← Back to search
4cbo

Crystal structure of Complement Factor D mutant R202A after ensemble refinement

Method: X-RAY DIFFRACTION
▼

1. Protein Identity and Related Structures Protein Identity & Related Structures

COMPLEMENT FACTOR D

HOMO SAPIENS

UniProt P00746

State in the Current Structure

Assembly Physical composition Protein state Molecular copy count Associated components Data consistency
1 Protein monomer Monomer Protein 1 GLYCEROL × 1 water × 1 Consistent with protein count
2 Protein monomer Monomer Protein 1 GLYCEROL × 1 water × 1 Consistent with protein count

Other States of the Same Protein in the Database

Monomer
1bio 1dic 1dst 1fdp 1fdp 1fdp 1fdp 1hfd 2xw9 2xwa 2xwa 4cbn

71 assemblies; showing the first 12

Homodimer
1dfp 1dsu

2 assemblies

Homotetramer

None

Other homooligomers

None

Heteromeric or nucleic-acid complex
2xwb 2xwb 2xwb 2xwb 4d9r 4d9r 6vmj 6vmj 6vmj 6vmj 6vmk 6vmk

26 assemblies; showing the first 12

View Construct and Data Evidence
UniProt name CFAD_HUMAN
Isoform —
PDB entities 1
Chains and sequence ranges Author chain A； PDBConstruct 1–228； UniProt 26–253 Author chain B； PDBConstruct 1–228； UniProt 26–253

The page prioritizes protein identity, the current assembly, associated components, oligomeric state and cross-PDB links. Chain mapping and sequence ranges are retained as data evidence. Internal IDs, import timestamps and assembly operation expressions are maintenance fields and are not shown here.

▼

2. Structure Basics 2. Structure Basics

Entry ID entry_id4cbo
Deposition date deposition_date2013-10-15
Structure title titleCrystal structure of Complement Factor D mutant R202A after ensemble refinement
Keywords keywordsHYDROLASE, FACTOR D, ENSEMBLE REFINEMENT; HYDROLASE
Experimental Method methodX-RAY DIFFRACTION
▼

3. Official assembly/model SAXS Official SAXS Profiles

This page reads only the latest assembly calculations. Every curve maps to an explicit PDB entry, official biological assembly and coordinate model.

4cbo__assembly_2__model_33

Assembly 2 · Model 33 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

Download this curve (.dat)

4cbo__assembly_2__model_33 | I(q)

10-2 10-1 105 106 107 q (1/Angstrom) I(q)
100 plotted points; both axes use logarithmic scales.

