4ben

R39-imipenem Acyl-enzyme crystal structure

Method: X-RAY DIFFRACTION

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

D-ALANYL-D-ALANINE CARBOXYPEPTIDASE

物种未注明

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白单体	单体	蛋白 1	(5R)-5-[(1S,2R)-1-formyl-2-hydroxypropyl]-3-[(2-{[(E)-iminomethyl]amino}ethyl)sulfanyl]-4,5-dihydro-1H-pyrrole-2-carbox ylic acid × 1 MAGNESIUM ION × 2 SULFATE ION × 11 GLYCEROL × 1 water × 1	与蛋白数一致
2	蛋白单体	单体	蛋白 1	(5R)-5-[(1S,2R)-1-formyl-2-hydroxypropyl]-3-[(2-{[(E)-iminomethyl]amino}ethyl)sulfanyl]-4,5-dihydro-1H-pyrrole-2-carbox ylic acid × 1 SULFATE ION × 8 water × 1	与蛋白数一致
3	蛋白单体	单体	蛋白 1	(5R)-5-[(1S,2R)-1-formyl-2-hydroxypropyl]-3-[(2-{[(E)-iminomethyl]amino}ethyl)sulfanyl]-4,5-dihydro-1H-pyrrole-2-carbox ylic acid × 1 SULFATE ION × 7 water × 1	与蛋白数一致
4	蛋白单体	单体	蛋白 1	(5R)-5-[(1S,2R)-1-formyl-2-hydroxypropyl]-3-[(2-{[(E)-iminomethyl]amino}ethyl)sulfanyl]-4,5-dihydro-1H-pyrrole-2-carbox ylic acid × 1 MAGNESIUM ION × 2 SULFATE ION × 7 GLYCEROL × 1 2-(N-MORPHOLINO)-ETHANESULFONIC ACID × 1 water × 1	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	DAC_ACTSP
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–466； UniProt 50–515 作者链 B； PDB构建体 1–466； UniProt 50–515 作者链 C； PDB构建体 1–466； UniProt 50–515 作者链 D； PDB构建体 1–466； UniProt 50–515

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	4ben
沉积日期 deposition_date	2013-03-11
结构标题 title	R39-imipenem Acyl-enzyme crystal structure
关键词 keywords	HYDROLASE, PENICILLIN-BINDING, ACYL-ENZYME; HYDROLASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

4ben__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

4ben__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

4ben__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	25.36 Å
Rg（电子密度）	24.40 Å
总 Rg	25.12 Å
原子数	3436
残基数	466
排除体积	59813 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`4ben__assembly_1__model_1`	monomeric （1）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
2	1	`4ben__assembly_2__model_1`	monomeric （1）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
3	1	`4ben__assembly_3__model_1`	monomeric （1）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
4	1	`4ben__assembly_4__model_1`	monomeric （1）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (7)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	D-ALANYL-D-ALANINE CARBOXYPEPTIDASE
分子量 formula_weight	47647.0 kDa
EC 编号 ec_number	3.4.16.4
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	4

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B,C,D
原子数 atom_count	14637

RLTELREDIDAILEDPALEGAVSGVVVVDTATGEELYSRDGGEQLLPASNMKLFTAAAALEVLGADHSFGTEVAAESAPGRRGEVQDLYLVGRGDPTLSAEDLDAMAAEVAASGVRTVRGDLYADDTWFDSERLVDDWWPEDEPYAYSAQISALTVAHGERFDTGVTEVSVTPAAEGEPADVDLGAAEGYAELDNRAVTGAAGSANTLVIDRPVGTNTIAVTGSLPADAAPVTALRTVDEPAALAGHLFEEALESNGVTVKGDVGLGGVPADWQDAEVLADHTSAELSEILVPFMKFSNNGHAEMLVKSIGQETAGAGTWDAGLVGVEEALSGLGVDTAGLVLNDGSGLSRGNLVTADTVVDLLGQAGSAPWAQTWSASLPVAGESDPFVGGTLANRMRGTAAEGVVEAKTGTMSGVSALSGYVPGPEGELAFSIVNNGHSGPAPLAVQDAIAVRLAEYAGHQAPE

实体 2 Entity 2 non-polymer

描述 description	(5R)-5-[(1S,2R)-1-formyl-2-hydroxypropyl]-3-[(2-{[(E)-iminomethyl]amino}ethyl)sulfanyl]-4,5-dihydro-1H-pyrrole-2-carbox ylic acid
分子量 formula_weight	301.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	4

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	MAGNESIUM ION
分子量 formula_weight	24.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	4

实体 4 Entity 4 non-polymer

描述 description	SULFATE ION
分子量 formula_weight	96.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	33

实体 5 Entity 5 non-polymer

描述 description	GLYCEROL
分子量 formula_weight	92.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 6 Entity 6 non-polymer

