4cdc

Human DPP1 in complex with (2S)-2-amino-N-((1S)-1-cyano-2-(4- phenylphenyl)ethyl)butanamide

Method: X-RAY DIFFRACTION

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

DIPEPTIDYL PEPTIDASE 1 EXCLUSION DOMAIN CHAIN

HOMO SAPIENS

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白同源多聚体	同源多聚体	蛋白 3	2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 2 (2S)-2-azanyl-N-[(2S)-1-azanylidene-3-(4-phenylphenyl)propan-2-yl]butanamide × 1 CHLORIDE ION × 1 GLYCEROL × 2 water × 3	与蛋白数一致
2	蛋白同源多聚体	同源多聚体	蛋白 3	2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 (2S)-2-azanyl-N-[(2S)-1-azanylidene-3-(4-phenylphenyl)propan-2-yl]butanamide × 1 CHLORIDE ION × 1 GLYCEROL × 1 water × 3	与蛋白数一致
3	蛋白同源多聚体	同源多聚体	蛋白 3	2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 2 (2S)-2-azanyl-N-[(2S)-1-azanylidene-3-(4-phenylphenyl)propan-2-yl]butanamide × 1 CHLORIDE ION × 1 water × 3	与蛋白数一致
4	蛋白同源多聚体	同源多聚体	蛋白 3	2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 2 (2S)-2-azanyl-N-[(2S)-1-azanylidene-3-(4-phenylphenyl)propan-2-yl]butanamide × 1 CHLORIDE ION × 1 GLYCEROL × 1 water × 3	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	CATC_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	1, 2, 3
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–119； UniProt 25–143 作者链 D； PDB构建体 1–119； UniProt 25–143 作者链 G； PDB构建体 1–119； UniProt 25–143 作者链 J； PDB构建体 1–119； UniProt 25–143 作者链 B； PDB构建体 1–165； UniProt 230–394 作者链 E； PDB构建体 1–165； UniProt 230–394 作者链 H； PDB构建体 1–165； UniProt 230–394 作者链 K； PDB构建体 1–165； UniProt 230–394 作者链 C； PDB构建体 1–69； UniProt 395–463 作者链 F； PDB构建体 1–69； UniProt 395–463 作者链 I； PDB构建体 1–69； UniProt 395–463 作者链 L； PDB构建体 1–69； UniProt 395–463

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	4cdc
沉积日期 deposition_date	2013-10-31
结构标题 title	Human DPP1 in complex with (2S)-2-amino-N-((1S)-1-cyano-2-(4- phenylphenyl)ethyl)butanamide
关键词 keywords	HYDROLASE, INHIBITOR; HYDROLASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

4cdc__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

4cdc__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

4cdc__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	21.21 Å
Rg（电子密度）	20.12 Å
总 Rg	21.11 Å
原子数	2789
残基数	344
排除体积	49396 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`4cdc__assembly_1__model_1`	trimeric （3）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
2	1	`4cdc__assembly_2__model_1`	trimeric （3）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
3	1	`4cdc__assembly_3__model_1`	trimeric （3）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
4	1	`4cdc__assembly_4__model_1`	trimeric （3）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (8)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	DIPEPTIDYL PEPTIDASE 1 EXCLUSION DOMAIN CHAIN
分子量 formula_weight	13500.2 kDa
EC 编号 ec_number	3.4.14.1
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	4

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,D,G,J
原子数 atom_count	11421

DTPANCTYLDLLGTWVFQVGSSGSQRDVNCSVMGPQEKKVVVYLQKLDTAYDDLGNSGHFTIIYNQGFEIVLNDYKWFAFFKYKEEGSKVTTYCNETMTGWVHDVLGRNWACFTGKKVG

来源 Source

来源生物 organism	HOMO SAPIENS
通用名 common_name	HUMAN
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	SPODOPTERA FRUGIPERDA

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	DIPEPTIDYL PEPTIDASE 1 HEAVY CHAIN
分子量 formula_weight	18630.0 kDa
EC 编号 ec_number	3.4.14.1
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	4

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B,E,H,K

HLPTSWDWRNVHGINFVSPVRNQASCGSCYSFASMGMLEARIRILTNNSQTPILSPQEVVSCSQYAQGCEGGFPYLIAGKYAQDFGLVEEACFPYTGTDSPCKMKEDCFRYYSSEYHYVGGFYGGCNEALMKLELVHHGPMAVAFEVYDDFLHYKKGIYHHTGLR

来源 Source

来源生物 organism	HOMO SAPIENS
通用名 common_name	HUMAN
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	SPODOPTERA FRUGIPERDA

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	DIPEPTIDYL PEPTIDASE 1 LIGHT CHAIN
分子量 formula_weight	7583.4 kDa
EC 编号 ec_number	3.4.14.1
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	4

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	C,F,I,L

DPFNPFELTNHAVLLVGYGTDSASGMDYWIVKNSWGTGWGENGYFRIRRGTDECAIESIAVAATPIPKL

来源 Source

来源生物 organism	HOMO SAPIENS
通用名 common_name	HUMAN
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	SPODOPTERA FRUGIPERDA

实体 4 Entity 4 non-polymer

描述 description	2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
分子量 formula_weight	221.2 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	7

