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3x08

Crystal structure of PIP4KIIBETA N203A complex with GMP

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 115.2 Å Quality: GOOD
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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Phosphatidylinositol 5-phosphate 4-kinase type-2 beta

Homo sapiens

UniProt P78356

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白同源多聚体 同源多聚体 蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白拷贝数一致 链 A； UniProt 31–416 链 B； UniProt 31–416 片段：UNP RESIDUES 31-416 突变：N203A 5GP GUANOSINE-5'-MONOPHOSPHATE × 3 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.5；277 K；100MM NA-CITRATE, 10MM MG-ACETATE, 100MM LI-ACETATE, 8-14%(V/V) PEG4000, pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K 分辨率 2.75 Å R-free 0.267

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB 相对当前条目 3X08 Assembly / 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与非聚合物 实验方法与环境 结构质量
1BO1 PHOSPHATIDYLINOSITOL PHOSPHATE KINASE TYPE II BETA 提交 1998-08-02 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 1–416（416 aa）
链 B 1–416（416 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 5.6；100MM SODIUM CITRATE PH5.6 200MM MAGNESIUM ACETATE 100MM LITHIUM ACETATE 16% PEG (4000)
分辨率 3.00 Å R-free 0.299
3WZZ Crystal structure of PIP4KIIBETA 提交 2014-10-08 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 31–416（386 aa） 片段：UNP RESIDUES 31-416
链 B 31–416（386 aa） 片段：UNP RESIDUES 31-416
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.5；277 K；100MM NA-CITRATE, 10MM MG-ACETATE, 100MM LI-ACETATE CONTAININ, 8-14%(V/V) PEG4000, pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K
分辨率 2.60 Å R-free 0.260
3X01 Crystal structure of PIP4KIIBETA complex with AMP 提交 2014-10-09 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 31–416（386 aa） 片段：UNP RESIDUES 31-416
链 B 31–416（386 aa） 片段：UNP RESIDUES 31-416
未记录 AMP ADENOSINE MONOPHOSPHATE × 4 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.5；277 K；100MM NA-CITRATE, 10MM MG-ACETATE, 100MM LI-ACETATE CONTAINING 8-14%(V/V) PEG4000, pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K
分辨率 2.15 Å R-free 0.279
3X02 Crystal structure of PIP4KIIBETA complex with GMP 提交 2014-10-09 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 31–416（386 aa） 片段：UNP RESIDUES 31-416
链 B 31–416（386 aa） 片段：UNP RESIDUES 31-416
未记录 5GP GUANOSINE-5'-MONOPHOSPHATE × 5 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.5；277 K；100MM NA-CITRATE, 10MM MG-ACETATE, 100MM LI-ACETATE CONTAINING 8-14%(V/V) PEG4000, pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K
分辨率 2.45 Å R-free 0.255
3X03 Crystal structure of PIP4KIIBETA complex with AMPPNP 提交 2014-10-09 突变/修饰不同 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 31–416（386 aa） 片段：UNP RESIDUES 31-416
链 B 31–416（386 aa） 片段：UNP RESIDUES 31-416
未记录 ANP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER × 3 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.5；277 K；100MM NA-CITRATE, 10MM MG-ACETATE, 100MM LI-ACETATE, 8-14%(V/V) PEG4000, pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K
分辨率 2.70 Å R-free 0.280
3X04 Crystal structure of PIP4KIIBETA complex with GMPPNP 提交 2014-10-09 突变/修饰不同 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 31–416（386 aa） 片段：UNP RESIDUES 31-416
链 B 31–416（386 aa） 片段：UNP RESIDUES 31-416
