SAXSdb — 4ch9

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

KELCH-LIKE PROTEIN 3

HOMO SAPIENS

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2）与蛋白拷贝数一致	链 B； UniProt 298–587	片段：KELCH DOMAIN, RESIDUES 298-587	SERINE/THREONINE-PROTEIN KINASE WNK4 × 1 （Q96J92） SO4 SULFATE ION × 2 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1 CL CHLORIDE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 4.3；293 K；SITTING-DROP VAPOUR-DIFFUSTION, 25-35 % PEG 4000, 0.2 M AMMONIUM SULPHATE, 0.1 M ACETATE (PH 4.3), 293 K	分辨率 1.84 Å R-free 0.184
2	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 298–587	片段：KELCH DOMAIN, RESIDUES 298-587	SERINE/THREONINE-PROTEIN KINASE WNK4 × 1 （Q96J92） SO4 SULFATE ION × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1 CL CHLORIDE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 4.3；293 K；SITTING-DROP VAPOUR-DIFFUSTION, 25-35 % PEG 4000, 0.2 M AMMONIUM SULPHATE, 0.1 M ACETATE (PH 4.3), 293 K	分辨率 1.84 Å R-free 0.184

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 4CH9	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
4HXI Crystal structure of KLHL3/Cul3 complex 提交 2012-11-10	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 24–276（253 aa）片段：BTB-BACK	突变：K87A, K89A, K90A	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；298 K；0.2M ammonium tartrate, 14% PEG 3350, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298.0K	分辨率 3.51 Å R-free 0.278
5NKP Crystal structure of the human KLHL3 Kelch domain in complex with a WNK3 peptide 提交 2017-03-31	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 298–587（290 aa）片段：UNP residues 298-587	未记录	CIT CITRIC ACID × 1 CL CHLORIDE ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；277 K；6% PEG4K -- 0.1M acetate pH 5.1	分辨率 2.80 Å R-free 0.247
5NKP Crystal structure of the human KLHL3 Kelch domain in complex with a WNK3 peptide 提交 2017-03-31	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 298–587（290 aa）片段：UNP residues 298-587	未记录	CL CHLORIDE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；277 K；6% PEG4K -- 0.1M acetate pH 5.1	分辨率 2.80 Å R-free 0.247

共 2 个其他 PDB 条目、3 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	KLHL3_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 3–292； UniProt 298–587 作者链 B； PDB构建体 3–292； UniProt 298–587

SERINE/THREONINE-PROTEIN KINASE WNK4

物种未注明

UniProt Q96J92

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2）与蛋白拷贝数一致	链 D； UniProt 557–567	片段：RESIDUES 557-567	KELCH-LIKE PROTEIN 3 × 1 （Q9UH77） SO4 SULFATE ION × 2 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1 CL CHLORIDE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 4.3；293 K；SITTING-DROP VAPOUR-DIFFUSTION, 25-35 % PEG 4000, 0.2 M AMMONIUM SULPHATE, 0.1 M ACETATE (PH 4.3), 293 K	分辨率 1.84 Å R-free 0.184
2	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2）与蛋白拷贝数一致	链 C； UniProt 557–567	片段：RESIDUES 557-567	KELCH-LIKE PROTEIN 3 × 1 （Q9UH77） SO4 SULFATE ION × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1 CL CHLORIDE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 4.3；293 K；SITTING-DROP VAPOUR-DIFFUSTION, 25-35 % PEG 4000, 0.2 M AMMONIUM SULPHATE, 0.1 M ACETATE (PH 4.3), 293 K	分辨率 1.84 Å R-free 0.184

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 4CH9	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
2V3S Structural insights into the recognition of substrates and activators by the OSR1 kinase 提交 2007-06-21	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 D 1015–1020（6 aa）片段：RESIDUES 1015-1020	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 1.70 Å R-free 0.239
2V3S Structural insights into the recognition of substrates and activators by the OSR1 kinase 提交 2007-06-21	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 C 1015–1020（6 aa）片段：RESIDUES 1015-1020	未记录	ACT ACETATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 1.70 Å R-free 0.239
4CHB Crystal structure of the human KLHL2 Kelch domain in complex with a WNK4 peptide 提交 2013-11-29	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 C 557–567（11 aa）片段：RESIDUES 557-567	未记录	EDO 1,2-ETHANEDIOL × 3 SO4 SULFATE ION × 2 12P DODECAETHYLENE GLYCOL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.2；293 K；SITTING-DROP VAPOUR-DIFFUSION, 2.5 M AMMONIUM SULPHATE, 0.1 M HEPES, 2 % PEG 400 (PH 7.2), 293 K	分辨率 1.56 Å R-free 0.194
4CHB Crystal structure of the human KLHL2 Kelch domain in complex with a WNK4 peptide 提交 2013-11-29	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 D 557–567（11 aa）片段：RESIDUES 557-567	未记录	EDO 1,2-ETHANEDIOL × 3 SO4 SULFATE ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.2；293 K；SITTING-DROP VAPOUR-DIFFUSION, 2.5 M AMMONIUM SULPHATE, 0.1 M HEPES, 2 % PEG 400 (PH 7.2), 293 K	分辨率 1.56 Å R-free 0.194