4cbo__assembly_2__model_33 | P(r) · Pending

The new assembly/model P(r) has not been calculated yet This placeholder does not display legacy data r (Angstrom) P(r)
P(r) will be calculated and displayed separately for the same assembly/model.
Rg（Guinier）17.61 Å
Rg (electron density)16.43 Å
Total Rg17.42 Å
Atom count3420
Residues228
Excluded volume30142 ų
Maximum q0.500 Å⁻¹
Assembly Model Structure unit Oligomeric description Status CRYSOL Actions
1 1 4cbo__assembly_1__model_1 monomeric （1） Success 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) View Download
1 2 4cbo__assembly_1__model_2 monomeric （1） Success 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) View Download
1 3 4cbo__assembly_1__model_3 monomeric （1） Success 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) View Download
1 4 4cbo__assembly_1__model_4 monomeric （1） Success 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) View Download
1 5 4cbo__assembly_1__model_5 monomeric （1） Success 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) View Download
1 6 4cbo__assembly_1__model_6 monomeric （1） Success 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) View Download
1 7 4cbo__assembly_1__model_7 monomeric （1） Success 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) View Download
1 8 4cbo__assembly_1__model_8 monomeric （1） Success 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) View Download
1 9 4cbo__assembly_1__model_9 monomeric （1） Success 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) View Download
1 10 4cbo__assembly_1__model_10 monomeric （1） Success 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) View Download
1 11 4cbo__assembly_1__model_11 monomeric （1） Success 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) View Download
1 12 4cbo__assembly_1__model_12 monomeric （1） Success 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) View Download
1 13 4cbo__assembly_1__model_13 monomeric （1） Success 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) View Download
1 14 4cbo__assembly_1__model_14 monomeric （1） Success 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) View Download
1 15 4cbo__assembly_1__model_15 monomeric （1） Success 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) View Download
1 16 4cbo__assembly_1__model_16 monomeric （1） Success 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) View Download
1 17 4cbo__assembly_1__model_17 monomeric （1） Success 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) View Download
1 18 4cbo__assembly_1__model_18 monomeric （1） Success 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) View Download
1 19 4cbo__assembly_1__model_19 monomeric （1） Success 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) View Download
1 20 4cbo__assembly_1__model_20 monomeric （1） Success 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) View Download
1 21 4cbo__assembly_1__model_21 monomeric （1） Success 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) View Download
1 22 4cbo__assembly_1__model_22 monomeric （1） Success 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) View Download
1 23 4cbo__assembly_1__model_23 monomeric （1） Success 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) View Download
1 24 4cbo__assembly_1__model_24 monomeric （1） Success 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) View Download
1 25 4cbo__assembly_1__model_25 monomeric （1） Success 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) View Download
1 26 4cbo__assembly_1__model_26 monomeric （1） Success 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) View Download
1 27 4cbo__assembly_1__model_27 monomeric （1） Success 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) View Download
1 28 4cbo__assembly_1__model_28 monomeric （1） Success 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) View Download
1 29 4cbo__assembly_1__model_29 monomeric （1） Success 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) View Download
1 30 4cbo__assembly_1__model_30 monomeric （1） Success 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) View Download
1 31 4cbo__assembly_1__model_31 monomeric （1） Success 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) View Download
1 32 4cbo__assembly_1__model_32 monomeric （1） Success 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) View Download
1 33 4cbo__assembly_1__model_33 monomeric （1） Success 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) View Download
1 34 4cbo__assembly_1__model_34 monomeric （1） Success 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) View Download
1 35 4cbo__assembly_1__model_35 monomeric （1） Success 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) View Download
1 36 4cbo__assembly_1__model_36 monomeric （1） Success 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) View Download
1 37 4cbo__assembly_1__model_37 monomeric （1） Success 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) View Download
1 38 4cbo__assembly_1__model_38 monomeric （1） Success 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) View Download
1 39 4cbo__assembly_1__model_39 monomeric （1） Success 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) View Download
1 40 4cbo__assembly_1__model_40 monomeric （1） Success 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) View Download
1 41 4cbo__assembly_1__model_41 monomeric （1） Success 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) View Download
1 42 4cbo__assembly_1__model_42 monomeric （1） Success 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) View Download
1 43 4cbo__assembly_1__model_43 monomeric （1） Success 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) View Download
1 44 4cbo__assembly_1__model_44 monomeric （1） Success 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) View Download
1 45 4cbo__assembly_1__model_45 monomeric （1） Success 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) View Download
1 46 4cbo__assembly_1__model_46 monomeric （1） Success 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) View Download
1 47 4cbo__assembly_1__model_47 monomeric （1） Success 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) View Download
1 48 4cbo__assembly_1__model_48 monomeric （1） Success 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) View Download
1 49 4cbo__assembly_1__model_49 monomeric （1） Success 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) View Download
1 50 4cbo__assembly_1__model_50 monomeric （1） Success 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) View Download
1 51 4cbo__assembly_1__model_51 monomeric （1） Success 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) View Download
1 52 4cbo__assembly_1__model_52 monomeric （1） Success 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) View Download
1 53 4cbo__assembly_1__model_53 monomeric （1） Success 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) View Download
1 54 4cbo__assembly_1__model_54 monomeric （1） Success 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) View Download
1 55 4cbo__assembly_1__model_55 monomeric （1） Success 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) View Download
1 56 4cbo__assembly_1__model_56 monomeric （1） Success 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) View Download
1 57 4cbo__assembly_1__model_57 monomeric （1） Success 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) View Download
1 58 4cbo__assembly_1__model_58 monomeric （1） Success 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) View Download
1 59 4cbo__assembly_1__model_59 monomeric （1） Success 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) View Download
1 60 4cbo__assembly_1__model_60 monomeric （1） Success 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) View Download
1 61 4cbo__assembly_1__model_61 monomeric （1） Success 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) View Download
1 62 4cbo__assembly_1__model_62 monomeric （1） Success 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) View Download
1 63 4cbo__assembly_1__model_63 monomeric （1） Success 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) View Download
1 64 4cbo__assembly_1__model_64 monomeric （1） Success 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) View Download
1 65 4cbo__assembly_1__model_65 monomeric （1） Success 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) View Download
1 66 4cbo__assembly_1__model_66 monomeric （1） Success 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) View Download
1 67 4cbo__assembly_1__model_67 monomeric （1） Success 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) View Download
1 68 4cbo__assembly_1__model_68 monomeric （1） Success 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) View Download
1 69 4cbo__assembly_1__model_69 monomeric （1） Success 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) View Download
1 70 4cbo__assembly_1__model_70 monomeric （1） Success 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) View Download
1 71 4cbo__assembly_1__model_71 monomeric （1） Success 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) View Download
1 72 4cbo__assembly_1__model_72 monomeric （1） Success 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) View Download
1 73 4cbo__assembly_1__model_73 monomeric （1） Success 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) View Download
1 74 4cbo__assembly_1__model_74 monomeric （1） Success 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) View Download
1 75 4cbo__assembly_1__model_75 monomeric （1） Success 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) View Download
