SAXSdb — 3zkc

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

HTH-TYPE TRANSCRIPTIONAL REGULATOR SINR

BACILLUS SUBTILIS

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白–DNA 同源多聚体蛋白 × 2 DNA 2 PDB 声明：tetrameric（4）与全部聚合物数一致	链 A； UniProt 1–111 链 B； UniProt 1–111	未记录	;5'-D(APAPAPGPTPTPCPTPCPTPTPTPAPGP APGPAPAPCPAPAP)-3' ; × 1 ;5'-D(APTPTPGPTPTPCPTPCPTPAPAPAPGP APGPAPAPCPTPTP)-3' ; × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：pH 5；0.01M ZNCL2, 0.1M SODIUM ACTEATE, PH 5.0, 20% (W/V) PEG 6000	分辨率 3.00 Å R-free 0.264

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 3ZKC	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
1B0N SINR PROTEIN/SINI PROTEIN COMPLEX 提交 1998-11-11	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–111（111 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 5	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 6；pH 6.00	分辨率 1.90 Å R-free 0.245
1B0N SINR PROTEIN/SINI PROTEIN COMPLEX 提交 1998-11-11	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 1–111（111 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 10	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 6；pH 6.00	分辨率 1.90 Å R-free 0.245
1B0N SINR PROTEIN/SINI PROTEIN COMPLEX 提交 1998-11-11	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 1–111（111 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 10	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 6；pH 6.00	分辨率 1.90 Å R-free 0.245
1B0N SINR PROTEIN/SINI PROTEIN COMPLEX 提交 1998-11-11	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 4 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 1–111（111 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 10	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 6；pH 6.00	分辨率 1.90 Å R-free 0.245
1B0N SINR PROTEIN/SINI PROTEIN COMPLEX 提交 1998-11-11	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 5 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 1–111（111 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 10	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 6；pH 6.00	分辨率 1.90 Å R-free 0.245
1B0N SINR PROTEIN/SINI PROTEIN COMPLEX 提交 1998-11-11	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 6 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 1–111（111 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 10	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 6；pH 6.00	分辨率 1.90 Å R-free 0.245
2YAL SinR, Master Regulator of biofilm formation in Bacillus subtilis 提交 2011-02-23	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 75–111（37 aa）片段：OLIGOMERISATION DOMAIN, RESIDUES 75-111 链 B 75–111（37 aa）片段：OLIGOMERISATION DOMAIN, RESIDUES 75-111	未记录	NI NICKEL (II) ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 8.5；18% PEG MME2000, 0.16 M TRIS PH 8.5,0.01 M NI(II) CHLORIDE, 0.1 M MGCL2.	分辨率 2.27 Å R-free 0.435
3QQ6 The N-terminal DNA binding domain of SinR from Bacillus subtilis 提交 2011-02-15	构建体不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–69（69 aa）片段：N-terminal domain of SinR residues 1-69 链 B 1–69（69 aa）片段：N-terminal domain of SinR residues 1-69	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；293 K；0.1M TRIS pH 8.5, 27% PEG3350, 5% glycerol, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 1.90 Å R-free 0.256
3QQ6 The N-terminal DNA binding domain of SinR from Bacillus subtilis 提交 2011-02-15	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–69（69 aa）片段：N-terminal domain of SinR residues 1-69	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；293 K；0.1M TRIS pH 8.5, 27% PEG3350, 5% glycerol, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 1.90 Å R-free 0.256
3QQ6 The N-terminal DNA binding domain of SinR from Bacillus subtilis 提交 2011-02-15	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 1–69（69 aa）片段：N-terminal domain of SinR residues 1-69	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；293 K；0.1M TRIS pH 8.5, 27% PEG3350, 5% glycerol, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 1.90 Å R-free 0.256
5TN0 Solution Structure of the N-terminal DNA-binding domain of the master biofilm-regulator SinR from Bacillus subtilis 提交 2016-10-13	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–69（69 aa）片段：residues 1-69	未记录	未记录非水小分子	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 6；293 K；离子强度（mmCIF原始值）200；压力 1 NMR样品组成 1 mM [U-15N] SinrN, 20 mM MES, 200 mM sodium chloride, 0.02 % sodium azide, 90% H2O/10% D2O \| 90% H2O/10% D2O NMR样品组成 1 mM [U-13C; U-15N] SinrN, 20 mM MES, 200 mM sodium chloride, 0.02 % sodium azide, 90% H2O/10% D2O \| 90% H2O/10% D2O NMR样品组成 1 mM [U-13C; U-15N] SinRN, 20 mM MES, 200 mM sodium chloride, 0.02 % sodium azide, 100% D2O \| 100% D2O	分辨率未提供
5TN2 Solution Structure of the C-terminal multimerization domain of the master biofilm-regulator SinR from Bacillus subtilis 提交 2016-10-13	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 69–111（43 aa）片段：residues 69-111 链 B 69–111（43 aa）片段：residues 69-111 链 C 69–111（43 aa）片段：residues 69-111 链 D 69–111（43 aa）片段：residues 69-111	未记录	未记录非水小分子	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 6；293 K；离子强度（mmCIF原始值）200；压力 1 NMR样品组成 1 mM [U-15N] SinRC, 20 mM MES, 200 mM sodium chloride, 0.02 % sodium azide, 90% H2O/10% D2O \| 90% H2O/10% D2O NMR样品组成 1 mM [U-13C; U-15N] SinRC, 20 mM MES, 200 mM sodium chloride, 0.02 % sodium azide, 90% H2O/10% D2O \| 90% H2O/10% D2O NMR样品组成 1 mM [U-13C; U-15N] SinRC, 20 mM MES, 200 mM sodium chloride, 0.02 % sodium azide, 100% D2O \| 100% D2O	分辨率未提供

