SAXSdb — 4cht

▼

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

DNA TOPOISOMERASE 3-ALPHA

HOMO SAPIENS

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 2–753	未记录	RECQ-MEDIATED GENOME INSTABILITY PROTEIN 1 × 1 （Q9H9A7） CA CALCIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：pH 7；8% (W/V) PEG 5000 MME, 200 MM CALCIUM CITRATE, 100 MM TRIS/HCL PH 7.0	分辨率 3.25 Å R-free 0.225

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 4CHT	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
4CGY Crystal structure of the human topoisomerase III alpha-RMI1 complex 提交 2013-11-27	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 2–753（752 aa）片段：RESIDUES 2-753	未记录	MG MAGNESIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 7；8-12% (W/V) PEG 2000, 100 MM TRIS-HCL PH 7.0, 200 MM MGCL2	分辨率 2.85 Å R-free 0.231

共 1 个其他 PDB 条目、1 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	TOP3A_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 4–755； UniProt 2–753

RECQ-MEDIATED GENOME INSTABILITY PROTEIN 1

HOMO SAPIENS

UniProt Q9H9A7

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2）与蛋白拷贝数一致	链 B； UniProt 1–219	片段：RESIDUES 1-219	DNA TOPOISOMERASE 3-ALPHA × 1 （Q13472） CA CALCIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：pH 7；8% (W/V) PEG 5000 MME, 200 MM CALCIUM CITRATE, 100 MM TRIS/HCL PH 7.0	分辨率 3.25 Å R-free 0.225

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 4CHT	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
3MXN Crystal structure of the RMI core complex 提交 2010-05-07	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 473–625（153 aa）片段：C-terminal OB domain (unp residues 473-625)	未记录	BEN BENZAMIDINE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.1；298 K；10 mM Hepes pH 7.1, 0.05 M NaSCN, 20% ethylene glycol, 2 mM DTT, 13% polyethylene glycol 3350, with benzamidine (1%) added to the drop, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 1.55 Å R-free 0.231
3NBH Crystal structure of human RMI1C-RMI2 complex 提交 2010-06-03	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 475–625（151 aa）片段：RMI1C, residues 475-625	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；277.15 K；The precipitant/well solution contained 18% PEG 3350, 300 mM NaSCN, and 10 mM DTT. , pH 7, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277.15K	分辨率 2.00 Å R-free 0.258
3NBI Crystal structure of human RMI1 N-terminus 提交 2010-06-03	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 2–213（212 aa）片段：RMI1N, residues 2-213	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；277.15 K；The precipitant/well solution contained 100 mM Tris-HCl pH 8.5, 18% PEG 3350, 300 mM NaSCN, 10 mM NiCl2 and 10 mM DTT., VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277.15K	分辨率 2.00 Å R-free 0.255
4CGY Crystal structure of the human topoisomerase III alpha-RMI1 complex 提交 2013-11-27	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 1–219（219 aa）片段：RESIDUES 1-219	未记录	MG MAGNESIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 7；8-12% (W/V) PEG 2000, 100 MM TRIS-HCL PH 7.0, 200 MM MGCL2	分辨率 2.85 Å R-free 0.231
4DAY Crystal structure of the RMI core complex with MM2 peptide from FANCM 提交 2012-01-13	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 473–625（153 aa）片段：C-terminal OB domain (residues 473-625)	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.8；298 K；200 mM Na2SO4, 5% polyethylene glycol 3350, pH 8.8, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 3.30 Å R-free 0.325
7XUV Crystal structure of RPA70N-RMI1 fusion 提交 2022-05-20	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 243–262（20 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4.6；278 K；30% PEG 2000 MME	分辨率 1.60 Å R-free 0.220
9DHK RMI1-RMI2 bound to cyclic peptide L3 提交 2024-09-03	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 475–625（151 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；293 K；1.8 M sodium phosphate monobasic monohydrate / potassium phosphate dibasic pH 5.0	分辨率 2.35 Å R-free 0.247
9DHK RMI1-RMI2 bound to cyclic peptide L3 提交 2024-09-03	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 D 475–625（151 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；293 K；1.8 M sodium phosphate monobasic monohydrate / potassium phosphate dibasic pH 5.0	分辨率 2.35 Å R-free 0.247
9DHK RMI1-RMI2 bound to cyclic peptide L3 提交 2024-09-03	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 G 482–625（144 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；293 K；1.8 M sodium phosphate monobasic monohydrate / potassium phosphate dibasic pH 5.0	分辨率 2.35 Å R-free 0.247
9DHK RMI1-RMI2 bound to cyclic peptide L3 提交 2024-09-03	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 4 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 J 475–625（151 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；293 K；1.8 M sodium phosphate monobasic monohydrate / potassium phosphate dibasic pH 5.0	分辨率 2.35 Å R-free 0.247
9DI4 RMI1-RMI2 bound to cyclic peptide L4 提交 2024-09-05	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 475–625（151 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 5；293 K；0.01M zinc chloride, 0.1M sodium acetate pH 5.0, 20% w/v PEG 6000	分辨率 2.70 Å R-free 0.248
9PFD RMI1-RMI2 bound to synthetic peptide P4Ser 提交 2025-07-04	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 475–625（151 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；293 K；1.8 M sodium phosphate monobasic monohydrate, potassium phosphate dibasic, pH 5.0	分辨率 2.01 Å R-free 0.224