1 76 4cbo__assembly_1__model_76 monomeric （1） Success 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) View Download
1 77 4cbo__assembly_1__model_77 monomeric （1） Success 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) View Download
2 1 4cbo__assembly_2__model_1 monomeric （1） Success 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) View Download
2 2 4cbo__assembly_2__model_2 monomeric （1） Success 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) View Download
2 3 4cbo__assembly_2__model_3 monomeric （1） Success 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) View Download
2 4 4cbo__assembly_2__model_4 monomeric （1） Success 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) View Download
2 5 4cbo__assembly_2__model_5 monomeric （1） Success 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) View Download
2 6 4cbo__assembly_2__model_6 monomeric （1） Success 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) View Download
2 7 4cbo__assembly_2__model_7 monomeric （1） Success 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) View Download
2 8 4cbo__assembly_2__model_8 monomeric （1） Success 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) View Download
2 9 4cbo__assembly_2__model_9 monomeric （1） Success 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) View Download
2 10 4cbo__assembly_2__model_10 monomeric （1） Success 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) View Download
2 11 4cbo__assembly_2__model_11 monomeric （1） Success 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) View Download
2 12 4cbo__assembly_2__model_12 monomeric （1） Success 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) View Download
2 13 4cbo__assembly_2__model_13 monomeric （1） Success 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) View Download
2 14 4cbo__assembly_2__model_14 monomeric （1） Success 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) View Download
2 15 4cbo__assembly_2__model_15 monomeric （1） Success 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) View Download
2 16 4cbo__assembly_2__model_16 monomeric （1） Success 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) View Download
2 17 4cbo__assembly_2__model_17 monomeric （1） Success 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) View Download
2 18 4cbo__assembly_2__model_18 monomeric （1） Success 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) View Download
2 19 4cbo__assembly_2__model_19 monomeric （1） Success 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) View Download
2 20 4cbo__assembly_2__model_20 monomeric （1） Success 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) View Download
2 21 4cbo__assembly_2__model_21 monomeric （1） Success 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) View Download
2 22 4cbo__assembly_2__model_22 monomeric （1） Success 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) View Download
2 23 4cbo__assembly_2__model_23 monomeric （1） Success 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) View Download
2 24 4cbo__assembly_2__model_24 monomeric （1） Success 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) View Download
2 25 4cbo__assembly_2__model_25 monomeric （1） Success 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) View Download
2 26 4cbo__assembly_2__model_26 monomeric （1） Success 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) View Download
2 27 4cbo__assembly_2__model_27 monomeric （1） Success 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) View Download
2 28 4cbo__assembly_2__model_28 monomeric （1） Success 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) View Download
2 29 4cbo__assembly_2__model_29 monomeric （1） Success 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) View Download
2 30 4cbo__assembly_2__model_30 monomeric （1） Success 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) View Download
2 31 4cbo__assembly_2__model_31 monomeric （1） Success 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) View Download
2 32 4cbo__assembly_2__model_32 monomeric （1） Success 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) View Download
2 33 4cbo__assembly_2__model_33 monomeric （1） Success 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) View Download
2 34 4cbo__assembly_2__model_34 monomeric （1） Success 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) View Download
2 35 4cbo__assembly_2__model_35 monomeric （1） Success 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) View Download
2 36 4cbo__assembly_2__model_36 monomeric （1） Success 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) View Download
2 37 4cbo__assembly_2__model_37 monomeric （1） Success 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) View Download
2 38 4cbo__assembly_2__model_38 monomeric （1） Success 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) View Download
2 39 4cbo__assembly_2__model_39 monomeric （1） Success 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) View Download
2 40 4cbo__assembly_2__model_40 monomeric （1） Success 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) View Download
2 41 4cbo__assembly_2__model_41 monomeric （1） Success 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) View Download
2 42 4cbo__assembly_2__model_42 monomeric （1） Success 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) View Download
2 43 4cbo__assembly_2__model_43 monomeric （1） Success 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) View Download
2 44 4cbo__assembly_2__model_44 monomeric （1） Success 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) View Download
2 45 4cbo__assembly_2__model_45 monomeric （1） Success 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) View Download
2 46 4cbo__assembly_2__model_46 monomeric （1） Success 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) View Download
2 47 4cbo__assembly_2__model_47 monomeric （1） Success 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) View Download
2 48 4cbo__assembly_2__model_48 monomeric （1） Success 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) View Download
2 49 4cbo__assembly_2__model_49 monomeric （1） Success 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) View Download
2 50 4cbo__assembly_2__model_50 monomeric （1） Success 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) View Download
2 51 4cbo__assembly_2__model_51 monomeric （1） Success 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) View Download
2 52 4cbo__assembly_2__model_52 monomeric （1） Success 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) View Download
2 53 4cbo__assembly_2__model_53 monomeric （1） Success 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) View Download
2 54 4cbo__assembly_2__model_54 monomeric （1） Success 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) View Download
2 55 4cbo__assembly_2__model_55 monomeric （1） Success 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) View Download
2 56 4cbo__assembly_2__model_56 monomeric （1） Success 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) View Download
2 57 4cbo__assembly_2__model_57 monomeric （1） Success 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) View Download
2 58 4cbo__assembly_2__model_58 monomeric （1） Success 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) View Download
2 59 4cbo__assembly_2__model_59 monomeric （1） Success 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) View Download
2 60 4cbo__assembly_2__model_60 monomeric （1） Success 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) View Download
2 61 4cbo__assembly_2__model_61 monomeric （1） Success 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) View Download
2 62 4cbo__assembly_2__model_62 monomeric （1） Success 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) View Download
2 63 4cbo__assembly_2__model_63 monomeric （1） Success 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) View Download
2 64 4cbo__assembly_2__model_64 monomeric （1） Success 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) View Download
2 65 4cbo__assembly_2__model_65 monomeric （1） Success 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) View Download
2 66 4cbo__assembly_2__model_66 monomeric （1） Success 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) View Download
2 67 4cbo__assembly_2__model_67 monomeric （1） Success 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) View Download
2 68 4cbo__assembly_2__model_68 monomeric （1） Success 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) View Download
2 69 4cbo__assembly_2__model_69 monomeric （1） Success 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) View Download
2 70 4cbo__assembly_2__model_70 monomeric （1） Success 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) View Download
2 71 4cbo__assembly_2__model_71 monomeric （1） Success 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) View Download
2 72 4cbo__assembly_2__model_72 monomeric （1） Success 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) View Download
2 73 4cbo__assembly_2__model_73 monomeric （1） Success 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) View Download
2 74 4cbo__assembly_2__model_74 monomeric （1） Success 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) View Download
2 75 4cbo__assembly_2__model_75 monomeric （1） Success 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) View Download
2 76 4cbo__assembly_2__model_76 monomeric （1） Success 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) View Download
2 77 4cbo__assembly_2__model_77 monomeric （1） Success 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) View Download
▶

