SAXSdb — 4apt

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

ATAXIN-1

HOMO SAPIENS

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白同源多聚体同源多聚体蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 566–688 链 B； UniProt 566–688	片段：AXH DOMAIN, RESIDUES 566-688	无其他共同聚合物	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：PROTEIN SAMPLES AT 20 MG/ML CRYSTALLISED IN 0.4 M POTASSIUM SODIUM TARTRATE AT ROOM TEMPERATURE.	分辨率 2.50 Å R-free 0.288
2	蛋白同源多聚体同源多聚体蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2）与蛋白拷贝数一致	链 C； UniProt 566–688 链 D； UniProt 566–688	片段：AXH DOMAIN, RESIDUES 566-688	NA SODIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：PROTEIN SAMPLES AT 20 MG/ML CRYSTALLISED IN 0.4 M POTASSIUM SODIUM TARTRATE AT ROOM TEMPERATURE.	分辨率 2.50 Å R-free 0.288

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 4APT	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
1OA8 AXH domain of human spinocerebellar ataxin-1 提交 2003-01-02	构建体不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 563–694（132 aa）片段：AXH DOMAIN, RESIDUES 562-694 链 B 563–694（132 aa）片段：AXH DOMAIN, RESIDUES 562-694	未记录	NA SODIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7；290 K；PROTEIN WAS CRYSTALLIZED FROM 0.1M TRIS/HCL, PH 7.0, 0.2M AMMONIUM SULPHATE, 5 MM DTT, 15% PEG 4000, 20% GLYCEROL, AT 290K	分辨率 1.70 Å R-free 0.252
1OA8 AXH domain of human spinocerebellar ataxin-1 提交 2003-01-02	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 C 563–694（132 aa）片段：AXH DOMAIN, RESIDUES 562-694 链 D 563–694（132 aa）片段：AXH DOMAIN, RESIDUES 562-694	未记录	NA SODIUM ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7；290 K；PROTEIN WAS CRYSTALLIZED FROM 0.1M TRIS/HCL, PH 7.0, 0.2M AMMONIUM SULPHATE, 5 MM DTT, 15% PEG 4000, 20% GLYCEROL, AT 290K	分辨率 1.70 Å R-free 0.252
2M41 Solution Structure of the AXH domain of Ataxin-1 in complex with ligand peptide from Capicua 提交 2013-01-28	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 566–688（123 aa）片段：AXH domain, native residues A567-K689	未记录	未记录非水小分子	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 6.8；310 K；离子强度（mmCIF原始值）20；压力 ambient NMR样品组成 0.5 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] Ataxin-1 AXH domain, 0.6 mM CIC polypeptide, 90% H2O/10% D2O \| 90% H2O/10% D2O NMR样品组成 0.5 mM [U-100% 15N] Ataxin-1 AXH domain, 0.6 mM CIC polypeptide, 90% H2O/10% D2O \| 90% H2O/10% D2O	分辨率未提供
4AQP The structure of the AXH domain of ataxin-1. 提交 2012-04-19	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 566–688（123 aa）片段：AXH DOMAIN, RESIDUES 566-688 链 B 566–688（123 aa）片段：AXH DOMAIN, RESIDUES 566-688	未记录	NA SODIUM ION × 1 PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 6.5；PROTEIN SAMPLES AT 20 MG/ML CRYSTALLISED IN 0.1 M MES, PH 6.5, 10% W/V PWG 20000 AT ROOM TEMPERATURE.	分辨率 2.45 Å R-free 0.267
4AQP The structure of the AXH domain of ataxin-1. 提交 2012-04-19	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 C 566–688（123 aa）片段：AXH DOMAIN, RESIDUES 566-688 链 D 566–688（123 aa）片段：AXH DOMAIN, RESIDUES 566-688	未记录	NA SODIUM ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 6.5；PROTEIN SAMPLES AT 20 MG/ML CRYSTALLISED IN 0.1 M MES, PH 6.5, 10% W/V PWG 20000 AT ROOM TEMPERATURE.	分辨率 2.45 Å R-free 0.267
4J2J Crystal structure of AXH domain complex with Capicua 提交 2013-02-04	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 562–688（127 aa）片段：AXH domain, UNP residues 562-688	突变：I580M,I605M 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；293 K；0.1M Calcium chloride, 24%(v/v) PEG3350, 4%(v/v) pentaerythritol ethoxylate, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 2.50 Å R-free 0.270
4J2J Crystal structure of AXH domain complex with Capicua 提交 2013-02-04	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 562–688（127 aa）片段：AXH domain, UNP residues 562-688	突变：I580M,I605M 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；293 K；0.1M Calcium chloride, 24%(v/v) PEG3350, 4%(v/v) pentaerythritol ethoxylate, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 2.50 Å R-free 0.270
4J2J Crystal structure of AXH domain complex with Capicua 提交 2013-02-04	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 C 562–688（127 aa）片段：AXH domain, UNP residues 562-688	突变：I580M,I605M 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；293 K；0.1M Calcium chloride, 24%(v/v) PEG3350, 4%(v/v) pentaerythritol ethoxylate, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 2.50 Å R-free 0.270
4J2L Crystal Structure of AXH domain complexed with Capicua 提交 2013-02-04	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 562–688（127 aa）片段：AXH domain, UNP residues 562-688	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；293 K；1.6M NaCl, 3%(v/v) glycerol, 16%(w/v) PEG3350, 1mM L-Glutathione, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 3.15 Å R-free 0.294
4J2L Crystal Structure of AXH domain complexed with Capicua 提交 2013-02-04	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 562–688（127 aa）片段：AXH domain, UNP residues 562-688	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；293 K；1.6M NaCl, 3%(v/v) glycerol, 16%(w/v) PEG3350, 1mM L-Glutathione, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 3.15 Å R-free 0.294