未记录 GNP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-GUANYLATE ESTER × 4 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.5；277 K；100MM NA-CITRATE, 10MM MG-ACETATE, 100MM LI-ACETATE, 8-14%(V/V) PEG4000, pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K
分辨率 2.60 Å R-free 0.277
3X05 Crystal structure of PIP4KIIBETA T201M complex with AMP 提交 2014-10-09 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 31–416（386 aa） 片段：UNP RESIDUES 31-416
链 B 31–416（386 aa） 片段：UNP RESIDUES 31-416
突变：T201M 突变：T201M AMP ADENOSINE MONOPHOSPHATE × 4 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.5；277 K；100MM NA-CITRATE, 10MM MG-ACETATE, 100MM LI-ACETATE, 8-14%(V/V) PEG4000, pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K
分辨率 2.50 Å R-free 0.273
3X06 Crystal structure of PIP4KIIBETA T201M complex with GMP 提交 2014-10-09 突变/修饰不同 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 31–416（386 aa） 片段：UNP RESIDUES 31-416
链 B 31–416（386 aa） 片段：UNP RESIDUES 31-416
突变：T201M 突变：T201M 5GP GUANOSINE-5'-MONOPHOSPHATE × 5 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.5；277 K；100MM NA-CITRATE, 10MM MG-ACETATE, 100MM LI-ACETATE, 8-14%(V/V) PEG4000, pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K
分辨率 2.65 Å R-free 0.261
3X07 Crystal structure of PIP4KIIBETA N203A complex with AMP 提交 2014-10-09 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 31–416（386 aa） 片段：UNP RESIDUES 31-416
链 B 31–416（386 aa） 片段：UNP RESIDUES 31-416
突变：N203A 突变：N203A AMP ADENOSINE MONOPHOSPHATE × 3 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.5；277 K；100MM NA-CITRATE, 10MM MG-ACETATE, 100MM LI-ACETATE, 8-14%(V/V) PEG4000, pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K
分辨率 2.60 Å R-free 0.270
3X09 Crystal structure of PIP4KIIBETA F205L complex with AMP 提交 2014-10-09 突变/修饰不同 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 31–416（386 aa） 片段：UNP RESIDUES 31-416
链 B 31–416（386 aa） 片段：UNP RESIDUES 31-416
突变：F205L 突变：F205L AMP ADENOSINE MONOPHOSPHATE × 4 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.5；277 K；100MM NA-CITRATE, 10MM MG-ACETATE, 100MM LI-ACETATE, 8-14%(V/V) PEG4000, pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K
分辨率 2.70 Å R-free 0.260
3X0A Crystal structure of PIP4KIIBETA F205L complex with GMP 提交 2014-10-09 突变/修饰不同 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 31–416（386 aa） 片段：UNP RESIDUES 31-416
链 B 31–416（386 aa） 片段：UNP RESIDUES 31-416
突变：F205L 突变：F205L 5GP GUANOSINE-5'-MONOPHOSPHATE × 5 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.5；277 K；100MM NA-CITRATE, 10MM MG-ACETATE, 100MM LI-ACETATE, 8-14%(V/V) PEG4000, pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K
分辨率 2.60 Å R-free 0.272
3X0B Crystal structure of PIP4KIIBETA I368A complex with AMP 提交 2014-10-09 突变/修饰不同 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 31–416（386 aa） 片段：UNP RESIDUES 31-416
链 B 31–416（386 aa） 片段：UNP RESIDUES 31-416
突变：I368A 突变：I368A AMP ADENOSINE MONOPHOSPHATE × 4 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.5；277 K；100MM NA-CITRATE, 10MM MG-ACETATE, 100MM LI-ACETATE, 8-14%(V/V) PEG4000, pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K
分辨率 2.60 Å R-free 0.282
3X0C Crystal structure of PIP4KIIBETA I368A complex with GMP 提交 2014-10-09 突变/修饰不同 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 31–416（386 aa） 片段：UNP RESIDUES 31-416
链 B 31–416（386 aa） 片段：UNP RESIDUES 31-416