共 2 个其他 PDB 条目、4 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	WNK4_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 C； PDB构建体 1–11； UniProt 557–567 作者链 D； PDB构建体 1–11； UniProt 557–567

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	4ch9
沉积日期 deposition_date	2013-11-29
结构标题 title	Crystal structure of the human KLHL3 Kelch domain in complex with a WNK4 peptide
关键词 keywords	SIGNALING PROTEIN-TRANSFERASE COMPLEX, KLHL3, UBIQUITIN, ADAPTOR PROTEIN, PROTEIN-BINDING, KELCH REPEAT, WNK SIGNALLING PATHWAY; SIGNALING PROTEIN/TRANSFERASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	26.74 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	26.48 Å
零角强度 I(0) i0	71254700.00
分子量 molecular_weight	63468.0 kDa
排除体积 excluded_volume	78231 Å³
包络体积 envelope_volume	92160 Å³
水化壳体积 shell_volume	29277 Å³
包络直径 envelope_diameter	92.4 Å
壳层 Rg shell_rg	33.37 Å
包络 Rg envelope_rg	26.56 Å
形状 Rg shape_rg	26.53 Å
总 Rg total_rg	27.04 Å
总原子数 total_atoms	4452
残基数 n_residues	590
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	88.3 Å
Rg (实空间) rg_real	26.80 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.70 Å
I(0) (实空间) i0_real	7.1250e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	1.0540e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	26.79 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	71250000.0000
解质量估计 total_estimate	0.7981
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	29.9 Å
偏度 Skewness skewness	0.413
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.387
角度范围 angular_range	— – 0.2950 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	13550000.0000
实空间数据点数 n_real_points	60
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.810; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.941; Smooth: 0.000

▶

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

▶

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (6)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	KELCH-LIKE PROTEIN 3
分子量 formula_weight	31529.5 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B
原子数 atom_count	5096

SMSLPKVMIVVGGQAPKAIRSVECYDFEEDRWDQIAELPSRRCRAGVVFMAGHVYAVGGFNGSLRVRTVDVYDGVKDQWTSIASMQERRSTLGAAVLNDLLYAVGGFDGSTGLASVEAYSYKTNEWFFVAPMNTRRSSVGVGVVEGKLYAVGGYDGASRQCLSTVEQYNPATNEWIYVADMSTRRSGAGVGVLSGQLYATGGHDGPLVRKSVEVYDPGTNTWKQVADMNMCRRNAGVCAVNGLLYVVGGDDGSCNLASVEYYNPVTDKWTLLPTNMSTGRSYAGVAVIHKSL

来源 Source

来源生物 organism	HOMO SAPIENS
通用名 common_name	HUMAN
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	ESCHERICHIA COLI

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	SERINE/THREONINE-PROTEIN KINASE WNK4
分子量 formula_weight	1309.3 kDa
EC 编号 ec_number	2.7.11.1
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	C,D

EPEEPEADQHQ

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	SULFATE ION
分子量 formula_weight	96.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	3

实体 4 Entity 4 non-polymer

描述 description	1,2-ETHANEDIOL
分子量 formula_weight	62.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 5 Entity 5 non-polymer

描述 description	CHLORIDE ION
分子量 formula_weight	35.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 6 Entity 6 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	577

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 2 domains

CATH v4.4 (2 domains)

结构域编号 domain_id	4ch9A00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	120 — 6 Propeller
拓扑 Topology topology	10 — Neuraminidase
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	80 — Kelch-type beta propeller

结构域编号 domain_id	4ch9B00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	120 — 6 Propeller
拓扑 Topology topology	10 — Neuraminidase
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	80 — Kelch-type beta propeller

▶

8. 引用文献 (1)

▶

晶胞边长 a length_a	45.330 Å
晶胞边长 b length_b	84.760 Å
晶胞边长 c length_c	146.790 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	8

空间群 space_group	P 21 21 21
空间群编号 int_tables_number	19
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	1.840 Å
最低分辨率 resolution_low	73.402 Å
R 因子 r_factor	0.1459
R_work r_work	0.1439
R_free r_free	0.1840

fit	/app/data/saxs_computation/ch/4ch9/4ch9.fit
pddf	/app/data/pr_computation/ch/4ch9/4ch9.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/ch/4ch9/4ch9.dat

Crystal structure of the human KLHL3 Kelch domain in complex with a WNK4 peptide

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

KELCH-LIKE PROTEIN 3

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SERINE/THREONINE-PROTEIN KINASE WNK4

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (6)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 non-polymer

实体 6 Entity 6 water

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 2 domains

CATH v4.4 (2 domains)

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)