4c8v

Xenopus RSPO2 Fu1-Fu2 crystal form I

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 133.1 Å Quality: REASONABLE

▼

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

R-SPONDIN-2

XENOPUS (SILURANA) TROPICALIS

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白单体单体蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 35–144	片段：FU1-FU2, RESIDUES 35-144	无其他共同聚合物	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取环境条件	分辨率 2.20 Å R-free 0.270
2	蛋白单体单体蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1）与蛋白拷贝数一致	链 B； UniProt 35–144	片段：FU1-FU2, RESIDUES 35-144	无其他共同聚合物	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取环境条件	分辨率 2.20 Å R-free 0.270
3	蛋白单体单体蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1）与蛋白拷贝数一致	链 C； UniProt 35–144	片段：FU1-FU2, RESIDUES 35-144	无其他共同聚合物	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取环境条件	分辨率 2.20 Å R-free 0.270
4	蛋白单体单体蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1）与蛋白拷贝数一致	链 D； UniProt 35–144	片段：FU1-FU2, RESIDUES 35-144	无其他共同聚合物	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取环境条件	分辨率 2.20 Å R-free 0.270
5	蛋白单体单体蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1）与蛋白拷贝数一致	链 E； UniProt 35–144	片段：FU1-FU2, RESIDUES 35-144	无其他共同聚合物	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取环境条件	分辨率 2.20 Å R-free 0.270
6	蛋白单体单体蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1）与蛋白拷贝数一致	链 F； UniProt 35–144	片段：FU1-FU2, RESIDUES 35-144	无其他共同聚合物	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取环境条件	分辨率 2.20 Å R-free 0.270
7	蛋白单体单体蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1）与蛋白拷贝数一致	链 G； UniProt 35–144	片段：FU1-FU2, RESIDUES 35-144	无其他共同聚合物	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取环境条件	分辨率 2.20 Å R-free 0.270
8	蛋白单体单体蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1）与蛋白拷贝数一致	链 H； UniProt 35–144	片段：FU1-FU2, RESIDUES 35-144	无其他共同聚合物	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取环境条件	分辨率 2.20 Å R-free 0.270

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 4C8V	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
4C8W Xenopus RSPO2 Fu1-Fu2 crystal form II 提交 2013-10-01	结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 I 35–144（110 aa）片段：FU1-FU2, RESIDUES 35-144	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 3.10 Å R-free 0.313
4C8W Xenopus RSPO2 Fu1-Fu2 crystal form II 提交 2013-10-01	结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 J 35–144（110 aa）片段：FU1-FU2, RESIDUES 35-144	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 3.10 Å R-free 0.313
4C9A Mouse ZNRF3 ectodomain in complex with Xenopus RSPO2 Fu1-Fu2 (Seleno Met) crystal form I 提交 2013-10-02	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 B 32–152（121 aa）片段：FU1-FU2, RESIDUES 32-152 链 D 35–144（110 aa）片段：FU1-FU2, RESIDUES 32-152	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 2.40 Å R-free 0.273
4C9E Mouse ZNRF3 ectodomain in complex with Xenopus RSPO2 Fu1-Fu2 (Seleno Met) crystal form II 提交 2013-10-02	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 B 35–144（110 aa）片段：FU1-FU2, RESIDUES 35-144 链 D 35–144（110 aa）片段：FU1-FU2, RESIDUES 35-144	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 3.00 Å R-free 0.334
4C9E Mouse ZNRF3 ectodomain in complex with Xenopus RSPO2 Fu1-Fu2 (Seleno Met) crystal form II 提交 2013-10-02	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 F 35–144（110 aa）片段：FU1-FU2, RESIDUES 35-144 链 H 35–144（110 aa）片段：FU1-FU2, RESIDUES 35-144	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 3.00 Å R-free 0.334
4C9R Xenopus ZNRF3 ectodomain in complex with Xenopus RSPO2 Fu1-Fu2 crystal form I 提交 2013-10-02	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 B 35–144（110 aa）片段：FU1-FU2, RESIDUES 35-144 链 D 35–144（110 aa）片段：FU1-FU2, RESIDUES 35-144	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 2.10 Å R-free 0.246
4C9U Xenopus ZNRF3 ectodomain in complex with Xenopus RSPO2 Fu1-Fu2 crystal form II 提交 2013-10-03	聚集状态不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 B 35–144（110 aa）片段：FU1-FU2, RESIDUES 35-144	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 3.00 Å R-free 0.310
4C9U Xenopus ZNRF3 ectodomain in complex with Xenopus RSPO2 Fu1-Fu2 crystal form II 提交 2013-10-03	聚集状态不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 D 35–144（110 aa）片段：FU1-FU2, RESIDUES 35-144	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 3.00 Å R-free 0.310
4C9V Xenopus RNF43 ectodomain in complex with Xenopus RSPO2 Fu1-Fu2 提交 2013-10-03	聚集状态不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 35–144（110 aa）片段：FU1-FU2, RESIDUES 35-144	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 2.70 Å R-free 0.395

