SAXSdb — 4a4k

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

ANTIVIRAL HELICASE SKI2

SACCHAROMYCES CEREVISIAE

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白单体	单体	蛋白 1	ZINC ION × 1	与蛋白数一致
2	蛋白单体	单体	蛋白 1	ZINC ION × 1	与蛋白数一致
3	蛋白单体	单体	蛋白 1	ZINC ION × 1	与蛋白数一致
4	蛋白单体	单体	蛋白 1	ZINC ION × 1	与蛋白数一致
5	蛋白单体	单体	蛋白 1	ZINC ION × 1	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	SKI2_YEAST
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 6–256； UniProt 835–1085 作者链 C； PDB构建体 6–256； UniProt 835–1085 作者链 E； PDB构建体 6–256； UniProt 835–1085 作者链 G； PDB构建体 6–256； UniProt 835–1085 作者链 I； PDB构建体 6–256； UniProt 835–1085

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	4a4k
沉积日期 deposition_date	2011-10-17
结构标题 title	Crystal structure of the S. cerevisiae Ski2 insertion domain
关键词 keywords	DEXH HELICASE, HYDROLASE, RNA DEGRADATION, EXOSOME; HYDROLASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

4a4k__assembly_4__model_1

Assembly 4 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

4a4k__assembly_4__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

4a4k__assembly_4__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	20.73 Å
Rg（电子密度）	19.71 Å
总 Rg	20.50 Å
原子数	1818
残基数	246
排除体积	32428 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`4a4k__assembly_1__model_1`	monomeric （1）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
2	1	`4a4k__assembly_2__model_1`	monomeric （1）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
3	1	`4a4k__assembly_3__model_1`	monomeric （1）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
4	1	`4a4k__assembly_4__model_1`	monomeric （1）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
5	1	`4a4k__assembly_5__model_1`	monomeric （1）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (2)

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 10 domains

CATH v4.4 (10 domains)

结构域编号 domain_id	4a4kA01
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	1500 — YheA-like fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	20 —

结构域编号 domain_id	4a4kA02
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	30 — Roll
拓扑 Topology topology	30 — SH3 type barrels.
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	1160 —

结构域编号 domain_id	4a4kC01
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	1500 — YheA-like fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	20 —

结构域编号 domain_id	4a4kC02
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	30 — Roll
拓扑 Topology topology	30 — SH3 type barrels.
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	1160 —

结构域编号 domain_id	4a4kE01
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	1500 — YheA-like fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	20 —

结构域编号 domain_id	4a4kE02
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	30 — Roll
拓扑 Topology topology	30 — SH3 type barrels.
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	1160 —

结构域编号 domain_id	4a4kG01
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	1500 — YheA-like fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	20 —

结构域编号 domain_id	4a4kG02
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	30 — Roll
拓扑 Topology topology	30 — SH3 type barrels.
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	1160 —

结构域编号 domain_id	4a4kI01
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	1500 — YheA-like fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	20 —

结构域编号 domain_id	4a4kI02
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	30 — Roll
拓扑 Topology topology	30 — SH3 type barrels.
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	1160 —

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晶胞边长 a length_a	230.463 Å
晶胞边长 b length_b	123.139 Å
晶胞边长 c length_c	153.201 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	131.05 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	20

空间群 space_group	C 1 2 1
空间群编号 int_tables_number	5
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	3.250 Å
最低分辨率 resolution_low	57.159 Å
R 因子 r_factor	0.2370
R_work r_work	0.2359
R_free r_free	0.2565

描述 description	ANTIVIRAL HELICASE SKI2
分子量 formula_weight	29709.8 kDa
EC 编号 ec_number	3.6.4.13
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	5

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,C,E,G,I
原子数 atom_count	9089

Crystal structure of the S. cerevisiae Ski2 insertion domain

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

ANTIVIRAL HELICASE SKI2

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

4a4k__assembly_4__model_1

4a4k__assembly_4__model_1 | I(q)

4a4k__assembly_4__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (2)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 non-polymer

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 10 domains

CATH v4.4 (10 domains)

7. 引用文献 (1)

来源生物 organism	SACCHAROMYCES CEREVISIAE
通用名 common_name	;BAKER'S YEAST ;
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	4932
宿主生物 host_organism	ESCHERICHIA COLI

描述 description	ZINC ION
分子量 formula_weight	65.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	5

Crystal structure of the S. cerevisiae Ski2 insertion domain

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

ANTIVIRAL HELICASE SKI2

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

4a4k__assembly_4__model_1

4a4k__assembly_4__model_1 | I(q)

4a4k__assembly_4__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (2)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 non-polymer

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 10 domains

CATH v4.4 (10 domains)

7. 引用文献 (1)