9l7c

Type III-B CRISPR-Cas effector from Archaeoglobus fulgidus (Form 1)

Method: ELECTRON MICROSCOPY D_max: 187.3 Å Quality: GOOD

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	9l7c
沉积日期 deposition_date	2024-12-26
结构标题 title	Type III-B CRISPR-Cas effector from Archaeoglobus fulgidus (Form 1)
关键词 keywords	CRISPR-Cas effector, ANTIVIRAL PROTEIN; ANTIVIRAL PROTEIN
实验方法 method	ELECTRON MICROSCOPY

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	53.16 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	53.33 Å
零角强度 I(0) i0	1810170000.00
分子量 molecular_weight	364320.0 kDa
排除体积 excluded_volume	459120 Å³
包络体积 envelope_volume	610750 Å³
水化壳体积 shell_volume	96842 Å³
包络直径 envelope_diameter	187.4 Å
壳层 Rg shell_rg	55.30 Å
包络 Rg envelope_rg	52.85 Å
形状 Rg shape_rg	53.39 Å
总 Rg total_rg	53.16 Å
总原子数 total_atoms	25745
残基数 n_residues	3322
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	187.3 Å
Rg (实空间) rg_real	53.41 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	1.84 Å
I(0) (实空间) i0_real	1.8100e+09
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	3.5100e+07
Rg (倒空间) rg_reciprocal	52.94 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	1809000000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8356
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	1
主峰位置 r_peak_primary	50.0 Å
偏度 Skewness skewness	0.492
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.358
角度范围 angular_range	— – 0.1500 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	526200000.0000
实空间数据点数 n_real_points	31
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.715; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.987; Smooth: 0.728

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (10)

Entity 1 polymer

描述 description	Type III-B CRISPR module RAMP protein Cmr4
分子量 formula_weight	41252.3 kDa
突变 mutation	D31A
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	3

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	F,D,E
原子数 atom_count	25745

MGSSHHHHHHSQDPMFDMFEKAVVFGLYSITPVHAGSGAELSVIALPIQRERHTGFPVIWGQSLKGVLRSRFRQLELDEKIEVESQKWKWKEKTKEVLKEKADEFIKKVEERKRDPLLTEIVFGPATDGASEHAGAVSVGDAKILLFPVRSAKGVFAFVTSPIVIQRLKEDFELVSEIENDIELKQILSRFKVELSNNETIAGNALILNGENKVILEDIVLKVKSDSNVIENLVEVLKTLFGDNFFGKPIESIKERIAIVSDDVFKSFTRFSTEIVARVRIDAEKGTVARGGLWYEEFLPSDTLMYSLIAVGSPKKENLPKEVDNTQKIVNVLKVTFNNAFLQIGGDETVGKGFVKVRAGVLTGGHKGN

来源 Source

来源生物 organism	Archaeoglobus fulgidus DSM 4304
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	224325
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

Entity 2 polymer

描述 description	CRISPR system Cmr subunit Cmr5
分子量 formula_weight	17407.7 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	H,G

MDIREIEQERASFAFKVVSDIKDKYSQNKKVQGKYSSYAEKAPTIILNNGLGATLAFFLSKLEKPIDDVDYKSINPESFGNAENIAYAFLYKHLSTWLAEGNGKDSAFSGLTNGEDPLKYIMEKTAIDVAISTEEALSILNWIKKFAKAMLEEEL

来源 Source

来源生物 organism	Archaeoglobus fulgidus DSM 4304
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	224325
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

Entity 3 polymer

描述 description	Type III-B CRISPR module RAMP protein Cmr6
分子量 formula_weight	39469.9 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	I

MKSNVVVKYPVNSELANYAEKFWKKELAIYNLSLILNKMTPFVKRRSESYKSSLSAVKEIFKNVDDFQNFLNSVLRRSLDEYRVFFENYERLFNSFSSKIFSMRTKSRLVVGLGDESVYETSIRLHRNYGVPYIPGSALKGVAKHYAFSILARENGDEILRIYESVKEDLKARIAKRDKIKKNDVPEDYYLTAAVIQELFEKKFDELGAIRNTRVEIGDTVISVGDIVKIFGTQKEEGSVIFFDAFPTPEQLKDKPNLELDIMNPHYQPYYQHGEPPGDWHSPNPIFFLTVPAGVEFTFAVASRDLDDLAEKAEKLLKEALKKFGVGAKTSLGYGRFDARDDR

来源 Source

来源生物 organism	Archaeoglobus fulgidus DSM 4304
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	224325
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

Entity 4 polymer

描述 description	Cmr1 C-terminal domain-containing protein
分子量 formula_weight	38017.0 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A

MCMYSATFTLEAITPVFMRGANQSKAEIRAASIKGLMRWWFRALSGSYFGNDVEGLRRVEEYVFGSTKRESRVVVEVVKEHVEERFCPLPMVWKKKKGVTTRVSQRAIAPGSKFTLLLTSDDEEVLKLACYSLIGLVYFGGIGFRCSRGAGSLKISSLKSDVQLIDLPKNKNQLGQMVNDLTVEIAKILKKTFLCDHENKNCTSYSSFWCFYLFLWGEKAELEEVYYRSNNLENERLTLLDLFEKEFKNKNNHLSNYGYRDFVFGLPRGTKKDRRASPIKVGITELSEKYHVRVSVFKTKIFKPGMNVKWDNIFVFLENIGAERIYPER