实体 5 Entity 5 non-polymer

描述 description	(2S)-2-azanyl-N-[(2S)-1-azanylidene-3-(4-phenylphenyl)propan-2-yl]butanamide
分子量 formula_weight	309.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	4

实体 6 Entity 6 non-polymer

描述 description	CHLORIDE ION
分子量 formula_weight	35.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	4

实体 7 Entity 7 non-polymer

描述 description	GLYCEROL
分子量 formula_weight	92.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	4

实体 8 Entity 8 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	311

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 16 domains

SCOP 2.08 (4 domains)

结构域编号 domain_id	d4cdca_
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.61 — Streptavidin-like
超家族 Superfamily superfamily	b.61.5 — Dipeptidyl peptidase I (cathepsin C), exclusion domain
家族 Family family	b.61.5.1 — Dipeptidyl peptidase I (cathepsin C), exclusion domain

结构域编号 domain_id	d4cdcd_
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.61 — Streptavidin-like
超家族 Superfamily superfamily	b.61.5 — Dipeptidyl peptidase I (cathepsin C), exclusion domain
家族 Family family	b.61.5.1 — Dipeptidyl peptidase I (cathepsin C), exclusion domain

结构域编号 domain_id	d4cdcg_
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.61 — Streptavidin-like
超家族 Superfamily superfamily	b.61.5 — Dipeptidyl peptidase I (cathepsin C), exclusion domain
家族 Family family	b.61.5.1 — Dipeptidyl peptidase I (cathepsin C), exclusion domain

结构域编号 domain_id	d4cdcj_
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.61 — Streptavidin-like
超家族 Superfamily superfamily	b.61.5 — Dipeptidyl peptidase I (cathepsin C), exclusion domain
家族 Family family	b.61.5.1 — Dipeptidyl peptidase I (cathepsin C), exclusion domain

CATH v4.4 (12 domains)

结构域编号 domain_id	4cdcA00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology	128 — Lipocalin
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	80 — Cathepsin C, exclusion domain

结构域编号 domain_id	4cdcB01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	90 — Alpha-Beta Complex
拓扑 Topology topology	70 — Cathepsin B; Chain A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Cysteine proteinases

结构域编号 domain_id	4cdcC00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology	50 — OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	170 — Cysteine proteinases. Chain C

结构域编号 domain_id	4cdcD00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology	128 — Lipocalin
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	80 — Cathepsin C, exclusion domain

结构域编号 domain_id	4cdcE01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	90 — Alpha-Beta Complex
拓扑 Topology topology	70 — Cathepsin B; Chain A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Cysteine proteinases

结构域编号 domain_id	4cdcF00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology	50 — OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	170 — Cysteine proteinases. Chain C

结构域编号 domain_id	4cdcG00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology	128 — Lipocalin
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	80 — Cathepsin C, exclusion domain

结构域编号 domain_id	4cdcH01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	90 — Alpha-Beta Complex
拓扑 Topology topology	70 — Cathepsin B; Chain A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Cysteine proteinases

结构域编号 domain_id	4cdcI00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology	50 — OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	170 — Cysteine proteinases. Chain C

结构域编号 domain_id	4cdcJ00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology	128 — Lipocalin
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	80 — Cathepsin C, exclusion domain

结构域编号 domain_id	4cdcK01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	90 — Alpha-Beta Complex
拓扑 Topology topology	70 — Cathepsin B; Chain A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Cysteine proteinases

结构域编号 domain_id	4cdcL00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology	50 — OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	170 — Cysteine proteinases. Chain C

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晶胞边长 a length_a	84.276 Å
晶胞边长 b length_b	84.276 Å
晶胞边长 c length_c	224.626 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	120.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	12

空间群 space_group	P 31
空间群编号 int_tables_number	144
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.400 Å
最低分辨率 resolution_low	20.000 Å
R 因子 r_factor	0.1928
R_work r_work	0.1907
R_free r_free	0.2325

Human DPP1 in complex with (2S)-2-amino-N-((1S)-1-cyano-2-(4- phenylphenyl)ethyl)butanamide

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

DIPEPTIDYL PEPTIDASE 1 EXCLUSION DOMAIN CHAIN

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

4cdc__assembly_1__model_1

4cdc__assembly_1__model_1 | I(q)

4cdc__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (8)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 non-polymer

实体 6 Entity 6 non-polymer

实体 7 Entity 7 non-polymer

实体 8 Entity 8 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 16 domains

SCOP 2.08 (4 domains)

CATH v4.4 (12 domains)

7. 引用文献 (1)

Human DPP1 in complex with (2S)-2-amino-N-((1S)-1-cyano-2-(4- phenylphenyl)ethyl)butanamide

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

DIPEPTIDYL PEPTIDASE 1 EXCLUSION DOMAIN CHAIN

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

4cdc__assembly_1__model_1

4cdc__assembly_1__model_1 | I(q)

4cdc__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (8)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 non-polymer

实体 6 Entity 6 non-polymer

实体 7 Entity 7 non-polymer

实体 8 Entity 8 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 16 domains

SCOP 2.08 (4 domains)

CATH v4.4 (12 domains)

7. 引用文献 (1)