突变：I368A 突变：I368A 5GP GUANOSINE-5'-MONOPHOSPHATE × 4 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.5；277 K；100MM NA-CITRATE, 10MM MG-ACETATE, 100MM LI-ACETATE, 8-14%(V/V) PEG4000, pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K
分辨率 2.55 Å R-free 0.268
6K4G Crystal structure of the PI5P4Kbeta-GMPPNP complex 提交 2019-05-23 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 31–416（386 aa）
链 B 31–416（386 aa）
未记录 GNP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-GUANYLATE ESTER × 3 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 6.1；293 K；9%(w/v) PEG4000, 0.1M sodium citrate pH 6.0, 0.1M magnesium acetate, 0.1M lithium acetate
分辨率 2.70 Å R-free 0.275
6K4H Crystal structure of the PI5P4Kbeta-AMPPNP complex 提交 2019-05-23 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 31–416（386 aa）
链 B 31–416（386 aa）
未记录 ANP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER × 3 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；293 K；9%(w/v) PEG4000, 0.1M sodium citrate pH 6.0, 0.1M magnesium acetate, 0.1M lithium acetate
分辨率 2.55 Å R-free 0.282
7EM1 Crystal structure of the PI5P4Kbeta-ITP complex 提交 2021-04-13 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 31–416（386 aa）
链 B 31–416（386 aa）
未记录 IDP INOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 2 CZU [[(2~{R},3~{S},4~{R},5~{R})-3,4-bis(oxidanyl)-5-(6-oxidanylidene-1~{H}-purin-9-yl)oxolan-2-yl]methoxy-oxidanyl-phosphoryl] phosphono hydrogen phosphate × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.1；293 K；9%(w/v) PEG4000, 0.1 M sodium citrate pH 6.0, 0.1 M magnesium acetate, 0.1 M lithium acetate
分辨率 2.65 Å R-free 0.266
7EM2 Crystal structure of the PI5P4Kbeta-XTP complex 提交 2021-04-13 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 31–416（386 aa）
链 B 31–416（386 aa）
未记录 CZC [(2~{R},3~{S},4~{R},5~{R})-5-[2,6-bis(oxidanylidene)-3~{H}-purin-9-yl]-3,4-bis(oxidanyl)oxolan-2-yl]methyl phosphono hydrogen phosphate × 2 CZF [[(2~{R},3~{S},4~{R},5~{R})-5-[2,6-bis(oxidanylidene)-3~{H}-purin-9-yl]-3,4-bis(oxidanyl)oxolan-2-yl]methoxy-oxidanyl-phosphoryl] phosphono hydrogen phosphate × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.1；293 K；9%(w/v) PEG4000, 0.1 M sodium citrate pH 6.0, 0.1 M magnesium acetate, 0.1 M lithium acetate
分辨率 2.60 Å R-free 0.258
7EM3 Crystal structure of the PI5P4Kbeta-2a-ATP complex 提交 2021-04-13 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 31–416（386 aa）
链 B 31–416（386 aa）
未记录 CX0 [(2~{R},3~{S},4~{R},5~{R})-5-[2,6-bis(azanyl)purin-9-yl]-3,4-bis(oxidanyl)oxolan-2-yl]methyl phosphono hydrogen phosphate × 1 CXC [[(2~{R},3~{S},4~{R},5~{R})-5-[2,6-bis(azanyl)purin-9-yl]-3,4-bis(oxidanyl)oxolan-2-yl]methoxy-oxidanyl-phosphoryl] phosphono hydrogen phosphate × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.1；293 K；9%(w/v) PEG4000, 0.1 M sodium citrate pH 6.0, 0.1 M magnesium acetate, 0.1 M lithium acetate
分辨率 3.10 Å R-free 0.256
7EM4 Crystal structure of the PI5P4Kbeta F205L-ITP complex 提交 2021-04-13 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 31–416（386 aa）
链 B 31–416（386 aa）
突变：F205L 突变：F205L IDP INOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 2 CZU [[(2~{R},3~{S},4~{R},5~{R})-3,4-bis(oxidanyl)-5-(6-oxidanylidene-1~{H}-purin-9-yl)oxolan-2-yl]methoxy-oxidanyl-phosphoryl] phosphono hydrogen phosphate × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.1；293 K；9%(w/v) PEG4000, 0.1 M sodium citrate pH 6.0, 0.1 M magnesium acetate, 0.1 M lithium acetate