来源 Source

来源生物 organism	Archaeoglobus fulgidus DSM 4304
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	224325
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

Entity 5 polymer

描述 description	GGDEF domain-containing protein
分子量 formula_weight	115211.9 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B

MGQYFRVSGKYRGRENLPREVNKMADNEFWLNKIRAFFHDPPDKSFELKTHERRASFILGELKPSKSLKRIIKNADIQASSLQRVDLEKSIHKKELKSTFDRIHNTEKYEYIGQPIIRHPVTGEIKEYGTILANLPQTQREVYDVDDEGKEDYEEQFQEILSRILKIEKKVFDDFKNRYSDPKDLYISLWAFYAEKLKEALEEEFSASFAEEFVNLPAYTLSPDHTLFDHADATSAIFGAEIDGKKPVLVLFKISPVQKFIADARKEKDLWAASHMLSTLTFKAISFIADKFGPDVVIYPHLRGNPFFHAWLHSKKIWEFSDSHSLKIASVPNKFLALVGVSDEKELNNLREGIRNEIESFLADLFDKLWNEVIVGALEHSDALKHLGDKKEIHKEILLKRFTLTLSSLKIHDVDVSGSKEEAYEKVKDFVRSLGLPNAIESKYLQWLDMLGSVEASNNRPTKYDLYSLYYEILTVLNAIESTHFDKPAEPAGYKCTLCGEHLAIGGESREMMENVWGKIHKRWPSHLRSNERLCAVCAVKRFYPKFIETLDIFEGVGKVVPDIESVSEVAMCRRTKHGITWKEVYDYLRGLKNVDDEKLLGKLENLKHSVQTLINNVKSELKSRKVYPEEFLEGLNRNFSNEILYSERLRDFNTLLDTLGFDAAKLGLDDVKNYETMISELRERLSEVYKMLGEPPKYYAILMMDGDEMGKLLSGEKLKTAEHYLHSAILERVSDALRVKAKTVRRLITPAAHSSISRALKNFSVNHVPDVVRKGNGTLIYSGGDDVLVLLPVDTAFDVATELAMTFSTSWNGWEMLPGNKLSAGLLIVHYKHPLYDALEKTRELLQKAKKLGRNAIAVGLLKRSGSYYESVVNFETLEDAKAVANLLVKEQVSPRIIYELLNFADVISKEFLHQLVKYEAVRHSIDKNLAEEFQSVFARGHQGVRVELEGNDEEINKYISDGANLETFLDKYEKAVDVIRKQVRGFLNLVKILYESIRGGAK

来源 Source

来源生物 organism	Archaeoglobus fulgidus DSM 4304
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	224325
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

Entity 6 polymer

描述 description	Type III-B CRISPR module-associated protein Cmr3
分子量 formula_weight	39043.3 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	C

MILVMKPYDSLLFREPRPFDVNNHVARTILPLPQTLAGAVRSAIYVKYGSKVKDLIGFGKEEPEFEILGHFFYRYDGKFELLVESPHDVTQNLGLVKPHRIDKLGITILMDSEGIKFRPFNGFLKFSGLIDYLQGRIAEDSVVERQKIFKKERRVGIALTKAKVTKEEHFYQVEMLRFSDDCGIAVWVEDGVDFDDEGILGVGGERRFVKFEKREEPECITNLRSKWKKIRDKINETGRLKIYLATPAILGAKGYSSKLDYDLLGDIGIERVRSVNFIGGKPVIFSGWDFVTRKPKPTRYAVPAGSVYFVEFEGEVKLDMPYLKLGKLTKLGYGLCFMGVW

来源 Source

来源生物 organism	Archaeoglobus fulgidus DSM 4304
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	224325
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

Entity 7 polymer

描述 description	Pf7.01 crRNA
分子量 formula_weight	14501.6 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polyribonucleotide
链编号 strand_id	V

AUUGAAAGUUGUAGUAUGCGGUCCUUGCGGCUGAGAGCACUUCAG

Entity 8 non-polymer

描述 description	MAGNESIUM ION
分子量 formula_weight	24.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 9 non-polymer

描述 description	ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE
分子量 formula_weight	507.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

Entity 10 non-polymer

描述 description	ZINC ION
分子量 formula_weight	65.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

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7. 引用文献 (1)

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分辨率 resolution	2.97 Å
分辨率测定方法 resolution_method	—
颗粒数 num_particles	80152

fit	/app/data/saxs_computation/l7/9l7c/9l7c.fit
pddf	/app/data/pr_computation/l7/9l7c/9l7c.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/l7/9l7c/9l7c.dat

Type III-B CRISPR-Cas effector from Archaeoglobus fulgidus (Form 1)

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

冷冻电镜 EM 3D

5. 实体与聚合体信息 (10)

Entity 1 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 2 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 3 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 4 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 5 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 6 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 7 polymer

聚合体 Polymer

Entity 8 non-polymer

Entity 9 non-polymer

Entity 10 non-polymer

7. 引用文献 (1)

8. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)