共 6 个其他 PDB 条目、9 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	RSPO2_XENTR
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 4–113； UniProt 35–144 作者链 B； PDB构建体 4–113； UniProt 35–144 作者链 C； PDB构建体 4–113； UniProt 35–144 作者链 D； PDB构建体 4–113； UniProt 35–144 作者链 E； PDB构建体 4–113； UniProt 35–144 作者链 F； PDB构建体 4–113； UniProt 35–144 作者链 G； PDB构建体 4–113； UniProt 35–144 作者链 H； PDB构建体 4–113； UniProt 35–144

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

下载 Download SAXS (.dat) P(r) (.pr.out) CIF

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	4c8v
沉积日期 deposition_date	2013-10-01
结构标题 title	Xenopus RSPO2 Fu1-Fu2 crystal form I
关键词 keywords	SIGNALING PROTEIN, WNT, ZNRF3, RNF43, LGR4, LGR5, LGR6, RSPO, R-SPO, RSPO1, RSPO3, RSPO4, RECEPTOR, MEMBRANE, SIGNALLING; SIGNALING PROTEIN
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	42.26 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	42.16 Å
零角强度 I(0) i0	180380000.00
分子量 molecular_weight	98445.0 kDa
排除体积 excluded_volume	119000 Å³
包络体积 envelope_volume	214310 Å³
水化壳体积 shell_volume	45079 Å³
包络直径 envelope_diameter	143.5 Å
壳层 Rg shell_rg	44.57 Å
包络 Rg envelope_rg	40.52 Å
形状 Rg shape_rg	42.12 Å
总 Rg total_rg	42.45 Å
总原子数 total_atoms	6791
残基数 n_residues	871
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	133.1 Å
Rg (实空间) rg_real	42.23 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	1.30 Å
I(0) (实空间) i0_real	1.8040e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	3.3270e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	42.26 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	180400000.0000
解质量估计 total_estimate	0.6780
解质量评级 solution_quality	REASONABLE a REASONABLE solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	50.4 Å
偏度 Skewness skewness	0.221
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.411
角度范围 angular_range	— – 0.1850 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	5791000.0000
实空间数据点数 n_real_points	38
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.950; Stabil: 0.999; Sysdev: 0.083; Positv: 1.000; Valcen: 0.998; Smooth: 0.714

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (2)

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 20 domains

SCOP 2.08 (12 domains)

结构域编号 domain_id	d4c8va1
类 Class class	g — Small proteins
折叠类型 Fold fold	g.3 — Knottins (small inhibitors, toxins, lectins)
超家族 Superfamily superfamily	g.3.9 — Growth factor receptor domain
家族 Family family	g.3.9.0 — automated matches

结构域编号 domain_id	d4c8va2
类 Class class	l — Artifacts
折叠类型 Fold fold	l.1 — Tags
超家族 Superfamily superfamily	l.1.1 — Tags
家族 Family family	l.1.1.1 — Tags

结构域编号 domain_id	d4c8vb1
类 Class class	g — Small proteins
折叠类型 Fold fold	g.3 — Knottins (small inhibitors, toxins, lectins)
超家族 Superfamily superfamily	g.3.9 — Growth factor receptor domain
家族 Family family	g.3.9.0 — automated matches

结构域编号 domain_id	d4c8vb2
类 Class class	l — Artifacts
折叠类型 Fold fold	l.1 — Tags
超家族 Superfamily superfamily	l.1.1 — Tags
家族 Family family	l.1.1.1 — Tags

结构域编号 domain_id	d4c8vc1
类 Class class	g — Small proteins
折叠类型 Fold fold	g.3 — Knottins (small inhibitors, toxins, lectins)
超家族 Superfamily superfamily	g.3.9 — Growth factor receptor domain
家族 Family family	g.3.9.0 — automated matches

结构域编号 domain_id	d4c8vc2
类 Class class	l — Artifacts
折叠类型 Fold fold	l.1 — Tags
超家族 Superfamily superfamily	l.1.1 — Tags
家族 Family family	l.1.1.1 — Tags

结构域编号 domain_id	d4c8vd1
类 Class class	g — Small proteins
折叠类型 Fold fold	g.3 — Knottins (small inhibitors, toxins, lectins)
超家族 Superfamily superfamily	g.3.9 — Growth factor receptor domain
家族 Family family	g.3.9.0 — automated matches

结构域编号 domain_id	d4c8vd2
类 Class class	l — Artifacts
折叠类型 Fold fold	l.1 — Tags
超家族 Superfamily superfamily	l.1.1 — Tags
家族 Family family	l.1.1.1 — Tags

