4c8v

Xenopus RSPO2 Fu1-Fu2 crystal form I

Method: X-RAY DIFFRACTION

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

R-SPONDIN-2

XENOPUS (SILURANA) TROPICALIS

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白单体	单体	蛋白 1	water × 1	与蛋白数一致
2	蛋白单体	单体	蛋白 1	water × 1	与蛋白数一致
3	蛋白单体	单体	蛋白 1	water × 1	与蛋白数一致
4	蛋白单体	单体	蛋白 1	water × 1	与蛋白数一致
5	蛋白单体	单体	蛋白 1	water × 1	与蛋白数一致
6	蛋白单体	单体	蛋白 1	water × 1	与蛋白数一致
7	蛋白单体	单体	蛋白 1	water × 1	与蛋白数一致
8	蛋白单体	单体	蛋白 1	water × 1	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	RSPO2_XENTR
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 4–113； UniProt 35–144 作者链 B； PDB构建体 4–113； UniProt 35–144 作者链 C； PDB构建体 4–113； UniProt 35–144 作者链 D； PDB构建体 4–113； UniProt 35–144 作者链 E； PDB构建体 4–113； UniProt 35–144 作者链 F； PDB构建体 4–113； UniProt 35–144 作者链 G； PDB构建体 4–113； UniProt 35–144 作者链 H； PDB构建体 4–113； UniProt 35–144

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	4c8v
沉积日期 deposition_date	2013-10-01
结构标题 title	Xenopus RSPO2 Fu1-Fu2 crystal form I
关键词 keywords	SIGNALING PROTEIN, WNT, ZNRF3, RNF43, LGR4, LGR5, LGR6, RSPO, R-SPO, RSPO1, RSPO3, RSPO4, RECEPTOR, MEMBRANE, SIGNALLING; SIGNALING PROTEIN
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

4c8v__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

4c8v__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

4c8v__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	19.95 Å
Rg（电子密度）	19.97 Å
总 Rg	20.28 Å
原子数	900
残基数	115
排除体积	15715 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`4c8v__assembly_1__model_1`	monomeric （1）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
2	1	`4c8v__assembly_2__model_1`	monomeric （1）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
3	1	`4c8v__assembly_3__model_1`	monomeric （1）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
4	1	`4c8v__assembly_4__model_1`	monomeric （1）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
5	1	`4c8v__assembly_5__model_1`	monomeric （1）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
6	1	`4c8v__assembly_6__model_1`	monomeric （1）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
7	1	`4c8v__assembly_7__model_1`	monomeric （1）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
8	1	`4c8v__assembly_8__model_1`	monomeric （1）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (2)

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 20 domains

SCOP 2.08 (12 domains)

结构域编号 domain_id	d4c8va1
类 Class class	g — Small proteins
折叠类型 Fold fold	g.3 — Knottins (small inhibitors, toxins, lectins)
超家族 Superfamily superfamily	g.3.9 — Growth factor receptor domain
家族 Family family	g.3.9.0 — automated matches

结构域编号 domain_id	d4c8va2
类 Class class	l — Artifacts
折叠类型 Fold fold	l.1 — Tags
超家族 Superfamily superfamily	l.1.1 — Tags
家族 Family family	l.1.1.1 — Tags

结构域编号 domain_id	d4c8vb1
类 Class class	g — Small proteins
折叠类型 Fold fold	g.3 — Knottins (small inhibitors, toxins, lectins)
超家族 Superfamily superfamily	g.3.9 — Growth factor receptor domain
家族 Family family	g.3.9.0 — automated matches

结构域编号 domain_id	d4c8vb2
类 Class class	l — Artifacts
折叠类型 Fold fold	l.1 — Tags
超家族 Superfamily superfamily	l.1.1 — Tags
家族 Family family	l.1.1.1 — Tags

结构域编号 domain_id	d4c8vc1
类 Class class	g — Small proteins
折叠类型 Fold fold	g.3 — Knottins (small inhibitors, toxins, lectins)
超家族 Superfamily superfamily	g.3.9 — Growth factor receptor domain
家族 Family family	g.3.9.0 — automated matches

结构域编号 domain_id	d4c8vc2
类 Class class	l — Artifacts
折叠类型 Fold fold	l.1 — Tags
超家族 Superfamily superfamily	l.1.1 — Tags
家族 Family family	l.1.1.1 — Tags

结构域编号 domain_id	d4c8vd1
类 Class class	g — Small proteins
折叠类型 Fold fold	g.3 — Knottins (small inhibitors, toxins, lectins)
超家族 Superfamily superfamily	g.3.9 — Growth factor receptor domain
家族 Family family	g.3.9.0 — automated matches

结构域编号 domain_id	d4c8vd2
类 Class class	l — Artifacts
折叠类型 Fold fold	l.1 — Tags
超家族 Superfamily superfamily	l.1.1 — Tags
家族 Family family	l.1.1.1 — Tags

