit A

结构域编号 domain_id	3wwkD00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	10 — Roll
拓扑 Topology topology	100 — Mannose-Binding Protein A; Chain A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Mannose-Binding Protein A, subunit A

结构域编号 domain_id	3wwkE00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	10 — Roll
拓扑 Topology topology	100 — Mannose-Binding Protein A; Chain A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Mannose-Binding Protein A, subunit A

结构域编号 domain_id	3wwkF00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	10 — Roll
拓扑 Topology topology	100 — Mannose-Binding Protein A; Chain A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Mannose-Binding Protein A, subunit A

结构域编号 domain_id	3wwkG00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	10 — Roll
拓扑 Topology topology	100 — Mannose-Binding Protein A; Chain A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Mannose-Binding Protein A, subunit A

结构域编号 domain_id	3wwkH00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	10 — Roll
拓扑 Topology topology	100 — Mannose-Binding Protein A; Chain A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Mannose-Binding Protein A, subunit A

结构域编号 domain_id	3wwkI00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	10 — Roll
拓扑 Topology topology	100 — Mannose-Binding Protein A; Chain A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Mannose-Binding Protein A, subunit A

结构域编号 domain_id	3wwkJ00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	10 — Roll
拓扑 Topology topology	100 — Mannose-Binding Protein A; Chain A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Mannose-Binding Protein A, subunit A

结构域编号 domain_id	3wwkK00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	10 — Roll
拓扑 Topology topology	100 — Mannose-Binding Protein A; Chain A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Mannose-Binding Protein A, subunit A

结构域编号 domain_id	3wwkL00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	10 — Roll
拓扑 Topology topology	100 — Mannose-Binding Protein A; Chain A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Mannose-Binding Protein A, subunit A

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晶胞边长 a length_a	130.851 Å
晶胞边长 b length_b	117.072 Å
晶胞边长 c length_c	152.238 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	115.78 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	16

空间群 space_group	C 1 2 1
空间群编号 int_tables_number	5
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.980 Å
最低分辨率 resolution_low	37.560 Å
R 因子 r_factor	0.2841
R_work r_work	0.2819
R_free r_free	0.3249

Crystal structure of CLEC-2 in complex with rhodocytin

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

C-type lectin domain family 1 member B

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

Snaclec rhodocytin subunit alpha

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

Snaclec rhodocytin subunit beta

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

3wwk__assembly_1__model_1

3wwk__assembly_1__model_1 | I(q)

3wwk__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 24 domains

SCOP 2.08 (12 domains)

CATH v4.4 (12 domains)

7. 引用文献 (1)

Crystal structure of CLEC-2 in complex with rhodocytin

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

C-type lectin domain family 1 member B

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Snaclec rhodocytin subunit alpha

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Snaclec rhodocytin subunit beta

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

3wwk__assembly_1__model_1

3wwk__assembly_1__model_1 | I(q)

3wwk__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 24 domains

SCOP 2.08 (12 domains)

CATH v4.4 (12 domains)

7. 引用文献 (1)