描述 description	2-(N-MORPHOLINO)-ETHANESULFONIC ACID
分子量 formula_weight	195.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 7 Entity 7 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	970

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 12 domains

SCOP 2.08 (4 domains)

结构域编号 domain_id	d4bena_
类 Class class	e — Multi-domain proteins (alpha and beta)
折叠类型 Fold fold	e.3 — beta-lactamase/transpeptidase-like
超家族 Superfamily superfamily	e.3.1 — beta-lactamase/transpeptidase-like
家族 Family family	e.3.1.3 — Dac-like

结构域编号 domain_id	d4benb_
类 Class class	e — Multi-domain proteins (alpha and beta)
折叠类型 Fold fold	e.3 — beta-lactamase/transpeptidase-like
超家族 Superfamily superfamily	e.3.1 — beta-lactamase/transpeptidase-like
家族 Family family	e.3.1.3 — Dac-like

结构域编号 domain_id	d4benc_
类 Class class	e — Multi-domain proteins (alpha and beta)
折叠类型 Fold fold	e.3 — beta-lactamase/transpeptidase-like
超家族 Superfamily superfamily	e.3.1 — beta-lactamase/transpeptidase-like
家族 Family family	e.3.1.3 — Dac-like

结构域编号 domain_id	d4bend_
类 Class class	e — Multi-domain proteins (alpha and beta)
折叠类型 Fold fold	e.3 — beta-lactamase/transpeptidase-like
超家族 Superfamily superfamily	e.3.1 — beta-lactamase/transpeptidase-like
家族 Family family	e.3.1.3 — Dac-like

CATH v4.4 (8 domains)

结构域编号 domain_id	4benA01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	710 — Beta-lactamase
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — DD-peptidase/beta-lactamase superfamily

结构域编号 domain_id	4benA02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	50 — 3-Layer(bba) Sandwich
拓扑 Topology topology	80 — D-tyrosyl-trna(Tyr) Deacylase; Chain: A;
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	20 — D-Ala-D-Ala carboxypeptidase C, peptidase S13

结构域编号 domain_id	4benB01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	710 — Beta-lactamase
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — DD-peptidase/beta-lactamase superfamily

结构域编号 domain_id	4benB02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	50 — 3-Layer(bba) Sandwich
拓扑 Topology topology	80 — D-tyrosyl-trna(Tyr) Deacylase; Chain: A;
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	20 — D-Ala-D-Ala carboxypeptidase C, peptidase S13

结构域编号 domain_id	4benC01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	710 — Beta-lactamase
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — DD-peptidase/beta-lactamase superfamily

结构域编号 domain_id	4benC02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	50 — 3-Layer(bba) Sandwich
拓扑 Topology topology	80 — D-tyrosyl-trna(Tyr) Deacylase; Chain: A;
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	20 — D-Ala-D-Ala carboxypeptidase C, peptidase S13

结构域编号 domain_id	4benD01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	710 — Beta-lactamase
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — DD-peptidase/beta-lactamase superfamily

结构域编号 domain_id	4benD02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	50 — 3-Layer(bba) Sandwich
拓扑 Topology topology	80 — D-tyrosyl-trna(Tyr) Deacylase; Chain: A;
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	20 — D-Ala-D-Ala carboxypeptidase C, peptidase S13

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晶胞边长 a length_a	103.623 Å
晶胞边长 b length_b	91.911 Å
晶胞边长 c length_c	106.924 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	94.50 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	8

空间群 space_group	P 1 21 1
空间群编号 int_tables_number	4
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.150 Å
最低分辨率 resolution_low	35.720 Å
R 因子 r_factor	0.1895
R_work r_work	0.1872
R_free r_free	0.2344

R39-imipenem Acyl-enzyme crystal structure

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

D-ALANYL-D-ALANINE CARBOXYPEPTIDASE

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

4ben__assembly_1__model_1

4ben__assembly_1__model_1 | I(q)

4ben__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (7)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

实体 2 Entity 2 non-polymer

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 non-polymer

实体 6 Entity 6 non-polymer

实体 7 Entity 7 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 12 domains

SCOP 2.08 (4 domains)

CATH v4.4 (8 domains)

7. 引用文献 (1)

R39-imipenem Acyl-enzyme crystal structure

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

D-ALANYL-D-ALANINE CARBOXYPEPTIDASE

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

4ben__assembly_1__model_1

4ben__assembly_1__model_1 | I(q)

4ben__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (7)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

实体 2 Entity 2 non-polymer

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 non-polymer

实体 6 Entity 6 non-polymer

实体 7 Entity 7 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 12 domains

SCOP 2.08 (4 domains)

CATH v4.4 (8 domains)

7. 引用文献 (1)