4. Crystallography and Experiment 4. Crystallography & Experiment

▶

5. Entities and Polymers Entities & Polymers (3)

▼

6. Fold Classification (SCOP + CATH) 6 domains

SCOP 2.08 (2 domains)

Domain ID domain_idd4cboa_
Class classb — All beta proteins
Fold Fold foldb.47 — Trypsin-like serine proteases
Superfamily Superfamily superfamilyb.47.1 — Trypsin-like serine proteases
Family Family familyb.47.1.2 — Eukaryotic proteases
Domain ID domain_idd4cbob_
Class classb — All beta proteins
Fold Fold foldb.47 — Trypsin-like serine proteases
Superfamily Superfamily superfamilyb.47.1 — Trypsin-like serine proteases
Family Family familyb.47.1.2 — Eukaryotic proteases

CATH v4.4 (4 domains)

Domain ID domain_id4cboA01
Class class2 — Mainly Beta
Architecture architecture40 — Beta Barrel
Topology topology10 — Thrombin, subunit H
Homologous superfamily homologous superfamily10 — Trypsin-like serine proteases
Domain ID domain_id4cboA02
Class class2 — Mainly Beta
Architecture architecture40 — Beta Barrel
Topology topology10 — Thrombin, subunit H
Homologous superfamily homologous superfamily10 — Trypsin-like serine proteases
Domain ID domain_id4cboB01
Class class2 — Mainly Beta
Architecture architecture40 — Beta Barrel
Topology topology10 — Thrombin, subunit H
Homologous superfamily homologous superfamily10 — Trypsin-like serine proteases
Domain ID domain_id4cboB02
Class class2 — Mainly Beta
Architecture architecture40 — Beta Barrel
Topology topology10 — Thrombin, subunit H
Homologous superfamily homologous superfamily10 — Trypsin-like serine proteases
▶

7. Citations (1)