共 5 个其他 PDB 条目、12 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	SINR_BACSU
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–111； UniProt 1–111 作者链 B； PDB构建体 1–111； UniProt 1–111

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	3zkc
沉积日期 deposition_date	2013-01-22
结构标题 title	Crystal structure of the master regulator for biofilm formation SinR in complex with DNA.
关键词 keywords	TRANSCRIPTION-DNA COMPLEX, BIOFILM, HTH TYPE TRANSCRIPTIONAL REPRESSOR; TRANSCRIPTION/DNA
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	21.08 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	20.08 Å
零角强度 I(0) i0	20591800.00
分子量 molecular_weight	26784.0 kDa
排除体积 excluded_volume	30177 Å³
包络体积 envelope_volume	38209 Å³
水化壳体积 shell_volume	16836 Å³
包络直径 envelope_diameter	72.9 Å
壳层 Rg shell_rg	25.17 Å
包络 Rg envelope_rg	20.21 Å
形状 Rg shape_rg	20.02 Å
总 Rg total_rg	20.78 Å
总原子数 total_atoms	1834
残基数 n_residues	166
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	72.7 Å
Rg (实空间) rg_real	21.17 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.58 Å
I(0) (实空间) i0_real	2.0590e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	2.9800e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal	21.16 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	20590000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8565
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	20.3 Å
偏度 Skewness skewness	0.433
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.347
角度范围 angular_range	— – 0.3750 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	3144000.0000
实空间数据点数 n_real_points	69
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.795; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.827; Smooth: 0.919

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	HTH-TYPE TRANSCRIPTIONAL REGULATOR SINR
分子量 formula_weight	13009.6 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B
原子数 atom_count	1834

MIGQRIKQYRKEKGYSLSELAEKAGVAKSYLSSIERNLQTNPSIQFLEKVSAVLDVSVHTLLDEKHETEYDGQLDSEWEKLVRDAMTSGVSKKQFREFLDYQKWRKSQKEE

来源 Source

来源生物 organism	BACILLUS SUBTILIS
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	224308
宿主生物 host_organism	ESCHERICHIA COLI

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	;5'-D(APAPAPGPTPTPCPTPCPTPTPTPAPGP APGPAPAPCPAP*AP)-3' ;
分子量 formula_weight	6454.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polydeoxyribonucleotide
链编号 strand_id	C

AAAGTTCTCTTTAGAGAACAA

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	;5'-D(APTPTPGPTPTPCPTPCPTPAPAPAPGP APGPAPAPCPTP*TP)-3' ;
分子量 formula_weight	6436.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polydeoxyribonucleotide
链编号 strand_id	D

ATTGTTCTCTAAAGAGAACTT

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 2 domains

CATH v4.4 (2 domains)

结构域编号 domain_id	3zkcA00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	260 — 434 Repressor (Amino-terminal Domain)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	40 — lambda repressor-like DNA-binding domains

结构域编号 domain_id	3zkcB00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	260 — 434 Repressor (Amino-terminal Domain)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	40 — lambda repressor-like DNA-binding domains

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8. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	65.364 Å
晶胞边长 b length_b	79.739 Å
晶胞边长 c length_c	67.939 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	8

空间群 space_group	P 21 21 2
空间群编号 int_tables_number	18
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	3.000 Å
最低分辨率 resolution_low	40.556 Å
R 因子 r_factor	0.2427
R_work r_work	0.2417
R_free r_free	0.2643

fit	/app/data/saxs_computation/zk/3zkc/3zkc.fit
pddf	/app/data/pr_computation/zk/3zkc/3zkc.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/zk/3zkc/3zkc.dat

Crystal structure of the master regulator for biofilm formation SinR in complex with DNA.

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

HTH-TYPE TRANSCRIPTIONAL REGULATOR SINR

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 2 domains

CATH v4.4 (2 domains)

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)