共 9 个其他 PDB 条目、12 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	RMI1_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 B； PDB构建体 1–219； UniProt 1–219

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

▼

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	4cht
沉积日期 deposition_date	2013-12-04
结构标题 title	Crystal structure of the human topoisomerase III alpha-RMI1 complex with bound calcium ion
关键词 keywords	CELL CYCLE, DOUBLE HOLLIDAY JUNCTION DISSOLUTION, DECATENATION, MINIMAL DISSOLVASOME; CELL CYCLE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

▼

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	37.16 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	37.15 Å
零角强度 I(0) i0	135291000.00
分子量 molecular_weight	94242.0 kDa
排除体积 excluded_volume	118390 Å³
包络体积 envelope_volume	161570 Å³
水化壳体积 shell_volume	38021 Å³
包络直径 envelope_diameter	130.5 Å
壳层 Rg shell_rg	40.81 Å
包络 Rg envelope_rg	36.76 Å
形状 Rg shape_rg	37.12 Å
总 Rg total_rg	37.50 Å
总原子数 total_atoms	6633
残基数 n_residues	834
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

▼

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	131.0 Å
Rg (实空间) rg_real	37.43 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	1.44 Å
I(0) (实空间) i0_real	1.3530e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	2.3630e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	37.27 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	135300000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8432
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	1
主峰位置 r_peak_primary	36.5 Å
偏度 Skewness skewness	0.454
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.372
角度范围 angular_range	— – 0.2150 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	15410000.0000
实空间数据点数 n_real_points	44
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.798; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.705; Smooth: 0.858

▶

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

▶

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	DNA TOPOISOMERASE 3-ALPHA
分子量 formula_weight	86641.7 kDa
EC 编号 ec_number	5.99.1.2
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	6638