共 5 个其他 PDB 条目、10 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	ATX1_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 4–126； UniProt 566–688 作者链 B； PDB构建体 4–126； UniProt 566–688 作者链 C； PDB构建体 4–126； UniProt 566–688 作者链 D； PDB构建体 4–126； UniProt 566–688

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	4apt
沉积日期 deposition_date	2012-04-05
结构标题 title	The structure of the AXH domain of ataxin-1.
关键词 keywords	RNA BINDING PROTEIN, RNA BINDING, OB-FOLD, HIGH MOBILITY GROUP HOMOLOGY, HMG, DIMERIZATION; RNA BINDING PROTEIN
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	27.05 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	26.19 Å
零角强度 I(0) i0	47738200.00
分子量 molecular_weight	54628.0 kDa
排除体积 excluded_volume	68799 Å³
包络体积 envelope_volume	84163 Å³
水化壳体积 shell_volume	27679 Å³
包络直径 envelope_diameter	90.0 Å
壳层 Rg shell_rg	32.72 Å
包络 Rg envelope_rg	26.19 Å
形状 Rg shape_rg	26.18 Å
总 Rg total_rg	26.97 Å
总原子数 total_atoms	3836
残基数 n_residues	499
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	89.4 Å
Rg (实空间) rg_real	27.17 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.70 Å
I(0) (实空间) i0_real	4.7740e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	7.5970e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal	27.13 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	47740000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8543
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	28.8 Å
偏度 Skewness skewness	0.460
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.418
角度范围 angular_range	— – 0.2950 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	24530000.0000
实空间数据点数 n_real_points	60
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.743; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.924; Smooth: 0.951

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	ATAXIN-1
分子量 formula_weight	13776.7 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	4

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B,C,D
原子数 atom_count	3881

GAMAPPTLPPYFMKGSIIQLANGELKKVEDLKTEDFIQSAEISNDLKIDSSTVERIEDSHSPGVAVIQFAVGEHRAQVSVEVLVEYPFFVFGQGWSSCCPERTSQLFDLPCSKLSVGDVCISLTLK

来源 Source

来源生物 organism	HOMO SAPIENS
通用名 common_name	HUMAN
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	ESCHERICHIA COLI

实体 2 Entity 2 non-polymer

描述 description	SODIUM ION
分子量 formula_weight	23.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 3 Entity 3 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	45

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 8 domains

SCOP 2.08 (8 domains)

结构域编号 domain_id	d4apta1
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.145 — AXH domain
超家族 Superfamily superfamily	b.145.1 — AXH domain
家族 Family family	b.145.1.1 — AXH domain

结构域编号 domain_id	d4apta2
类 Class class	l — Artifacts
折叠类型 Fold fold	l.1 — Tags
超家族 Superfamily superfamily	l.1.1 — Tags
家族 Family family	l.1.1.1 — Tags

结构域编号 domain_id	d4aptb1
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.145 — AXH domain
超家族 Superfamily superfamily	b.145.1 — AXH domain
家族 Family family	b.145.1.1 — AXH domain

结构域编号 domain_id	d4aptb2
类 Class class	l — Artifacts
折叠类型 Fold fold	l.1 — Tags
超家族 Superfamily superfamily	l.1.1 — Tags
家族 Family family	l.1.1.1 — Tags

结构域编号 domain_id	d4aptc1
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.145 — AXH domain
超家族 Superfamily superfamily	b.145.1 — AXH domain
家族 Family family	b.145.1.1 — AXH domain

结构域编号 domain_id	d4aptc2
类 Class class	l — Artifacts
折叠类型 Fold fold	l.1 — Tags
超家族 Superfamily superfamily	l.1.1 — Tags
家族 Family family	l.1.1.1 — Tags

结构域编号 domain_id	d4aptd1
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.145 — AXH domain
超家族 Superfamily superfamily	b.145.1 — AXH domain
家族 Family family	b.145.1.1 — AXH domain

结构域编号 domain_id	d4aptd2
类 Class class	l — Artifacts
折叠类型 Fold fold	l.1 — Tags
超家族 Superfamily superfamily	l.1.1 — Tags
家族 Family family	l.1.1.1 — Tags

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8. 引用文献 (4)

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晶胞边长 a length_a	41.470 Å
晶胞边长 b length_b	80.830 Å
晶胞边长 c length_c	139.960 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	16

空间群 space_group	P 21 21 21
空间群编号 int_tables_number	19
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.500 Å
最低分辨率 resolution_low	40.406 Å
R 因子 r_factor	0.2385
R_work r_work	0.2358
R_free r_free	0.2882

fit	/app/data/saxs_computation/ap/4apt/4apt.fit
pddf	/app/data/pr_computation/ap/4apt/4apt.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/ap/4apt/4apt.dat

The structure of the AXH domain of ataxin-1.

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

ATAXIN-1

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction