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3zpn

Structure of Psb28

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 71.1 Å Quality: GOOD
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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

PHOTOSYSTEM II REACTION CENTER PSB28 PROTEIN

THERMOSYNECHOCOCCUS ELONGATUS

UniProt Q8DLJ8

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白同源多聚体 同源多聚体 蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白拷贝数一致 链 A； UniProt 2–116 链 B； UniProt 2–116 未记录 无其他共同聚合物 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：35% W/V PEG 3350, 300MM POTASSIUM THIOCYANATE 分辨率 2.36 Å R-free 0.234
2 蛋白同源多聚体 同源多聚体 蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白拷贝数一致 链 C； UniProt 2–116 链 D； UniProt 2–116 未记录 无其他共同聚合物 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：35% W/V PEG 3350, 300MM POTASSIUM THIOCYANATE 分辨率 2.36 Å R-free 0.234

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB 相对当前条目 3ZPN Assembly / 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与非聚合物 实验方法与环境 结构质量
7DXA PSII intermediate Psb28-RC47 提交 2021-01-18 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 14 PDB 声明：tetradecameric
链 A 1–116（116 aa）
未记录 SQD 1,2-DI-O-ACYL-3-O-[6-DEOXY-6-SULFO-ALPHA-D-GLUCOPYRANOSYL]-SN-GLYCEROL × 2 CLA CHLOROPHYLL A × 22 PHO PHEOPHYTIN A × 2 BCR BETA-CAROTENE × 6 CL CHLORIDE ION × 1 MGE (1S)-2-(ALPHA-L-ALLOPYRANOSYLOXY)-1-[(TRIDECANOYLOXY)METHYL]ETHYL PALMITATE × 7 UNL UNKNOWN LIGAND × 2 LMT DODECYL-BETA-D-MALTOSIDE × 3 FE2 FE (II) ION × 1 PQ9 5-[(2E,6E,10E,14E,18E,22E)-3,7,11,15,19,23,27-HEPTAMETHYLOCTACOSA-2,6,10,14,18,22,26-HEPTAENYL]-2,3-DIMETHYLBENZO-1,4-QUINONE × 1 HTG heptyl 1-thio-beta-D-glucopyranoside × 1 DGD DIGALACTOSYL DIACYL GLYCEROL (DGDG) × 1 HEM PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 6.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.14 Å
7DXH Cryo-EM structure of PSII intermediate Psb28-PSII complex 提交 2021-01-18 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 18 PDB 声明：octadecameric
链 A 1–116（116 aa）
未记录 MGE (1S)-2-(ALPHA-L-ALLOPYRANOSYLOXY)-1-[(TRIDECANOYLOXY)METHYL]ETHYL PALMITATE × 7 SQD 1,2-DI-O-ACYL-3-O-[6-DEOXY-6-SULFO-ALPHA-D-GLUCOPYRANOSYL]-SN-GLYCEROL × 2 CLA CHLOROPHYLL A × 34 BCR BETA-CAROTENE × 9 CL CHLORIDE ION × 2 DGD DIGALACTOSYL DIACYL GLYCEROL (DGDG) × 4 PHO PHEOPHYTIN A × 2 LMT DODECYL-BETA-D-MALTOSIDE × 3 FE2 FE (II) ION × 1 PQ9 5-[(2E,6E,10E,14E,18E,22E)-3,7,11,15,19,23,27-HEPTAMETHYLOCTACOSA-2,6,10,14,18,22,26-HEPTAENYL]-2,3-DIMETHYLBENZO-1,4-QUINONE × 1 UNL UNKNOWN LIGAND × 2 HEM PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE × 1 HTG heptyl 1-thio-beta-D-glucopyranoside × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 6.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.14 Å
7NHP Structure of PSII-I (PSII with Psb27, Psb28, and Psb34) 提交 2021-02-11 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 18 PDB 声明：octadecameric
链 2 1–116（116 aa）
未记录 MN MANGANESE (II) ION × 1 CL CHLORIDE ION × 1 PHO PHEOPHYTIN A × 2 CLA CHLOROPHYLL A × 35 BCR BETA-CAROTENE × 10 LHG 1,2-DIPALMITOYL-PHOSPHATIDYL-GLYCEROLE × 1 LMG 1,2-DISTEAROYL-MONOGALACTOSYL-DIGLYCERIDE × 7 FE FE (III) ION × 1 PL9 2,3-DIMETHYL-5-(3,7,11,15,19,23,27,31,35-NONAMETHYL-2,6,10,14,18,22,26,30,34-HEXATRIACONTANONAENYL-2,5-CYCLOHEXADIENE-1,4-DIONE-2,3-DIMETHYL-5-SOLANESYL-1,4-BENZOQUINONE × 1 HEM PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 6.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE-PROPANE
分辨率 2.72 Å
7NHQ Structure of PSII-I prime (PSII with Psb28, and Psb34) 提交 2021-02-11 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 17 PDB 声明：heptadecameric
链 2 1–116（116 aa）
未记录 FE FE (III) ION × 1 MN MANGANESE (II) ION × 1 CL CHLORIDE ION × 1 PHO PHEOPHYTIN A × 2 CLA CHLOROPHYLL A × 35 BCR BETA-CAROTENE × 10 LHG 1,2-DIPALMITOYL-PHOSPHATIDYL-GLYCEROLE × 1 LMG 1,2-DISTEAROYL-MONOGALACTOSYL-DIGLYCERIDE × 7 PL9 2,3-DIMETHYL-5-(3,7,11,15,19,23,27,31,35-NONAMETHYL-2,6,10,14,18,22,26,30,34-HEXATRIACONTANONAENYL-2,5-CYCLOHEXADIENE-1,4-DIONE-2,3-DIMETHYL-5-SOLANESYL-1,4-BENZOQUINONE × 1 HEM PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 6.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE-PROPANE
分辨率 2.68 Å

