SAXSdb — 4ajy

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

TRANSCRIPTION ELONGATION FACTOR B POLYPEPTIDE 2

HOMO SAPIENS

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 4	TRANSCRIPTION ELONGATION FACTOR B POLYPEPTIDE 1 × 1 （Q15369） HYPOXIA-INDUCIBLE FACTOR 1-ALPHA × 1 （Q16665） VON HIPPEL-LINDAU DISEASE TUMOR SUPPRESSOR × 1 （P40337） GLYCEROL × 1 water × 4	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	ELOB_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 B； PDB构建体 1–118； UniProt 1–118

TRANSCRIPTION ELONGATION FACTOR B POLYPEPTIDE 1

HOMO SAPIENS

UniProt Q15369

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 4	TRANSCRIPTION ELONGATION FACTOR B POLYPEPTIDE 2 × 1 （Q15370） HYPOXIA-INDUCIBLE FACTOR 1-ALPHA × 1 （Q16665） VON HIPPEL-LINDAU DISEASE TUMOR SUPPRESSOR × 1 （P40337） GLYCEROL × 1 water × 4	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	ELOC_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 C； PDB构建体 2–97； UniProt 1–96

HYPOXIA-INDUCIBLE FACTOR 1-ALPHA

物种未注明

UniProt Q16665

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 4	TRANSCRIPTION ELONGATION FACTOR B POLYPEPTIDE 2 × 1 （Q15370） TRANSCRIPTION ELONGATION FACTOR B POLYPEPTIDE 1 × 1 （Q15369） VON HIPPEL-LINDAU DISEASE TUMOR SUPPRESSOR × 1 （P40337） GLYCEROL × 1 water × 4	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	HIF1A_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	3
链与序列区间	作者链 H； PDB构建体 1–19； UniProt 559–577

VON HIPPEL-LINDAU DISEASE TUMOR SUPPRESSOR

HOMO SAPIENS

UniProt P40337

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 4	TRANSCRIPTION ELONGATION FACTOR B POLYPEPTIDE 2 × 1 （Q15370） TRANSCRIPTION ELONGATION FACTOR B POLYPEPTIDE 1 × 1 （Q15369） HYPOXIA-INDUCIBLE FACTOR 1-ALPHA × 1 （Q16665） GLYCEROL × 1 water × 4	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	VHL_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	4
链与序列区间	作者链 V； PDB构建体 4–163； UniProt 214–373

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	4ajy
沉积日期 deposition_date	2012-02-21
结构标题 title	von Hippel-Lindau protein-ElonginB-ElonginC complex, bound to Hif1- alpha peptide
关键词 keywords	E3 UBIQUITIN LIGASE, TRANSCRIPTION FACTOR, HYPOXIC SIGNALING, TRANSCRIPTION; TRANSCRIPTION
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

4ajy__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

4ajy__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

4ajy__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	24.89 Å
Rg（电子密度）	24.03 Å
总 Rg	24.71 Å
原子数	2806
残基数	355
排除体积	50166 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`4ajy__assembly_1__model_1`	tetrameric （4）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (6)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	TRANSCRIPTION ELONGATION FACTOR B POLYPEPTIDE 2
分子量 formula_weight	13147.8 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B
原子数 atom_count	3060

MDVFLMIRRHKTTIFTDAKESSTVFELKRIVEGILKRPPDEQRLYKDDQLLDDGKTLGECGFTSQTARPQAPATVGLAFRADDTFEALCIEPFSSPPELPDVMKPQDSGSSANEQAVQ

来源 Source

来源生物 organism	HOMO SAPIENS
通用名 common_name	HUMAN
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	ESCHERICHIA COLI

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	TRANSCRIPTION ELONGATION FACTOR B POLYPEPTIDE 1
分子量 formula_weight	10974.6 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	C

MMYVKLISSDGHEFIVKREHALTSGTIKAMLSGPGQFAENETNEVNFREIPSHVLSKVCMYFTYKVRYTNSSTEIPEFPIAPEIALELLMAANFLDC

来源 Source

来源生物 organism	HOMO SAPIENS
通用名 common_name	HUMAN
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	ESCHERICHIA COLI

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	HYPOXIA-INDUCIBLE FACTOR 1-ALPHA
分子量 formula_weight	2260.5 kDa
突变 mutation	YES
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	H

DEALAPYIPMDDDFQLRSF

实体 4 Entity 4 polymer

描述 description	VON HIPPEL-LINDAU DISEASE TUMOR SUPPRESSOR
分子量 formula_weight	18840.4 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	V

GSHMEAGRPRPVLRSVNSREPSQVIFCNRSPRVVLPVWLNFDGEPQPYPTLPPGTGRRIHSYRGHLWLFRDAGTHDGLLVNQTELFVPSLNVDGQPIFANITLPVYTLKERCLQVVRSLVKPENYRRLDIVRSLYEDLEDHPNVQKDLERLTQERIAHQRMGD

来源 Source

来源生物 organism	HOMO SAPIENS
通用名 common_name	HUMAN
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	ESCHERICHIA COLI

实体 5 Entity 5 non-polymer

描述 description	GLYCEROL
分子量 formula_weight	92.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 6 Entity 6 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	242

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 4 domains

CATH v4.4 (4 domains)

结构域编号 domain_id	4ajyB00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	10 — Roll
拓扑 Topology topology	20 — Ubiquitin-like (UB roll)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	90 — Phosphatidylinositol 3-kinase Catalytic Subunit; Chain A, domain 1

结构域编号 domain_id	4ajyC00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	710 — Potassium Channel Kv1.1; Chain A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Potassium Channel Kv1.1; Chain A

结构域编号 domain_id	4ajyV01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	780 — von Hippel-Lindau disease tumour suppressor, beta domain

结构域编号 domain_id	4ajyV02
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	750 — Elongin C; Chain C, domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — von Hippel-Lindau disease tumour suppressor, alpha domain

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晶胞边长 a length_a	59.232 Å
晶胞边长 b length_b	59.232 Å
晶胞边长 c length_c	244.038 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	8

空间群 space_group	P 43 21 2
空间群编号 int_tables_number	96
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	1.730 Å
最低分辨率 resolution_low	42.500 Å
R 因子 r_factor	0.1924
R_work r_work	0.1903
R_free r_free	0.2324

von Hippel-Lindau protein-ElonginB-ElonginC complex, bound to Hif1- alpha peptide

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

TRANSCRIPTION ELONGATION FACTOR B POLYPEPTIDE 2

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

TRANSCRIPTION ELONGATION FACTOR B POLYPEPTIDE 1

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

HYPOXIA-INDUCIBLE FACTOR 1-ALPHA

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

VON HIPPEL-LINDAU DISEASE TUMOR SUPPRESSOR

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

4ajy__assembly_1__model_1

4ajy__assembly_1__model_1 | I(q)

4ajy__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (6)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

实体 4 Entity 4 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 5 Entity 5 non-polymer

实体 6 Entity 6 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 4 domains

CATH v4.4 (4 domains)

7. 引用文献 (1)