4c0a

Arf1(Delta1-17)in complex with BRAG2 Sec7-PH domain

Method: X-RAY DIFFRACTION

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

IQ MOTIF AND SEC7 DOMAIN-CONTAINING PROTEIN 1

HOMO SAPIENS

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 2	ADP-RIBOSYLATION FACTOR 1 × 1 （P84080） GUANOSINE-3'-MONOPHOSPHATE-5'-DIPHOSPHATE × 1	与蛋白数一致
2	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 2	ADP-RIBOSYLATION FACTOR 1 × 1 （P84080） GUANOSINE-3'-MONOPHOSPHATE-5'-DIPHOSPHATE × 1	与蛋白数一致
3	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 2	ADP-RIBOSYLATION FACTOR 1 × 1 （P84080） GUANOSINE-3'-MONOPHOSPHATE-5'-DIPHOSPHATE × 1	与蛋白数一致
4	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 2	ADP-RIBOSYLATION FACTOR 1 × 1 （P84080） GUANOSINE-3'-MONOPHOSPHATE-5'-DIPHOSPHATE × 1	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	IQEC1_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 10–383； UniProt 390–763 作者链 B； PDB构建体 10–383； UniProt 390–763 作者链 E； PDB构建体 10–383； UniProt 390–763 作者链 F； PDB构建体 10–383； UniProt 390–763

ADP-RIBOSYLATION FACTOR 1

BOS TAURUS

UniProt P84080

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 2	IQ MOTIF AND SEC7 DOMAIN-CONTAINING PROTEIN 1 × 1 （Q6DN90） GUANOSINE-3'-MONOPHOSPHATE-5'-DIPHOSPHATE × 1	与蛋白数一致
2	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 2	IQ MOTIF AND SEC7 DOMAIN-CONTAINING PROTEIN 1 × 1 （Q6DN90） GUANOSINE-3'-MONOPHOSPHATE-5'-DIPHOSPHATE × 1	与蛋白数一致
3	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 2	IQ MOTIF AND SEC7 DOMAIN-CONTAINING PROTEIN 1 × 1 （Q6DN90） GUANOSINE-3'-MONOPHOSPHATE-5'-DIPHOSPHATE × 1	与蛋白数一致
4	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 2	IQ MOTIF AND SEC7 DOMAIN-CONTAINING PROTEIN 1 × 1 （Q6DN90） GUANOSINE-3'-MONOPHOSPHATE-5'-DIPHOSPHATE × 1	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	ARF1_BOVIN
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 C； PDB构建体 1–164； UniProt 18–181 作者链 D； PDB构建体 1–164； UniProt 18–181 作者链 G； PDB构建体 1–164； UniProt 18–181 作者链 H； PDB构建体 1–164； UniProt 18–181

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	4c0a
沉积日期 deposition_date	2013-08-01
结构标题 title	Arf1(Delta1-17)in complex with BRAG2 Sec7-PH domain
关键词 keywords	PROTEIN TRANSPORT, ENDOCYTOSIS; PROTEIN TRANSPORT
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

4c0a__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

4c0a__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

4c0a__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	27.65 Å
Rg（电子密度）	26.80 Å
总 Rg	27.44 Å
原子数	4267
残基数	519
排除体积	76127 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`4c0a__assembly_1__model_1`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
2	1	`4c0a__assembly_2__model_1`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
3	1	`4c0a__assembly_3__model_1`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
4	1	`4c0a__assembly_4__model_1`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	IQ MOTIF AND SEC7 DOMAIN-CONTAINING PROTEIN 1
分子量 formula_weight	44409.5 kDa
突变 mutation	YES
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	4

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B,E,F
原子数 atom_count	16930

GAMGSGIPMSWDSPAFSNDVIRKRHYRIGLNLFNKKPEKGVQYLIERGFVPDTPVGVAHFLLQRKGLSRQMIGEFLGNRQKQFNRDVLDCVVDEMDFSTMELDEALRKFQAHIRVQGKAQKVERLIEAFSQRYCICNPGVVRQFRNPDTIFILAFAIILLNTDMYSPNVKPERKMKLEDFIKNLRGVDDGEDIPREMLMGIYERIRKRELKTNEDHVSQVQKVEKLIVGKKPIGSLHPGLGCVLSLPHRRLVCYCRLFEVPDPNKPQKLGLHQREIFLFNDLLVVTKIFQKKKNSVTYSFRQSFSLYGMQVLLFENQYYPNGIRLTSSVPGADIKVLINFNAPNPQDRKKFTDDLRESIAEVQEMEKHRIESELEKQKGVVRP

