SAXSdb — 3zp4

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

CHORISMATE MUTASE AROH

BACILLUS SUBTILIS

UniProt P19080

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白同源多聚体同源多聚体蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 1–127 链 B； UniProt 1–127 链 C； UniProt 1–127	突变：YES 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	TSA 8-HYDROXY-2-OXA-BICYCLO[3.3.1]NON-6-ENE-3,5-DICARBOXYLIC ACID × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：pH 6；100 MM MMT BUFFER - MALIC ACID, MES, TRIS, IN MOLAR RATIOS OF 1:2:2, RESPECTIVELY - PH 6.0, 125 MM CALCIUM CHLORIDE, 24% W/V PEG 1000	分辨率 1.80 Å R-free 0.231
2	蛋白同源多聚体同源多聚体蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3）与蛋白拷贝数一致	链 D； UniProt 1–127 链 E； UniProt 1–127 链 F； UniProt 1–127	突变：YES 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	TSA 8-HYDROXY-2-OXA-BICYCLO[3.3.1]NON-6-ENE-3,5-DICARBOXYLIC ACID × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：pH 6；100 MM MMT BUFFER - MALIC ACID, MES, TRIS, IN MOLAR RATIOS OF 1:2:2, RESPECTIVELY - PH 6.0, 125 MM CALCIUM CHLORIDE, 24% W/V PEG 1000	分辨率 1.80 Å R-free 0.231

