4c9u

Xenopus ZNRF3 ectodomain in complex with Xenopus RSPO2 Fu1-Fu2 crystal form II

Method: X-RAY DIFFRACTION
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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

E3 UBIQUITIN-PROTEIN LIGASE ZNRF3

XENOPUS (SILURANA) TROPICALIS

UniProt Q08D68

当前结构中的状态

Assembly 物理组成 蛋白状态 分子拷贝数 共同组分 数据核对
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 4 R-SPONDIN-2 × 2 (Q5M7L6) 与蛋白数一致
2 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 4 R-SPONDIN-2 × 2 (Q5M7L6) 与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 ZNRF3_XENTR
Isoform —
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 3–170; UniProt 24–191 作者链 C; PDB构建体 3–170; UniProt 24–191

R-SPONDIN-2

XENOPUS (SILURANA) TROPICALIS

UniProt Q5M7L6

当前结构中的状态

Assembly 物理组成 蛋白状态 分子拷贝数 共同组分 数据核对
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 4 E3 UBIQUITIN-PROTEIN LIGASE ZNRF3 × 2 (Q08D68) 与蛋白数一致
2 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 4 E3 UBIQUITIN-PROTEIN LIGASE ZNRF3 × 2 (Q08D68) 与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 RSPO2_XENTR
Isoform —
PDB实体 2
链与序列区间 作者链 B; PDB构建体 4–113; UniProt 35–144 作者链 D; PDB构建体 4–113; UniProt 35–144

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id4c9u
沉积日期 deposition_date2013-10-03
结构标题 titleXenopus ZNRF3 ectodomain in complex with Xenopus RSPO2 Fu1-Fu2 crystal form II
关键词 keywords;LIGASE-SIGNALING PROTEIN COMPLEX, WNT, RNF43, LGR4, LGR5, LGR6, RSPO, R-SPONDIN, R-SPO, RSPO1, RSPO3, RSPO4, RECEPTOR, MEMBRANE, SIGNALLING ;; LIGASE/SIGNALING PROTEIN
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION
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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

4c9u__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

4c9u__assembly_1__model_1 | I(q)

10-2 10-1 105 106 107 q (1/Angstrom) I(q)
100 个绘图点;横轴和纵轴均采用对数尺度。

4c9u__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

新版 assembly/model P(r) 尚未计算 此处仅保留位置,不展示旧数据 r (Angstrom) P(r)
P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。
Rg(Guinier)28.20 Å
Rg(电子密度)27.30 Å
总 Rg28.18 Å
原子数4082
残基数528
排除体积72194 ų
最大 q0.500 Å⁻¹
Assembly Model 结构单元 聚集说明 状态 CRYSOL 操作
1 1 4c9u__assembly_1__model_1 tetrameric (4) 成功 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) 查看 下载
2 1 4c9u__assembly_2__model_1 tetrameric (4) 成功 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) 查看 下载
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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (2)

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 6 domains

SCOP 2.08 (2 domains)

结构域编号 domain_idd4c9ub_
类 Class classg — Small proteins
折叠类型 Fold foldg.3 — Knottins (small inhibitors, toxins, lectins)
超家族 Superfamily superfamilyg.3.9 — Growth factor receptor domain
家族 Family familyg.3.9.0 — automated matches
结构域编号 domain_idd4c9ud_
类 Class classg — Small proteins
折叠类型 Fold foldg.3 — Knottins (small inhibitors, toxins, lectins)
超家族 Superfamily superfamilyg.3.9 — Growth factor receptor domain
家族 Family familyg.3.9.0 — automated matches

CATH v4.4 (4 domains)

结构域编号 domain_id4c9uA00
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture50 — 3-Layer(bba) Sandwich
拓扑 Topology topology30 — Glucose Oxidase; domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily30 —
结构域编号 domain_id4c9uB00
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture10 — Ribbon
拓扑 Topology topology220 — Hormone Receptor, Insulin-like Growth Factor Receptor 1; Chain A domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Hormone Receptor, Insulin-like Growth Factor Receptor 1; Chain A, domain 2
结构域编号 domain_id4c9uC00
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture50 — 3-Layer(bba) Sandwich
拓扑 Topology topology30 — Glucose Oxidase; domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily30 —
结构域编号 domain_id4c9uD00
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture10 — Ribbon
拓扑 Topology topology220 — Hormone Receptor, Insulin-like Growth Factor Receptor 1; Chain A domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Hormone Receptor, Insulin-like Growth Factor Receptor 1; Chain A, domain 2
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7. 引用文献 (1)