SAXSdb — 4buj

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

ANTIVIRAL HELICASE SKI2

SACCHAROMYCES CEREVISIAE

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 4	SUPERKILLER PROTEIN 3 × 1 （P17883） ANTIVIRAL PROTEIN SKI8 × 2 （Q02793） SULFATE ION × 11	与蛋白数一致
2	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 4	SUPERKILLER PROTEIN 3 × 1 （P17883） ANTIVIRAL PROTEIN SKI8 × 2 （Q02793） SULFATE ION × 9	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	SKI2_YEAST
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 5–212； UniProt 1–208 作者链 A； PDB构建体 305–838； UniProt 301–834 作者链 A； PDB构建体 843–1044； UniProt 1086–1287 作者链 E； PDB构建体 5–212； UniProt 1–208 作者链 E； PDB构建体 305–838； UniProt 301–834 作者链 E； PDB构建体 843–1044； UniProt 1086–1287

SUPERKILLER PROTEIN 3

SACCHAROMYCES CEREVISIAE

UniProt P17883

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 4	ANTIVIRAL HELICASE SKI2 × 1 （P35207） ANTIVIRAL PROTEIN SKI8 × 2 （Q02793） SULFATE ION × 11	与蛋白数一致
2	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 4	ANTIVIRAL HELICASE SKI2 × 1 （P35207） ANTIVIRAL PROTEIN SKI8 × 2 （Q02793） SULFATE ION × 9	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	SKI3_YEAST
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 B； PDB构建体 5–1436； UniProt 1–1432 作者链 F； PDB构建体 5–1436； UniProt 1–1432

ANTIVIRAL PROTEIN SKI8

SACCHAROMYCES CEREVISIAE

UniProt Q02793

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 4	ANTIVIRAL HELICASE SKI2 × 1 （P35207） SUPERKILLER PROTEIN 3 × 1 （P17883） SULFATE ION × 11	与蛋白数一致
2	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 4	ANTIVIRAL HELICASE SKI2 × 1 （P35207） SUPERKILLER PROTEIN 3 × 1 （P17883） SULFATE ION × 9	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	SKI8_YEAST
Isoform	—
PDB实体	3
链与序列区间	作者链 C； PDB构建体 1–397； UniProt 1–397 作者链 D； PDB构建体 1–397； UniProt 1–397 作者链 G； PDB构建体 1–397； UniProt 1–397 作者链 H； PDB构建体 1–397； UniProt 1–397

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	4buj
沉积日期 deposition_date	2013-06-20
结构标题 title	Crystal structure of the S. cerevisiae Ski2-3-8 complex
关键词 keywords	HYDROLASE, DEXH BOX HELICASE, RNA DEGRADATION, TPR, PROTEIN COMPLEX; HYDROLASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

4buj__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

4buj__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

4buj__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	54.49 Å
Rg（电子密度）	54.64 Å
总 Rg	54.21 Å
原子数	22197
残基数	3043
排除体积	391090 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`4buj__assembly_1__model_1`	tetrameric （4）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
2	1	`4buj__assembly_2__model_1`	tetrameric （4）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	ANTIVIRAL HELICASE SKI2
分子量 formula_weight	115317.4 kDa
EC 编号 ec_number	3.6.4.13
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,E
原子数 atom_count	43019

GPDSMSEGFSSSSIQELYQSLKEITNNADVELFEDRITKLDFESTDEPKHANDIIKDRFLRPSNALPWSLLDMVQDVPHTSSPEDCSGKLDYKELLKVPDPINRTSYQFKRTGLEGKISGYKEEVDLKEVANANASNSLSITRSINHNQNSVRGSTAQLPFTPGGIPMKSVKTDSEQNGSSTMANATKLLHKDGQGLFDIPEGMNRGIKPMDXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXEWAHVVDLNHKIENFDELIPNPARSWPFELDTFQKEAVYHLEQGDSVFVAAHTSAGKTVVAEYAIAMAHRNMTKTIYTSPIKALSNQKFRDFKETFDDVNIGLITGDVQINPDANCLIMTTEILRSMLYRGADLIRDVEFVIFDEVHYVNDQDRGVVWEEVIIMLPQHVKFILLSATVPNTYEFANWIGRTKQKNIYVISTPKRPVPLEINIWAKKELIPVINQNSEFLEANFRKHKEILNGESAKGAPSKTDNGRGGSTARGGRGGSNTRDGRGGRGNSTRGGANRGGSRGAGAIGSNKRKFFTQDGPSKKTWPEIVNYLRKRELLPMVVFVFSKKRCEEYADWLEGINFCNNKEKSQIHMFIEKSITRLKKEDRDLPQILKTRSLLERGIAVHHGGLLPIVKELIEILFSKGFIKVLFATETFAMGLNLPTRTVIFSSIRKHDGNGLRELTPGEFTQMAGRAGRRGLDSTGTVIVMAYNSPLSIATFKEVTMGVPTRLQSQFRLTYNMILNLLRIEALRVEEMIKYSFSENAGSRGLSLLPDYEKRLAVLKDTEFIDQNHNVLLKGRVACEINSGYELVLTELILDNFLGSFEPEEIVALLSVFVYEGKTREEEPPIVTPRLAKGKQRIEEIYKKMLCVFNTHQIPLTQDEAEFLDRKRFAMMNVVYEWARGLSFKEIMEMSPEAEGTVVRVITWLDEICREVKTASIIIGNSTLHMKMSRAQELIKRDIVFAASLYL