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 3ZP4	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
1COM THE MONOFUNCTIONAL CHORISMATE MUTASE FROM BACILLUS SUBTILIS: STRUCTURE DETERMINATION OF CHORISMATE MUTASE AND ITS COMPLEXES WITH A TRANSITION STATE ANALOG AND PREPHENATE, AND IMPLICATIONS ON THE MECHANISM OF ENZYMATIC REACTION 提交 1994-04-08	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 1–127（127 aa）链 B 1–127（127 aa）链 C 1–127（127 aa）	未记录	PRE PREPHENIC ACID × 3	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 2.20 Å
1COM THE MONOFUNCTIONAL CHORISMATE MUTASE FROM BACILLUS SUBTILIS: STRUCTURE DETERMINATION OF CHORISMATE MUTASE AND ITS COMPLEXES WITH A TRANSITION STATE ANALOG AND PREPHENATE, AND IMPLICATIONS ON THE MECHANISM OF ENZYMATIC REACTION 提交 1994-04-08	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 J 1–127（127 aa）链 K 1–127（127 aa）链 L 1–127（127 aa）	未记录	PRE PREPHENIC ACID × 1	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 2.20 Å
1COM THE MONOFUNCTIONAL CHORISMATE MUTASE FROM BACILLUS SUBTILIS: STRUCTURE DETERMINATION OF CHORISMATE MUTASE AND ITS COMPLEXES WITH A TRANSITION STATE ANALOG AND PREPHENATE, AND IMPLICATIONS ON THE MECHANISM OF ENZYMATIC REACTION 提交 1994-04-08	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 D 1–127（127 aa）链 E 1–127（127 aa）链 F 1–127（127 aa）	未记录	PRE PREPHENIC ACID × 3	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 2.20 Å
1COM THE MONOFUNCTIONAL CHORISMATE MUTASE FROM BACILLUS SUBTILIS: STRUCTURE DETERMINATION OF CHORISMATE MUTASE AND ITS COMPLEXES WITH A TRANSITION STATE ANALOG AND PREPHENATE, AND IMPLICATIONS ON THE MECHANISM OF ENZYMATIC REACTION 提交 1994-04-08	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 4 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 G 1–127（127 aa）链 H 1–127（127 aa）链 I 1–127（127 aa）	未记录	PRE PREPHENIC ACID × 2	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 2.20 Å
1DBF CHORISMATE MUTASE FROM BACILLUS SUBTILIS AT 1.30 ANGSTROM 提交 1999-11-02	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 1–127（127 aa）链 B 1–127（127 aa）链 C 1–127（127 aa）	未记录	SO4 SULFATE ION × 9 GOL GLYCEROL × 5	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 3；298 K；PROTEIN DROP: 5 MICROLITERS PROTEIN SOLUTION, 5 MICROLITERS RESERVOIR. PROTEIN SOLUTION: 13 MG/ML PROTEIN, 100 MM PMSF, 100 MM NACL, 50 MM TRIS PH 7.5, 1 MM EDTA, 1 MM DTT. RESERVOIR SOLUTION: 2.2 M AMMONIUM SULFATE, 100 MM SODIUM ACETATE PH 3.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 1.30 Å R-free 0.235
1FNJ CRYSTAL STRUCTURE ANALYSIS OF CHORISMATE MUTASE MUTANT C88S/R90K 提交 2000-08-22	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 1–127（127 aa）	突变：YES 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；295 K；Protein solution: 10 mM Tris-HCl, 2mM DTT, 0.125 mM EDTA, Reservoir solution: 30% PEG 400, 50 mM Tris-HCl, 50 mM Magnesium Chloride, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K	分辨率 1.90 Å R-free 0.221
1FNK CRYSTAL STRUCTURE ANALYSIS OF CHORISMATE MUTASE MUTANT C88K/R90S 提交 2000-08-22	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 1–127（127 aa）	突变：YES 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；295 K；Protein solution: 10 mM Tris-HCl, 2mM DTT, 0.125 mM EDTA, Reservoir solution: 30% PEG 400, 50 mM Tris-HCl, 50 mM magnesium chloride, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K	分辨率 2.00 Å R-free 0.251
2CHS CRYSTAL STRUCTURES OF THE MONOFUNCTIONAL CHORISMATE MUTASE FROM BACILLUS SUBTILIS AND ITS COMPLEX WITH A TRANSITION STATE ANALOG 提交 1994-04-08	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 D 1–127（127 aa）链 E 1–127（127 aa）链 F 1–127（127 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 1.90 Å
2CHS CRYSTAL STRUCTURES OF THE MONOFUNCTIONAL CHORISMATE MUTASE FROM BACILLUS SUBTILIS AND ITS COMPLEX WITH A TRANSITION STATE ANALOG 提交 1994-04-08	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 J 1–127（127 aa）链 K 1–127（127 aa）链 L 1–127（127 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 1.90 Å
2CHS CRYSTAL STRUCTURES OF THE MONOFUNCTIONAL CHORISMATE MUTASE FROM BACILLUS SUBTILIS AND ITS COMPLEX WITH A TRANSITION STATE ANALOG 提交 1994-04-08	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 1–127（127 aa）链 B 1–127（127 aa）链 C 1–127（127 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 1.90 Å
2CHS CRYSTAL STRUCTURES OF THE MONOFUNCTIONAL CHORISMATE MUTASE FROM BACILLUS SUBTILIS AND ITS COMPLEX WITH A TRANSITION STATE ANALOG 提交 1994-04-08	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 4 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 G 1–127（127 aa）链 H 1–127（127 aa）链 I 1–127（127 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 1.90 Å
