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4a0w

model built against symmetry-free cryo-EM map of TRiC-ADP-AlFx

Method: ELECTRON MICROSCOPY Dmax: 192.7 Å Quality: REASONABLE
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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

T-COMPLEX PROTEIN 1 SUBUNIT BETA

物种未注明

UniProt Q3ZBH0

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白同源多聚体 同源多聚体 蛋白 × 16 PDB 声明：hexadecameric（16） 与蛋白拷贝数一致 链 A； UniProt 14–526 链 B； UniProt 14–526 链 C； UniProt 14–526 链 D； UniProt 14–526 链 E； UniProt 14–526 链 F； UniProt 14–526 链 G； UniProt 14–526 链 H； UniProt 14–526 链 I； UniProt 14–526 链 J； UniProt 14–526 链 K； UniProt 14–526 链 L； UniProt 14–526 链 M； UniProt 14–526 链 N； UniProt 14–526 链 O； UniProt 14–526 链 P； UniProt 14–526 未记录 无其他共同聚合物 ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM玻璃化条件：冷冻剂 ETHANE 分辨率 13.90 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB 相对当前条目 4A0W Assembly / 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与非聚合物 实验方法与环境 结构质量
3IYG Ca model of bovine TRiC/CCT derived from a 4.0 Angstrom cryo-EM map 提交 2009-11-28 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：octameric
链 B 14–526（513 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM玻璃化条件 two-side blotting for 1 second before plunging；101 K；冷冻剂 ETHANE；vitrification using ethane as cryogen
分辨率 4.00 Å
3KTT Atomic model of bovine TRiC CCT2(beta) subunit derived from a 4.0 Angstrom cryo-EM map 提交 2009-11-25 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 B 14–526（513 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE；vitrification using ethane as cryogen
分辨率 4.00 Å
4A0O Symmetry-free cryo-EM map of TRiC in the nucleotide-free (apo) state 提交 2011-09-10 构建体不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 16 PDB 声明：hexadecameric
链 A 14–526（513 aa） 片段：RESIDUES 14-526
链 B 14–526（513 aa） 片段：RESIDUES 14-526
链 C 14–526（513 aa） 片段：RESIDUES 14-526
链 D 14–526（513 aa） 片段：RESIDUES 14-526
链 E 14–526（513 aa） 片段：RESIDUES 14-526
链 F 14–526（513 aa） 片段：RESIDUES 14-526
链 G 14–526（513 aa） 片段：RESIDUES 14-526
链 H 14–526（513 aa） 片段：RESIDUES 14-526
链 I 14–526（513 aa） 片段：RESIDUES 14-526
链 J 14–526（513 aa） 片段：RESIDUES 14-526
链 K 14–526（513 aa） 片段：RESIDUES 14-526
链 L 14–526（513 aa） 片段：RESIDUES 14-526
链 M 14–526（513 aa） 片段：RESIDUES 14-526
链 N 14–526（513 aa） 片段：RESIDUES 14-526
链 O 14–526（513 aa） 片段：RESIDUES 14-526
链 P 14–526（513 aa） 片段：RESIDUES 14-526
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE；LIQUID ETHEN
分辨率 10.50 Å
4A0V model refined against the Symmetry-free cryo-EM map of TRiC-AMP-PNP 提交 2011-09-13 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 16 PDB 声明：hexadecameric
链 A 14–526（513 aa）
链 B 14–526（513 aa）
链 C 14–526（513 aa）
链 D 14–526（513 aa）
链 E 14–526（513 aa）
链 F 14–526（513 aa）
链 G 14–526（513 aa）
链 H 14–526（513 aa）
链 I 14–526（513 aa）
链 J 14–526（513 aa）
链 K 14–526（513 aa）
链 L 14–526（513 aa）
链 M 14–526（513 aa）
链 N 14–526（513 aa）
链 O 14–526（513 aa）
链 P 14–526（513 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 10.70 Å
4A13 model refined against symmetry-free cryo-EM map of TRiC-ADP 提交 2011-09-13 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 16 PDB 声明：hexadecameric
链 A 14–526（513 aa）
链 B 14–526（513 aa）
链 C 14–526（513 aa）
链 D 14–526（513 aa）
链 E 14–526（513 aa）
链 F 14–526（513 aa）
链 G 14–526（513 aa）
链 H 14–526（513 aa）
链 I 14–526（513 aa）
链 J 14–526（513 aa）
链 K 14–526（513 aa）
链 L 14–526（513 aa）
链 M 14–526（513 aa）
链 N 14–526（513 aa）
链 O 14–526（513 aa）
链 P 14–526（513 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 11.30 Å
4B2T The crystal structures of the eukaryotic chaperonin CCT reveal its functional partitioning 提交 2012-07-17 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 16 PDB 声明：hexadecameric
链 B 1–535（535 aa）
链 b 1–535（535 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件 分辨率 5.50 Å R-free 0.399
9FQR 96-nm repeat of axonemal doublet microtubules from bovine sperm 提交 2024-06-21 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 1574 PDB 声明：1574-meric
链 Im 1–535（535 aa）
链 In 1–535（535 aa）
未记录 GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 342 MG MAGNESIUM ION × 345 GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 345 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.9
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE-PROPANE
分辨率 5.00 Å
9KCF Bovine Flagellar TRiC 提交 2024-11-01 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 16 PDB 声明：hexadecameric
链 B 1–535（535 aa）
链 J 1–535（535 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 6 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 6 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.40 Å

共 8 个其他 PDB 条目、8 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 TCPB_BOVIN
Isoform —
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A； PDB构建体 1–513； UniProt 14–526 作者链 B； PDB构建体 1–513； UniProt 14–526 作者链 C； PDB构建体 1–513； UniProt 14–526 作者链 D； PDB构建体 1–513； UniProt 14–526 作者链 E； PDB构建体 1–513； UniProt 14–526 作者链 F； PDB构建体 1–513； UniProt 14–526 作者链 G； PDB构建体 1–513； UniProt 14–526 作者链 H； PDB构建体 1–513； UniProt 14–526 作者链 I； PDB构建体 1–513； UniProt 14–526 作者链 J； PDB构建体 1–513； UniProt 14–526 作者链 K； PDB构建体 1–513； UniProt 14–526 作者链 L； PDB构建体 1–513； UniProt 14–526 作者链 M； PDB构建体 1–513； UniProt 14–526 作者链 N； PDB构建体 1–513； UniProt 14–526 作者链 O； PDB构建体 1–513； UniProt 14–526 作者链 P； PDB构建体 1–513； UniProt 14–526

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 4a0w

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 4a0w
下载 Download
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id4a0w
沉积日期 deposition_date2011-09-13
结构标题 titlemodel built against symmetry-free cryo-EM map of TRiC-ADP-AlFx
关键词 keywordsCHAPERONE, CHAPERONIN, PROTEIN FOLDING; CHAPERONE
实验方法 methodELECTRON MICROSCOPY
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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier75.41 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron74.66 Å
零角强度 I(0) i010459800000.00
分子量 molecular_weight865740.0 kDa
排除体积 excluded_volume1085500 ų
包络体积 envelope_volume2288400 ų
水化壳体积 shell_volume249370 ų
包络直径 envelope_diameter203.3 Å
壳层 Rg shell_rg86.45 Å
包络 Rg envelope_rg67.35 Å
形状 Rg shape_rg74.67 Å
总 Rg total_rg74.79 Å
总原子数 total_atoms60649
残基数 n_residues8076
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 Å−1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3
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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax192.7 Å
Rg (实空间) rg_real74.81 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.63 Å
I(0) (实空间) i0_real1.0460e+10
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error1.9390e+08
Rg (倒空间) rg_reciprocal77.42 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal10520000000.0000
解质量估计 total_estimate0.5977
解质量评级 solution_quality REASONABLE a REASONABLE solution
P(r) 峰数 n_peaks1
主峰位置 r_peak_primary119.3 Å
偏度 Skewness skewness-0.300
峰度 Kurtosis kurtosis-0.615
角度范围 angular_range— – 0.1050 Å−1
当前正则化参数 α current_alpha0.0001
最高正则化参数 α highest_alpha3703000000.0000
实空间数据点数 n_real_points22
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.926; Stabil: 1.000; Sysdev: 0.020; Positv: 1.000; Valcen: 0.931; Smooth: 0.000
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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (1)

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8. 引用文献 (1)

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9. 文件与曲线 (10)