4by9

The structure of the Box CD enzyme reveals regulation of rRNA methylation

Method: SOLUTION NMR

▼

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

NOP5/NOP56 RELATED PROTEIN

PYROCOCCUS FURIOSUS

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白–RNA	异源复合物	蛋白 12 RNA 6	SSR26 × 2 50S RIBOSOMAL PROTEIN L7AE × 4 （Q8U160） ;FIBRILLARIN-LIKE RRNA/TRNA 2'-O-METHYLTRANSFERASE ; × 4 （Q8U4M2） 5'-R(UPCPGPCPCPCPAPUPCPAP*CP)-3' × 4	与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	Q8U4M1_PYRFU
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 C； PDB构建体 1–366； UniProt 4–369 作者链 F； PDB构建体 1–366； UniProt 4–369 作者链 I； PDB构建体 1–366； UniProt 4–369 作者链 L； PDB构建体 1–366； UniProt 4–369

50S RIBOSOMAL PROTEIN L7AE

PYROCOCCUS FURIOSUS

UniProt Q8U160

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白–RNA	异源复合物	蛋白 12 RNA 6	SSR26 × 2 NOP5/NOP56 RELATED PROTEIN × 4 （Q8U4M1） ;FIBRILLARIN-LIKE RRNA/TRNA 2'-O-METHYLTRANSFERASE ; × 4 （Q8U4M2） 5'-R(UPCPGPCPCPCPAPUPCPAP*CP)-3' × 4	与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	RL7A_PYRFU
Isoform	—
PDB实体	3
链与序列区间	作者链 D； PDB构建体 1–121； UniProt 3–123 作者链 G； PDB构建体 1–121； UniProt 3–123 作者链 J； PDB构建体 1–121； UniProt 3–123 作者链 M； PDB构建体 1–121； UniProt 3–123

;FIBRILLARIN-LIKE RRNA/TRNA 2'-O-METHYLTRANSFERASE ;

PYROCOCCUS FURIOSUS

UniProt Q8U4M2

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白–RNA	异源复合物	蛋白 12 RNA 6	SSR26 × 2 NOP5/NOP56 RELATED PROTEIN × 4 （Q8U4M1） 50S RIBOSOMAL PROTEIN L7AE × 4 （Q8U160） 5'-R(UPCPGPCPCPCPAPUPCPAP*CP)-3' × 4	与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	FLPA_PYRFU
Isoform	—
PDB实体	4
链与序列区间	作者链 E； PDB构建体 1–227； UniProt 1–227 作者链 H； PDB构建体 1–227； UniProt 1–227 作者链 K； PDB构建体 1–227； UniProt 1–227 作者链 N； PDB构建体 1–227； UniProt 1–227

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

▼

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	4by9
沉积日期 deposition_date	2013-07-18
结构标题 title	The structure of the Box CD enzyme reveals regulation of rRNA methylation
关键词 keywords	TRANSFERASE-RNA COMPLEX, RRNA MODIFICATION; TRANSFERASE/RNA
实验方法 method	SOLUTION NMR

▼

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

4by9__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

4by9__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

4by9__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	60.16 Å
Rg（电子密度）	61.99 Å
总 Rg	61.69 Å
原子数	52476
残基数	3044
排除体积	468800 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`4by9__assembly_1__model_1`	octadecameric （18）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

▶

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

▶

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	SSR26
分子量 formula_weight	23525.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polyribonucleotide
链编号 strand_id	A,B
原子数 atom_count	52476

GCGAGCAAUGAUGAGUGAUGGGCGAACUGAGCUCGAAAGAGCAAUGAUGAGUGAUGGGCGAACUGAGCUCGC

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	NOP5/NOP56 RELATED PROTEIN
分子量 formula_weight	42302.5 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	4

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	C,F,I,L

FISENVRGIYAFDENGNLIEKRYFTDKPEKVLDQLLKGEITKDLEELLNSLKEKGYDEFVFEHPELSRRAKELGFSATTEFPNIAGERLRSNPEEFLGENWFEEYYKVGVALTRMRIQEQSGARDKMVIQAIEALDDVDKVINLLVARLREWYSLHFPELDELLPKHPQYVAFVKTVGHRDNINEEVLRELGLSEEKIKKILEAKEKTMGAWMDQTDIEVVRQLAEEIDRLYQLRKKLEDYIDRAMDDVAPNLKALVGAKLAARLISLAGGLRELAMMPSSTIQVLGAEKALFRHLRTGAKPPKHGVIYQYPAINRSPWWQRGKIARALAGKLAIAARVDYFSGEYIAEELKKELEARIREIKEKY

来源 Source

来源生物 organism	PYROCOCCUS FURIOSUS
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	2261
宿主生物 host_organism	ESCHERICHIA COLI

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	50S RIBOSOMAL PROTEIN L7AE
分子量 formula_weight	13212.4 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	4

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	D,G,J,M

KPSYVKFEVPKELAEKALQAVEIARDTGKIRKGTNETTKAVERGQAKLVIIAEDVDPEEIVAHLPPLCEEKEIPYIYVPSKKELGAAAGIEVAAASVAIIEPGKARDLVEEIAMKVKELMK

来源 Source

来源生物 organism	PYROCOCCUS FURIOSUS
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	2261
宿主生物 host_organism	ESCHERICHIA COLI