来源 Source

来源生物 organism	SACCHAROMYCES CEREVISIAE
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	559292
宿主生物 host_organism	TRICHOPLUSIA NI

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	SUPERKILLER PROTEIN 3
分子量 formula_weight	164278.5 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B,F

GPDSMSDIKQLLKEAKQELTNRDYEETIEISEKVLKLDPDNYFAHIFLGKALSSLPASNNVSSNRNLERATNHYVSAAKLVPDNLLAWKGLFLLFRTTEVVPDILSYDEYFDLCGQYADALLKQEQSQVELINDIKLLKKTHPDCQKAFYQHLKPGSLMAETIGRHLSTPQDALLNLIKILSNIETTEIGKTLSQNRLKLKASDPDYQIKLNSFSWEIIKNSEIDQLYNQLVNILADDQKRSEIENQWLEYRIKVLKSMPLDVKKDFFTKVKEMVEDMVLVNHQSLLAWQKYFEWTDYEDLDNMDAPLIIKYFKKFPKDPLAMILYSWLSSKLSKYDIKSLESANKPPEGHKKTEKETDIKDVDETNEDEVKDRVEDEVKDRVEDEVKDQDEEAKEDEEEDLDDIEIGLLEEEVVTVLTENIVKCKNNILAHRILCQYYLLTKEYEAALPYIKNGISLIAYNIKDLGVHLPLTKREFSLDLATVYTYVDAPKDHNAALKLYDNILSGDFSNIQAKMGKGIIFIERKNWKDAMTLLTQVHEQSPNNLEVLSELSWSKAHMGYMDEALAGLDTVIKGIKGMDLRSIDFRALNLWRQAKVYIMKHASINDAKQENVKCAFKLLIQSIKILDTFAPGFSTLGDIYCHYYKDHLRAFKCYFKAFDLDAGDYTAAKYITETYASKPNWQAASSIASRLIKGEKAKAELRSNNWPFRVVGIAHLEKQEESDSIEWFQSALRVDPNDVESWVGLGQAYHACGRIEASIKVFDKAIQLRPSHTFAQYFKAISLCDVGEYLESLDILEKVCQEAATEESFQIGLVEVLMRCSLDLYSQGFLLKSVSIAKDTIERIKIIISELKCENQQVWIYLSQVLRLFIWIESKVDTLPVESLVSIFENSQFSGSEEIDSVDNIKIDTLLDSTTDDNVSIACKFLILASKYSVSDQKFTDIAGTVRASYWYNIGISELTAFITLKEPQYRDAAIFAFKKSIQLQSNTSETWIGLGIATMDINFRVSQHCFIKATALEPKATNTWFNLAMLGLKKKDTEFAQQVLNKLQSLAPQDSSPWLGMALILEEQGDIIGSSKLFAHSFILSNGRSKAAQFMYAKNVLENHINNGDDERDIETVEKLTTASIALEQFFKKSPDSQFALQCALLTLERLHHYENANELANRLIGILEKKFEKTQDERELFNFAIIKGQFARIHLGLGNFELSIENADLSQGIISESSDEKSMKTKISNHICLGLSYFFLNDFDQTLNQFQELLSISKDSKHLVVLIAKVLYDVGESDTKEIALQELTEYIATSGADLLVTLTIAAMSILDDKREDLSIILEELKALPLSKQIIDKHKDAPYLIEEITKRLYRNDTGKQVWQRSAYFFPNNLKVWERLDKNIQRRIASNGQNKVTAEEMSKLYCESKNLRSIQRGMFLCPWNVTAVKALNECF