结构域编号 domain_id	d4c8ve_
类 Class class	g — Small proteins
折叠类型 Fold fold	g.3 — Knottins (small inhibitors, toxins, lectins)
超家族 Superfamily superfamily	g.3.9 — Growth factor receptor domain
家族 Family family	g.3.9.0 — automated matches

结构域编号 domain_id	d4c8vf_
类 Class class	g — Small proteins
折叠类型 Fold fold	g.3 — Knottins (small inhibitors, toxins, lectins)
超家族 Superfamily superfamily	g.3.9 — Growth factor receptor domain
家族 Family family	g.3.9.0 — automated matches

结构域编号 domain_id	d4c8vg_
类 Class class	g — Small proteins
折叠类型 Fold fold	g.3 — Knottins (small inhibitors, toxins, lectins)
超家族 Superfamily superfamily	g.3.9 — Growth factor receptor domain
家族 Family family	g.3.9.0 — automated matches

结构域编号 domain_id	d4c8vh_
类 Class class	g — Small proteins
折叠类型 Fold fold	g.3 — Knottins (small inhibitors, toxins, lectins)
超家族 Superfamily superfamily	g.3.9 — Growth factor receptor domain
家族 Family family	g.3.9.0 — automated matches

CATH v4.4 (8 domains)

结构域编号 domain_id	4c8vA00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	10 — Ribbon
拓扑 Topology topology	220 — Hormone Receptor, Insulin-like Growth Factor Receptor 1; Chain A domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Hormone Receptor, Insulin-like Growth Factor Receptor 1; Chain A, domain 2

结构域编号 domain_id	4c8vB00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	10 — Ribbon
拓扑 Topology topology	220 — Hormone Receptor, Insulin-like Growth Factor Receptor 1; Chain A domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Hormone Receptor, Insulin-like Growth Factor Receptor 1; Chain A, domain 2

结构域编号 domain_id	4c8vC00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	10 — Ribbon
拓扑 Topology topology	220 — Hormone Receptor, Insulin-like Growth Factor Receptor 1; Chain A domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Hormone Receptor, Insulin-like Growth Factor Receptor 1; Chain A, domain 2

结构域编号 domain_id	4c8vD00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	10 — Ribbon
拓扑 Topology topology	220 — Hormone Receptor, Insulin-like Growth Factor Receptor 1; Chain A domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Hormone Receptor, Insulin-like Growth Factor Receptor 1; Chain A, domain 2

结构域编号 domain_id	4c8vE00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	10 — Ribbon
拓扑 Topology topology	220 — Hormone Receptor, Insulin-like Growth Factor Receptor 1; Chain A domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Hormone Receptor, Insulin-like Growth Factor Receptor 1; Chain A, domain 2

结构域编号 domain_id	4c8vF00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	10 — Ribbon
拓扑 Topology topology	220 — Hormone Receptor, Insulin-like Growth Factor Receptor 1; Chain A domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Hormone Receptor, Insulin-like Growth Factor Receptor 1; Chain A, domain 2

结构域编号 domain_id	4c8vG00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	10 — Ribbon
拓扑 Topology topology	220 — Hormone Receptor, Insulin-like Growth Factor Receptor 1; Chain A domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Hormone Receptor, Insulin-like Growth Factor Receptor 1; Chain A, domain 2

结构域编号 domain_id	4c8vH00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	10 — Ribbon
拓扑 Topology topology	220 — Hormone Receptor, Insulin-like Growth Factor Receptor 1; Chain A domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Hormone Receptor, Insulin-like Growth Factor Receptor 1; Chain A, domain 2

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晶胞边长 a length_a	97.138 Å
晶胞边长 b length_b	97.138 Å
晶胞边长 c length_c	292.916 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	64

空间群 space_group	P 41 21 2
空间群编号 int_tables_number	92
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.200 Å
最低分辨率 resolution_low	39.720 Å
R 因子 r_factor	0.2256
R_work r_work	0.2232
R_free r_free	0.2703

描述 description	R-SPONDIN-2
分子量 formula_weight	13781.7 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	8

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B,C,D,E,F,G,H
原子数 atom_count	7099

Xenopus RSPO2 Fu1-Fu2 crystal form I

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

R-SPONDIN-2

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

4c8v__assembly_1__model_1

4c8v__assembly_1__model_1 | I(q)

4c8v__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (2)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 20 domains

SCOP 2.08 (12 domains)

CATH v4.4 (8 domains)

7. 引用文献 (1)

来源生物 organism	XENOPUS (SILURANA) TROPICALIS
通用名 common_name	WESTERN CLAWED FROG
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	8364
宿主生物 host_organism	HOMO SAPIENS

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	290

Xenopus RSPO2 Fu1-Fu2 crystal form I

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

R-SPONDIN-2

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

4c8v__assembly_1__model_1

4c8v__assembly_1__model_1 | I(q)

4c8v__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (2)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 20 domains

SCOP 2.08 (12 domains)

CATH v4.4 (8 domains)

7. 引用文献 (1)