共 4 个其他 PDB 条目、4 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 PSB28_THEEB
Isoform —
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A； PDB构建体 19–133； UniProt 2–116 作者链 B； PDB构建体 19–133； UniProt 2–116 作者链 C； PDB构建体 19–133； UniProt 2–116 作者链 D； PDB构建体 19–133； UniProt 2–116

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 3zpn

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 3zpn
下载 Download
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id3zpn
沉积日期 deposition_date2013-02-28
结构标题 titleStructure of Psb28
关键词 keywordsPHOTOSYNTHESIS, PHOTOSYSTEM II ASSEMBLY; PHOTOSYNTHESIS
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION
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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier24.53 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron23.37 Å
零角强度 I(0) i042185200.00
分子量 molecular_weight48580.0 kDa
排除体积 excluded_volume60043 ų
包络体积 envelope_volume76387 ų
水化壳体积 shell_volume26966 ų
包络直径 envelope_diameter72.5 Å
壳层 Rg shell_rg30.45 Å
包络 Rg envelope_rg22.98 Å
形状 Rg shape_rg23.36 Å
总 Rg total_rg24.20 Å
总原子数 total_atoms3413
残基数 n_residues427
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 Å−1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3
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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax71.1 Å
Rg (实空间) rg_real24.37 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.42 Å
I(0) (实空间) i0_real4.2190e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error5.4840e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal24.41 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal42190000.0000
解质量估计 total_estimate0.8419
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks2
主峰位置 r_peak_primary32.7 Å
偏度 Skewness skewness0.097
峰度 Kurtosis kurtosis-0.644
角度范围 angular_range— – 0.3250 Å−1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha9762000.0000
实空间数据点数 n_real_points64
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.983; Stabil: 0.999; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.995; Smooth: 0.000
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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (2)

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 4 domains

CATH v4.4 (4 domains)

结构域编号 domain_id3zpnA00
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology30 — Elongation Factor Tu (Ef-tu); domain 3
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily220 — Photosystem II Psb28
结构域编号 domain_id3zpnB00
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology30 — Elongation Factor Tu (Ef-tu); domain 3
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily220 — Photosystem II Psb28
结构域编号 domain_id3zpnC00
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology30 — Elongation Factor Tu (Ef-tu); domain 3
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily220 — Photosystem II Psb28
结构域编号 domain_id3zpnD00
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology30 — Elongation Factor Tu (Ef-tu); domain 3
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily220 — Photosystem II Psb28
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8. 引用文献 (1)

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9. 文件与曲线 (10)