分辨率 2.80 Å R-free 0.278
7EM5 Crystal structure of the PI5P4Kbeta F205L-XTP complex 提交 2021-04-13 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 31–416（386 aa）
链 B 31–416（386 aa）
突变：F205L 突变：F205L CZC [(2~{R},3~{S},4~{R},5~{R})-5-[2,6-bis(oxidanylidene)-3~{H}-purin-9-yl]-3,4-bis(oxidanyl)oxolan-2-yl]methyl phosphono hydrogen phosphate × 2 CZF [[(2~{R},3~{S},4~{R},5~{R})-5-[2,6-bis(oxidanylidene)-3~{H}-purin-9-yl]-3,4-bis(oxidanyl)oxolan-2-yl]methoxy-oxidanyl-phosphoryl] phosphono hydrogen phosphate × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.1；293 K；9%(w/v) PEG4000, 0.1 M sodium citrate pH 6.0, 0.1 M magnesium acetate, 0.1 M lithium acetate
分辨率 2.80 Å R-free 0.261
7EM6 Crystal structure of the PI5P4Kbeta N203D-ITP complex 提交 2021-04-13 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 31–416（386 aa）
链 B 31–416（386 aa）
突变：N203D 突变：N203D IDP INOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 2 CZU [[(2~{R},3~{S},4~{R},5~{R})-3,4-bis(oxidanyl)-5-(6-oxidanylidene-1~{H}-purin-9-yl)oxolan-2-yl]methoxy-oxidanyl-phosphoryl] phosphono hydrogen phosphate × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.1；293 K；9%(w/v) PEG4000, 0.1M sodium citrate pH 6.0, 0.1M magnesium acetate, 0.1M lithium acetate
分辨率 2.95 Å R-free 0.268
7EM7 Crystal structure of the PI5P4Kbeta N203D-XTP complex 提交 2021-04-13 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 31–416（386 aa）
链 B 31–416（386 aa）
未记录 CZC [(2~{R},3~{S},4~{R},5~{R})-5-[2,6-bis(oxidanylidene)-3~{H}-purin-9-yl]-3,4-bis(oxidanyl)oxolan-2-yl]methyl phosphono hydrogen phosphate × 1 CZF [[(2~{R},3~{S},4~{R},5~{R})-5-[2,6-bis(oxidanylidene)-3~{H}-purin-9-yl]-3,4-bis(oxidanyl)oxolan-2-yl]methoxy-oxidanyl-phosphoryl] phosphono hydrogen phosphate × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；293 K；9%(W/V) PEG4000, 0.1 M Sodium Citrate pH 6.0, 0.1 M Magnesium Acetate, 0.1 M Lithium Acetate
分辨率 3.45 Å R-free 0.296
7EM8 Crystal structure of the PI5P4Kbeta T201M-2a-ATP complex 提交 2021-04-13 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 31–416（386 aa）
链 B 31–416（386 aa）
突变：T201M 突变：T201M CX0 [(2~{R},3~{S},4~{R},5~{R})-5-[2,6-bis(azanyl)purin-9-yl]-3,4-bis(oxidanyl)oxolan-2-yl]methyl phosphono hydrogen phosphate × 1 CXC [[(2~{R},3~{S},4~{R},5~{R})-5-[2,6-bis(azanyl)purin-9-yl]-3,4-bis(oxidanyl)oxolan-2-yl]methoxy-oxidanyl-phosphoryl] phosphono hydrogen phosphate × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.1；293 K；9%(w/v) PEG4000, 0.1M sodium citrate pH 6.0, 0.1M magnesium acetate, 0.1M lithium acetate
分辨率 3.05 Å R-free 0.275
7N80 Crystal Structure of PI5P4KIIBeta 提交 2021-06-11 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 32–416（385 aa）
链 B 32–416（385 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7；295 K；0.15 M DL-Malic acid pH 7.0, 20% (w/v) Polyethylene glycol 3350
分辨率 2.50 Å R-free 0.283
7N81 Crystal Structure of PI5P4KIIBeta complex with CC260 提交 2021-06-11 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 32–416（385 aa）
链 B 32–416（385 aa）
未记录 HKP (7R)-8-cyclopentyl-7-(cyclopentylmethyl)-2-[(3,5-dichloro-4-hydroxyphenyl)amino]-5-methyl-7,8-dihydropteridin-6(5H)-one × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；295 K；0.2 M Sodium bromide, 0.02 M Cadmium chloride, 20% (w/v) Polyethylene glycol 3350
分辨率 2.70 Å R-free 0.281