2CHT CRYSTAL STRUCTURES OF THE MONOFUNCTIONAL CHORISMATE MUTASE FROM BACILLUS SUBTILIS AND ITS COMPLEX WITH A TRANSITION STATE ANALOG 提交 1994-04-08	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 1–127（127 aa）链 B 1–127（127 aa）链 C 1–127（127 aa）	未记录	TSA 8-HYDROXY-2-OXA-BICYCLO[3.3.1]NON-6-ENE-3,5-DICARBOXYLIC ACID × 3	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 2.20 Å
2CHT CRYSTAL STRUCTURES OF THE MONOFUNCTIONAL CHORISMATE MUTASE FROM BACILLUS SUBTILIS AND ITS COMPLEX WITH A TRANSITION STATE ANALOG 提交 1994-04-08	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 D 1–127（127 aa）链 E 1–127（127 aa）链 F 1–127（127 aa）	未记录	TSA 8-HYDROXY-2-OXA-BICYCLO[3.3.1]NON-6-ENE-3,5-DICARBOXYLIC ACID × 3	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 2.20 Å
2CHT CRYSTAL STRUCTURES OF THE MONOFUNCTIONAL CHORISMATE MUTASE FROM BACILLUS SUBTILIS AND ITS COMPLEX WITH A TRANSITION STATE ANALOG 提交 1994-04-08	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 G 1–127（127 aa）链 H 1–127（127 aa）链 I 1–127（127 aa）	未记录	TSA 8-HYDROXY-2-OXA-BICYCLO[3.3.1]NON-6-ENE-3,5-DICARBOXYLIC ACID × 3	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 2.20 Å
2CHT CRYSTAL STRUCTURES OF THE MONOFUNCTIONAL CHORISMATE MUTASE FROM BACILLUS SUBTILIS AND ITS COMPLEX WITH A TRANSITION STATE ANALOG 提交 1994-04-08	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 4 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 J 1–127（127 aa）链 K 1–127（127 aa）链 L 1–127（127 aa）	未记录	TSA 8-HYDROXY-2-OXA-BICYCLO[3.3.1]NON-6-ENE-3,5-DICARBOXYLIC ACID × 3	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 2.20 Å
3ZO8 Wild-type chorismate mutase of Bacillus subtilis at 1.6 A resolution 提交 2013-02-20	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 D 1–127（127 aa）链 E 1–127（127 aa）链 F 1–127（127 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 6；100 MM MMT BUFFER ---MALIC ACID, MES, TRIS, IN MOLAR RATIOS OF 1:2:2, RESPECTIVELY--- PH 6.0, 100 MM MAGNESIUM CHLORIDE, 25% W/V PEG 1000	分辨率 1.59 Å R-free 0.170
3ZO8 Wild-type chorismate mutase of Bacillus subtilis at 1.6 A resolution 提交 2013-02-20	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 1–127（127 aa）链 B 1–127（127 aa）链 C 1–127（127 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 6；100 MM MMT BUFFER ---MALIC ACID, MES, TRIS, IN MOLAR RATIOS OF 1:2:2, RESPECTIVELY--- PH 6.0, 100 MM MAGNESIUM CHLORIDE, 25% W/V PEG 1000	分辨率 1.59 Å R-free 0.170
3ZOP Arg90Cit chorismate mutase of Bacillus subtilis at 1.6 A resolution 提交 2013-02-22	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 1–127（127 aa）链 B 1–127（127 aa）链 C 1–127（127 aa）	突变：YES 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）突变：YES 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）突变：YES 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 6；100 MM MMT BUFFER ---MALIC ACID, MES, TRIS, IN MOLAR RATIOS OF 1:2:2, RESPECTIVELY--- PH 6.0, 150 MM CALCIUM CHLORIDE, 25% W/V PEG 1000	分辨率 1.61 Å R-free 0.221
3ZOP Arg90Cit chorismate mutase of Bacillus subtilis at 1.6 A resolution 提交 2013-02-22	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 D 1–127（127 aa）链 E 1–127（127 aa）链 F 1–127（127 aa）	突变：YES 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）突变：YES 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）突变：YES 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 6；100 MM MMT BUFFER ---MALIC ACID, MES, TRIS, IN MOLAR RATIOS OF 1:2:2, RESPECTIVELY--- PH 6.0, 150 MM CALCIUM CHLORIDE, 25% W/V PEG 1000	分辨率 1.61 Å R-free 0.221
3ZP7 Arg90Cit chorismate mutase of Bacillus subtilis in complex with chorismate and prephenate 提交 2013-02-26	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 D 1–127（127 aa）链 E 1–127（127 aa）链 F 1–127（127 aa）	突变：YES 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）突变：YES 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）突变：YES 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	PRE PREPHENIC ACID × 2 ISJ (3R,4R)-3-[(1-carboxyethenyl)oxy]-4-hydroxycyclohexa-1,5-diene-1-carboxylic acid × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 6；100 MM MMT BUFFER ---MALIC ACID, MES, TRIS, IN MOLAR RATIOS OF 1:2:2, RESPECTIVELY--- PH 6.0, 125 MM CALCIUM CHLORIDE, 25% W/V PEG 1000	分辨率 1.70 Å R-free 0.218
3ZP7 Arg90Cit chorismate mutase of Bacillus subtilis in complex with chorismate and prephenate 提交 2013-02-26	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 1–127（127 aa）链 B 1–127（127 aa）链 C 1–127（127 aa）	突变：YES 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）突变：YES 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）突变：YES 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	PRE PREPHENIC ACID × 3 ISJ (3R,4R)-3-[(1-carboxyethenyl)oxy]-4-hydroxycyclohexa-1,5-diene-1-carboxylic acid × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 6；100 MM MMT BUFFER ---MALIC ACID, MES, TRIS, IN MOLAR RATIOS OF 1:2:2, RESPECTIVELY--- PH 6.0, 125 MM CALCIUM CHLORIDE, 25% W/V PEG 1000	分辨率 1.70 Å R-free 0.218

