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4a36

Structure of duck RIG-I helicase domain bound to 19-mer dsRNA and ATP transition state analogue

Method: X-RAY DIFFRACTION
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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

RETINOIC ACID INDUCIBLE PROTEIN I

ANAS PLATYRHYNCHOS

UniProt D3TI84

当前结构中的状态

Assembly 物理组成 蛋白状态 分子拷贝数 共同组分 数据核对
1 蛋白–RNA 单体 蛋白 1 RNA 2 ;5'-R(*GP*CP*AP*UP*GP*CP*GP*AP*CP*CP*UP*CP*UP*GP *UP*UP*UP*GP*A)-3' ; × 1 ;5'-R(*UP*CP*AP*AP*AP*CP*AP*GP*AP*GP*GP*UP*CP*GP *CP*AP*UP*GP*C)-3' ; × 1 ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 MAGNESIUM ION × 1 ALUMINUM FLUORIDE × 1 与全部聚合物一致
2 蛋白–RNA 单体 蛋白 1 RNA 2 ;5'-R(*GP*CP*AP*UP*GP*CP*GP*AP*CP*CP*UP*CP*UP*GP *UP*UP*UP*GP*A)-3' ; × 1 ;5'-R(*UP*CP*AP*AP*AP*CP*AP*GP*AP*GP*GP*UP*CP*GP *CP*AP*UP*GP*C)-3' ; × 1 ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 MAGNESIUM ION × 1 ALUMINUM FLUORIDE × 1 与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

单体
4a2p 4a2q 4a2q 4a2q 4a2q 4a2v 4a2w 4a2w

共 8 个 assembly

同源二聚体

暂无

同源四聚体

暂无

其他同源多聚体

暂无

异源或核酸复合物
4a2x 4a2x 4a36 4a36 9tkv 9tl1 9tm6

共 7 个 assembly

查看构建体与数据证据
UniProt名称 D3TI84_ANAPL
Isoform —
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A； PDB构建体 4–556； UniProt 242–794 作者链 B； PDB构建体 4–556； UniProt 242–794

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id4a36
沉积日期 deposition_date2011-09-30
结构标题 titleStructure of duck RIG-I helicase domain bound to 19-mer dsRNA and ATP transition state analogue
关键词 keywordsRNA BINDING PROTEIN-RNA COMPLEX, SUPERFAMILY 2 RNA HELICASE, ATP AND DSRNA BINDING, ANTIVIRAL SIGNALLING PATHWAY; RNA BINDING PROTEIN/RNA
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION
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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

4a36__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

4a36__assembly_1__model_1 | I(q)

10-2 10-1 106 107 108 q (1/Angstrom) I(q)
100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

4a36__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

新版 assembly/model P(r) 尚未计算 此处仅保留位置，不展示旧数据 r (Angstrom) P(r)
P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。
Rg（Guinier）27.68 Å
Rg（电子密度）27.01 Å
总 Rg27.64 Å
原子数5009
残基数561
排除体积86529 ų
最大 q0.500 Å⁻¹
Assembly Model 结构单元 聚集说明 状态 CRYSOL 操作
1 1 4a36__assembly_1__model_1 trimeric （3） 成功 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) 查看 下载
2 1 4a36__assembly_2__model_1 trimeric （3） 成功 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) 查看 下载
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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (6)

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 6 domains

CATH v4.4 (6 domains)

结构域编号 domain_id4a36A01
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily300 — P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases
结构域编号 domain_id4a36A02
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily300 — P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases
结构域编号 domain_id4a36A03
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology1320 — phosphoenolpyruvate carboxylase, domain 3
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily30 —
结构域编号 domain_id4a36B01
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily300 — P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases
结构域编号 domain_id4a36B02
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily300 — P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases
结构域编号 domain_id4a36B03
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology1320 — phosphoenolpyruvate carboxylase, domain 3
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily30 —
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7. 引用文献 (1)