SAXSdb — 4bsk

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

VASCULAR ENDOTHELIAL GROWTH FACTOR RECEPTOR 3

HOMO SAPIENS

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	其他组合异源复合物蛋白 × 4 其他聚合物 2 PDB 声明：tetrameric（4）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 23–229	片段：LIGAND-BINDING DOMAINS D1-2, RESIDUES 23-229	VASCULAR ENDOTHELIAL GROWTH FACTOR C × 2 （P49767） 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 2 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 8	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 9；SITTING DROPS AT ROOM TEMPERATURE OVER A RESERVOIR SOLUTION OF 0.1 M BIS-TRIS BUFFER AT PH 8.5-9.5 AND 1.0-1.5 M AMMONIUM SULPHATE.	分辨率 4.20 Å R-free 0.372

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 4BSK	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
4BSJ Crystal structure of VEGFR-3 extracellular domains D4-5 提交 2013-06-10	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 330–553（224 aa）片段：EXTRACELLULAR DOMAINS 4 AND 5 (D4-5), RESIDUES 330-553	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8；298 K；VAPOUR DIFFUSION, SITTING DROP, TEMPERATURE 298 K, PHOSPHATE BUFFER 0.1 M, PH 7.5 - 8.5, PEG 400 25%.	分辨率 2.50 Å R-free 0.253
4BSJ Crystal structure of VEGFR-3 extracellular domains D4-5 提交 2013-06-10	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 330–553（224 aa）片段：EXTRACELLULAR DOMAINS 4 AND 5 (D4-5), RESIDUES 330-553	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8；298 K；VAPOUR DIFFUSION, SITTING DROP, TEMPERATURE 298 K, PHOSPHATE BUFFER 0.1 M, PH 7.5 - 8.5, PEG 400 25%.	分辨率 2.50 Å R-free 0.253

共 1 个其他 PDB 条目、2 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	VGFR3_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–207； UniProt 23–229

VASCULAR ENDOTHELIAL GROWTH FACTOR C

HOMO SAPIENS

UniProt P49767

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	其他组合异源复合物蛋白 × 4 其他聚合物 2 PDB 声明：tetrameric（4）与蛋白拷贝数一致	链 C； UniProt 103–215	片段：VEGF HOMOLOGY DOMAIN, RESIDUES 103-215 突变：YES	VASCULAR ENDOTHELIAL GROWTH FACTOR RECEPTOR 3 × 2 （P35916） 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 2 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 8	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 9；SITTING DROPS AT ROOM TEMPERATURE OVER A RESERVOIR SOLUTION OF 0.1 M BIS-TRIS BUFFER AT PH 8.5-9.5 AND 1.0-1.5 M AMMONIUM SULPHATE.	分辨率 4.20 Å R-free 0.372

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 4BSK	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
2X1W Crystal Structure of VEGF-C in Complex with Domains 2 and 3 of VEGFR2 提交 2010-01-08	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 112–215（104 aa）片段：VEGF HOMOLOGY DOMAIN, RESIDUES 112-215 链 B 112–215（104 aa）片段：VEGF HOMOLOGY DOMAIN, RESIDUES 112-215	突变：YES 突变：YES	CS CESIUM ION × 1 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 5.2；100 MM MES BUFFER, PH 5.0-5.6, 50 MM CSCL AND 28-32 % (W/V) JEFFAMINE 600.	分辨率 2.70 Å R-free 0.280
2X1W Crystal Structure of VEGF-C in Complex with Domains 2 and 3 of VEGFR2 提交 2010-01-08	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 其他组合异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 C 112–215（104 aa）片段：VEGF HOMOLOGY DOMAIN, RESIDUES 112-215 链 D 112–215（104 aa）片段：VEGF HOMOLOGY DOMAIN, RESIDUES 112-215	突变：YES 突变：YES	CS CESIUM ION × 1 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 5	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 5.2；100 MM MES BUFFER, PH 5.0-5.6, 50 MM CSCL AND 28-32 % (W/V) JEFFAMINE 600.	分辨率 2.70 Å R-free 0.280
2X1X CRYSTAL STRUCTURE OF VEGF-C IN COMPLEX WITH DOMAINS 2 AND 3 OF VEGFR2 IN A TETRAGONAL CRYSTAL FORM 提交 2010-01-08	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 E 112–215（104 aa）片段：VEGF HOMOLOGY DOMAIN, RESIDUES 112-215	突变：YES	HG MERCURY (II) ION × 2 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 4.6；100 MM NA-ACETATE BUFFER, PH 4.4-4.8, 50 MM CSCL, 28-32 % (W/V) JEFFAMINE 600	分辨率 3.10 Å R-free 0.334

