SAXSdb — 4a8m

▼

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

RNA-DIRECTED RNA POLYMERASE

PSEUDOMONAS PHAGE PHI6

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白单体	单体	蛋白 1	MAGNESIUM ION × 1 GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1	与蛋白数一致
2	蛋白–DNA	单体	蛋白 1 DNA 1	5'-D(APAPTPCP)-3' × 1 MAGNESIUM ION × 1 GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1	与全部聚合物一致
3	蛋白单体	单体	蛋白 1	MAGNESIUM ION × 1 GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	RDRP_BPPH6
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 P； PDB构建体 1–665； UniProt 1–665 作者链 Q； PDB构建体 1–665； UniProt 1–665 作者链 R； PDB构建体 1–665； UniProt 1–665

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

▼

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	4a8m
沉积日期 deposition_date	2011-11-21
结构标题 title	Non-Catalytic Ions Direct the RNA-Dependent RNA Polymerase of Bacterial dsRNA virus phi6 from De Novo Initiation to Elongation
关键词 keywords	TRANSFERASE-DNA COMPLEX, VIRAL POLYMERASE; TRANSFERASE/DNA
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

▼

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

4a8m__assembly_3__model_1

Assembly 3 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

4a8m__assembly_3__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

4a8m__assembly_3__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	25.89 Å
Rg（电子密度）	24.88 Å
总 Rg	25.71 Å
原子数	5311
残基数	664
排除体积	93987 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`4a8m__assembly_1__model_1`	monomeric （1）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
2	1	`4a8m__assembly_2__model_1`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
3	1	`4a8m__assembly_3__model_1`	monomeric （1）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

▶

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

▶

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	5'-D(APAPTPCP)-3'
分子量 formula_weight	1174.8 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polydeoxyribonucleotide
链编号 strand_id	B
原子数 atom_count	16011

AATC

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	RNA-DIRECTED RNA POLYMERASE
分子量 formula_weight	75034.4 kDa
EC 编号 ec_number	2.7.7.48
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	3

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	P,Q,R

MPRRAPAFPLSDIKAQMLFANNIKAQQASKRSFKEGAIETYEGLLSVDPRFLSFKNELSRYLTDHFPANVDEYGRVYGNGVRTNFFGMRHMNGFPMIPATWPLASNLKKRADADLADGPVSERDNLLFRAAVRLMFSDLEPVPLKIRKGSSTCIPYFSNDMGTKIEIAERALEKAEEAGNLMLQGKFDDAYQLHQMGGAYYVVYRAQSTDAITLDPKTGKFVSKDRMVADFEYAVTGGEQGSLFAASKDASRLKEQYGIDVPDGFFCERRRTAMGGPFALNAPIMAVAQPVRNKIYSKYAYTFHHTTRLNKEEKVKEWSLCVATDVSDHDTFWPGWLRDLICDELLNMGYAPWWVKLFETSLKLPVYVGAPAPEQGHTLLGDPSNPDLEVGLSSGQGATDLMGTLLMSITYLVMQLDHTAPHLNSRIKDMPSACRFLDSYWQGHEEIRQISKSDDAMLGWTKGRALVGGHRLFEMLKEGKVNPSPYMKISYEHGGAFLGDILLYDSRREPGSAIFVGNINSMLNNQFSPEYGVQSGVRDRSKRKRPFPGLAWASMKDTYGACPIYSDVLEAIERCWWNAFGESYRAYREDMLKRDTLELSRYVASMARQAGLAELTPIDLEVLADPNKLQYKWTEADVSANIHEVLMHGVSVEKTERFLRSVMPR

来源 Source

来源生物 organism	PSEUDOMONAS PHAGE PHI6
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	10879
宿主生物 host_organism	ESCHERICHIA COLI

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	MAGNESIUM ION
分子量 formula_weight	24.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	3

实体 4 Entity 4 non-polymer

描述 description	GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE
分子量 formula_weight	523.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	3

实体 5 Entity 5 non-polymer

描述 description	ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE
分子量 formula_weight	507.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	3

▼

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 9 domains

CATH v4.4 (9 domains)

结构域编号 domain_id	4a8mP02
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	490 — Globin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	60 — Phage p2 RNA dependent RNA polymerase domain

结构域编号 domain_id	4a8mP03
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	70 — Alpha-Beta Plaits
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	1600 —

结构域编号 domain_id	4a8mP04
类 Class class	6 — Special
架构 Architecture architecture	20 — Other non-globular
拓扑 Topology topology	410 — Dihydrolipoamide Transferase
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 —

结构域编号 domain_id	4a8mQ02
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	490 — Globin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	60 — Phage p2 RNA dependent RNA polymerase domain

结构域编号 domain_id	4a8mQ03
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	70 — Alpha-Beta Plaits
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	1600 —

结构域编号 domain_id	4a8mQ04
类 Class class	6 — Special
架构 Architecture architecture	20 — Other non-globular
拓扑 Topology topology	410 — Dihydrolipoamide Transferase
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 —

结构域编号 domain_id	4a8mR02
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	490 — Globin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	60 — Phage p2 RNA dependent RNA polymerase domain

结构域编号 domain_id	4a8mR03
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	70 — Alpha-Beta Plaits
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	1600 —

结构域编号 domain_id	4a8mR04
类 Class class	6 — Special
架构 Architecture architecture	20 — Other non-globular
拓扑 Topology topology	410 — Dihydrolipoamide Transferase
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 —

▶

晶胞边长 a length_a	106.270 Å
晶胞边长 b length_b	92.060 Å
晶胞边长 c length_c	140.810 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	101.30 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	6

空间群 space_group	P 1 21 1
空间群编号 int_tables_number	4
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.920 Å
最低分辨率 resolution_low	58.720 Å
R 因子 r_factor	0.1805
R_work r_work	0.1790
R_free r_free	0.2091

Non-Catalytic Ions Direct the RNA-Dependent RNA Polymerase of Bacterial dsRNA virus phi6 from De Novo Initiation to Elongation

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

RNA-DIRECTED RNA POLYMERASE

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

4a8m__assembly_3__model_1

4a8m__assembly_3__model_1 | I(q)

4a8m__assembly_3__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 non-polymer

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 9 domains

CATH v4.4 (9 domains)

7. 引用文献 (1)

Non-Catalytic Ions Direct the RNA-Dependent RNA Polymerase of Bacterial dsRNA virus phi6 from De Novo Initiation to Elongation

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

RNA-DIRECTED RNA POLYMERASE

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

4a8m__assembly_3__model_1

4a8m__assembly_3__model_1 | I(q)

4a8m__assembly_3__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 non-polymer

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 9 domains

CATH v4.4 (9 domains)

7. 引用文献 (1)