结构域编号 domain_id	d4c8ve_
类 Class class	g — Small proteins
折叠类型 Fold fold	g.3 — Knottins (small inhibitors, toxins, lectins)
超家族 Superfamily superfamily	g.3.9 — Growth factor receptor domain
家族 Family family	g.3.9.0 — automated matches

结构域编号 domain_id	d4c8vf_
类 Class class	g — Small proteins
折叠类型 Fold fold	g.3 — Knottins (small inhibitors, toxins, lectins)
超家族 Superfamily superfamily	g.3.9 — Growth factor receptor domain
家族 Family family	g.3.9.0 — automated matches

结构域编号 domain_id	d4c8vg_
类 Class class	g — Small proteins
折叠类型 Fold fold	g.3 — Knottins (small inhibitors, toxins, lectins)
超家族 Superfamily superfamily	g.3.9 — Growth factor receptor domain
家族 Family family	g.3.9.0 — automated matches

结构域编号 domain_id	d4c8vh_
类 Class class	g — Small proteins
折叠类型 Fold fold	g.3 — Knottins (small inhibitors, toxins, lectins)
超家族 Superfamily superfamily	g.3.9 — Growth factor receptor domain
家族 Family family	g.3.9.0 — automated matches

CATH v4.4 (8 domains)

结构域编号 domain_id	4c8vA00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	10 — Ribbon
拓扑 Topology topology	220 — Hormone Receptor, Insulin-like Growth Factor Receptor 1; Chain A domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Hormone Receptor, Insulin-like Growth Factor Receptor 1; Chain A, domain 2

结构域编号 domain_id	4c8vB00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	10 — Ribbon
拓扑 Topology topology	220 — Hormone Receptor, Insulin-like Growth Factor Receptor 1; Chain A domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Hormone Receptor, Insulin-like Growth Factor Receptor 1; Chain A, domain 2

结构域编号 domain_id	4c8vC00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	10 — Ribbon
拓扑 Topology topology	220 — Hormone Receptor, Insulin-like Growth Factor Receptor 1; Chain A domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Hormone Receptor, Insulin-like Growth Factor Receptor 1; Chain A, domain 2

结构域编号 domain_id	4c8vD00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	10 — Ribbon
拓扑 Topology topology	220 — Hormone Receptor, Insulin-like Growth Factor Receptor 1; Chain A domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Hormone Receptor, Insulin-like Growth Factor Receptor 1; Chain A, domain 2

结构域编号 domain_id	4c8vE00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	10 — Ribbon
拓扑 Topology topology	220 — Hormone Receptor, Insulin-like Growth Factor Receptor 1; Chain A domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Hormone Receptor, Insulin-like Growth Factor Receptor 1; Chain A, domain 2

结构域编号 domain_id	4c8vF00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	10 — Ribbon
拓扑 Topology topology	220 — Hormone Receptor, Insulin-like Growth Factor Receptor 1; Chain A domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Hormone Receptor, Insulin-like Growth Factor Receptor 1; Chain A, domain 2

结构域编号 domain_id	4c8vG00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	10 — Ribbon
拓扑 Topology topology	220 — Hormone Receptor, Insulin-like Growth Factor Receptor 1; Chain A domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Hormone Receptor, Insulin-like Growth Factor Receptor 1; Chain A, domain 2

结构域编号 domain_id	4c8vH00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	10 — Ribbon
拓扑 Topology topology	220 — Hormone Receptor, Insulin-like Growth Factor Receptor 1; Chain A domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Hormone Receptor, Insulin-like Growth Factor Receptor 1; Chain A, domain 2

▶

8. 引用文献 (1)

▶

晶胞边长 a length_a	97.138 Å
晶胞边长 b length_b	97.138 Å
晶胞边长 c length_c	292.916 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	64

空间群 space_group	P 41 21 2
空间群编号 int_tables_number	92
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.200 Å
最低分辨率 resolution_low	39.720 Å
R 因子 r_factor	0.2256
R_work r_work	0.2232
R_free r_free	0.2703

描述 description	R-SPONDIN-2
分子量 formula_weight	13781.7 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	8

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B,C,D,E,F,G,H
原子数 atom_count	7099

Xenopus RSPO2 Fu1-Fu2 crystal form I

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

R-SPONDIN-2

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (2)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 water

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 20 domains

SCOP 2.08 (12 domains)

CATH v4.4 (8 domains)

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)

来源生物 organism	XENOPUS (SILURANA) TROPICALIS
通用名 common_name	WESTERN CLAWED FROG
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	8364
宿主生物 host_organism	HOMO SAPIENS

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	290

fit	/app/data/saxs_computation/c8/4c8v/4c8v.fit
pddf	/app/data/pr_computation/c8/4c8v/4c8v.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/c8/4c8v/4c8v.dat