共 9 个其他 PDB 条目、21 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	AROH_BACSU
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–127； UniProt 1–127 作者链 B； PDB构建体 1–127； UniProt 1–127 作者链 C； PDB构建体 1–127； UniProt 1–127 作者链 D； PDB构建体 1–127； UniProt 1–127 作者链 E； PDB构建体 1–127； UniProt 1–127 作者链 F； PDB构建体 1–127； UniProt 1–127

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	3zp4
沉积日期 deposition_date	2013-02-26
结构标题 title	Arg90Cit chorismate mutase of Bacillus subtilis in complex with a transition state analog
关键词 keywords	PSEUDO-ALPHA BETA-BARREL, ISOMERASE, NON-PROTEINOGENIC AMINO ACID, SEMI-SYNTHETIC, TRANSITION STATE ANALOG; ISOMERASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	29.59 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	28.87 Å
零角强度 I(0) i0	103995000.00
分子量 molecular_weight	81131.0 kDa
排除体积 excluded_volume	102060 Å³
包络体积 envelope_volume	123350 Å³
水化壳体积 shell_volume	35571 Å³
包络直径 envelope_diameter	94.1 Å
壳层 Rg shell_rg	36.22 Å
包络 Rg envelope_rg	28.74 Å
形状 Rg shape_rg	28.88 Å
总 Rg total_rg	29.50 Å
总原子数 total_atoms	5656
残基数 n_residues	696
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	95.5 Å
Rg (实空间) rg_real	29.64 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.60 Å
I(0) (实空间) i0_real	1.0400e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	1.5880e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	29.62 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	104000000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8830
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	1
主峰位置 r_peak_primary	30.1 Å
偏度 Skewness skewness	0.384
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.536
角度范围 angular_range	— – 0.2700 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	70680000.0000
实空间数据点数 n_real_points	55
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.854; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.982; Smooth: 0.931

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	CHORISMATE MUTASE AROH
分子量 formula_weight	14521.9 kDa
突变 mutation	YES
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	6

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B,C,D,E,F
原子数 atom_count	6024

MMIRGIRGATTVERDTEEEILQKTKQLLEKIIEENHTKPEDVVQMLLSATPDLHAVFPAKAVRELSGWQYVPVTCMQEMDVTGGLKKCIRVMMTVQTDVPQEQIRHVYLEKAVVLRPDLSLTKNTEL

来源 Source

来源生物 organism	BACILLUS SUBTILIS
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	1423
宿主生物 host_organism	ESCHERICHIA COLI

实体 2 Entity 2 non-polymer

描述 description	8-HYDROXY-2-OXA-BICYCLO[3.3.1]NON-6-ENE-3,5-DICARBOXYLIC ACID
分子量 formula_weight	228.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	4

实体 3 Entity 3 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	356

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 12 domains

SCOP 2.08 (6 domains)

结构域编号 domain_id	d3zp4a_
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.79 — Bacillus chorismate mutase-like
超家族 Superfamily superfamily	d.79.1 — YjgF-like
家族 Family family	d.79.1.2 — Chorismate mutase

结构域编号 domain_id	d3zp4b_
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.79 — Bacillus chorismate mutase-like
超家族 Superfamily superfamily	d.79.1 — YjgF-like
家族 Family family	d.79.1.2 — Chorismate mutase

结构域编号 domain_id	d3zp4c_
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.79 — Bacillus chorismate mutase-like
超家族 Superfamily superfamily	d.79.1 — YjgF-like
家族 Family family	d.79.1.2 — Chorismate mutase

结构域编号 domain_id	d3zp4d_
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.79 — Bacillus chorismate mutase-like
超家族 Superfamily superfamily	d.79.1 — YjgF-like
家族 Family family	d.79.1.2 — Chorismate mutase

结构域编号 domain_id	d3zp4e_
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.79 — Bacillus chorismate mutase-like
超家族 Superfamily superfamily	d.79.1 — YjgF-like
家族 Family family	d.79.1.2 — Chorismate mutase

结构域编号 domain_id	d3zp4f_
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.79 — Bacillus chorismate mutase-like
超家族 Superfamily superfamily	d.79.1 — YjgF-like
家族 Family family	d.79.1.2 — Chorismate mutase

CATH v4.4 (6 domains)

结构域编号 domain_id	3zp4A00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	1330 — 60s Ribosomal Protein L30; Chain: A;
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	40 — RutC-like

结构域编号 domain_id	3zp4B00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	1330 — 60s Ribosomal Protein L30; Chain: A;
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	40 — RutC-like

结构域编号 domain_id	3zp4C00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	1330 — 60s Ribosomal Protein L30; Chain: A;
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	40 — RutC-like

结构域编号 domain_id	3zp4D00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	1330 — 60s Ribosomal Protein L30; Chain: A;
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	40 — RutC-like

结构域编号 domain_id	3zp4E00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	1330 — 60s Ribosomal Protein L30; Chain: A;
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	40 — RutC-like

结构域编号 domain_id	3zp4F00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	1330 — 60s Ribosomal Protein L30; Chain: A;
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	40 — RutC-like

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8. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	50.208 Å
晶胞边长 b length_b	50.842 Å
晶胞边长 c length_c	69.821 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	97.36 °
晶胞夹角 β angle_beta	93.18 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	100.99 °
晶胞分子数 Z z_pdb	6

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	1.798 Å
最低分辨率 resolution_low	43.167 Å
R 因子 r_factor	0.1815
R_work r_work	0.1788
R_free r_free	0.2312

fit	/app/data/saxs_computation/zp/3zp4/3zp4.fit
pddf	/app/data/pr_computation/zp/3zp4/3zp4.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/zp/3zp4/3zp4.dat

Arg90Cit chorismate mutase of Bacillus subtilis in complex with a transition state analog

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

CHORISMATE MUTASE AROH

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction