3x1l

Crystal Structure of the CRISPR-Cas RNA Silencing Cmr Complex Bound to a Target Analog

Method: X-RAY DIFFRACTION

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

CRISPR system Cmr subunit Cmr2

Pyrococcus furiosus DSM 3638

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	其他组合	异源复合物	蛋白 8 DNA 1 RNA 1	CRISPR system Cmr subunit Cmr3 × 1 （Q8U1S7） Cmr4 × 3 （O28416） CRISPR system Cmr subunit Cmr5 × 2 （O28417） Cmr6 × 1 （O28418） RNA (32-MER) × 1 ;DNA (5'-D(TPGPCPTPCPTPCPAPGPCPCPGPCPAPAPGPGPAPCPCPGPCPAPTPAPCPTPAPCPAP*A)-3') ; × 1 ZINC ION × 1 MAGNESIUM ION × 1 water × 8	与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	CMR2_PYRFU
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 22–677； UniProt 216–871

CRISPR system Cmr subunit Cmr3

Pyrococcus furiosus DSM 3638

UniProt Q8U1S7

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	其他组合	异源复合物	蛋白 8 DNA 1 RNA 1	CRISPR system Cmr subunit Cmr2 × 1 （Q8U1S6） Cmr4 × 3 （O28416） CRISPR system Cmr subunit Cmr5 × 2 （O28417） Cmr6 × 1 （O28418） RNA (32-MER) × 1 ;DNA (5'-D(TPGPCPTPCPTPCPAPGPCPCPGPCPAPAPGPGPAPCPCPGPCPAPTPAPCPTPAPCPAP*A)-3') ; × 1 ZINC ION × 1 MAGNESIUM ION × 1 water × 8	与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	CMR3_PYRFU
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 B； PDB构建体 1–322； UniProt 1–322

Cmr4

Archaeoglobus fulgidus DSM 4304

UniProt O28416

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	其他组合	异源复合物	蛋白 8 DNA 1 RNA 1	CRISPR system Cmr subunit Cmr2 × 1 （Q8U1S6） CRISPR system Cmr subunit Cmr3 × 1 （Q8U1S7） CRISPR system Cmr subunit Cmr5 × 2 （O28417） Cmr6 × 1 （O28418） RNA (32-MER) × 1 ;DNA (5'-D(TPGPCPTPCPTPCPAPGPCPCPGPCPAPAPGPGPAPCPCPGPCPAPTPAPCPTPAPCPAP*A)-3') ; × 1 ZINC ION × 1 MAGNESIUM ION × 1 water × 8	与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	O28416_ARCFU
Isoform	—
PDB实体	3
链与序列区间	作者链 C； PDB构建体 3–357； UniProt 1–355 作者链 D； PDB构建体 3–357； UniProt 1–355 作者链 E； PDB构建体 3–357； UniProt 1–355

CRISPR system Cmr subunit Cmr5

Archaeoglobus fulgidus DSM 4304

UniProt O28417

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	其他组合	异源复合物	蛋白 8 DNA 1 RNA 1	CRISPR system Cmr subunit Cmr2 × 1 （Q8U1S6） CRISPR system Cmr subunit Cmr3 × 1 （Q8U1S7） Cmr4 × 3 （O28416） Cmr6 × 1 （O28418） RNA (32-MER) × 1 ;DNA (5'-D(TPGPCPTPCPTPCPAPGPCPCPGPCPAPAPGPGPAPCPCPGPCPAPTPAPCPTPAPCPAP*A)-3') ; × 1 ZINC ION × 1 MAGNESIUM ION × 1 water × 8	与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	CMR5_ARCFU
Isoform	—
PDB实体	4
链与序列区间	作者链 F； PDB构建体 1–155； UniProt 1–155 作者链 G； PDB构建体 1–155； UniProt 1–155

Cmr6

Archaeoglobus fulgidus DSM 4304

UniProt O28418

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	其他组合	异源复合物	蛋白 8 DNA 1 RNA 1	CRISPR system Cmr subunit Cmr2 × 1 （Q8U1S6） CRISPR system Cmr subunit Cmr3 × 1 （Q8U1S7） Cmr4 × 3 （O28416） CRISPR system Cmr subunit Cmr5 × 2 （O28417） RNA (32-MER) × 1 ;DNA (5'-D(TPGPCPTPCPTPCPAPGPCPCPGPCPAPAPGPGPAPCPCPGPCPAPTPAPCPTPAPCPAP*A)-3') ; × 1 ZINC ION × 1 MAGNESIUM ION × 1 water × 8	与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	O28418_ARCFU
Isoform	—
PDB实体	5
链与序列区间	作者链 H； PDB构建体 1–343； UniProt 1–343

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	3x1l
沉积日期 deposition_date	2014-11-20
结构标题 title	Crystal Structure of the CRISPR-Cas RNA Silencing Cmr Complex Bound to a Target Analog
关键词 keywords	RNA-recognition motif, RNA silencing, RNA binding, RNA BINDING PROTEIN-RNA-DNA complex; RNA BINDING PROTEIN/RNA/DNA
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

3x1l__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

3x1l__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

3x1l__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	44.60 Å
Rg（电子密度）	44.90 Å
总 Rg	45.10 Å
原子数	19822
残基数	2524
排除体积	352660 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`3x1l__assembly_1__model_1`	decameric （10）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (10)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	CRISPR system Cmr subunit Cmr2
分子量 formula_weight	78226.4 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	19952

MGSSHHHHHHSSGLVPRGSHMVKDPTLLRIKIVPVQPFIANSRKQLDLWASSHLLSMLMYKALEVIVDKFGPEHVIYPSLRDQPFFLKFYLGENIGDEILVANLPNKALAIVSGKEAEKIEEEIKKRIRDFLLQLYREAVDWAVENGVVKVDRSEKDSMLKEAYLKIVREYFTVSITWVSLSEKEDIYQVTENAGLSDEDVKKWLKFAEKKENSRVLERIAIYPLLVKILDSLGERKVTEERFEKSEQLKGWKCHVCGENLAIFGDMYDHDNLKSLWLDEEPLCPMCLIKRYYPVWIRSKTGQKIRFESVVDVALLYKNWRKIFDEKYGKDLVSKAREVSEDFVKDNMLVDSDLYYSSTWESGLSKKLKNKKEIDEEKVKEVVDFLNAAYKEIGNPPKYYAILVMDGDDMGKVISGEVLGEISTRIHPNIRDYVEIPEAKYYSTPQVHVAISQALANFSIREVRSVVKDEGLLIYAGGDDVLAILPVDKALEVAYKIRKEFGKSFENGSLLPGWKLSAGILIVHYKHPLYDALEKARDLLNNKAKNVPGKDTLAIGLLKRSGSYYISLVGWELIRVFYNSELRKKLLEEKGGVGKRFIYHVLREVDTWPKVGIDEMLKFEVIRHIRGRNKEETKELREKIYGEIKDLLEHVRGNNEVEKVRGLFTFLKIITDAEVFP

来源 Source

来源生物 organism	Pyrococcus furiosus DSM 3638
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	186497
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	CRISPR system Cmr subunit Cmr3
分子量 formula_weight	36366.4 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B

MIEVTFTPYDVLLFRESRPFDAGSESVARSIIPLPQTVAGAIRTLLFYKGLKNCVGVGEEEPEFTLVGIAIGTEKGRIYPLPFNIIKSEKFYKVVNPGRFLGKLILPPKGKYKSGYVTESILEKYLKGELKEVEENKVIRIEKEKRIGIKLSREKKVVEEGMLYTVEFLRIEKIYAWIEDPGCGIKDILSSYEFLTLGGESRVAFVEVDDKTPDIFNRELGSTKKALFYFSTPTIGKVGEIVQELEKRLNAKIDDYLLVSSRPTAISGWDMHEKKPKGTKFAIPPGSVLFVEFKEEVEVPPYIKLGKLKKLGYGLALGGIWE

来源 Source

来源生物 organism	Pyrococcus furiosus DSM 3638
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	186497
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	Cmr4
分子量 formula_weight	39865.8 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	3

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	C,D,E

MGMFDMFEKAVVFGLYSITPVHAGSGAELSVIDLPIQRERHTGFPVIWGQSLKGVLRSRFRQLELDEKIEVESQKWKWKEKTKEVLKEKADEFIKKVEERKRDPLLTEIVFGPATDGASEHAGAVSVGDAKILLFPVRSAKGVFAFVTSPIVIQRLKEDFELVSEIENDIELKQILSRFKVELSNNETIAGNALILNGENKVILEDIVLKVKSDSNVIENLVEVLKTLFGDNFFGKPIESIKERIAIVSDDVFKSFTRFSTEIVARVRIDAEKGTVARGGLWYEEFLPSDTLMYSLIAVGSPKKENLPKEVDNTQKIVNVLKVTFNNAFLQIGGDETVGKGFVKVRAGVLTGGHKGN

来源 Source

来源生物 organism	Archaeoglobus fulgidus DSM 4304
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	224325
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 4 Entity 4 polymer

描述 description	CRISPR system Cmr subunit Cmr5
分子量 formula_weight	17407.7 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	F,G

MDIREIEQERASFAFKVVSDIKDKYSQNKKVQGKYSSYAEKAPTIILNNGLGATLAFFLSKLEKPIDDVDYKSINPESFGNAENIAYAFLYKHLSTWLAEGNGKDSAFSGLTNGEDPLKYIMEKTAIDVAISTEEALSILNWIKKFAKAMLEEEL

来源 Source

来源生物 organism	Archaeoglobus fulgidus DSM 4304
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	224325
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 5 Entity 5 polymer

描述 description	Cmr6
分子量 formula_weight	40298.8 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	H

MKSNVVVKYPVNSELANYAEKFWKKELAIYNLSLILNKMTPFVKRRSESYKSSLSAVKEIFKNVDDFQNFLNSVLRRSLDEYRVFFENYERLFNSFSSKIFSMRTKSRLVVGLGDESVYETSIRLHRNYGVPYIPGSALKGVAKHYAFSILARENGDEILRIYESVKEDLKARIAKRDKIKKNDVPEDYYLTAAVIQELFEKKFDELGAIRNTRVEIGDTVISVGDIVKIFGTQKEEGSVIFFDAFPTPEQLKDKPNLELDIMNPHYQPYYQHGEPPGDWHSPNPIFFLTVPAGVEFTFAVASRDLDDLAEKAEKLLKEALKKFGVGAKTSLGYGRFDARDDRHHHHHH

来源 Source

来源生物 organism	Archaeoglobus fulgidus DSM 4304
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	224325
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 6 Entity 6 polymer

描述 description	RNA (32-MER)
分子量 formula_weight	12604.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polyribonucleotide
链编号 strand_id	I

AUUGAAAGUUGUAGUAUGCGGUCCUUGCGGCUGAGAGCA

实体 7 Entity 7 polymer

描述 description	;DNA (5'-D(TPGPCPTPCPTPCPAPGPCPCPGPCPAPAPGPGPAPCPCPGPCPAPTPAPCPTPAPCPAP*A)-3') ;
分子量 formula_weight	9451.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polydeoxyribonucleotide
链编号 strand_id	J

TGCTCTCAGCCGCAAGGACCGCATACTACAA

实体 8 Entity 8 non-polymer

描述 description	ZINC ION
分子量 formula_weight	65.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 9 Entity 9 non-polymer

描述 description	MAGNESIUM ION
分子量 formula_weight	24.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 10 Entity 10 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	130

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 4 domains

CATH v4.4 (4 domains)

结构域编号 domain_id	3x1lB02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	1040 — Carboxypeptidase Inhibitor; Chain A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	70 —

结构域编号 domain_id	3x1lB03
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	4350 —

结构域编号 domain_id	3x1lF00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	520 — Peroxidase; domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	30 — AF1862-like domain

结构域编号 domain_id	3x1lG00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	520 — Peroxidase; domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	30 — AF1862-like domain

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晶胞边长 a length_a	75.489 Å
晶胞边长 b length_b	76.215 Å
晶胞边长 c length_c	139.188 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.32 °
晶胞夹角 β angle_beta	104.83 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	118.58 °
晶胞分子数 Z z_pdb	3

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.096 Å
最低分辨率 resolution_low	44.338 Å
R 因子 r_factor	0.2101
R_work r_work	0.2082
R_free r_free	0.2464

Crystal Structure of the CRISPR-Cas RNA Silencing Cmr Complex Bound to a Target Analog

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

CRISPR system Cmr subunit Cmr2

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

CRISPR system Cmr subunit Cmr3

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Cmr4

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

CRISPR system Cmr subunit Cmr5

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Cmr6

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

3x1l__assembly_1__model_1

3x1l__assembly_1__model_1 | I(q)

3x1l__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (10)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 4 Entity 4 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 5 Entity 5 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 6 Entity 6 polymer

聚合物 Polymer

实体 7 Entity 7 polymer

聚合物 Polymer

实体 8 Entity 8 non-polymer

实体 9 Entity 9 non-polymer

实体 10 Entity 10 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 4 domains

CATH v4.4 (4 domains)

7. 引用文献 (1)