共 2 个其他 PDB 条目、3 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	VEGFC_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 C； PDB构建体 3–115； UniProt 103–215

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	4bsk
沉积日期 deposition_date	2013-06-10
结构标题 title	Crystal structure of VEGF-C in complex with VEGFR-3 domains D1-2
关键词 keywords	;TRANSFERASE-HORMONE COMPLEX, TRANSFERASE, LYMPHANGIOGENESIS, ANGIOGENESIS, IG DOMAIN, GLYCOPROTEIN, RECEPTOR TYROSINE KINASE, DIMERIZATION ;; TRANSFERASE/HORMONE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	29.98 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	31.15 Å
零角强度 I(0) i0	13901300.00
分子量 molecular_weight	26685.0 kDa
排除体积 excluded_volume	32622 Å³
包络体积 envelope_volume	49601 Å³
水化壳体积 shell_volume	17076 Å³
包络直径 envelope_diameter	119.4 Å
壳层 Rg shell_rg	30.05 Å
包络 Rg envelope_rg	31.15 Å
形状 Rg shape_rg	31.20 Å
总 Rg total_rg	30.88 Å
总原子数 total_atoms	1876
残基数 n_residues	270
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	114.1 Å
Rg (实空间) rg_real	30.74 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	1.65 Å
I(0) (实空间) i0_real	1.3900e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	2.4960e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal	30.41 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	13900000.0000
解质量估计 total_estimate	0.6950
解质量评级 solution_quality	REASONABLE a REASONABLE solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	21.5 Å
偏度 Skewness skewness	0.770
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.004
角度范围 angular_range	— – 0.2650 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	1095000.0000
实空间数据点数 n_real_points	54
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.345; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.092; Smooth: 0.904

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	VASCULAR ENDOTHELIAL GROWTH FACTOR RECEPTOR 3
分子量 formula_weight	23856.6 kDa
EC 编号 ec_number	2.7.10.1
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	1876

SGYSMTPPTLNITEESHVIDTGDSLSISCRGQHPLEWAWPGAQEAPATGDKDSEDTGVVRDCEGTDARPYCKVLLLHEVHANDTGSYVCYYKYIKARIEGTTAASSYVFVRDFEQPFINKPDTLLVNRKDAMWVPCLVSIPGLNVTLRSQSSVLWPDGQEVVWDDRRGMLVSTPLLHDALYLQCETTWGDQDFLSNPFLVHITGNELADPIEGR

来源 Source

来源生物 organism	HOMO SAPIENS
通用名 common_name	HUMAN
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	SPODOPTERA FRUGIPERDA

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	VASCULAR ENDOTHELIAL GROWTH FACTOR C
分子量 formula_weight	13594.5 kDa
突变 mutation	YES
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	C

DPTEETIKFAAAHYNTEILKSIDNEWRKTQCMPREVAIDVGKEFGVATNTFFKPPCVSVYRCGGCCNSEGLQCMNTSTSYLSKTLFEITVPLSQGPKPVTISFANHTSCRCMSKLHHHHHH

来源 Source

来源生物 organism	HOMO SAPIENS
通用名 common_name	HUMAN
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	SPODOPTERA FRUGIPERDA

实体 3 Entity 3 branched

描述 description	2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
分子量 formula_weight	424.4 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

实体 4 Entity 4 non-polymer

描述 description	2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
分子量 formula_weight	221.2 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	4

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8. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	166.660 Å
晶胞边长 b length_b	166.660 Å
晶胞边长 c length_c	166.660 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	24

空间群 space_group	I 2 3
空间群编号 int_tables_number	197
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	4.201 Å
最低分辨率 resolution_low	19.920 Å
R 因子 r_factor	0.3380
R_work r_work	0.3341
R_free r_free	0.3718

fit	/app/data/saxs_computation/bs/4bsk/4bsk.fit
pddf	/app/data/pr_computation/bs/4bsk/4bsk.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/bs/4bsk/4bsk.dat

Crystal structure of VEGF-C in complex with VEGFR-3 domains D1-2

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

VASCULAR ENDOTHELIAL GROWTH FACTOR RECEPTOR 3

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

VASCULAR ENDOTHELIAL GROWTH FACTOR C

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 branched

实体 4 Entity 4 non-polymer

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)