来源 Source

来源生物 organism	HOMO SAPIENS
通用名 common_name	HUMAN
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	ESCHERICHIA COLI

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	ADP-RIBOSYLATION FACTOR 1
分子量 formula_weight	18822.5 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	4

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	C,D,G,H

MRILMVGLDAAGKTTILYKLKLGEIVTTIPTIGFNVETVEYKNISFTVWDVGGQDKIRPLWRHYFQNTQGLIFVVDSNDRERVNEAREELMRMLAEDELRDAVLLVFANKQDLPNAMNAAEITDKLGLHSLRHRNWYIQATCATSGDGLYEGLDWLSNQLRNQK

来源 Source

来源生物 organism	BOS TAURUS
通用名 common_name	BOVINE
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9913
宿主生物 host_organism	ESCHERICHIA COLI

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	GUANOSINE-3'-MONOPHOSPHATE-5'-DIPHOSPHATE
分子量 formula_weight	523.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	4

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 16 domains

CATH v4.4 (16 domains)

结构域编号 domain_id	4c0aA01
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	220 — Annexin V; domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	20 —

结构域编号 domain_id	4c0aA02
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	1000 — Arf Nucleotide-binding Site Opener; domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	11 — Arf Nucleotide-binding Site Opener,domain 2

结构域编号 domain_id	4c0aA03
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	30 — Roll
拓扑 Topology topology	29 — PH-domain like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	30 — Pleckstrin-homology domain (PH domain)/Phosphotyrosine-binding domain (PTB)

结构域编号 domain_id	4c0aB01
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	220 — Annexin V; domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	20 —

结构域编号 domain_id	4c0aB02
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	1000 — Arf Nucleotide-binding Site Opener; domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	11 — Arf Nucleotide-binding Site Opener,domain 2

结构域编号 domain_id	4c0aB03
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	30 — Roll
拓扑 Topology topology	29 — PH-domain like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	30 — Pleckstrin-homology domain (PH domain)/Phosphotyrosine-binding domain (PTB)

结构域编号 domain_id	4c0aC00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	300 — P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases

结构域编号 domain_id	4c0aD00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	300 — P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases

结构域编号 domain_id	4c0aE01
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	220 — Annexin V; domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	20 —

结构域编号 domain_id	4c0aE02
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	1000 — Arf Nucleotide-binding Site Opener; domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	11 — Arf Nucleotide-binding Site Opener,domain 2

结构域编号 domain_id	4c0aE03
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	30 — Roll
拓扑 Topology topology	29 — PH-domain like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	30 — Pleckstrin-homology domain (PH domain)/Phosphotyrosine-binding domain (PTB)

结构域编号 domain_id	4c0aF01
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	220 — Annexin V; domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	20 —

结构域编号 domain_id	4c0aF02
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	1000 — Arf Nucleotide-binding Site Opener; domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	11 — Arf Nucleotide-binding Site Opener,domain 2

结构域编号 domain_id	4c0aF03
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	30 — Roll
拓扑 Topology topology	29 — PH-domain like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	30 — Pleckstrin-homology domain (PH domain)/Phosphotyrosine-binding domain (PTB)

结构域编号 domain_id	4c0aG00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	300 — P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases

结构域编号 domain_id	4c0aH00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	300 — P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases

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晶胞边长 a length_a	90.980 Å
晶胞边长 b length_b	65.780 Å
晶胞边长 c length_c	196.860 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	96.13 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	8

空间群 space_group	P 1 2 1
空间群编号 int_tables_number	3
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	3.300 Å
最低分辨率 resolution_low	42.840 Å
R 因子 r_factor	0.2013
R_work r_work	0.1988
R_free r_free	0.2483

Arf1(Delta1-17)in complex with BRAG2 Sec7-PH domain

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

IQ MOTIF AND SEC7 DOMAIN-CONTAINING PROTEIN 1

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

ADP-RIBOSYLATION FACTOR 1

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

4c0a__assembly_1__model_1

4c0a__assembly_1__model_1 | I(q)

4c0a__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 non-polymer

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 16 domains

CATH v4.4 (16 domains)

7. 引用文献 (1)

Arf1(Delta1-17)in complex with BRAG2 Sec7-PH domain

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

IQ MOTIF AND SEC7 DOMAIN-CONTAINING PROTEIN 1

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

ADP-RIBOSYLATION FACTOR 1

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

4c0a__assembly_1__model_1

4c0a__assembly_1__model_1 | I(q)

4c0a__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 non-polymer

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 16 domains

CATH v4.4 (16 domains)

7. 引用文献 (1)