实体 4 Entity 4 polymer

描述 description	;FIBRILLARIN-LIKE RRNA/TRNA 2'-O-METHYLTRANSFERASE ;
分子量 formula_weight	25800.8 kDa
EC 编号 ec_number	2.1.1.-
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	4

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	E,H,K,N

MVEVKKHKFPGVYVVIDDDGSEKIATKNLVPGQRVYGERVIKWEGEEYRIWNPHRSKLGAAIVNGLKNFPIKPGKSVLYLGIASGTTASHVSDIVGWEGKIYGIEFSPRVLRELVPIVEERRNIIPILGDATKPEEYRALVTKVDVIFEDVAQPTQAKILIDNAKAYLKRGGYGMIAVKSRSIDVTKEPEQVFKEVERELSEYFEVIERLNLEPYEKDHALFVVRKP

来源 Source

来源生物 organism	PYROCOCCUS FURIOSUS
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	2261
宿主生物 host_organism	ESCHERICHIA COLI

实体 5 Entity 5 polymer

描述 description	5'-R(UPCPGPCPCPCPAPUPCPAP*CP)-3'
分子量 formula_weight	3402.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	4

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polyribonucleotide
链编号 strand_id	W,X,Y,Z

UCGCCCAUCAC

▼

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 24 domains

CATH v4.4 (24 domains)

结构域编号 domain_id	4by9C01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	420 — Nucleotidyltransferase; domain 5
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	220 —

结构域编号 domain_id	4by9C02
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	287 — Helix Hairpins
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	4070 —

结构域编号 domain_id	4by9C03
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	246 — Serum Albumin; Chain A, Domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	90 — Nop domain

结构域编号 domain_id	4by9D00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	1330 — 60s Ribosomal Protein L30; Chain: A;
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	30 — Ribosomal protein L30/S12

结构域编号 domain_id	4by9E01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	200 — Phosphorylase Kinase; domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	20 — Phosphorylase Kinase; domain 1

结构域编号 domain_id	4by9E02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	150 — Vaccinia Virus protein VP39

结构域编号 domain_id	4by9F01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	420 — Nucleotidyltransferase; domain 5
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	220 —

结构域编号 domain_id	4by9F02
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	287 — Helix Hairpins
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	4070 —

结构域编号 domain_id	4by9F03
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	246 — Serum Albumin; Chain A, Domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	90 — Nop domain

结构域编号 domain_id	4by9G00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	1330 — 60s Ribosomal Protein L30; Chain: A;
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	30 — Ribosomal protein L30/S12

结构域编号 domain_id	4by9H01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	200 — Phosphorylase Kinase; domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	20 — Phosphorylase Kinase; domain 1

结构域编号 domain_id	4by9H02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	150 — Vaccinia Virus protein VP39

结构域编号 domain_id	4by9I01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	420 — Nucleotidyltransferase; domain 5
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	220 —

结构域编号 domain_id	4by9I02
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	287 — Helix Hairpins
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	4070 —

结构域编号 domain_id	4by9I03
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	246 — Serum Albumin; Chain A, Domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	90 — Nop domain

结构域编号 domain_id	4by9J00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	1330 — 60s Ribosomal Protein L30; Chain: A;
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	30 — Ribosomal protein L30/S12

结构域编号 domain_id	4by9K01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	200 — Phosphorylase Kinase; domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	20 — Phosphorylase Kinase; domain 1

结构域编号 domain_id	4by9K02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	150 — Vaccinia Virus protein VP39

结构域编号 domain_id	4by9L01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	420 — Nucleotidyltransferase; domain 5
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	220 —

结构域编号 domain_id	4by9L02
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	287 — Helix Hairpins
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	4070 —

结构域编号 domain_id	4by9L03
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	246 — Serum Albumin; Chain A, Domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	90 — Nop domain

结构域编号 domain_id	4by9M00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	1330 — 60s Ribosomal Protein L30; Chain: A;
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	30 — Ribosomal protein L30/S12

结构域编号 domain_id	4by9N01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	200 — Phosphorylase Kinase; domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	20 — Phosphorylase Kinase; domain 1

结构域编号 domain_id	4by9N02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	150 — Vaccinia Virus protein VP39

▶

晶胞边长 a length_a	1.000 Å
晶胞边长 b length_b	1.000 Å
晶胞边长 c length_c	1.000 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	1

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	—

The structure of the Box CD enzyme reveals regulation of rRNA methylation

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

NOP5/NOP56 RELATED PROTEIN

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

50S RIBOSOMAL PROTEIN L7AE

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

;FIBRILLARIN-LIKE RRNA/TRNA 2'-O-METHYLTRANSFERASE ;

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

4by9__assembly_1__model_1

4by9__assembly_1__model_1 | I(q)

4by9__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 4 Entity 4 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 5 Entity 5 polymer

聚合物 Polymer

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 24 domains

CATH v4.4 (24 domains)

7. 引用文献 (1)

The structure of the Box CD enzyme reveals regulation of rRNA methylation

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

NOP5/NOP56 RELATED PROTEIN

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

50S RIBOSOMAL PROTEIN L7AE

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

;FIBRILLARIN-LIKE RRNA/TRNA 2'-O-METHYLTRANSFERASE ;

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

4by9__assembly_1__model_1

4by9__assembly_1__model_1 | I(q)

4by9__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 4 Entity 4 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 5 Entity 5 polymer

聚合物 Polymer

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 24 domains

CATH v4.4 (24 domains)

7. 引用文献 (1)