来源 Source

来源生物 organism	SACCHAROMYCES CEREVISIAE
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	559292
宿主生物 host_organism	TRICHOPLUSIA NI

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	ANTIVIRAL PROTEIN SKI8
分子量 formula_weight	44283.5 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	4

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	C,D,G,H

MSKVFIATANAGKAHDADIFSVSACNSFTVSCSGDGYLKVWDNKLLDNENPKDKSYSHFVHKSGLHHVDVLQAIERDAFELCLVATTSFSGDLLFYRITREDETKKVIFEKLDLLDSDMKKHSFWALKWGASNDRLLSHRLVATDVKGTTYIWKFHPFADESNSLTLNWSPTLELQGTVESPMTPSQFATSVDISERGLIATGFNNGTVQISELSTLRPLYNFESQHSMINNSNSIRSVKFSPQGSLLAIAHDSNSFGCITLYETEFGERIGSLSVPTHSSQASLGEFAHSSWVMSLSFNDSGETLCSAGWDGKLRFWDVKTKERITTLNMHCDDIEIEEDILAVDEHGDSLAEPGVFDVKFLKKGWRSGMGADLNESLCCVCLDRSIRWFREAGGK

来源 Source

来源生物 organism	SACCHAROMYCES CEREVISIAE
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	559292
宿主生物 host_organism	TRICHOPLUSIA NI

实体 4 Entity 4 non-polymer

描述 description	SULFATE ION
分子量 formula_weight	96.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	20

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 10 domains

CATH v4.4 (10 domains)

结构域编号 domain_id	4bujA01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	300 — P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases

结构域编号 domain_id	4bujA02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	300 — P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases

结构域编号 domain_id	4bujA03
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	3380 — Sec63 N-terminal domain-like fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	30 —

结构域编号 domain_id	4bujC00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	130 — 7 Propeller
拓扑 Topology topology	10 — Methylamine Dehydrogenase; Chain H
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — YVTN repeat-like/Quinoprotein amine dehydrogenase

结构域编号 domain_id	4bujD00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	130 — 7 Propeller
拓扑 Topology topology	10 — Methylamine Dehydrogenase; Chain H
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — YVTN repeat-like/Quinoprotein amine dehydrogenase

结构域编号 domain_id	4bujE01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	300 — P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases

结构域编号 domain_id	4bujE02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	300 — P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases

结构域编号 domain_id	4bujE03
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	3380 — Sec63 N-terminal domain-like fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	30 —

结构域编号 domain_id	4bujG00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	130 — 7 Propeller
拓扑 Topology topology	10 — Methylamine Dehydrogenase; Chain H
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — YVTN repeat-like/Quinoprotein amine dehydrogenase

结构域编号 domain_id	4bujH00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	130 — 7 Propeller
拓扑 Topology topology	10 — Methylamine Dehydrogenase; Chain H
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — YVTN repeat-like/Quinoprotein amine dehydrogenase

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晶胞边长 a length_a	183.375 Å
晶胞边长 b length_b	200.415 Å
晶胞边长 c length_c	340.179 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	16

空间群 space_group	P 21 21 21
空间群编号 int_tables_number	19
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	3.700 Å
最低分辨率 resolution_low	96.124 Å
R 因子 r_factor	0.2325
R_work r_work	0.2308
R_free r_free	0.2649

Crystal structure of the S. cerevisiae Ski2-3-8 complex

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

ANTIVIRAL HELICASE SKI2

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SUPERKILLER PROTEIN 3

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

ANTIVIRAL PROTEIN SKI8

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

4buj__assembly_1__model_1

4buj__assembly_1__model_1 | I(q)

4buj__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 4 Entity 4 non-polymer

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 10 domains

CATH v4.4 (10 domains)

7. 引用文献 (1)

Crystal structure of the S. cerevisiae Ski2-3-8 complex

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

ANTIVIRAL HELICASE SKI2

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

SUPERKILLER PROTEIN 3

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

ANTIVIRAL PROTEIN SKI8

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

4buj__assembly_1__model_1

4buj__assembly_1__model_1 | I(q)

4buj__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 4 Entity 4 non-polymer

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 10 domains

CATH v4.4 (10 domains)

7. 引用文献 (1)