共 25 个其他 PDB 条目、25 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 PI42B_HUMAN
Isoform —
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A； PDB构建体 8–393； UniProt 31–416 作者链 B； PDB构建体 8–393； UniProt 31–416

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 3x08

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 3x08
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id3x08
沉积日期 deposition_date2014-10-09
结构标题 titleCrystal structure of PIP4KIIBETA N203A complex with GMP
关键词 keywordsLIPID KINASE, PHOSPHOINOSITIDE SIGNALING, TRANSFERASE; TRANSFERASE
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION
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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier33.78 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron33.41 Å
零角强度 I(0) i085154000.00
分子量 molecular_weight73711.0 kDa
排除体积 excluded_volume92315 ų
包络体积 envelope_volume123650 ų
水化壳体积 shell_volume32852 ų
包络直径 envelope_diameter113.9 Å
壳层 Rg shell_rg37.74 Å
包络 Rg envelope_rg33.75 Å
形状 Rg shape_rg33.40 Å
总 Rg total_rg33.78 Å
总原子数 total_atoms5222
残基数 n_residues622
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 Å−1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3
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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax115.2 Å
Rg (实空间) rg_real34.09 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error1.05 Å
I(0) (实空间) i0_real8.5150e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error1.3880e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal33.90 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal85140000.0000
解质量估计 total_estimate0.8007
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks1
主峰位置 r_peak_primary29.4 Å
偏度 Skewness skewness0.542
峰度 Kurtosis kurtosis-0.462
角度范围 angular_range— – 0.2350 Å−1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha25830000.0000
实空间数据点数 n_real_points48
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.653; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.572; Smooth: 0.873
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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 5 domains

SCOP 2.08 (1 domains)

结构域编号 domain_idd3x08a_
类 Class classd — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold foldd.143 — SAICAR synthase-like
超家族 Superfamily superfamilyd.143.1 — SAICAR synthase-like
家族 Family familyd.143.1.2 — Phosphatidylinositol phosphate kinase IIbeta, PIPK IIbeta

CATH v4.4 (4 domains)

结构域编号 domain_id3x08A01
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology800 — Phosphatidylinositol Phosphate Kinase II Beta
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Phosphatidylinositol Phosphate Kinase II Beta
结构域编号 domain_id3x08A02
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology810 — Phosphatidylinositol Phosphate Kinase Iibeta; Chain: A, domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — 2-Layer Sandwich
结构域编号 domain_id3x08B01
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology800 — Phosphatidylinositol Phosphate Kinase II Beta
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Phosphatidylinositol Phosphate Kinase II Beta
结构域编号 domain_id3x08B02
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology810 — Phosphatidylinositol Phosphate Kinase Iibeta; Chain: A, domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — 2-Layer Sandwich
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8. 引用文献 (1)

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9. 文件与曲线 (10)