GGRIFPVARYALRWLRRPEDRAFSRAAMEMALRGVRKVLCVAEKNDAAKGIADLLSNGRMRRREGLSKFNKIYEFDYHLYGQNVTMVMTSVSGHLLAHDFQMQFRKWQSCNPLVLFEAEIEKYCPENFVDIKKTLERETRQCQALVIWTDCDREGENIGFEIIHVCKAVKPNLQVLRARFSEITPHAVRTACENLTEPDQRVSDAVDVRQELDLRIGAAFTRFQTLRLQRIFPEVLAEQLISYGSCQFPTLGFVVERFKAIQAFVPEIFHRIKVTHDHKDGIVEFNWKRHRLFNHTACLVLYQLCVEDPMATVVEVRSKPKSKWRPQALDTVELEKLASRKLRINAKETMRIAEKLYTQGYISYPRTETNIFPRDLNLTVLVEQQTPDPRWGAFAQSILERGGPTPRNGNKSDQAHPPIHPTKYTNNLQGDEQRLYEFIVRHFLACCSQDAQGQETTVEIDIAQERFVAHGLMILARNYLDVYPYDHWSDKILPVYEQGSHFQPSTVEMVDGETSPPKLLTEADLIALMEKHGIGTDATHAEHIETIKARMYVGLTPDKRFLPGHLGMGLVEGYDSMGYEMSKPDLRAELEADLKLICDGKKDKFVVLRQQVQKYKQVFIEAVAKAKKLDEALAQYFGNGTELAQQEDIYPAMPEPIRKCPQCNKDMVLKTKKNGGFYLSCMGFPECRSAVWLPDSVLEASRDSSVCPVCQPHPVYRLKLKFKRGSLPPTMPLEFVCCIGGCDDTLREILDLRFS

来源 Source

来源生物 organism	HOMO SAPIENS
通用名 common_name	HUMAN
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	TRICHOPLUSIA NI

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	RECQ-MEDIATED GENOME INSTABILITY PROTEIN 1
分子量 formula_weight	24644.5 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B

MNVTSIALRAETWLLAAWHVKVPPMWLEACINWIQEENNNVNLSQAQMNKQVFEQWLLTDLRDLEHPLLPDGILEIPKGELNGFYALQINSLVDVSQPAYSQIQKLRGKNTTNDLVTAEAQVTPKPWEAKPSRMLMLQLTDGIVQIQGMEYQPIPILHSDLPPGTKILIYGNISFRLGVLLLKPENVKVLGGEVDALLEEYAQEKVLARLIGEPDLVVS

来源 Source

来源生物 organism	HOMO SAPIENS
通用名 common_name	HUMAN
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	TRICHOPLUSIA NI

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	CALCIUM ION
分子量 formula_weight	40.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 4 Entity 4 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	5

▼

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 6 domains

CATH v4.4 (6 domains)

结构域编号 domain_id	4chtA01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	140 —

结构域编号 domain_id	4chtA02
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	460 — Topoisomerase I; domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Topoisomerase I, domain 2

结构域编号 domain_id	4chtA03
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	70 — Distorted Sandwich
拓扑 Topology topology	20 — Topoisomerase I; domain 3
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Topoisomerase I, domain 3

结构域编号 domain_id	4chtA04
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	290 — Topoisomerase I; domain 4
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Topoisomerase I, domain 4

结构域编号 domain_id	4chtB01
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	8 — Helicase, Ruva Protein; domain 3
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	1020 — RecQ-mediated genome instability protein 1, N-terminal domain

结构域编号 domain_id	4chtB02
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology	50 — OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	770 — RecQ-mediated genome instability protein Rmi1, C-terminal domain

▶

8. 引用文献 (1)

▶

晶胞边长 a length_a	93.360 Å
晶胞边长 b length_b	93.360 Å
晶胞边长 c length_c	381.620 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	8

空间群 space_group	P 41 21 2
空间群编号 int_tables_number	92
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	3.250 Å
最低分辨率 resolution_low	65.050 Å
R 因子 r_factor	0.1981
R_work r_work	0.1968
R_free r_free	0.2245

fit	/app/data/saxs_computation/ch/4cht/4cht.fit
pddf	/app/data/pr_computation/ch/4cht/4cht.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/ch/4cht/4cht.dat

Crystal structure of the human topoisomerase III alpha-RMI1 complex with bound calcium ion

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

DNA TOPOISOMERASE 3-ALPHA

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

RECQ-MEDIATED GENOME INSTABILITY PROTEIN 1

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 water

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 6 domains

CATH v4.4 (6 domains)

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)